LAPORAN KASUS STASE ONKOLOGI

KEPANITERAAN KLINIK DEPARTEMEN ILMU BEDAH

RSPAU DR. S. HARDJOLUKITO

TOPIK: INSTABILITAS GENOME

Pembimbing: dr. GEDE HARIYANTO, Sp.B-ONK (K)

Ditulis oleh:

Atika Hanifah

13/346258/KU/15712

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS GADJAH MADA
YOGYAKARTA
2018
PENDAHULUAN

Di lingkungan sekitar kita terdapat banyak agen mutagen seperti sinar matahari, radiasi, dan bahan
kimia. Sel memiliki kemampuan untuk memperbaiki DNA rusak. Pada beberapa penyakit herediter,
terjadi defek pada gen peng-koding protein yang terlibat dalam perbaikan DNA, sehingga orang
tersebut memiliki risiko tinggi berkembangnya kanker.

Ketidakstabilan genom adalah kejadian yang umum terjadi pad sel tumor padat, dan telah lama
diduga bahwa hal ini memainkan peran kausal dalam kanker. Bidang genetika molekuler manusia telah
menyediakan sarana untuk menguji hipotesis ini, didorong sebagian oleh analisis kecenderungan
mengarah pada sindrom kanker herediter. Beberapa dukungan tegas pertama untuk ide penelitian
tentang ketidakstabilan genom datang dari penemuan pada tahun 1993 yaitu berupa nonpolyposis
kanker usus secara turun temurun disebabkan oleh mutasi germline mismatch. Sedangkan payudara
herediter autosomal dominan dan sindrom kanker ovarium serta beberapa sindrom autosomal resesif
seperti anemia Fanconi, mengungkapkan bahwa mutasi pada gen yang herediter-rekombinasi homolog
dapat mempengaruhi pasien untuk terkena payudara dan kanker ovarium serta jenis kanker lainnya.
Studi dari sejumlah kecil keluarga, atau bahkan pasien individu, seringkali mengungkapkan hubungan
baru di antara perbaikan DNA, ketidakstabilan genomik, dan kecenderungan untuk kanker.

Ketidakstabilan genom merupakan karakteristik dari sebagian besar sel kanker. Sel kanker memiliki
kecenderungan untuk berubah selama proses pembelahan sel. Pada kebanyakan kasus, kanker
merupakan hasil dari rusaknya tumor suppressors gene dan controlling cell division gene. Integritas
genom di jaga secara ketat oleh mekanisme sistem tubuh seperti DNA damage checkpoint, DNA repair
machinery dan mitotic checkpoint. Kerusakan pada salah satu dari mekanisme tersebut dapat
menyebabkan terjadinya ketidakstabilan genom, yang pada akhirnya sel berubah menjadi ganas.

Memelihara genom dalam kondisi stabil sangat diperlukan dalam menjaga integritas seluler, agar
terhindar dari kesalahan pada replikasi DNA, stress genotoksik endogen seperti Reactive Oxygen
Species (ROS) yang terbentuk saat metabolism seluler, dan gangguan dari bahan karsinogen eksogen
seperti sinar UV, radiasi ionisasi, atau zat kimia yang merusak DNA. Dipercaya bahwa inisiasi dan
progresi tumor dihasilkan dari perubahan genomik yang didapat dalam sel normal, sehingga semakin
lama akan terbentuk subklon yang lebih agresif sebagai akibatnya. (Nowell 1976). Pertumbuhan dari
sel tumor lebih tidak stabil secara genetik jika dibandingkan dengan sel normal. Ketidakstabilan genom
 mengakibatkan siklus sel menjadi lebih singkat, dan atau dapat melewati/lolos dari sistem kontrol
immunologi dan intraseluler, sehingga sel ktersebut dapat tumbuh dan berubah menjadi sel ganas.

Ketidakstabilan genome meliputi peningkatan frekuensi mutasi sel gene, microsatellite instability
(MSI) seperti perubahan jumlah atau struktur kromosom (Chromosome Instability – CIN).

