molecular xpert carba assay:

Rapid identification of patients who are colonized with carbapenemase-

producing organisms (CPO) is included in multiple national guidelines for
containment of these organisms. In a multisite study, we evaluated the
performance of the Cepheid Xpert Carba-R assay, a qualitative diagnostic test
that was designed for the rapid detection and differentiation of the blaKPC, blaNDM,
blaVIM, blaOXA-48, and blaIMP-1 genes from rectal swab specimens.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4922077/

ISOLASI BAKTERI:
emeriksaan kultur kuman mempunyai sensitivitasdan spesifisitas cukup
tinggi, akan tetapi memerlukan waktu yang cukup lama yaitu berkisar
3-8 minggu.(10,11) Sensitivitas metode tersebut mendekati 100% dan dapat
dilakukan pada sampel klinis yang mempunyai kandungan bakteri 10-100
sel. (12,13) Spesifisitas dan sensitivitas uji serologi juga masih kurang
memuaskan.(14) Penggunaan pelacak DNA untuk deteksi M. tuberculosis
juga telah banyak diteliti, spesifitas metode tersebut tinggi tetapi sensitivitas
tidak berbeda jauh dengan pemeriksaan mikroskopik yang memerlukan sel
kuman dalam jumlah banyak.(15)
https://www.researchgate.net/profile/Pratiwi_Sudarmono/publication/2
67784788_Sensitivitas_metode_PCR_Polymerase_chain_reaction_dalam_me
ndekteksi_isolat_klinis_Mycobacterium_tuberculosis/links/568ce88508ae
153299b7e038.pdf
PEMERIKSAAN EKSTRAKSI DNA:
Untuk mengatasi keterbatasan cara diagnostic tersebut, sejumlah penelitian
mengembangkan metode berdasarkan pada amplifikasi DNA menggunakan
metode PCR (2,3,16) ataupun metode PCR yang dilanjutkan dengan teknik
hibridisasi menggunakan sekuens DNA spesifik yang dilabel dengan
radioaktif/non radioaktif.(17,3) Metode tersebut adalah metode yang cepat,
sensitif dan spesifik jika dibandingkan dengan pembiakan yang
merupakan metode baku emas (gold standard). Penelitian pada tahap
pertama bertujuan untuk mengetahui batas deteksi uji PCR pada beberapa
isolat klinis M. tuberculosis menggunakan primer oligonukleotida Pt8 dan
Pt9 yang spesifik dapat mendeteksi kuman tersebut.
https://www.researchgate.net/profile/Pratiwi_Sudarmono/publication/2
67784788_Sensitivitas_metode_PCR_Polymerase_chain_reaction_dalam_me
ndekteksi_isolat_klinis_Mycobacterium_tuberculosis/links/568ce88508ae
153299b7e038.pdf

ekstraksi DNA:
Metode ekstraksi DNA sederhana menggunakan prinsip
mekanik/fisika dengan reagen kimia minimalis, seperti metode pemanasan
(boiling)dan penggunaan (NAOH) memiliki beberapa kelebihan, diantaranya
mudah dilakukan, biaya murah, waktu yang dibutuhkan singkat dan lebih ramah
lingkungan. Penelitian ini bertujuan untuk menilai efektifitas
dan efisiensi metode boilingdan NAOH untuk ekstraksi DNA C.diphtheriae
dibandingkan dengan penggunaan kit komersial dalam pemeriksaan PCR.
Sampel berupa isolat C.diphtheriae

http://ejournal.litbang.kemkes.go.id/index.php/BPK/article/view/3556