Cours 1 : Définitions de l’amélioration des plantes

« L’amélioration génétique des plantes, encore communément appelée

sélection végétale, est l’ensemble de la démarche scientifique et
technique qui permet de mettre à la disposition de l’agriculture des
variétés de plus en plus performantes » (Yves Hervé).

« L’amélioration des plantes est l’art et la science de la création de variétés »

(André Gallais, 1990)

« L’amélioration des plantes est l’ensemble des activités tendant à l’ajustement

génétique des plantes au service de l’homme et comme la réalisation de multiples
adaptations aux milieux physique, biologique et économique » (Doré et Varoquaux,
2006).
 Cours 1 : Différents aspects de l’amélioration des
plantes

GENOMIQUE POST GENOMIQUE

Statistique

GENETIQUE Législation sur

Législation sur la Mendélienne, des Biochimie commercialisation
biodiversité populations, quantitative Législation sur
Informatique protection
informatique
Physiologie
botanique
BIODIVERSITE
Ecologie Populations naturelles, Sélection, fixation VARIETES
Variétés,…

archéologie
Statistique
Phytopathologie
Mutagenèse, transgenèse, Micropropagation, Production de semences
polyploidisation, croisement haplodiploïdisation,
interspécifique marqueurs moléculaires
BIOTECHNOLOGIE Marketing

AGRONOMIE, AGRICULTURE, AGROALIMENTAIRE, BIOCARBURANT

Cours 1 : L’Homme fait-il de l’amélioration des plantes depuis
que l’agriculture existe ?

PLAN

• Amélioration des plantes dans les temps anciens

– Domestication des plantes.
– Introduction.
• Amélioration des plantes au 20ème siècle
– Augmentation du rendement.
– Stabilisation du rendement.
– Acclimations et adaptation à de nouvelles méthodes de culture.
– Qualité.
– Santé animale et humaine.
– Divers.
• Conclusion sur la question
 Cours 2 : L’Homme fait-il de l’amélioration des plantes depuis
que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes dans les temps anciens

QUELQUES DEFINITIONS

Zone d’origine d’une espèce: celle où le progéniteur sauvage est présent ainsi
que des espèces sauvages voisines. Généralement lieu de la domestication.
Zone de diversification: celle où de nombreuses formes ont été sélectionnées
à partir du premier type domestiqué.
Note : Il peut y avoir plusieurs domestications indépendantes.
Introduction: installation d’une plante hors de son aire originelle.
Acclimatation: installation dans une région différente d’une plante capable d’y
survivre.
Domestication: « mettre sous dépendance totale »
Ensemble des processus d’évolution d’une population sous la double contrainte
de ses propres aptitudes morphologiques, physiologiques (et donc génétiques) à
s’adapter et du pouvoir de l’Homme à orienter ces transformations

PREMIER CRIME CONTRE LA NATURE ?

 L’Homme fait-il de l’amélioration des
plantes depuis que l’agriculture existe ?

Sources classiques de
1ers hybrideurs la variation biologique
Knight, qui constituent le
Louis de
Herbert, matériau de l’évolution
Domestication Vilmorin
Sageret
MUTATION

-10 000 1700 1800 1900 RECOMBINAISON

Sexualité Redécouverte
Sédentarisation des des lois de
végétaux Mendel
Hybridations Liaison
interspécifiques génétique
systématiques Morgan
Linné
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que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes dans les temps anciens

POURQUOI S’INTERESSER A LA
DOMESTICATION DES PLANTES ?

• Evénement qui est à l’origine de toutes les espèces dont

l’Homme d’aujourd’hui se nourrit.
• Transformation de la démographie mondiale.
• Pré-requis pour le développement de l’Humanité.

THEME MAJEUR DE RECHERCHE FONDAMENTALE

Où ?, quand ?, comment ?

Zone d’origine de l’espèce = grande biodiversité (Nicolai Vavilov)

INTERET MAJEUR AMELIORATION DES PLANTES
Cours 2 : L’Homme fait-il de l’amélioration des plantes depuis
que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes dans les temps anciens

OU S’EST EFFECTUEE LA
DOMESTICATION DES PLANTES ?
 Cours 2 : L’Homme fait-il de l’amélioration des plantes depuis
que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes dans les temps anciens

QUAND S’EST EFFECTUEE LA DOMESTICATION DES PLANTES ?

• Apparition de l’Humanité -100 000 ans

• Agriculture élevage -10 000 ans – sédentarisation.
• Biotechnologies -50 ans.