KETIDAKSEIMBANGAN GENOM

A. Frekuensi mutasi pasangan basa DNA meningkat

Menurut Al-Tassan et al.2002 mengatakan bahwa jika pada kanker herediter terdapat kerusakan
pada fungsi DNA repair genes, maka menyebabkan peningkatan mutasi pada pasangan basa DNA
nya. Hal ini menimbulkan ketidakstabilan genome sebagai permulaan timbulnya kanker (loeb
2001).

B. Microsatellites Instability (MSI)

Pengulangan dari pasangan nukleotida dengan pola pengulangan 1-6 nukkleotida (Ellegren
2004). MSI dapat ditemukan pada tumor padat, terutama pada keganasan herediter seperti HNPCC
(Hereditary Non Polyposis Colorectal Cancer Syndrome) (Aaltonen et al.1993). Selain itu, dapat pula
ditemukan pada kolorektal sporadik, kanker lambung, endometrium, dan ovarium. Sumber
tertentu mengatakan MSI menunjukkan prognosis baik pada kanker kolorektal, lambung, pancreas,
dan oesofagus, sedangkan untuk non small cell lung cancer (NSCLC) memiliki prognosis buruk. Pada
studi klinis menunjukkan bahwa MSI berespon lebih baik terhadap kemoterapi dan resisten
terhadap radioterapi dan kemoterapi pada studi in vitro. (Lawes et al.2003)

Integritas mikrosatelit dalam genom diyakini dipertahankan oleh sistem mismatch repair
(MMR), yang mengoreksi ketidaksesuaian basa tunggal dan loop delesi-insersi pada untaian DNA
yang baru terbentuk (Kunkel 1995). Secara umum dapat diterima bahwa MSI sebagian besar
disebabkan kegagalan memperbaiki loop delesi-insersi yang timbul dari replikasi yang menyimpang
(Genschel et al. 1998). Ketidakstabilan kromosom menggambarkan peningkatan laju kesalahan
kromosom pada mitosis yang mengakibatkan jumlah kromosom yang salah dan / atau struktur
kromosom yang abnormal (Rao et al. 2009).Sehingga CIN sudah dipakai dalam beberapa marker
tumor dan merupakan tanda progresifitas kanker.
 Segregasi kromosom yang sama selama mitosis sangat penting untuk pemeliharaan
stabilitas genomik. Kegagalan segregasi kromosom pasti mengarah pada kematian sel atau
transformasi maligna. Segregasi kromosom yang akurat selama pembelahan sel dimonitor dan
dijaga oleh beberapa mesin molekuler.

PEMELIHARA GEN DAN RUTE YANG TERLIBAT DALAM MENJAGA STABILITAS GEN

A. DNA DAMAGE CHECK POINT

Tumor suppressor p53 berfungsi sebagai titik pusat dalam jaringan transduksi sinyal
kompleks yang dikenal sebagai jalur p53, yang berperan sebagai penghalang utama melawan
kanker. Jalur ini mengenali beragam bentuk stres onkogenik dalam lingkungan seluler dan
membuat respons seluler yang tepat untuk meminimalkan terbentuknya tumor. Dalam
menanggapi stres, p53 menghentikan proliferasi sel untuk mencegah penyebaran kerusakan DNA
lebih lanjut dan atau secara langsung membantu dalam perbaikannya. P53 yang aktif menginduksi
kematian sel terprogram (apoptosis) atau penuaan sel sebagai upaya terakhir untuk menghindari
kemungkinan transformasi menjadi ganas ketika kerusakannya terlalu parah dan tidak bisa
diperbaiki. (Efeyan dkk. 2006, Zhang dkk. 2011).
Protein ataksia telangiectasia-bermutasi (ATM) adalah serin / threonin kinase seluler yang
memainkan peran kunci dalam memediasi respon seluler terhadap kerusakan DNA (Bhatti et al.
2011). Menanggapi kerusakan DNA, ATM terfosforilasi di Ser-1981 dan diaktifkan. ATM yang aktif
memfosforilasi beberapa substrat termasuk p53, γH2AX dan Chk2 (Smith et al. 2010). Fosforilasi
p53 yang dimediasi oleh ATM pada serin 15 memainkan peran penting dalam mengaktifkan fungsi
p53 sebagai respons terhadap kerusakan DNA (Zhang et al. 2011).
p53 tidak hanya merespon kerusakan DNA tetapi juga stres onkogenik. Reaksi ini melalui
jalur p19Arf dan MDM2. Arf biasanya tidak diekspresikan dalam jaringan normal tetapi dapat
diinduksi oleh sinyal proliferasi yang berkelanjutan dan meningkat akibat adanya stres onkogenik
(Lowe dan Sherr 2003). Sebagai contoh, ambang fisiologis dari sinyal Myc dan Ras tidak
mengaktifkan ekspresi gen Arf, tetapi ekspresi berlebihan dari Myc dan Ras onkogenik menginduksi
Arf (Palmero et al. 1998, Zindy et al. 1998). Induced Arf berlawanan dengan aktivitas Mdm2 untuk
menstabilkan p53 untuk apoptosis sel. Proses ini melawan sinyal proliferasi onkogenik dengan
menginduksi apoptosis dalam sel yang mungkin menyebabkan tumor.
B. DNA REPAIR PATHWAY

