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indirecta de mutaciones
• Diagnóstico de enfermedades genéticas humanas
- Estrategias generales
- Métodos de detección directa de mutaciones
- Métodos de detección indirecta mediante análisis de ligamiento
• Consejo genético
Cuando conocemos el gen y la mutación que buscamos, usamos métodos de detección directa
de mutaciones. Cuando el gen y/o la mutación son desconocidos, usamos métodos de
detección indirecta. También hay ocasiones en las que se conocen las mutaciones pero tienen
mucha más eficacia los métodos indirectos.
Pruebas presintomáticas
Permiten detectar la enfermedad antes de su manifestación.
En familias en las que hay una enfermedad genética, tendremos individuos con la enfermedad
y querremos averiguar quiénes son portadores del alelo enfermo.
Hay que determinar el tipo de patología para elegir el tipo de diagnóstico.
PATOLOGÍA
Métodos de barrido
Con ellos diferenciamos los individuos que tienen el gen mutado (alelo) de los que no, pero
no dan información sobre la mutación (qué tipo de mutación es, cuál es el sitio exacto de la
mutación…) Solo discrimina entre alelos mutados y alelos normales.
Se utilizan para genes con fuerte heterogeneidad alélica. No sabemos cuál de los alelos
porta, solo se determina si tiene la enfermedad o no. Discriminamos si un individuo tiene la
enfermedad o no, y si sale positivo, usamos otro método para detectar la mutación concreta.
Todas estas técnicas excepto la primera, se basan en que las propiedades de los
heterodúplex son diferentes a las de los homodúplex.
Homodúplex: Fragmento de ADN donde todas las bases complementan.
Heterodúplex: Fragmento de ADN donde 2 o 3 pares de bases no complementan.
Al desnaturalizar una cadena normal y una mutada y volverlas a unir (aleatoriamente), pueden
unirse todas con todas, pudiendo formar homodúplex (dos apareamientos normales de las
cadenas complementarias) o heterodúplex (una cadena normal con una alterada), donde se
produce un desemparejamiento.
El fragmento de ADN que queremos estudiar tiene una región final rica en CG, las cuales
tardan más en desnaturalizarse, ya que son más estables. El gel puede ser desnaturalizante
porque le añadamos una sustancia química o bien podemos desnaturalizar por temperatura
(TGGE). Cuando la doble cadena se encuentra con estas condiciones comienza a abrirse, pero
se va a abrir sólo una parte, formándose una estructura con un extremo abierto y otro cerrado.
Esto hace que el ADN se pare en el gel, que no siga avanzando. El sitio donde se abre va a ser
diferente dependiendo de la secuencia, ya que cada una tiene un punto específico de
desnaturalización, lo que permite determinar si el individuo es homocigoto o heterocigoto
para un tipo de secuencia.
Hacemos pasar las muestras por una columna y cada una se quedará en una región en
función de sus características. Si se forman varios picos es porque se han formado
heterodúplex, que se quedan en estos sitios.
• Rotura de desemparejamientos
Mezclamos ADN normal con ADN del enfermo, desnaturalizamos y renaturalizamos. Cuando
hay un desemparejamiento de bases, se rompe la molécula.
Luego mezclamos con otra enzima, que es la piperidina, cuya función es detectar bases que no
están emparejadas (anteriormente modificadas) y cortar. Así obtenemos fragmentos de ADN
de distinto tamaño, en caso de que se hayan formado heterodúplex, que detectamos
mediante electroforesis.
• PTT (Protein Truncation Test)
• Secuenciación
No existe ningún método que sea efectivo en todos los casos, por lo que tendremos
que evaluar la sensibilidad, especificidad, dificultad… de cada uno de ellos. En cada
caso tendremos que determinar y tener en cuenta las ventajas e inconvenientes de
cada técnica.
Métodos de comprobación
Detecta el gen completo: una vez que sabemos que un individuo tienen una mutación,
usamos un método de este tipo para saber exactamente cuál es la mutación.
• PCR-Digestión
• ASO (Allele Specific Oligonucleotide)
• ARMS (Amplification Refractory Mutation System)
• OLA (Oligonucleotide Ligation Assay)
• MLPA (Multiplex Ligation-dependant Probe Amplification)
• FISH (Fluorescence in situ hybridization)
• Secuenciación
Las enzimas de restricción son enzimas que cortan en una secuencia específica que han
reconocido. Podemos usar esta capacidad para detectar mutación.
Tenemos un ADN normal y otro mutado. Necesitamos una sonda que hibride con el ADN
normal y otra con el mutado (Una sonda es un fragmento de ADN complementario a una
secuencia). Para ello necesitamos saber cuál es la mutación exacta que queremos detectar.
