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Enzimas
Enzimas
Propiedades, nomenclatura y
clasificación
Cofactores
Especificidad enzimática
Saturación por sustrato
Ecuación de Michelis-Menten
Parámetros cinéticos: Km y Vmax
Inhibición enzimática
Inhibición competitiva, no competitiva y
acompetitiva
Cinética de las relaciones en presencia de
inhibidores
Regulación de las enzimas
Regulación de la actividad enzimática
Cooperatividad y alosterismo
Modificación covalente
Activación de zimógenos isoenzimas
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Enzimas
Los enzimas son proteínas que catalizan reacciones químicas en los seres
vivos. Los enzimas son catalizadores, es decir, sustancias que, sin
consumirse en una reacción, aumentan notablemente su velocidad. No
hacen factibles las reacciones imposibles, sino que solamente aceleran las
que espontáneamente podrían producirse. Ello hace posible que en
condiciones fisiológicas tengan lugar reacciones que sin catalizador
requerirían condiciones extremas de presión, temperatura o pH.
Propiedades
Son biocatalizadores (aceleran la velocidad de las reacciones)
Actúan por presencia en pequeñas cantidades
Son específicos
Trabajan mejor con un PH particular
Trabajan mejor a una temperatura particular
Se les dan nombres específicos
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Enzimas
Nomenclatura
NOMBRES PARTICULARES
NOMBRE SISTEMÁTICO
el sustrato preferente
el tipo de reacción realizado
terminación "asa"
Muchos enzimas catalizan reacciones reversibles. No hay una manera única para fijar cual de los
dos sentidos se utiliza para nombrar al enzima. Así, la glucosa fosfato isomerasa también podría
llamarse fructosa fosfato isomerasa.
Cuando la acción típica del enzima es la hidrólisis del sustrato, el segundo componente del
nombre se omite y por ejemplo, la lactosa hidrolasa se llama simplemente lactasa. Además del
nombre sistemático, aún persisten otros consagrados por el uso. Así, la glucosa:ATP
fosforiltransferasa se llama habitualmente glucoquinasa.
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Enzimas
El nombre de cada enzima puede ser identificado por un código numérico, encabezado por las
letras EC (enzyme commission), seguidas de cuatro números separados por puntos. El primer
número indica a cual de las seis clases pertenece el enzima, el segundo se refiere a distintas
subclases dentro de cada grupo, el tercero y el cuarto se refieren a los grupos químicos
específicos que intervienen en la reacción. (Este enlace te lleva a la página de la Enzyme
Comission, donde puedes acceder a todas las clases y subclases de enzimas).
Clase 1: OXIDORREDUCTASAS
Clase 2: TRANSFERASAS
Clase 3: HIDROLASAS
Clase 4: LIASAS
Clase 5: ISOMERASAS
Clase 6: LIGASAS
Clase 1: OXIDORREDUCTASAS
AH2 + B A + BH2
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Enzimas
Clase 2: TRANSFERASAS
A-B + C A + C-B
Clase 3: HIDROLASAS
Clase 4: LIASAS
A-B A+B
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Enzimas
Un ejemplo es la acetacetato descarboxilasa, que cataliza la reacción:
Clase 5: ISOMERASAS
A B
Son ejemplos la fosfotriosa isomerasa y la fosfoglucosa isomerasa, que catalizan las reacciones
representadas en la tabla inferior:
Clase 6: LIGASAS
Catalizan la unión de dos sustratos con hidrólisis simultánea de un nucleótido trifosfato (ATP,
GTP, etc.):
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Enzimas
A + B + XTP A-B + XDP + Pi
- La vitamina B1 o tiamina
La vitamina B1, o tiamina, debe ser ingerida con la dieta en la mayoría de los
invertebrados. La alimentación que carece de esta vitamina provoca en el
hombre una enfermedad muy grave denominada beriberi, que se caracteriza
por trastornos neurológicos, parálisis y pérdida de peso. En el siglo pasado
esta patología causó en Asia la muerte de millares de personas, que se
nutrían únicamente de arroz descascarillado al que, durante el proceso de
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Enzimas
refino, se le extraía el envoltorio externo, que contenía la indispensable
tiamina.
