(INCHY)  

CATATAN  KULIAH  BIOKIM  

 
KULIAH  BIOKIM  PERTEMUAN  I  
 
 
Ilmu  Biomedik:  
Ilmu   yg   mempelajari   ttg   makhluk   hidup   dengan   menggunakan   pendekatan   ilmu-­‐ilmu  
biologi  yg  bertujuan  utk  pengobatan  pd  manusia  atau  kesejahteraan  manusia  
à  Untuk  mempelajari  tentang/melakukan  eksperimen  ttg  manusia,  tidak  boleh  melakukan  
eksperimen  tsb  langsung  pada  manusia  à  melakukan  pendekatan  dg  menggunkan  hewan  
coba.  
Contoh:  utk  mengetahui  fungsi  gen,  dilakukan  percobaan  pd  hewan  à  hewan  transgenik  à  
ada  ilmu  sendiri  utk  mempelajarinya  
 
 
Pewarnaan  sel  à  diwarnai  dg  zat  warna  à  sel  tsb  (substansi  kimia)  akan  terwarnai  oleh  
pearna  (zat  kimia)  à  sel  tsb  mengikat  zat  warna  (reaksi  kimia)  
 
 
Makhluk  hidup  à  terdiri  dr  substansi  kimia  yg  tersusun  dan  terorganisasi  
Kimia   dlm   aspek   apapun   harus   mengandung:   komposisi   &   interaksi   à   sehingga   dr  
komposisi2  tsb  dg  berinteraksi  satu  sama  lain  akan  membentuk  suatu  senyawa  baru.  
Contoh:   Tumpukan   atom   akan   membentuk   suatu   organisasi   yg   lebih   tinggi   (yi   molekul)  
hanya  jika  terjadi  suatu  interaksi  antara  atom2  tsb.  
 
Materi   yg   sangat   dasar   à   atom   à   tetapi   tumpukan   atom   tdk   menyebabkan   suatu  
organisasi,  kecuali  jika  atom  berinteraksi  satu  sama  lain  dan  membentuk  substansi  baru  à  
harus  ada  komposisi  &  interaksi.  
Ada   molekul2   tertentu   yg   menjalankan   mendorong   organisasi   dr   zat2   sederhana   utk   dapat  
menghasilkan  produk  spt  dihasilkan  dr  makhluk  hidup  (CO2+H2O).  
 
 
Biomolekul  
Adalah  molekul2   yg   berperan   dalam   proses   makhluk   hidup   (air,   karbohidrat,   protein   atau  
turunannya,  dll).  
Terbagi  mjd  (berdasarkan  ukuran):  biomakromolekul  &  biomakromolekul  
Batas   ukurannya:  adalah  10.0000  dalton,  alasannya:  (1)  molekul  yg  ukurannya  <10.000  
dalton   susah   menimbulkan   reaksi   imun   atau   kurang   antigenic,   (2)   ukuran   insulin   adlh  
10.000   di   mana   insulin   merupakan   molekul   polipeptida   pertama   yg   ditemukan   susunan  
asam  amino  nya.  
     (INCHY)  

Biomakromolekul  berukuran  >10.000  dalton.  

Biomikromolekul  terbagi  mdj  2  yaitu:  (1)  air&elektrolit  dan  (2)  molekul2  organik  kecil.  
 
Air&elektrolit  
Air&elektrolit  punya  karakteristik  yg  berhubungan  satu  sama  lain  à  elektrolit  berada  larut  
dlm  air;  dan  air  dlm  sel  jumlahnya  dipertahankan  oleh  elektrolit  yg  ada.  
 
Elektrolit  à  segala  substansi  yg  larut  dlm  air  dan  terionisasi  dalam  larutan.  
Sifat  elektrolit  terutama  disebabkan  oleh  garam  à  air&logam  yg  terionisasi.  
Elektrolit   terpenting   di   dlm   tubuh   ada   dlm   bentuk   ion:   Na+   K+   Ca2+   Mg2+   à   harus   dlm  
bentuk  ion  krn  sangat  reaktif.  
 
Air  à  60%  dari  berat  makhluk  hidup  terdiri  atas  air,  shg  air  merupakan  indikator  adanya  
kehidupan  à  ada  air,  ada  kehidupan.  
 
