GENE EXPRESSION (RNA SPLICING)

EKSPRESI GEN (PENYAMBUNGAN RNA)

RQA GENETIKA 1
Untuk Memenuhi Tugas Mata Kuliah Genetika 1
Yang dibina oleh Prof. Dr. A. Duran Corebima, M.Pd

Disusun oleh:

Kelompok 6 Offering B Tahun 2016

1. Deiva Ayu P. 160341606085

2. Firda Widianti 160341606030

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Februari 2018
Penghapusan Urutan Intron dengan Penyambungan RNA
Mayoritas gen eukariot tingkat tinggi berisi urutan intervensi tidak berkode
(noncoding) atau intron yang memisahkan urutan pengkodean atau ekson. Contoh
eukariotik tingkat rendah yang juga memiliki intron noncoding adalah ragi dan
Neurospora. Gen langka dari beberapa virus prokariotik contohnya E. coli
bakteriofag T4 dan B. subtilis bakteriofag SP01 dan archaebacteria juga memiliki
intron. Dalam kasus gen "split" atau "mosaik" ini (urutan pengkodean dipisahkan
oleh urutan noncoding), transkrip primer berisi keseluruhan urutan gen sebagai
urutan noncoding "disambung" selama pemerosesan.
Mekanisme splicing harus tepat; itu harus bergabung dengan urutan ekson
dengan akurasi nukleotida tunggal untuk memastikan bahwa kodon dalam ekson
distal terhadap intron terbaca dalam kerangka yang benar. Akurasi pada tingkat
ini nampaknya memerlukan sinyal splicing yang sangat tepat, mungkin ada
nukleotida dalam intron dan pada persimpangan ekson intron.
intron

exon-GT………………….AG-exon
Urutan yang ditunjukkan di sini adalah untuk untai DNA yang setara dengan
transkrip RNA (T di tempat U). Selain itu, ada serapan konsensus singkat di
persimpangan ekson-intron. Untuk gen nuklear, persimpangan konsensus adalah
subskrip numerik yang menunjukkan frekuensi presepsi dari basis konsensus pada
masing-masing posisi tersebut.
Tiga Jenis RNA Splicing
Penemuan intron nonkode pada gen merangsang minat intens terhadap
mekanisme dimana urutan intron dihapus selama ekspresi gen. Urutan intron pada
gen eukariotik ditranskripsikan bersamaan dengan urutan penelitian terfokus pada
ekson dalam pemrosesan transkrip gen primer. Ternyata, ada tiga jenis
pengecualian intron yang berbeda dari transkrip RNA yaitu:
1. Intron prekursor tRNA dieksisi oleh pembelahan endonukleolitik yang tepat
dan reaksi ligasi yang dikatalisis oleh aktivitas endonuklease dan ligase
khusus.
2. Intron prekursor rRNA Tetrabymena dikeluarkan secara katalis dalam reaksi
unik yang dimediasi oleh molekul RNA itu sendiri
3. Intron tanscript nuklear pra-mRNA (hnRNA) disambung dalam dua tahap
reaksi yang dilakukan oleh partikel ribonukleoprotein kompleks yang
disebut spliceosome.
Intron dieksisi dengan urutan yang disukai namun tidak tetap. Intron lain
telah ditemukan untuk menjalani jalur penyambungan alternatif yang mengarah ke
mRNAS yang menghasilkan protein berbeda (dengan beberapa rangkaian asam
amino yang umum dan berbeda).
Splicing tRNA Prekursor:
Nuclease dan Ligase yang Unik
Reaksi splicing prekursor tRNA telah dikerjakan secara rinci pada ragi
Saccharomyces cerevisae. Kedua sistem penyambungan in vitro dan splicing
sensitif suhu telah digunakan untuk membedah mekanisme penyambungan tRNA
di S. cerevisae. Eksisi intron dari prekursor tRNA ragi terjadi dalam dua tahap.
Mekanisme tersebut mungkin melibatkan reaksi yang sama pada tanaman.
Namun, pada mamalia, reaksinya tidak sama. Splicing masih terjadi dalam dua
tahap, namun reaksi ligasi nampak langsung bergabung dengan ujung 2 '-3' siklik
fosfat ke ujung 5'-OH.
Autocatalytic Splicing dari Prekursor rRNA Tetrahymena
Tema umum dalam biologi yaitu bahwa metabolisme terjadi melalui
serangkaian reaksi enzim-katalis. Terlebih lagi, semua enzim penting pada
umumnya adalah protein, walaupun terkadang satu polipeptida dan terkadang
heteromultimers, yang terkadang memerlukan kofaktor non protein untuk
menjalankan fungsinya. Oleh karena itu, ketika ikatan kovalen diubah
(dikeluarkan, dipindahkan atau dibentuk), kita berharap bahwa reaksi tersebut
dikatalisis oleh enzim. Dengan demikian, penemuan bahwa intron pada prekursor
rRNA dari Tetrahymena thermophila dieksisi tanpa keterlibatan protein sehingga
cukup mengejutkan kebanyakan ahli biologi. Namun sekarang jelas bahwa
aktivitas splicing (penyambungan) yang mengeluarkan intron dari prekursor RNA
tersebut masuk ke molekul RNA itu sendiri.
 Kunci utamanya adalah bahwa reaksi splicing autocatalytic bersifat
intramolekuler di alam dan tidak bergantung pada konsentrasi. Selain itu,
prekursor RNA mampu membentuk pusat aktif di mana kofaktor guanosin-3'-OH
berikatan. Dengan demikian, situs katalitik tidak terbatas pada protein tetapi juga
terbatas bahwa tidak ada aktivitas katalitik trans seperti enzim, hanya aktivitas
katalitik cis.
Pre-mRNA Splicing: snRNAs, snRNPs dan Spliceosome
Intron pada prekursor mRNA inti (pra-mRNA inti) dieksisi dalam dua
langkah seperti intron pada pra-tRNA ragi dan pra-rRNA Tetrahymena yang
dibahas pada dua set pertama sebelumnya. Namun, intron tidak dipotong dengan
splicing nuclease sederhana dan ligase secara autocatalycal. Sebagai gantinya,
splcing inti pra-mRNA dilakukan dengan struktur RNA/protein kompleks yang
disebut spliceosome. Spliceosome seperti ribosom kecil, mereka berisi snRNAs
adalah singkatan dari (small nuclear RNAs) dan satu set protein yang masih belum
sepenuhnya ditentukan.
Lima snRNA yang disebut U1, U2, U3, U4, U5 dan U6 terlibat dalam
splicing inti pra-mRNA sebagai komponen dari spliceosome. SnRNA ini tidak
ada yang sebagai molekul RNA bebas. Sebagai gantinya, mereka hadir dalam
protein kompleks inti RNA kecil yang disebut snRNPs (small nuclear ribonucleo
proteins). Karakterisasi SnRNPs telah difasilitasi oleh penemuan bahwa beberapa
pasien dengan penyakit yang disebut lupus eritematosus sistemik menghasilkan
antibodi yang bereaksi dengan protein snRNP yang disebut autoantibodi karena
bereaksi dengan protein diri sendiri. Terdapat dua langkah pada splicing pra-
mRNA.
langkah pertama dalam penyambungan (splicing) inti pra-mRNA
melibatkan pembelahan di situs sambatan intramolekular 5’ antara karbon 5’ dari
G yang berada pada lokasi pembelahan dan karbon 2’ dari residu yang
dilestarikan di dekat 3’ pada akhir intron. Pada langkah 2 dari reaksi splicing, 3'
situs splice dari intron dibelah, dan kedua ekson tersebut bergabung dengan
lingkar fosfodiester normal 5' ke 3'. mRNA yang disambung sekarang siap
diekspor ke sitoplasma dan translasi pada ribosom.
 Pertanyaan
1. Bagaimana tahap eksisi intron dari prekursor tRNA ragi terjadi ?
2. Bagaimana tahapan proses ligasi tahap ll?
3. Bagaimana kunci utama dari splicing autocatalytic?
4. Bagaimana langkah pada splicing pra-mRNA?