Est-ce la domestication qui a favorisé

la sédentarisation de l’Homme ?

Est-ce la sédentarisation qui a conduit

à la domestication des plantes ?
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que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes dans les temps anciens

Données archéologiques (Benz,2001)

Découverte des premières téosintes

domestiquées (attache solide des grains
au rachis, 2 rangées de cupules avec 2
à 4 rangs de grains ) ont été daté avant
le 5ème siècle avant JC.

Avant les premières traces de

sédentarisation de l’Homme dans cette
région (Oaxaca, Mexique)

LA DOMESTICATION A PRECEDE LA SEDENTARISATION

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que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes dans les temps anciens

1er amidonnier indéhiscent

Observation de presque 10000

grains vêtu d’amidonnier

Augmentation graduelle du %
d’indéhiscent au cours du temps =
signe d’une domestication
graduelle sur des milliers
d’années.

C14

orge

DOMESTICATION : PHENOMENE
RAPIDE OU LENT

Origine de l’agriculture en
Turquie et Syrie
Tanno et Willcox, 2006 (Science)
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que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes dans les temps anciens

CARACTERES TOUCHES PAR LA DOMESTICATION

CAS DES CEREALES

Espèces sauvages Espèces cultivées

ancestrales actuelles
Egrenage spontané (épi Rétention des graines
à rachis fragile) (rachis soudé)
Inflorescences uniques
Inflorescences
ou peu nombreuses et
nombreuses et petites
hypertrophiées
Grains vêtus plus ou
Grains souvent nus
moins ornementés
Petits grains riches en Gros grains riches en
protéines et lipides glucides
Dormance forte Dormance limitée
Hétérogénéité de Homogénéité de
maturité intraplante maturité
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que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes dans les temps anciens

CARACTERES TOUCHES PAR LA DOMESTICATION

CAS DES PLANTES POTAGERES

Taille des organes récoltés : potiron, chou-fleur, tomate,…

Élimination de substances toxiques ou anti-nutritionnelles :

tomate, aubergine,…

Amélioration des qualités organoleptiques : laitue (poils,

latex, amertume), tomate (phénylacétamine),…
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que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes dans les temps anciens

DETERMINISME GENETIQUE DU SYNDROME DE

DOMESTICATION : CAS DU MAIS
Téosinte

Maïs
Combien de gènes pour expliquer le
passage de la téosinte au maïs ?
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que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes dans les temps anciens

MI Inflorescence
principale OG = glume extérieur
mâle
AB = couche d’abscission
RA = Internode rachis
SLI Inflorescence
latéral secondaire
(femelle)
femelle
Rangs cupules
PLI Inflorescence
latéral primaire
(mâle)
Grain

LBIL = longueur des entrenoeuds sur la CUPR = Nombre de cupules / rang

branche principale GLUM = dureté de la glume extérieure
LIBN = nombre de branche sur les DISA = tendance de l’épis à se désarticuler
inflorescences latérales primaires PEDS = % de cupule sans grain
PROL = Nombre d’épis sur une branche RANK = nombre de rangées de cupules
latérale
STAM = % de fleurs mâles dans les
inflorescences latérales primaires
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que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes dans les temps anciens

Les caractères sont organisés en 5 loci

1 seul caractère CUPR contrôlé par

plusieurs loci

Minimum 5 gènes

1 Seul gène ?

Doebley et al, 1991

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que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes dans les temps anciens

CLONAGE DE tb1 CHEZ LE MAIS

tb1 = teosinte branched

Des études antérieures ont montré
que le caractère « teosinte
branched » était contrôlé par un
locus (Burnham, 1959)

Production de 26000 plantes « étiquetage par transposon »

3 mutants tb1

Croisement avec mais sauvage

Repérage d’une insertion qui co-ségrége
avec le caractère tb1
Isolation d’un clone d’une banque
génomique contenant l’insertion qui co-ségrége
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que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes dans les temps anciens

Données de séquençage Northern

Téosinte faible expression

mais= forte expression

Plus le gène est exprimé

plus la branche latérale est courte

Géne homologue avec cycloidea (muflier)

Ressemble au facteurs de transcription

Control de structure secondaire :branche tb1, fleurs cycloidea

Répresseur de développement d’organe
Affecte le développement des pétales et étamines (classe B).
(tb1 empêche le développement d’étamines d’où pas de fleurs mâles)
 Cours 2 : L’Homme fait-il de l’amélioration des plantes depuis
que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes dans les temps anciens

Biodiversité testée Analyse du polymorphisme

téosinte

Séquences promotrices touchées pendant la

domestication et non pas la séquence
codante
Wang et al., 1999
La génétique dans les temps
anciens…
Que savait – on sur la biologie de reproduction et la
génétique dans les temps anciens ?