Kerusakan DNA dapat mempengaruhi individu untuk meningkatkan tumorigenesis ketika

dibiarkan. Oleh karena itu, ada beberapa jalur evolusioner yang dilakukan dalam sel yang merespon
kesalahan/kerusakan sel tersebut melalui proses perbaikan DNA atau memulai apoptosis (Polo dan
Jackson 2011). Saat ini, beberapa jalur perbaikan DNA yang diketahui seperti nucleotide excision
repair (NER), base excision repair (BER), mismatch repair (MMR), perbaikan untai ganda DNA
(DSBR). Pada NER melibatkan lebih dari 25 protein yang berfungsi untuk mengkoreksi DNA rusak.
Kerusakan DNA yang terbentuk akibat sinar UV, bahan kimia eksogen seperti benzo(a)pyrene,
aflatoxin B1, dana gen kemoterapi seperti cisplatin akan di perbaiki oleh NER. Proses perbaikannya
meliputi pengenalan lokasi kerusakan, pemotongan rantai DNA yang rusak, sintesis DNA, dan ligasi
dari sisi yang tidak terhubung oleh enzim ligase spesifik (Mitchell et al. 2003). Tiga jalur NER yang
berbeda, yaitu, global genomic repair (GGR), transcription-coupled repair (TCR), dan
Differentiation-associated repair (DAR) (Nouspikel et al. 2006). Dari semua ini, fungsi jalur GGR
dengan memperbaiki hampir semua situs yang rusak di seluruh genom, sedangkan TCR semata-
mata terlibat dalam pengangkatan lesi yang menghalangi transkripsi gen konstitutif yang
diekspresikan (Tornaletti dan Hanawalt, 1999). Setiap komponen dari jalur NER penting dalam
keberhasilan perbaikan lokasi yang terluka. Cacat genetik fungsional pada gen protein yang terkait
dengan NER ditemukan terkait dengan penyakit tertentu seperti xeroderma pigmentosum,
sindrom Cockayne, Trichothiodystrophy, dan berbagai jenis kanker (Lindahl, 1974; de Boer dan
Hoeijmakers, 2000).
Mekanisme Base excision repair (BER) adalah mengganti basa yang salah dengan basa yang
benar melalui deaminasi, metilasi, dan oksidasi (Lindahl 1974). Basa yang salah dihapus oleh enzim
glikosilase DNA spesifik yang berfungsi dalam pengenalan dan eksisi basa. Bagian apurinik /
apyrimidinik terbentuk setelah eksisi basa, dan basa yang benar dengan cepat disintesis oleh
polimerase delta / epsilon. Terakhir, ujung bebas yang tersisa akan diligasi oleh enzim ligase
(Jaroudi dan SenGupta 2007).
Sistem MMR (Mismatch Repair) adalah dengan menghilangkan basa mismatch akibat
bentukan dari agen eksogen maupun endogen yang menyebabkan deaminasi, oksidasi dan metilasi
basa. Selain itu, sistem MMR akan memperbaiki basa mismatch akibat kesalahan dari isersi-delesi
dan replikasi. Kesalahan replikasi dibuat oleh DNA replication machinery sekitar 1 kesalahan tiap
 penambahan 107 nukleotida. Sayangnya, sekitar 0.1% kesalahan DNA replication machinery tidak
dapat diperbaiki oleh sistem MMR sehingga dapat menyebabkan mutasi genetik. (Li G. M. 2008).
Langkah-langkah perbaikan basa oleh sistem MMR meliputi pengenalan lesi DNA, strand
discrimination, eksisi, dan perbaikan. Protein MutS dan Mutl membantu mendeteksi basa yang
mismatch pada sel prokaryotik. Mirip dengan sel prokariotik, homolog MutS (MSH1–6, MLH1 dan
MLH3) dan MutL (PMS1 dan PMS2) dilaporkan bertanggung jawab untuk mengenali tempat yang
mismatch. Kompleks heterotetramerik yang dibentuk oleh interaksi dua protein homolog MutS dan
MutL yang berbeda mendeteksi basa mismatch dan struktur loop tertentu (Sengupta et al. 2007).
Setelah itu, pasangan basa yang mismatch dieksisi oleh enzim eksonuklease I, dan kemudian basa
yang benar disintesis oleh enzim polimerase (Modrich 2006).
Kerusakan pada DNA rantai ganda diperbaiki oleh DNA double strand break repair (DSBR).
Terdapat 2 jalur utama DSBR, yang pertama bernama nonhomologous end joining (NHEJ) dimana
ujung rantai ganda DNA yang rusak diligasi oleh enzim ligase spesifik dan yang kedua bernama
homologous repair (HR). Namun sistem NHEJ dikenal rawan error karena sistem ini kekurangan
sistem kontrol urutan homolog. Sehingga dapat terjadi delesi, inversi, dan abnormalitas gen yang
terjadi saat proses perbaikan oleh NHEJ. (You et al.2009). Sedangkan HR tidak menimbulkan error
saat memperbaiki gen. Jalur manakah yang akan digunakan bergantung pada protein KU (KU70 dan
KU 80) atau RAD52 yang berikatan pada region yang rusak. Sistem HR akan dimulai jika protein KU
yang berikatan dengan region yang rusak. JIka protein RAD52 yang berikatan dengan ujung yang
rusak, maka sistem NHEJ aktif.