Jawaban
1. Eksisi intron dari prekursor tRNA ragi terjadi dalam dua tahap. Pertama,
endonuclease spiral yang terikat membran nuklear membuat dua luka tepat
pada ujung intron. Kemudian, dalam serangkaian reaksi yang cukup
kompleks, ligase splicing menggabungkan dua bagian tRNA untuk
menghasilkan bentuk molekul RNA yang matang. Spesifisitas untuk reaksi
ini berada pada fitur struktural tiga dimensi yang dilestarikan dari prekursor
tRNA, tidak dalam urutan nukleotida.
2. Proses ligasi tahap ll benar-benar melibatkan empat reaksi terpisah. (1)
Reaksi pertama adalah penambahan kelompok phsophate ke ujung 5'-OH;
Reaktan ini membutuhkan aktivitas kinase dan donor fosfat (ATP). (2)
Kemudian, gugus fosfat 5 'diaktifkan oleh pengalihan kelompok AMP ke
ujungnya dari perantara AMP-ligase (AMP awalnya diturunkan dari ATP
juga frem). (3) Fosil siklik 2'-3 'dibuka dengan aktivitas siklik
fosfodiesterase yang menghasilkan hidroksil 2' fosfat dan 3’ bebas. (4)
Reaksi ligasi terakhir terjadi pada serangan nukleofilik 3-OH bebas pada
fosfat interior 5 'dengan pelepasan AMP. Keempat dari reaksi ini dikatalisis
oleh ligase splicing Akhirnya, kelompok 'fosfat 2' (yang tersisa dari fosfat
siklik 2'-3 'yang dihasilkan oleh reaksi pembelahan asli) dikeluarkan oleh
aktivitas fosfatase yang menghasilkan molekul tRNA dewasa.
3. Reaksi splicing autocatalytic bersifat intramolekuler di alam dan tidak
bergantung pada konsentrasi. Selain itu, prekursor RNA mampu membentuk
pusat aktif di mana kofaktor guanosin-3'-OH berikatan. Dengan demikian,
situs katalitik tidak terbatas pada protein tetapi juga terbatas bahwa tidak
ada aktivitas katalitik trans seperti enzim, hanya aktivitas katalitik cis.
4. Terdapat dua langkah pada splicing pra-mRNA:
 Pembelahan di situs sambatan intramolekular 5’ antara karbon 5’ dari G
yang berada pada lokasi pembelahan dan karbon 2’ dari residu yang
dilestarikan di dekat 3’ pada akhir intron.
 Dari reaksi splicing, 3' situs splice dari intron dibelah, dan kedua ekson
tersebut bergabung dengan lingkar fosfodiester normal 5' ke 3'. mRNA yang
disambung sekarang siap diekspor ke sitoplasma dan translasi pada ribosom.