- La vitamina B2 o riboflavina
La vitamina B2, identificada en 1953, fue aislada por primera vez en la leche.
Presente en todas las carnes animales, es sintetizada en pequeñas
cantidades por la flora intestinal. Consiste en una molécula orgánica
compuesta por tres anillos que le confieren una intensa coloración amarilla.
Es una coenzima de importantes reacciones enzimáticas, tales como el
transporte de los necesarios átomos del hidrógeno desde una molécula
hasta otra.
- El ácido nicotínico o niacina
- El ácido pantoténico
- La vitamina B6 o piridoxina
- La biotina
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Enzimas
- El ácido fólico
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ausencia en la dieta comporta sequedad de la piel, debilidad muscular y
esterilidad. Su función en el hombre es poco conocida. La vitamina K es
necesaria para la formación de la trombina, una enzima de la sangre que
convierte el fibrinógeno en fibrina, proteína insoluble responsable de la
coagulación sanguínea.
Las enzimas, sin embargo son mas especificas. Muchas de ellas catalizan
solamente una reacción química, mientras que otras, no tan específicas,
tienen una acción bastante selectiva para atacar a cierto tipo de
configuración o de enlace: las lipasas desdoblan las grasas, las enzimas
proteolíticas hidrolizan las proteínas. De este modo, su acción se limita a
cierto tipo de sustancias.
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específicos; sin embargo, estos enlaces serán hidrolizados en cualquier
proteína que los contenga y, por eso, su especificidad es relativa.
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Enzimas
• Para una concentración alta de sustrato, la velocidad de la reacción se hace
prácticamente constante e independiente de la concentración de sustrato,
la cinética se considera de orden cero.
• Para concentraciones de sustrato intermedias la velocidad del proceso
deja de ser lineal, y a esta zona se la denomina de cinética mixta.
La velocidad de una reacción catalizada (V) nos indica la cantidad de
sustrato consumido, o producto formado, por unidad de tiempo. En el
Sistema Internacional se designa por “U” (unidad de actividad enzimática) y
corresponde a los µmoles de sustrato consumidos en 1 min, o bie n a los
µmoles de producto formado en 1 min. U ≡ µmol S/min ≡ µmol P/min La curva
que expresa la relación entre la concentración de sustrato y la velocidad
inicial tiene la misma forma para la mayoría de las enzimas; se trata de una
hipérbola rectangular, cuya expresión algebraica viene dada por la ecuación
de Michaelis-Menten, donde muestra la relación entre la velocidad inicial
(Vo) y la concentración de sustrato, S. Tema 8. Enzimas II Bioquímica Los
términos Vmax (velocidad máxima) y Km (constante de Michaelis) son dos
parámetros cinéticos característicos de cada enzima, que pueden
determinarse experimentalmente.
La velocidad máxima (Vmax) se obtiene cuando la velocidad de reacción se
hace independiente de la concentración de sustrato, cuando esto ocurre la
velocidad alcanza un valor máximo. Este valor depende de la cantidad de
enzima que tengamos.
La constante de Michaelis (Km) nos indica la concentración de sustrato a la
cual la velocidad de reacción es la mitad de la velocidad máxima. Este
parámetro es independiente de la concentración de enzima, y es
característico de cada enzima según el sustrato utilizado (si tiene varios).
La Km también indica la afinidad que posee la enzima por el sustrato, siendo
ésta mayor, cuanto menor es la Km. Cuanto menor sea la Km menor será la
cantidad de sustrato necesaria para alcanzar la mitad de la velocidad
máxima, por lo que mayor será la afinidad del enzima hacia ese sustrato.