Conociéndola, sintetizamos dos oligonucleótidos: uno es específico del alelo normal y otro del
mutado.
Desnaturalizamos e hibridamos las muestras de ADN con las sondas. El individuo que sea
homocigoto normal hibridará con la sonda normal, el homocigoto mutante con la sonda
mutante y el que sea heterocigoto hibridará con las dos. Las condiciones de hibridación deben
ser muy restrictivas, pues solo hay un cambio de base y necesitamos que la mutada solo
hibride con el alelo mutante y la normal solo con el ADN normal. De esta forma no se formarán
heterodúplex.
El individuo 1 hibrida
con la sonda 1 pero no
con la 2, por lo que era
homocigoto para el
alelo normal, el 2 será
enfermo (homocigoto
para el alelo mutado) y
el 3 será heterocigoto,
pues hibrida con los
dos.
La mezcla de las tres sondas se hibrida y se incuba con la muestra de ADN. En aquel
individuo homocigoto para la timina, la sonda que es complementaria con la timina sí hibridará
y con una ligasa se une esta sonda con la común (une siempre que haya habido
complementariedad). De igual manera, la sonda que es complementaria con la guanina no
hibrida y la ligasa no puede unirla. Una vez ligado hacemos PCR y solo se amplificará la
secuencia ligada, de manera que cuando obtengamos la señal va a ser solo de color rojo. Si
fuera heterocigoto obtendríamos una señal amarilla (rojo + verde) y si fuera homocigoto para
la guanina, solo verde. “Tiramos” de la zona que no tiene la fluorescencia (dcha en la imagen,
de manera que solo veremos con fluorescencia aquellas en las que haya habido ligamiento.
Hay variaciones en esto, en ocasiones en vez de usar la señal para que se pueda
amplificar por PCR (fragmento antes de la sonda), se marca la sonda común con biotina, la cual
podemos recuperar con estreptavidina. Si tenemos una matriz de estreptavidina, la biotina se
pega de manera que, si se ha ligado, dará el color que sea (homocigotos) y si no se ha ligado no
dará color (heterocigoto).
Se usa para detectar la variación en el número de copias. Es muy parecida al OLA. Tenemos
una secuencia de la que queremos saber cuántas copias hay. Tenemos dos sondas:
Cuantas más secuencias haya, más sondas distintas se unirán y dependiendo de cuántos
tamaños distintos nos den (los podemos separar al tener tamaños diferentes), esto nos indica
proporcionalmente cuántas veces está repetida la secuencia. Las sondas se ponen en
concentraciones mínimas para que cuantas más copias haya, más sondas diferentes se unan.
Es algo estadístico.
Para que sea un buen marcador necesitamos que la frecuencia de recombinación entre
el locus de la enfermedad y el locus del marcador sea lo más cercana a cero posible para que
estén lo más ligados posibles y sea mayor la probabilidad de que segreguen juntos.
Generalmente se deben usar varios marcadores y la mejor opción es buscar marcadores que
estén situados a ambos lados de donde posiblemente está la mutación.
Con los métodos directos podemos asegurar que un individuo sea sano o enfermo (que
tenga el alelo mutado o no), mientras que con los indirectos solo podremos calcular la
probabilidad de que sea enfermo o no.
Un buen marcador será aquel que tenga una frecuencia de recombinación entre el locus
de la enfermedad y él cercana a 0, es decir, que estén muy cerca físicamente (estén lo más
ligados posible) y, por tanto, siempre o casi siempre segreguen juntos, pudiendo así calcular la
probabilidad de segregación del alelo que estemos estudiando.
1. Distinguir los dos cromosomas de los progenitores. Por ello, un buen marcador es
aquel que es heterocigoto en los dos progenitores y además no coinciden los de un
progenitor con los de otro (los dos alelos del padre son distintos de los dos alelos de la
madre). Ej – 1,2 y 3,4. Aunque estos sea lo más conveniente no siempre es posible. Por
eso es muy importante encontrar zonas con alta heterogeneidad.
2. Resolver la fase de ligamiento en el individuo transmisor: con qué alelo del marcador
va el alelo transmisor de la enfermedad.
3. Determinar el alelo marcador que ha recibido el descendiente, para calcular la
probabilidad de que haya recibido el alelo mutado.
Ejemplos:
1. Se usa un marcador para estudiar la transmisión del
alelo mutado en esta familia. Este marcador tiene 4 alelos
diferentes. Madre: M1 y M2; Padre: M3 y M4 (es un buen
marcador ya que es heterocigoto en los dos y los alelos del
padre no coinciden con los de la madre).