¿Qué son los marcadores moleculares?

Laura Yesenia Solís Ramos y Antonio Andrade Torres*

Cada vez se hace más común que en nuestra vida diaria incorporemos
el uso de términos como gen, ADN, diversidad genética, genoma,
marcadores moleculares, prueba del ADN y otros; dada la importante
aplicación que tienen en la actual idad en diversas áreas
(medicina, botánica, conservación, agricultura, etc.), estos
términos se pueden ya leer o escuchar en las noticias. Sin
embargo, muy poca gente sabe el significado real o las
implicaciones que tienen estas palabras, e incluso muchos
estudiantes de carreras universitarias, en el mejor de los casos,
sólo tienen una idea vaga de lo que significan.

Todo comenzó cuando a mediados del siglo pasado los científicos

James D. Watson, Francis Crick y Maurice Wilkins hicieron públicos
sus hallazgos sobre la estructura y función del ácido
desoxirribonucleico (ADN), al que identificaron como la molécula
de la herencia, es decir, la unidad responsable de la transmisión
de características de una generación a la siguiente. Tales
estudios los hicieron merecedores del premio Nobel, pues dieron
origen a lo que hoy conocemos como biología molecular y provocaron
un vertiginoso desarrollo en las ciencias biológicas, permitiendo,
entre otras cosas, que la biotecnología moderna incluyera la
genómica, la ingenieria genética, la proteómica y los marcadores
de ADN.

¿Qué es un marcador?

Un marcador es un carácter o un gen que debido al ligamiento puede

usarse para indicar la presencia de otro gen; es decir, cualquier
característica A (sea un gen, una proteína, tipo de hoja, etc.)
que esté asociada a la presencia o expresión de una característica
B (como vigor, altura, resistencia
a enfermedades, etc.) puede considerarse como un marcador, pues la
presencia de A necesariamente implica la de B.

La importancia de los marcadores radica en que ofrecen la

posibilidad de estudiar poblaciones de organismos y seleccionar
aquellos que presentan rasgos de interés para el hombre. En
ocasiones, el uso de marcadores permite seleccionar los individuos
aun antes de que expresen el rasgo de interés. Gracias al empleo
de marcadores ha sido posible mejorar muchas especies que son la
base de la alimentación del mundo. Hay dos tipos principales de
mar - cadores: los marcadores morfológicos y los marcadores
moleculares.

Marcadores morfológicos

Los marcadores morfológicos fueron el primer tipo de marcadores

que el hombre utilizó. Se consideran marcadores morfológicos a los
caracteres de un individuo que se expresan en un ambiente
específico y que el hombre identifica con un objetivo determinado.
Por ejemplo, en los árboles de pino podemos usar como marcadores
morfológicos el peso o tamaño de la semillas, pues se ha visto que
dicha característica se asocia en la mayoría de las poblaciones
con la supervivencia, el crecimiento y la reproducción .

Este tipo de marcadores son muy utilizados para estimar la

variación morfológica existente en una población. Sin embargo, hay
varias limitaciones para su uso, de las que la principal es
precisamente que se basan en las características morfológicas o
expresadas en el individuo (fenotipo), las cuales son fuertemente
influidas por el ambiente en que se desarrollan, además de que
generalmente sólo se pueden identificar y medir en individuos
completos o adultos.
Marcadores moleculares

Los marcadores moleculares corresponden a cualquier gen cuya

expresión permite un efecto cuantificable u observable
(características fenotípicas), que además puede detectarse
fácilmente. Este tipo de marcadores pueden evaluarse desde que los
individuos están en sus primeros estadios de desarrollo, y se
pueden aplicar usando a todo el individuo o sólo parte de él. Se
habla de marcadores genéticos cuando se transmiten según las leyes
básicas de la herencia mendeliana, por lo que es importante
destacar que no todos los marcadores moleculares pueden
considerarse como genéticos. Existen dos tipos de marcadores
moleculares: los marcadores bioquímicos y los marcadores de ADN.

Marcadores bioquímicos

Los marcadores bioquímicos incluyen a las proteínas y las

isoenzimas o aloenzimas y constituyen la primera generación de
marcadores moleculares. Las proteínas son los productos primarios
de los genes y se forman mediante los procesos de transcripción y
traducción, por lo que se ven menos influidos por el ambiente. Las
isoenzimas fueron descubiertas por Hunter y Markert en 1957 y son
diferentes variantes moleculares de una misma enzima presentes en
una especie, las cuales desempeñan la misma actividad pero pueden
tener diferentes propiedades.