Existence de la génération spontanée ?

• Platon (427-347 avant JC) croyait en la génération

spontanée.

William Harvey “ex ovo omni”: “un oeuf est l’origine

commune à tout animal. Cela sous entendait que la
génération spontanée n’existait pas.

Louis Pasteur (1822-1895) lutta contre la croyance de la

génération spontanée. Microorganisme.
 Que savait – on sur la biologie de reproduction et la
génétique dans les temps anciens ?

Comment le sexe de l’enfant est-il déterminé ?

Alcmaeon de Crotona (535 AJC) : le sexe est déterminé par la prépondérance de l’une
ou l’autre semence (même quantité : hermaphrodisme).

Hippo de Rhegium : les enfants sont soit mâle soit femelle en fonction que la semence
mâle est épaisse et forte ou faible et aqueuse.

Parmenides, Anaxagoras (500-428 AJC), et d’anciens écrits indiens ont développé la

théorie de la “droite et la gauche”.
Les garçons viennent de la droite et les filles viennent du coté gauche du corps de
l’homme (croyances grecques qui postulaient que la droite était supérieure à la gauche).
Cette théorie a fini par être combinée avec la théorie des températures de l’utérus :
ainsi, le coté droit de l’utérus était être plus chaud.

Platon (427-347 avant JC) croyait à la théorie de la droite et de la gauche et de la

qualité de semence. “Le foetus mâle est à la place la plus chaude, la plus solide et à
droite de l’utérus. Ils sont plus solides, plus passionés parce que la place dans l’utérus
qu’ils occupent est la plus chaude” (Epidemics VI, 2, 25)
 Que savait – on sur la biologie de reproduction et la
génétique dans les temps anciens ?

Quelle est la contribution de la père et de la mère sur les caractéristiques de

l’enfant ?
Anaxagoras pensait que seul les mâles produisaient de la semence, la
femelle participant seulement à la conception (incubation).

Aristote pensait que la contribution des parents mâle et femelle était très
inégale : La femelle était sensée apporter la matière et le mâle le “mirion”.
foetus (potentiellement l’âme sensible et la forme d’adulte)

Leonard de Vinci explique que les “noirs” en

Europe ont des descendants noirs et la
père progéniture entre noir et blanc est ‘grise’ ce
qui indique que les femmes ont aussi une sorte
mère de sperme et un certain impact sur l’hérédité.
Spermistes / ovistes (18ème siècle) la
ancêtre théorie de la “préformation” postule
qu’il y a un embryon préformé dans
ancêtre éloigné Animal l’oeuf qui en grandissant va former un
(naissance monstrueuse) adulte (homunculus).
 Que savait – on sur la biologie de reproduction et la
génétique dans les temps anciens ?

Jusqu’à quel niveau les caractères héritables sont ils affectés par l’environnement ?

Créationisme : Les moutons de Jacob.

Platon (427-347 avant JC) assure le climat créé des gens différents.

Leonard de Vinci explique que “les “noirs” ne sont pas des “blancs” brulés
par le soleil”.

Chevalier de Lamarck (1744-1829) : principe de l’hérédité des

caractères acquis.
 La découverte des lois de la
génétique chez les végétaux…
 La découverte des lois de l’hérédité chez
les plantes

Sources classiques de
1ers hybrideurs la variation biologique
Knight, qui constituent le
Louis de
Herbert, matériau de l’évolution
Domestication Vilmorin
Sageret
MUTATION

-10 000 1700 1800 1900 RECOMBINAISON

Sexualité découverte
Sédentarisation des des lois de
végétaux Mendel
Hybridations
interspécifiques
systématiques
Linné
 Rudolf Jakob Camerarius
(allemand, 1665-1721)

Il a confirmé et complété les idées de Grew’s. En 1694 il

publie “De Sexu Plantarum Epistola” dans lequel il:
1. Designe les antères comme les organes sexuels mâle.
2. Affirme que le pollen est nécessaire à la fécondation
3. Affirme que la reproduction chez les plantes est
équivalente avec celle des animaux. Décrit le rôle du
vent dans la pollinisation.
4. Décrit le fait que des graines peuvent être produites
dans certaines conditions même si la pollinisation était
empêchée.
 La découverte des lois de l’hérédité chez
les plantes

