Evolución

Departamento de Biología

Laboratorio manejo de secuencias de ADN y proteínas

Objetivo: practica para el manejo de secuencias ADN y su procesamiento en varias herramientas disponibles. Entender
los conceptos subrayados en esta guía.

Tiempo estimado: 1 hora

Lit de referencia:
Theron E, Hawkins K, Bermingham B, Ricklefs RE, Mundy NI (2001) The molecular basis of an avian plumage
polymorphism in the wild: A melanocortin-1 receptor point mutation is perfectly associated with melanic plumage
morph of the bananaquit, Coereba flaveola. Current Biology 11:550-557

Nota: es posible que algunas paginas pierdan vigencia. En este caso buscar otra alternativa en línea.

Pasos a seguir:

>Descargue un archivo con 31 seqs de DNA de Coereba flaveola para el gene MC1R desde el Genebank
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/) en formato fasta (piense antes en como podría optimizar el proceso)

>Construya alineamiento de seqs de DNA (utilizando el archivo fasta del punto anterior) en la siguiente aplicación
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/mafft/

>Determine cuantos haplotipos únicos existen en ese grupo de datos y para esto utilice la herramienta FABOX
(http://users-birc.au.dk/biopv/php/fabox/).
Nota: Busque en linea y aprópiese de la definición de haplotipo

>Traducir secuencias de haplotipos únicos en secuencias de aminoácidos. Determine cual es el ORF (marco de lectura)
correcto y traduzca 30 alelos en su correspondiente secuencia de aminoácidos

http://www.bioinformatics.org/sms2/translate.html

Alteranativa: http://web.expasy.org/translate/

>Construya un alineamiento de proteínas para que determine la posición de cambios sinónimos y no-sinónimos
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

>Identifique visualmente las posiciones 92 y 179 de la proteína. Ud. logro ubicar las substituciones que causan el
melanismo en C. flaveola?

>Para un haplotipo de aminoácidos genere un modelo tridimensional de la proteína usando una de estas aplicaciones:
http://webapps.fundp.ac.be/esypred/
http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/ (Este es sugerido!)
Nota: Su producto es un archivo que deberá llegar a su correo electrónico como un reporte PDF completando los
campos de la aplicación en linea

Si quiere profundizar un poco mas aquí otras actividades opcionales se le ofrece que Ud.
puede:
>Opcional: aplicación que podría ser útil para realizar todo este ejercicio en una misma plataforma: Software:
MEGA 6 http://www.megasoftware.net/

>Opcional Avanzado: análisis comparativo de estructuras 3D http://prodata.swmed.edu/promals3d

Su producto es un archivo que deberá llegar a su correo electrónico como un reporte PDF
 Evolución

Departamento de Biología

> Opcional Avanzado: determine una lista anotada de la probabilidad de “3D-Folding” para cada alelo M y Y. Compare
estadisticamente los grupos utilizando una prueba no parametrica y determine cual tiene una estructura mas compacta
(punto)
http://bioportal.weizmann.ac.il/fldbin/findex