Las isoenzimas se identifican mediante el proceso denominado

“electroforesis”, que consiste en colocar un extracto proteico del
material a analizar en los pocillos de un soporte (papel de
celulosa o un gel hecho de agarosa o poliacrilamida) que se somete
a un campo eléctrico durante varias horas para que se separen las
proteínas de acuerdo con su tamaño o carga eléctrica. Una vez
concluida la emigración de las proteínas por medio del frente de
corrida denominado Kohlrasusch, el gel es colocado en una solución
que contiene los compuestos químicos necesarios (colorantes) para
que se lleve a cabo una reacción y se puedan observar
posteriormente las isoenzimas en forma de bandas de color en el
soporte o gel. Las diferencias en la movilidad electroforética de
las isoenzimas son resultantes de las diferencias en las
secuencias del ADN que codifican tales enzimas.

Estos marcadores tienen la ventaja de que la técnica es

relativamente barata, accesible y no destructiva debido a que
utiliza pequeñas cantidades de material. Además, el control
genético de la mayoría de las isoenzimas es bien conocido, por lo
que es posible realizar inferencias genéticas a partir de los
patrones de bandas observados en los geles. Por otro lado, las
isoenzimas tienen base genética codominante (es decir, que en un
individuo diploide es posible visualizar la expresión de ambos
alelos); son selectivamente neutrales y están libres de efectos
deletéreos (cuando los alelos tienen efectos negativos que
imposibilitan la reproducción del genotipo que los posee), efectos
pleiotrópicos (cuando un gen controla la expresión de más de un
carácter en un individuo) y/o epistáticos (dominancia de un gen
sobre otro).

Desde su descubrimiento, las isoenzimas han jugado un papel

importante en muchas áreas de la biología; sin embargo, su
utilización ha sido muy limitada debido a ciertas desventajas: 1)
presentan problemas técnicos; 2) no permiten cubrir todo el
genoma, pues sólo representan una estrecha fracción del contenido
genético; 3 ) ú n icamente detectan la variación de los genes que
codifican para la expresión de una característica del individuo; 4
) se dificulta la precisión de los datos obtenidos debido al
polimorfismo en el tejido de las isoenzimas (por ejemplo, el
polimorfismo detectado en una hoja no es el mismo que el que se
obtiene usando la semilla del mismo individuo). También tienen
polimorfismo ontogenético, lo cual implica que los resultados
obtenidos serán muy diferentes al trabajar con material vegetal
proveniente de un árbol joven y de otro adulto; además, las
isoenzimas son especificas para determinados sustratos.

Marcadores de ADN

Los marcadores de ADN constituyen la nueva generación de

marcadores moleculares y solucionaron el problema de la carencia
de marcadores que tenían las isoenzimas, pues son capaces de
generar una cantidad virtualmente infinita de marcadores. Existen
varias técnicas para identificar marcadores de ADN, las que se
pueden agrupar en tres categorías: las de hibridación tipo
Southern, las de reacción de polimerización en cadena (PCR) y las
que combinan PCR o sus productos de ADN con la hibridación tipo
Southern.

La hibridación consiste en la formación de una molécula de doble

cadena mediante el apareamiento o unión de bases complementarias
de dos moléculas de una sola cadena. La hibridación tipo Southern
explora las variaciones en la longitud o tamaño de los fragmentos
de ADN ocasionadas por la restricción del genoma mediada por una
enzima particular (endonucleasa). Esta técnica comprende las
siguientes etapas: primero se extrae el ADN del material que
deseamos estudiar; luego se le adicionan enzimas de restricción
(endonucleasas), las cuales cortan el ADN en fragmentos de
diferente longitud; estos fragmentos son separados en geles de
agarosa, para después realizar por capilaridad o al vacío la
transferencia de los fragmentos a una membrana de papel de
nitrocelulosa o de nylon (transferencia tipo Southern).
Finalmente, se hibridizan los fragmentos de la membrana con sondas
marcadas (radiactiva o no radiactivamente) para visualizar y
detectar las bandas hibridadas.