Sources classiques de
1ers hybrideurs la variation biologique
Knight, qui constituent le
Louis de
Herbert, matériau de l’évolution
Domestication Vilmorin
Sageret
MUTATION

-10 000 1700 1800 1900 RECOMBINAISON

Sexualité découverte
Sédentarisation des des lois de
végétaux Mendel
Hybridations
interspécifiques
systématiques
Linné
 Amélioration des plantes durant le 18ème
siècle
• Josef Gottlieb Kölreuter (1733-1806) confirme
l’importance des insectes dans la pollinisation. (premier à

l’avoir mis en évidence : Philip Miller (1694-1771))

• Il a été le premier à entreprendre des expériences
d’hybridation systèmatique chez les plantes. Il réalisa plus
de 500 hybridations entre 138 espèces de plantes. Aucun
reel hydride était fertile. En faisant des back-cross il a
pu restaurer un certain niveau de fertilité.
• Kölreuter a aussi trouvé que la génération F1 du
croisement était presque complétement uniforme et que
les individus étaient intermédiaires entre les deux
parents, signe que les deux parents participaient dans la
transmission de caractères
• Il a aussi décrit correctement les caractéristiques de la
génération F2 (hétérogénéité due à la disjonction des
caractères).
 La découverte des lois de l’hérédité chez
les plantes

Sources classiques de
1ers hybrideurs la variation biologique
Knight, qui constituent le
Louis de
Herbert, matériau de l’évolution
Domestication Vilmorin
Sageret
MUTATION

-10 000 1700 1800 1900 RECOMBINAISON

Sexualité découverte
Sédentarisation des des lois de
végétaux Mendel
Hybridations
interspécifiques
systématiques
Linné
 Mendel
religieux et botaniste autrichien (1822-1884)

Lignées pures

Concept de dominance / récessivité

F1 homogène

Disjonction des caractères en F2

Calcul 1 caractère 3/1
Calcul 2 caractères
indépendants 9/3/3/1

Ces lois n’ont pas été tout de suite

bien comprises. Pas utilisées
immédiatement en amélioration des
plantes
Bilan de la sélection dans les temps
anciens
• Domestication de plantes (grosses modification phénotypique
pas forcément corrélées avec une grosse modification
génotypique (moins de 10 gènes chez le maïs)
• Introduction de nombreuses espèces ex : amérique du Sud
(C Colomb) ou d’Asie (Marco Polo)
• Création de variétés population plus ou moins adaptées à des
zones restreintes de culture : source de variabilité
• Aucuns progrès dans le rendement début moyen age 3/1 fin
du moyen age 5/1.

CAUSES DE CE MANQUE D’EFFICACITE ?

 Conditions requises pour le développement des biotechnologies
Dérive d’un monde tout génétique
• Meilleur des mondes
• Dérive eugéniste
• Inventeur (Francis Galton (1880).
• Etats-Unis (début du 20ème siècle) stérilisation des femmes adultères, des
débiles,…
• Europe (nazi –race aryenne), + nombreuses guerre ethnique
Créationnisme • Actuellement dépistage de la trisomie 21, malformation génétique,…
•Noé, Genèse
• Cuvier, Linné

EVOLUTION
Amélioration des plantes

Evolutionnistes
• Darwin • Lyssenko (agronome russe). Disette en Russie.
• Lamarck Acceptation
• 1 siècle de recherche en génétique
de la génétique (guerre avec agronome)

Influence du milieu sur les caractères

• Antiquité, moyen-age (le climat influence, crée des gens
Génétique science choquante
différents,…)
• Sexe (ex Linné, spermiste)
• Christianisme : les moutons de Jacob
• Race (inégalité,…)
• Lamarck. Evolution (le cou de la girafe s’allonge car elle veut
• Innée et acquis
manger les feuilles des hautes branches. Actuellement : agriculture
biologique, le tout BIO…
Cours 2 : L’Homme fait-il de l’amélioration des plantes depuis
que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes dans les temps anciens

INTRODUCTION

Nourriture du début du moyen-

âge très pauvre

Assez peu d’espèces cultivées

Introduction : base génétique

assez étroite (tomate, fraise,…)

