BIOLOGIA MOLECULAR 2015.

1R CURS |AINA MORANT

SEMINARI D’EXERECICIS BIOMOL BLOC 4

EXERCICI 1

1.1 p110 és la subunitat catalítica i p85 o p101 són les subunitats reguladores d’aquest
enzim?
Aquestes subunitats formen part d’una quinasa, la PI3quinasa.
1.2 Quin tipus de molècula és PIP3?
PIP3 és un glicofosfolípid. Pot actuar com a segon missatger
1.3 Quin tipus de molècula és PTEN?
PTEN és una fosfatasa. Un altre exemple de fosfatasa és la calcineurina.
1.4 Quin és el mecanisme d’activació de l’enzim format per p101/p110y?
S’activa per una proteïna G, la subunitat que s’encarrega de l’activació és la subunitat
Gβδ de la proteïna G i no la subunitat Gα com és habitual.
1.5 Quin és el mecanisme d’activació de l’enzim format per p85/p110?
El mecanisme d’activació de l’enzim format per p85/p110y és la fosforil·lació del
receptor. Quan s’uneix el lligand el receptor es fosforil·la per la part intracel·lular i això
permet la unió d’un adaptador o bé directament de p85/p101.
1.6 PTEN es troba mutat amb freqüència en tumors. Les mutacions en PTEN
provocaran la seva inhibició o la seva activació constitutiva?
Provoca la seva inhibició, ja que la inhibició provocarà un augment de PIP3 i això farà
que augmenti la proliferació.

EXERCICI2
Uns investigador han tractat cèl·lules de micròglia, els macròfags residents del sistema
nerviós, amb una citocina X. Han observat que en condicions normals la micròglia
expressa nivells detectables de 14500 mRNA diferents. E tractament amb la citocina X
provoca canvis significatius en l’expressió de 1250 gens (900 augmenten els seus
nivells de mRNA i 350 els disminueixen. Quina tècnica cres que s’ha utilitzat per a
obtenir aquest resultat.
Per mesurar el nivell de mRNA es poden utilitzar les següents tècniques: Northen blot,
Hibridació in situ, RT-PCR (qRT-PCR), microarrays i seqüenciació del RNA.
 BIOLOGIA MOLECULAR 2015. 1R CURS |AINA MORANT

En aquest cas les possibles tècniques serien o bé la seqüenciació de RNA o els

microarrays. Els microarrays permeten analitzar miler de RNA en una mostra.
Els resultats anteriors suggereixen la presència del receptor de la citocina X en
aquestes cèl·lules. Es coneix només parcialment l’estructura i la senyalització
d’aquests receptors, però se sap que senyalitzen via Jak-STAT.
Els investigadors tenen la hipòtesi que la citocina X senyalitza via STAT3 en micròglia.
Disposen de dos anticossos per estudiar STAT3, un que reconeix STAT3 total i un que
reconeix STAT3-P només. Quin experiment faries per a comprovar si la hipòtesi és
certa?
Si la citocina X senyalitza via STAT3, quan la citocina X s’uneix al receptor, Jak fosforil·la
STAT3 i aquest dimeritza i és translocat al nucli.
Per comprovar la hipòtesis s’ha de fer un experiment control sense administrar citocina
X i una amb citocina X. En els dos casos s’han de posar els dos anticossos .
Si volem saber si la citocina X activa la via, hem d’esperar un cert temps, uns 30 min i
anar fent l’experiment en diferents temps al llarg d’aquest període.
Si la hipòtesi és certa, en el cas control STAT3 és localitzarà al citosol i no hi haurà STAT3-
P. En el cas en què hi ha citocina X i activa la via, es veurà fluorescència STAT3-P al nucli.
També es pot fer un western-blot, mirar els nivells de STAT3 i STAT3-P. Si els nivells de
fosforil·lat varien al llarg del temps vol dir que la citocina activa la via Jak.

Han obtingut els resultats i aquests demostren que la hipòtesi no era certa. Giren
aleshores la seva atenció cap a STAT4. En aquest cas disposen només d’un anticòs, que
reconeix STAT 4 total. Es podria dissenyar algun experiment amb aquesta eina per a
estudiar si la citocina X senyalitza via STAT 4 en micròglia?
Sí, es podrien obtenir dues mostres, tractar-ne una amb citocina X i l’altra no. Si en el
cas del no tractat no hi ha fluorescència al nucli i en el cas del tractat sí que n’hi ha vol
dir que activa la via.
També es pot fer un Western-blot, separant el nucli del citosol. Si la hipòtesi és certa hi
haurà STAT4 al nucli.