Dentro de esta técnica se encuentran los marcadores RFLP

(polimorfismo de la longitud de los fragmentos de restricción) y
los VNTR (secuencias adyacentes que se repi ten en número
variable).
La técnica de PCR, o reacción en cadena de la polimerasa, es una
tecnología utilizada para multiplicar (sintetizar) in vitro
fragmentos específicos de ADN con la finalidad de detectar una
secuencia o gen de interés en el genoma del individuo en estudio.
Se basa en la amplificación de fragmentos de ADN a partir de
secuencias de nucleótidos denominadas “cebador” (primer), que son
capaces de reconocer una secuencia blanco para la cual es
complementaria.
En forma general, los principales pasos del PCR son los
siguientes: se extrae el ADN del material a analizar, se separa la
molécula del ADN en dos hebras (desnaturalización), se induce el
alineamiento o reconocimiento del cebador con las secuencias
blanco complementarias o molde del ADN, y por medio de la enzima
Taq polimerasa se lleva a cabo la extensión o alargamiento de la
molécula iniciadora (cebador). Este proceso se realiza en un
termociclador, que se encarga de realizar los cambios de
temperatura necesarios para que se desarrollen las etapas o ciclos
anteriormente mencionados. Los ciclos se repiten la cantidad de
veces que sea necesario, hasta obtener la cantidad de copias de
ADN que se requieran.

Dentro de esta metodología se encuentran los marcadores llamados

RAPD (ADN polimórfico amplificado al azar), PCR iniciada con
microsatélites (MP-PCR), AFLP (polimorfismo de longitud de
fragmentos amplificados) y DAF (amplificación de huellas del ADN),
entre otros.

Finalmente, dentro de las metodologías que combinan la PCR o sus

productos de ADN más la hibridación tipo Southern, están los RAHM
y RAMPO (amplificación aleatoria del polimorfismo de
microsatélites).

Ventajas y aplicaciones de los marcadores de ADN

Son muy ventajosos los marcadores de ADN ya que no son afectados
por el ambiente, están presentes en cualquier estadio del
individuo, permiten una detección temprana, son universales, muy
abundantes, se requiere poca cantidad de ADN para los análisis y
el ADN es muy estable y específico para cada individuo (huella
génica). Sin embargo, son relativamente costosos, necesitan
personal entrenado, equipos sofisticados y un estricto control de
la contaminación.

El uso de marcadores moleculares en los análisis genéticos y en el

mejoramiento de las plantas ha tenido una difusión extremadamente
rápida. Las principales aplicaciones incluyen la obtención de
“huellas genéticas” (fingerprinting) genómicas de individuos,
variedades y poblaciones; el análisis de la estructura y
diversidad genética en poblaciones naturales y de mejoramiento y
bancos de germoplasma; el establecimiento de relaciones
filogenéticas entre diferentes individuos y especies; la
construcción de mapas genéticos de alta cobertura genómica y la
localización de genes de interés económico, mapeo de
características de herencia cuantitativa QTL (Quantitative Trait
Loci ) y selección MAS auxiliada por marcadores (Marker Asisted
Selection).

¿Qué marcador utilizar?

La selección de la metodología para obtener los marcadores

moleculares no es cosa de moda; depende más bien de los objetivos
y necesidades del trabajo. Por ejemplo, para determinar la
variación de una población, quizás con un simple análisis de
isoenzimas se pueda obtener la información necesaria, por lo que
no es recomendable emplear una técnica más costosa o complicada.
No obstante, si se requiere elaborar el mapa genético de una
especie, la cantidad y precisión de la información requerida es
mayor, por lo que necesariamente se debe recurrir a los marcadores
de ADN.
También se debe considerar el costo en sí de la técnica que se va
ha desarrollar, la necesidad de personal capacitado, el equipo,
los reactivos y las instalaciones de laboratorio y condiciones de
seguridad que requiere cada técnica (por ejemplo, en el caso de
RFLP se necesita un depósito de desechos radiactivos). Es siempre
recomendable analizar qué tanto trabajo previo es necesario para
llevar a cabo una técnica (por ejemplo, las sondas en los RFLP).
Finalmente, aunque no siempre es bueno limitarse, se debe ser
realista y desarrollar las técnicas moleculares más adecuadas para
nuestro estudio, que además se puedan realizar bajo las
condiciones del laboratorio que disponemos.