C. MITOTIC CHECKPOINT

Untuk mempertahankan stabilitas kromosom selama pembelahan sel, sel eukariotik

memiliki sejumlah mekanisme pengawasan yang disebut pos pemeriksaan/checkpoints yang
memantau selesainya proses penting molekuler dan seluler dari satu tahap sebelum memasuki
yang lain. Pos pemeriksaan mitosis memonitor selesainya penempelan bi-orientasi dari
mikrotubulus spindle ke semua kromosom sebelum memulai pembelahan nuklir selama mitosis.
Sejumlah protein yang telah diidentifikasi dan diketahui karakteristiknya, diperlukan dalam
checkpoint/pos pemeriksaan. Protein-protein ini termasuk Bub1, Bub3; Mad1, Mad2 dan Mad3
(Cahill et al. 1998, Hoyt et al. 1991, Li R. dan Murray 1991, Olesen et al. 2001, Weiss dan Winey
 1996). Selain ortholog dari keluarga Bub dan Mad yang terdiri dari komponen inti dari check point
spindle pada sel mamalia, beberapa produk gen tambahan termasuk Shugoshin, Aurora B, Plk1 dan
PP2A juga berperan dalam kontrol pemeriksaan spindel (Dai J. et al 2006, Mistry dkk 2010, Resnick
dkk 2006, Riedel dkk 2006, Takaki dkk, 2008, Yao et al., 1997).
Bub1 adalah protein kinase serin / treonin yang berfungsi sebagai penyelenggara utama
pada regio sentromerik dalam-Inner centromeric regio (ICR), diperlukan untuk perekrutan
chromosomal passenger complex dan Shugoshin ke ICR (Roberts et al. 1994, Taylor dan McKeon
1997). Bub1 mempromosikan perakitan komponen kinetokore luar termasuk CENP-F dan BubR1
(homium ragi Mad3) selama siklus sel (Boyarchuk et al. 2007). Analisis dari 6 jalur CIN (SW480,
HT29, V400, V429, Caco2, dan SW837) menunjukkan bahwa beberapa jalur sel CIN yang diuji
membawa mutasi gen pada checkpoint/pos pemeriksaan mitosis tertentu dan semua dari mereka
memiliki fenotipe yang mirip dengan yang terlihat pada ragi dengan perubahan genetik pos
pemeriksaan mitosis (Cahill et al. 1998). Hasil tersebut konsisten dengan kemungkinan bahwa
aneuploidi dapat disebabkan oleh defek di checkpoint mitosis. Kemungkinan ini juga didukung oleh
fakta bahwa ekspresi mutan hBUB1 yang terjadi secara alami mengubah status pos pemeriksaan
normal dari sel-sel MSI menjadi tipe cacat adalah karakteristik sel-sel CIN (Cahill et al. 1998).