EXERCICI3
L’estructura de la figura pot correspondre esquemàticament a:
a. Un receptor olfactiu
b. Un receptor d’hormones
esteroïdals.  No perquè mai es
troben a la membrana, són
citosòlics o factors de
transcripció.
c. Un receptor ionotròpic.
d. El receptor d’insulina.
e. Una opsina.
f. Una proteïna G heterotimèrica.
g. Un receptor Notch
 BIOLOGIA MOLECULAR 2015. 1R CURS |AINA MORANT

EXERCICI 4
Quina/es d’aquestes molècules té activitat quinasa:

a. El receptor d’insulina g. Ras (activa Raf)

b. Akt h. Calmodulina
c. PKA (depèn de cAMP) i. p38
d. Jak j. Rhodopsina
e. STAT k. Priteïna G heterotrimèrica
f. CREB l. cAMP fosfodiesterasa
m. PI3k (substrat lipídic)

EXERCICI 5
Quina/es d’aquestes molècules és un factor de transcripció:
a. Insulin receptor i. p38
b. Akt j. Rhodopsin
c. PKA k. NFkappaB
d. Jak l. Estrogen receptor
e. STAT m. PI3K
f. CREB n. NO
g. Ras o. NFAT
h. Calmodulin p. Raf

EXERCICI 6
Quina d’aquestes cascades correspon a:

- Receptor acoblat a proteïnes G  1

- Un receptor Notch  7
- Un receptor ionotròpic  No hi és (seria un canal amb diverses subunitats)
 BIOLOGIA MOLECULAR 2015. 1R CURS |AINA MORANT

EXERCICI 7
Esquema de la via de transducció d’una molècula

A  RECEPTOR (potser té activitat quinasa)

B ADAPTADOR
C FACTOR DE TRANSCRIPCIÓ
DUBIQÜITIN LLIGASSA E3
E LLIGAND
F QUINASA
GCOACTIVADOR
 BIOLOGIA MOLECULAR 2015. 1R CURS |AINA MORANT

INTERACCIÓ DELS DIFERENTS BLOCS.

EXERCICIS
EXERCICI 1
Thalassemia is a quantitative problema of too few globins synthesized, wheras sickle-
cell anemia is a qualitative problema of synthesis of an incorrectly functioning globin.
Thalassemias usually result in underproducton of normal globin proteins.
Hemoglobinopathies such as sickle-cell anemia imply estructural abnormalities in the
globin proteins themselves.
1.1 Creus que una mutació sense sentit (nonsense) en un dels gens de les globines
podria provocar talassèmia?
Si la mutació fos nonsense, faria que hi hagués un codó d’aturada on no tocaria ser-hi,
per tant se sintetitzaria una proteïna més curta. Així que, no provocarà talassèmia
1.2 I anèmia falciforme (sickle-cell anèmia).
Una mutació nonsense sí que pot provocar anèmia falciforme.
1.3 I una mutació en la regió reguladora podria provocar talassèmia?
Una mutació en la regió reguladora sí que provocar talassèmia, per exemple en el
promotor.

EXERCICI 2
L’expressió del gen JJ està regulada de forma activadora per 3 factors de transcripció
F1, F2 i F3. En els hepatòcits trobem F1,F2 i F3 i el fetge és el teixit on els nivells de la
proteïna són màxims. Les proteïnes JJ es troben també a les cèl·lules endotelials però
a nivells inferiors i en aquestes cèl·lules trobem F1 i F2, però no F3. Quines seran les
conseqüències d’una deleció de 3 nucleòtids en la regió reguladora del gen JJ que
afecti a la seqüència consensus de F3.
La conseqüència d’una deleció de 3 nucleòtids en la regió reguladora del gen JJ que afecti
a la seqüència consensus de F3 serà que els nivells d’expressió de la proteïna en els
hepatòcits baixi, s’igualarà als de l’endoteli. En el fetge passarà d’estar controlat per 3
factors de transcripció a estar-ho per 2.
Tres nucleòtids en la seqüència consensus és greu perquè la seqüència consensus és
molt curta (8-12 nucleòtids).
EXERCIC 3
De tots els gens que coneixes tria un. Ara imagina que treballes en un laboratori i us
han concedit un projecte per a generar un ratolí transgènic que tindrà en el seu
genoma la regió codificant del gen de la GFP (green fluorescent protein) sota el control
del promotor d’aquest gen que has triat.
Explica com seran aquests ratolins (distribució de la GFP, regulació de la seva
expressió).
Hi haurà fluorescència al lloc on s’expressa el gen. Si el gen elegit és el de la
fosfofructoquinasa la fluorescència en aquest cas serà a la musculatura llisa i hepatòcits.
Si el gen no es col·loca darrere un promotor, no s’expressarà mai el gen.
 BIOLOGIA MOLECULAR 2015. 1R CURS |AINA MORANT

