​UNIVERSIDAD NACIONAL DE INGENIERÍA

FACULTAD DE INGENIERÍA MECÁNICA

​Escuela Profesional de Ingeniería Mecatrónica

Systems Biology (MT-231)

SEMESTRE 2018-I
Paul Cardenas Lizana
Práctica N​o ​3
1. (4 puntos) ​La siguiente reacción cinética describe los cambios de estados de una proteína de ​A (OFF) a
B (ON) para poder interactuar con su ligando en su forma activa. Eventualmente la proteína pasa a ​C
que representa el estado donde se desfolda y debe ser degradada. ​A,​ ​B​, y ​C representa las
concentraciones de los estados. Las condiciones iniciales son ​A​(0)=1, ​B​(0)=0, y C
​ ​(0)=0.

I. Escribir la ecuaciones del proceso biológico.

II. Escribir la solución general de ​A y ​B usando sus valores propios ​ ​ (eigenvalues) ​λi.
​
Asumir que los vectores propios (eigenvectors) son ​Vi
III. Usar las condiciones iniciales y calcular los valores (eigenvalues) y vectores
(eigenvectors) propios para resolver ​A(t)​ y ​B(t)​, considerando que ​r​ << ​K​1​ y ​r​ << ​K​2​.
IV. Calcular la solución para el complejo ​C(t)​ usando la solución anterior (III)

2. (8 puntos) ​Receptores ( X 1 ) y ligandos ( X 2 ) fluyen en un dispositivo (microfluidic device) de dos

entradas y una salida (ver figura) para ayudar a su interacción y formar el complejo ( X ). Ambos flujos
de entrada ( W 1 , W 2 ) y salida ( W ) tienen una densidad aproximadamente constante de ρ y el
​
dispositivo tiene un volumen de retención de ​V. El dispositivo se encuentra térmicamente aislado así
que las pérdidas de calor al medioambiente se ​ desprecian. El volumen (​V) no es constante.

I. Modelar el sistema biológico y hacer un análisis de su estabilidad asumiendo que las

temperaturas de los flujos de entrada y salida son iguales. No hay cambio en energía.
II. Una entrada es bloqueada de modo que el dispositivo tiene una entrada y una salida.
Desarrollar un modelo para medir la capacidad térmica de los receptores que ingresan
mediante calentamiento constante de Q ; si el flujo de entrada ( W 1 ) tiene una
temperatura de T 1 y el de salida ( W ) tiene una temperatura de T . La temperatura del
líquido dentro del dispositivo no es la temperatura de entrada o salida.
III. Modificar las ecuaciones en I y II asumiendo que el volumen es constante.

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3. (8 puntos) ​Receptores de T-cells (TCRs) fluyen a través de un un dispositivo (microfluidic device) de

una sola entrada y salida (SISO) para que interactúen con sus ligandos (pMHC) que se encuentran
atrapados y recubriendo las paredes del dispositivo. Los TCRs y los pMHCs están preparados con
fluoróforos para ser usados experimentalmente con FRET (fluorescence resonance energy transfer). La
interacción del TCR-pMHC se mide con FRET y muestra una respuesta que es descrita por la ecuación

Donde ​E es la fracción de energía resonante transferida; ​ϵ​(E) es el ruido del background de la

medición; y ​K es una constante que es proporcional a la concentración de TCRs en el medio.

I. ​
Dibujar el diagrama de fase para todos los valores posibles de ​K, asumiendo que ​ϵ​(E)
puede ser completamente depreciada con respecto a los demás términos.
II. Usar matlab para verificar la solución en I.