Namun, skrinning untuk mutasi gen pada checkpoint/pos pemeriksaan mitotik hBUB1, hBUB1B,
hBUB3 dan TTK sel kanker kandung kemih aneuploid dan 15 tumor kandung kemih pada manusia
tidak mendeteksi mutasi; Hilangnya heterozigositas (LOH) untuk gen ini adalah 6,7% dari kasus;
menunjukkan bahwa tidak ada inaktivasi mutasi atau LOH dari gen pos pemeriksaan mitosis yang
umum (Olesen et al. 2001).

D. TELOMERE MAINTENANCE

Telomere pada manusia terdiri dari pengulangan tandem DNA TTAGGG bersama
proteinnya. Telomer membentuk topi atau pelindung yang menjaga ujung kromosom agar tetap
dikenali sebagai rantai ganda untuk mencegah penggabungan dari kromosom (Holliday 2012,
Londono-Vallejo and Wellinger 2012). Pada manusia, telomere dipertahankan di sel germinal dan
memendek ketika pembelahan sel somatik untuk membatasi proliferasi sel. Tidak heran lagi bahwa
pada sekitar 10% sel kanker dapat terjadi tingkat proliferasi sel yang tinggi karena sel kanker
tersebut mempertahankan panjang dari telomere (tidak terjadi pemendekan telomere) (Reddel
 and Bryan 2003). Kehilangan telomere berkontribusi dalam terjadinya instabilitas kromosom dan
progresifitas dari sel kanker (Fouladi et al.2000, Lo et al.2002, Sabatier et al.2005).

KETIDAKSEIMBANGAN GENOM SEBAGAI PENYEBAB TERJADINYA KEGANASAN

Bagaimanakah mutase dapat muncul? Meskipun manusia dibanjiri lingkungan agen yang bersifat
mutagenik (mis., bahan kimia, radiasi, sinar matahari), kanker adalah hasil akibat ketidakstabilan genetik.
Pada keadaan normal, sel memiliki kemampuan untuk memperbaiki kerusakan DNA. Pentingnya perbaikan
DNA dalam menjaga integritas genom sangat dibutuhkan oleh tiap sel. Beberapa peneliti menyorot
beberapa gangguan yang diturunkan/herediter, di mana gen yang mengkodekan protein yang terlibat
dalam perbaikan DNA rusak. Orang yang lahir dengan cacat bawaan pada protein perbaikan DNA sangat
berisiko untuk terjadinya perkembangan kanker. Ciri Khas dari ketidakstabilan genomik terjadi ketika kedua
salinan kopi dari gen hilang; Namun, pada penelitian terbaru menunjukkan bahwa pada setidaknya
sebagian dari gen-gen ini dapat meningkatkan kejadian kanker dalam haploinsufficient manner.