EXERCICI 4
We previously showed a novel mutation of TGFBR2 (c.492_507del) in large cell
carcinoma (LCC) and giant cell carcinoma of the lungs. This mutation caused the
formation of a truncated TGFBR2 with an intact extracellular domain, changed
transmembrane domain and los of the whole cytoplasmatic kinase domain. The cells
carrying such a homozygous mutation lost their sensitivity to TGF-β. (Xu IB el al, 2007,
Lung Cancer 58; 36-43).
De quin tipus de mutació creus que parla quest article? Justifica
És probable que sigui una mutació nonsense perquè la proteïna està truncada i li falta
tot un domini. Amb la pèrdua d’aquest domini, que té activitat quinasa, encara que el
lligand s’uneixi a la part extracel·lular, no es podrà produir la transducció del senyals .
Per aturar un excés de senyal la cèl·lula sintetitza receptors truncats (decoy).

EXERCICI 5
Les figures mostren les seqüències dels primers 160 nucleòtids del mRNA de la IL-22
de ratolí la i taula del codi genètic. L’AUG marcat en groc és funcional.
Sabem que només una de les següents mutacions dóna lloc a una proteïna no
funcional. Quina és? Justifica

a) Transversió C>G en posició 23. Tot i que estigui abans de l’AUG funcional, la
transversió farà que hi hagi un nou AUG que canviarà tot el marc de transcripció
i per tant la proteïna resultant de la traducció no serà funcional.
Podria ser que aquest AUG no fos funcional però en aquest cas ho seria perquè
hi ha d’haver una opció que codifiqui per un no funcional.
b) Transversió en posició 36. Mutació que dóna el mateix aminoàcid, no passa res.
GUC (Val)  GUA o GUG (Val)
c) Transició en posició 45. AAA (lys)  AAG (lys), codifiquen pel mateix aa.
d) Transversió en posició 48. UCU (Ser)  UCA o UCG (Ser), codifiquen pel mateix
aa.
 BIOLOGIA MOLECULAR 2015. 1R CURS |AINA MORANT

EXERCICI 6
La figura mostra l’estructura del gen MCG10.
A és un lloc d’unió d’un factor de transcripció activador i es troba en posició -300/-306
respecte del TSS (+1).
B indica l’inici de traducció i es troba en posició 51 de l’exó 2.
C indica el codó d’atur i es troba en posició 31-33 de l’exó 4.
Es coneixen dues variants de mRNA, la variant α formada pels exons 1,2,3 i 4 i la variant
β formada pels exons 1,2 i 4.

6.1 Quants pre-mRNA es produeixen en aquest gen?

Només es produeix un pre-mRNA, la mida del pre-mRNA seria la suma de la mesura
d’introns i exons.
6.2 Quina és la mida del mRNA?
La mida de mRNA és la suma dels exons i introns (3485 nucleòtids).
6.3 Mida de la regió 5’-UTR
5’-UTR = exó 1(125 bp) + part d’exó 2 (50) = 175 nucleòtids
6.4 Mida de regió CDS
La regió CDS és entre B i C, és a dir, part de l’exó 2 (90 nucleòtids) + exó 3 (60 nucleòtids)
(en α, no en β) + part de l’exó 4 (33 nucleòtids) = 183 nucleòtids la variant α i 123
nucleòtids la variant β.
6.5 Mida i pes de les proteïnes resultants
(CDS entre 3) menys 1 pel codó de stop . Per saber el pes s’ha de multiplicar per 110Da.
Variant α  183:3-1 = 60*110 = 6600Da
variant β  123:3-1= 40*110= 4400Da

EXERCICI 7
INTERPRETA LA SEGÜENT FIGURA

Representa una proteïna que té 410aa. Està fosforil·lada a la serina 73 i treonines 281 i
302. Està fosforil·lada per dues quinases diferents , PKC i PKA, per tant, és substrat
d’ambdues.