Introduction : œuvre de quelques

explorateurs – Plus célèbres
Colomb, Polo,…

Introduction de la même espèce

Les introduction n’ont pas toujours été
bien accueillies (tomate, pomme de
terre,…)
mais ayant subit une
domestication différente
B. Rapa donne le navet (europe)
ou le choux chinois Pe-tsai et
pak-choi (Asie)
 Cours 2 : L’Homme fait-il de l’amélioration des plantes depuis
que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes au 20ème siècle

AUGMENTATION DU RENDEMENT

Révolution verte

Les rendements ont souvent explosés dans la seconde

Au sortir de la seconde
guerre mondiale France avait
faim
Pays en voies de
développement Asie, AdS
Autosuffisance alimentaire
Problèmes environnementaux
moitié du 20ème siècle
50 ans rendement doublé (ex, colza 14q/ha à 30
q/ha)
Rendement triplé (ex betterave 4t/ha à 12t/ha-
sucre; tournesol 8q/ha 30 q/ha)
Rendement quadruplé (ex, asperge, maïs, pois
protéagineux)
 Cours 2 : L’Homme fait-il de l’amélioration des plantes depuis
que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes au 20ème siècle

STABILISATION DU RENDEMENT

Critère qui a le plus évolué

Sélectionné non volontairement : l’écart des performances entre variétés
anciennes et nouvelles sont d’autant plus grande que les conditions de cultures
sont mauvaises (Grignac et al., 1981(blé); Derieux et al., 1986 (maïs)
Résistances aux mauvaises herbes : couverture rapide du sol (tallage), gènes de
résistances aux herbicides
Résistances aux maladies betterave (curly top, rhizomanie), luzerne (verticilliose,
nématodes à tige), espèces à multiplication végétative (ail, fraisier, pomme de
terre). Existence de gènes stables (Are –anthracnose du haricot) ou non dm (20
races de mildiou chez la laitue. 200 bio agresseurs pour la tomate.
Résistance au stress biotique tolérance au calcaire (vigne), hydromorphes,
Résistance à la verse,
Résistance à l’échaudage,…
 Cours 2 : L’Homme fait-il de l’amélioration des plantes depuis
que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes au 20ème siècle

ADAPTATION A DE NOUVELLES ZONES, METHODES DE CULTURES

MAIS
La sélection a permis d'étendre la
Culture sous serre
zone de culture des espèces en les
: tomate,
adaptant à des conditions climatiques
concombre, laitue
nouvelles comme le froid et la
sécheresse ou d'autres stress
climatiques comme la verse due au
Adaptation
vent et l'inondation.
mécanisation
Il y a 45 ans, le maïs était cultivé
Forçage
essentiellement dans le sud-ouest de
Endive
la France. La sélection de maïs
précoce mûrissant dans le bassin
parisien, supportant le printemps
Industrie
frais et long de nos climats
Tomate( sur-
océaniques et ne versant pas après
maturité, fermeté,
maturité est à l'origine du
fragilité du
développement de cette espèce en
pédicelle, forme
France et en Europe du Nord.
Population de Lacaune + hybride (précocité)
 Cours 2 : L’Homme fait-il de l’amélioration des plantes depuis
que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes au 20ème siècle
GROSSES DIFFERENCES D’UNE PLANTE A L’AUTRE

AMELIORATION DE LA QUALITE
DIFFICILE DE DEFINIR QUALITE

suppression de goût et caractères désagréables (tomate, aubergine,

endive, concombre)

Taux de sucre (melon)

Arôme nouveaux (fraise)

Finesse des gousses, grains (haricot, pois,…)

Absence de pépins

Force boulangères des blé, qualité brassicole des orges

Rectitude des troncs (pin maritime)

Comportement estival (fétuque), résistance pietinnement, à la tonte, à

l’ombre, finesse du feuillage (gazon)
 Cours 2 : L’Homme fait-il de l’amélioration des plantes depuis
que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes au 20ème siècle

AMELIORATION DE LA SANTE

Élimination de tannins,de facteurs antinutritifs (vicine-convicine) (lupin

féverole) et glucosinolates (colza)

Amélioration de la teneur en protéine, appétences, digestibilité (plantes

fourragères)

Sélection des huiles (colza, tournesol), richesse en vitamine (carottes,

tomates)
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que l’agriculture existe ?
Amélioration des plantes au 20ème siècle

CONCLUSION

Oui dans l’absolue si on est poète

Non, si on considère l’efficacité de cette sélection