A partir de la ecuación de Michaelis-Mente podemos explicar
matemáticamente las tres fases de la curva de la figura 1. Así: • A baja [S], es
decir si Km >>> [S], el término Km+[S] podemos aproximarlo a la Km,
quedando un expresión del tipo: V = k’ [S] Esta es una cinética de primer
orden, que se caracteriza por una variación lineal de la V respecto al tiempo,
como tiene lugar en la primera fase. • A altas [S], es de cir, Km<<<
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Michaelis y Menten propusieron un modelo simple para explicar la mayoría
de las reacciones catalizadas por enzimas. En este modelo la enzima se
combina reversiblemente con su substrato para formar el complejo enzima-
sustrato (ES) que subsecuentemente se rompe para formar el producto,
hecho que regenera a la enzima. El modelo para una molécula de sustrato
se muestra a continuación:
(1)
En dónde:
S es el substrato
E es la enzima
ES es el complejo enzima substrato o complejo de Michaelis y Menten
k1,k-1 y k2 son las constantes de velocidad de la reacción.
(2)
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Enzimas
• KM es característica de cada reacción
• Tiene unidades de concentración Ecuación de Michaelis Ecuación de
Michaelis – Menten
• Cuando KM >> [S] se alcanza Vmax
• KM – Cuando k2 << k-1 Entonces KM ≅ k-1/k1 = K
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Enzimas
Por ejemplo, la aspirina o ácido acetilsalicílico (ASA) inhíbe
irreversiblemente la acción de la sintetasa de prostaglandina:
R 1 = R -1
por lo que:
k1[ E ][ I ] = k-1[ EI ]
de aquí que:
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donde KI es la constante de disociación de EI (o constante de inhibición).
Esta constante se usa para describir cuán fuerte se une el inhibidor a la
enzima.
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Enzimas
A baja [S] ([S] <<Km), la enzima está predominantemente en la forma libre,
E. El inhibidor competitivo puede combinarse con E, por lo que la presencia
del inhibidor disminuye la rapidez cuando [S] es baja. A estas condiciones la
expresión de rapidez es:
vo = Vmax[S]/Km.
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Esta inhibición disminuye la Vmax según aumenta [ I ], pero no afecta Km (la
enzima puede unirse al sustrato):
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A bien baja concentración de sustrato ( [S]--->0), la enzima está libre (E).
Como el inhibidor no se combina con E, éste no afecta la velocidad, asi como
tampoco la pendiente Km/Vmax, por lo que las pendientes son
independientes de la concentración del inhibidor. Sólo se afectan los
interceptos en "y" (1/Vmax) y en "x" (-1/Km) . Como resultado se obtienen una
serie de líneas paralelas cuando se usan diferentes concentraciones del
inhibidor.
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Enzimas
lugar a diferentes tipos de inhibiciones, dependiendo de si el inhibidor se une
a la enzima, al complejo enzima-sustrato o a ambos.
Muchos medicamentos son inhibidores enzimáticos, por lo que su
descubrimiento y mejora es un campo de investigación activo en
la bioquímica y la farmacología. La validez de un inhibidor enzimático
medicinal suele venir determinada por su especificidad (su carencia de
unirse a otras proteínas) y su potencia (su constante de disociación, la cual
indica la concentración necesaria para inhibir a una enzima). Una alta
especificidad y potencia asegura que el medicamento va a tener
pocos efectos secundarios y por tanto una baja toxicidad. Los inhibidores
enzimáticos también son usados en la naturaleza y están implicados en la
regulación del metabolismo. Por ejemplo, las enzimas en una ruta
metabólica pueden ser inhibidas por los productos resultantes de sus
respectivas rutas. Este tipo de retroalimentación negativa retarda el flujo a
través de la ruta cuando los productos comienzan a acumularse y es una
manera importante de mantener la homeostasis en una célula. Otros
inhibidores enzimáticos celulares son proteínas que se unen
específicamente e inhiben una diana enzimática. Esto puede ayudar a
controlar enzimas que pueden ser dañinas para la célula, como
las proteasas o nucleasas. Un buen ejemplo es el inhibidor de
la ribonucleasa, que se une a esta enzima en una de las interacciones
proteína–proteína más fuertes conocidas. Como inhibidores enzimáticos
naturales también cabe destacar los venenos, que son usados como defensa
contra los depredadores o como forma de matar a una presa .