Dibawah ini beberapa pembahasan dari kanker herediter yang memiliki instabilitas genome:

1. Hereditary Nonpolyposis Colon Cancer Syndrome

HNCCS ditandai adanya karsinoma kolon familial yang menyerang sebagian besar sekum
dan kolon proksimal, akibat dari kecacatan pada gen yang terlibat dalam (mismatch DNA repair)
ketidakcocokan DNA perbaikan. Ketika seuntai DNA sedang diperbaiki, gen mismatch DNA repair
bertindak sebagai "pemeriksa ejaan." Misalnya, jika ada pasangan G yang salah dengan T, padahal
seharusnya A normalnya dengan T, gen mismatch DNA repair/perbaikan ketidakcocokan akan
memperbaiki kecacatan itu. Jika terjadi mutasi setidaknya empat mismatch DNA repair gen telah
dapat menimbulkan terjadinya HNPCC. Setiap orang yang mewarisi satu salinan cacat dari salah
satu dari beberapa mismatch DNA repair gen dan membutuhkan second hit/ serangan kedua pada
epitel sel kolon. Dengan demikian, gen repair DNA hanya mempengaruhi pertumbuhan sel secara
tidak langsung - dengan memungkinkan mutasi pada gen lain selama proses pembelahan sel
normal. Sebuah temuan yang khas dalam genom pasien dengan cacat pada mismatch DNA repair
adalah ketidakstabilan mikrosatelit (MSI). Pada orang normal, panjang microsatelit ini tetap
konstan. Sebaliknya, pada pasien dengan HNPCC, satelit ini tidak stabil dan bertambah atau
berkurang panjangnya. Meskipun HNPCC hanya menyumbang 2% hingga 4% dari semua kanker
kolon, MSI dapat dideteksi pada sekitar 15% dari kanker sporadis. Gen yang mengatur
 pertumbuhan itu bermutasi di HNPCC termasuk yang mengkodekan reseptor TGF-β tipe II, BAX,
dan onkogen lainnya dan penekan tumor gen.

2. Xeroderma Pigmentosum

Pasien dengan gangguan herediter lainnya adalah xeroderma pigmentosum, memiliki risiko
yang meningkat untuk terjadinya perkembangan kanker kulit yang terpapar sinar matahari. Dasar
dari gangguan ini adalah repair DNA/perbaikan DNA yang rusak. Sinar ultraviolet (UV) di bawah
sinar matahari menyebabkan cross-linking residu pirimidin, sehingga mencegah replikasi DNA
normal. Kerusakan DNA seperti itu akan diperbaiki oleh sistem nucleotide excision repair/
perbaikan eksisi nukleotida. Beberapa protein herediter yang terlibat dalam nucleotide excision
repair/ perbaikan eksisi nukleotida mengalami kehilangan salah satu bagiannya. Pada akhirnya
dapat menyebabkan xeroderma pigmentosum

KESIMPULAN

Genome instability (genetic instability or genomic instability) merujuk pada tingginya frekuensi mutasi dalam
genetik atau sel. Mutasi ini dapat meliputi perubahan deretan asam nukleotida, susunan kromosom
(microsatellite instability) atau aneuploidy. Sel kanker memiliki kecenderungan untuk berubah selama
proses pembelahan sel. Pada kebanyakan kasus, kanker merupakan hasil dari rusaknya tumor suppressors
gene dan controlling cell division gene. Integritas genom di jaga secara ketat oleh mekanisme sistem tubuh
seperti DNA damage checkpoint, DNA repair machinery dan mitotic checkpoint. Kerusakan pada salah satu
dari mekanisme tersebut dapat menyebabkan terjadinya ketidakstabilan genom, yang pada akhirnya sel
berubah menjadi ganas.
DAFTAR PUSTAKA

Yao, Yixin dan Dai, Wei. 2014. J Carcinog Mutagen. Doi: 10.4172/2157-2518.1000165

Kumar, V, et al. 2013. Basic Robbin Patology 9th ed. Philadelphia: Elsevier