 
   
     (INCHY)  

KULIAH  BIOKIM  PERTEMUAN  II  

 
 
Biomikromolekul  
Yg  mrpkn  senyawa  organik  kecil  
Tdk  dapat  disintesis  (NaCl,  KCl,  NaHCO3,  ion  phosphate)  
Adalah  senyawa  yg  punya  peranan  spesifik  yaitu:  
-­‐ sbg  molekul2  sumber  energi  (berperan  sgt  penting  dlm  mendptkan  energi)  
-­‐ digunakan  utk  menyusun  bagian  dr  struktur  sel  
-­‐ setelah   disintesis   dan   dipakai,   akan   langsung   dibuang,   krn   tdk   dapat   didaur  
ulang/dikembalikan   ke   keadaan   semula   (ditandai   dg   ditemukan   dlm   darah   yg  
berarti  sedang  dlm  perjalanan  utk  dibuang,  contoh:  urea,  kreatinin,  bilirubin,  asam  
urat)  
 
Contoh  :  glukosa,  lemak,  kolesterol,    
 
Serum/plasma  à  pasti  ada  hormon  yg  termasuk  biomikromolekul  juga  
 
 
Biomakromolekul  
Ukurannya   >   10.000   dalton   à   karena   suatu   molekul   harus   cukup   besar   BM-­‐nya   utk  
memicu   suatu   respon   imun;   dan   juga   insulin   (yg   berukuran   10rb   Dalton)   adlh   suatu  
molekul  polipeptida  yg  pertama  kali  ditemukan  susunan  asam  aminonya.  
 
 
Protein  dihidrolisis  pertama  kali  oleh  …  menggunakan  3  enzim  yg  berbeda  (berbeda  situs  
kerjanya),  shg  diketahui  protein  terdiri  dari  kumpulan  asam  amino.  
 
Teknik  sequenzing  DNA  à  dg  radioaktif  dan  dg  zat  warna  
 
Reaksi  fotosintesis:  
CO2  +  H2O  +  cahaya  -­‐-­‐-­‐-­‐-­‐(oleh  kloroplas)-­‐-­‐à  O2    
 
Semua   biomakromolekul   pd   dasarnya   adlh   polimer   dr   unit2   penyususnnya   yg   terikat   dg  
cara  tertentu  (ikatan  kovalen)  à  biopolymer  
Contoh  keempat  biomakromolekul:  
Glukosa  1,4a  dg  ikatan  glikosida  à  polisakarida  amilum  (sbg  cadangan  energy)  
Glukosa  1,4b  dg  ikatan  glikosida  à  polisakarida  selulosa  (sbg  jaringan  penyokong)  
Asam  amino  dg  ikatan  peptida  pd  gugus  karboksil  (COOH)  dg  gugus  amino  (NH2)  pd  posisi  
tertentu  à  protein    
     (INCHY)  

Polimer  nukleotida  (basa  N  +  pentosa  +  fosfat)  dg  ikatan  phosphodiester  mll  fosfat  à  asam  
nukleat  
Asam  lemak  dg  ikatan  van  der  walls  à  lipid  à  berbeda  dg  3  biomakromolekul  lainnya  yg  
membentuk  polarisasi    
 
Biomolekul   yg   bentuk   dan   susunannya   selalu   sama   dr   waktu   ke   waktu   hanyalah   asam  
nukleat.  
 
 
Membrane  sel  
Berupa   lemak   majemuk   fosfolipid   yg   terdiri   dari   beberapa   asam   lemak   yg   berikatan   secara  
non  kovalen  (lemah)  dan  letaknya  samping  menyamping  (tdk  punya  posisi  tertentu  spt  3  
biomakromolekul   lainnya),   dan   ikatan   tsb   sgt   mudah   terlepas   hanya   dg   penambahan  
pelarut  lemak.  
Tujuannya  adalah  agar  sebuah  sel  dg  membrane  yg  bersifat  fluid  seperti  itu  dpt  berubah2  
bentuk  sesuai  dg  kebutuhannya  agar  tetap  dpt  menjalankan  fungsi  sbg  sel  nya.  
Sehingga   sebuah   membrane   sel   harus   mempunyai   sifat  fluiditas  (spt   benda   cair)   yg   dapat  
terjadi   dg   cara   susunan   membrane   sel   yg   terdiri   dari   lemak   yg   terletak   samping  
menyamping   dengan   ikatan   yg   lemah   (ikatan   non   kovalen   van   der   walls)   shg   terbentuk  
suatu  permukaan  yg  membentuk  membrane.  
 