Objetivos de la regulación:
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Enzimas
El efecto cooperativo ocurre en enzimas oligoméricas que poseen varios
sitios para la unión de sustrato y es el fenómeno por el cual la unión de un
ligando a una enzima influye sobre la unión de moléculas subsiguientes.
Cuando el ligando afecta la unión de otras moléculas del mismo ligando, el
efecto se conoce como homotrópico.
Cuando lo que se ve afectada es la unión de un ligando de naturaleza
diferente (por ejemplo un activador que afecta la unión del sustrato de una
enzima), se está en presencia de un efecto cooperativo heterotrópico. En el
caso de una enzima, cuando la unión de una molécula de sustrato facilita la
unión de la siguiente molécula de sustrato mediante un aumento en las
afinidades de los sitios vacantes, el fenómeno se denomina “cooperatividad
positiva” o “respuesta homotrópica positiva”. Cuando la unión del sustrato
produzca una disminución de afinidad de los sitios no ocupados, se habla de
cooperatividad negativa.
El fenómeno cooperativo se evidencia a través de una curva de velocidad vs
[S] que no se ajusta a la cinética de Michaelis-Menten (hiperbólica) sino a una
que se trata de una curva sigmoide. En consecuencia la representación de
Lineweaver-Burk (doble recíproca) no resulta una línea recta.
Se han propuesto varios modelos para explicar el fenómeno de la
cooperatividad y permitir el análisis de las diferentes situaciones
experimentales en que aparece cooperatividad. Dos de los principales son
el de interacción secuencial y el concertado o de simetría.
Modelo de interacción secuencial: supone cambios secuenciales o
progresivos en las afinidades de los sitios vacantes a medida que los sitos se
van ocupando. Es decir que en una misma molécula de enzima pueden existir
sitios con diferente afinidad. Para el caso simple de un dímero pueden existir
entonces 3 estados: ambos sitios con baja afinidad, un estado con un sitio en
alta y otro en baja afinidad, o ambos sitios con alta afinidad (Cooperatividad
positiva No cooperativa (hipérbola) Cooperatividad positiva (no lineal) No
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Enzimas
cooperativa (lineal) Cooperatividad negativa Cooperatividad negativa (no
lineal)
Modelo concertado o de simetría: supone que la enzima preexiste como una
mezcla en equilibrio de un oligómero de alta afinidad y un oligómero de baja
afinidad. Los ligandos, incluído el sustrato, actúan desplazando el equilibrio
a favor de uno u otro estado. Durante la transición, la conformación de todas
las subunidades cambia al mismo tiempo. En este caso existen dos
poblaciones diferentes de enzima, una con todos sus sitios con alta afinidad
y otra con todos sus sitios con baja afinidad
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Enzimas
Regulación de la actividad enzimática
La regulación de la actividad enzimática a nivel de su síntesis es un
proceso a largo plazo. A lo largo del ciclo celular muchos metabolitos son
sintetizados y
dejand e s e r l o e n r e p e t i d a s o c a s i o n e s d e p e n d i e n d o d e l a
s n e c e s i d a d e s d e e s e metabolito en cada ocasión. La adaptación
a necesidades inmediatas de cambios en la velocidad metabólica se da por medio
de la regulación fina de la actividad de e n z i m a s p e r s i s t e n t e , s i n
m o d i f i c a c i ó n d e s u c o n c e n t r a c i ó n . E s t e t i p o d e regulación
se da mediante diversos mecanismos entre ellos por modificaciones
covalentes
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Enzimas
Un zimógeno o proenzima es un precursor enzimático inactivo, es decir, no
cataliza ninguna reacción como hacen las enzimas. Para activarse, necesita
de un cambio bioquímico en su estructura que le lleve a conformar un centro
activo donde pueda realizar la catálisis. En ese momento, el zimógeno pasa
a ser una enzima activa. El cambio bioquímico suele ocurrir en un lisosoma,
donde una parte específica de la enzima precursora se escinde del resto
para activarla. La cadena de aminoácidos que se libera por la activación se
llama péptido de activación
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Enzimas
http://www.biologiasur.org/index.php/la-celula/base/enzimas
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