 
Makhluk  hidup  
3  ciri  makhluk  hidup:  
-­‐ gerak   à   sumber   energy   utk   bergerak   berasal   dr   tubuh   makhluk   hidup   itu   sendiri  
tanpa  tergantung  dg  alam  
-­‐ berkembang  biak/memperbanyak  diri  
-­‐ gradien   (perbedaan   potensial   aksi   di   dlm   dan   di   luar   sel)   à   membrane   sel  
mempertahankan  perbedaan  potensial  di  dlm  dan  di  luar  sel    
contoh:  EKG;  pewarnaan  sel  (jika  sel  diwarnai  dpt  mengikat  warna  dg  reaksi  kimia)  
 
Yg   mengeksekusi   seluruh   fungsi   kehidupan   tersebut   (termasuk   3   ciri   m.h.)   à  
biomakromolekul  à  yg  paling  luas  perannya  adalah  protein  
 
   
     (INCHY)  

KULIAH  BIOKIM  PERTEMUAN  III  

 
 
Biomikromolekul  
-­‐ terdiri  dari:  ion,  elektrolit  &  logam  ;  molekul  organik  kecil  
-­‐ ukurannya  sgt  kecil  atau  komposisi  sederhana  
-­‐ membantu  biomakromolekul  menjalankan  fungsi  kehidupan  
-­‐ mjd  bahan  penyusun  utk  struktur  yg  lebih  besar  
 
 
Biomakromolekul  
-­‐ terdiri  dari:  asam  nukleat,  protein,  polisakarida,  lipid  membrane  
-­‐ berperan  menjalankan  fungsi  kehidupan  (yi  3  ciri  m.h.  :  gerak,  berkembang  biak  dan  
perbedaan   gradient)   à   dibuat   tabel   peranan   ke-­‐4   biomakromolekul   thd   gerak,  
berkembang  biak  dan  gradient  
-­‐ hasil   table   tsb   à   di   antara   ke-­‐4   biomakromolekul   yg   perannya   paling   luas   dlm  
menjalankan   fungsi   kehidupan   adlh   protein,   berperan   hampir   di   setiap   fungsi  
kehidupan  
 
 
Protein:  
Dari  sejumlah  DNA,  yg  termasuk  unit  fungsinal  (gen)  hanyalah  30rb-­‐35rb  gen  
Setiap  fungsi  kehidupan  berhubungan  dg  1  protein  tertentu  yg  menjalankannya  
Jika  suatu  fungsi  tdk  dijalankan,  maka  suatu  protein  tsb  belum  tentu  aktif  atau  disintesis  
 
 
DNA  /  Asam  nukleat  
DNA   adalah   biomakromolekul   terbesar   (jumlahnya   milyaran   tetapi   hanya   30rb-­‐35rb   yg  
fungsional  (gen))  
DNA  tersusun  oleh  4  basa  nitrogen  
DNA  =  Polinukleotida  à  Nukleotida  masih  dpt  diuraikan  mjd  senyawa  yg  lebih  sederhana  
yi:  basa  N  +  gula  pentosa  +  fosfat  
Nukleosida  (adenosine,  guanosin,  dsb)  =  basa  nitrogen  +  gula  pentose    
Nukleosida  yg  berikatan  di  tempat  tertentu  (ikatan  5,3)  dg  fosfat  =  nukleotida  
Nukleosida  berikatan  dg  fosfat  kmd  berikatan  lagi  dg  nukleosida  lainnya  pd  posisi   5,3   dg  
ikatan  fosfodiester  (antara  hidroksil  dg  asam)  à  ada  orientasinya  krn  pd  posisi  tertentu  
Bentuk   DNA   double   helix   à   karena   ada   2   rantai,   diikat   dg   ikatan   yg   lemah   (ikatan  
hydrogen),  untuk  menghemat  tempat,  dan  secara  alamiah  cenderung  mencari  struktur  dg  
energy  yg  paling  rendah  
DNA  double  helix  à  menggulung  berbtk  ‘supercoil’  
     (INCHY)  

Panjang   DNA   sangatlah   panjang   dan   ditempatkan   di   dalam   ruangan   yg   sangat   kecil   (inti  
sel)  
DNA  à  menggulung  jd  double  helix  à  menggulung  lg  jd  supercoil  à  membtk  kumparan  dg  
bantuan  protein  histon  
 
 
Protein  
Unit  penyusunnya  adlh  asam  amino  yg  terikatan  dg  ikatan  peptida  (COOH  dr  suatu  asam  
amino  dg  NH2  dr  suatu  asam  amino  yg  lain)  à  ada  orientasi  depan-­‐belakang  
Asam   amino   berjumlah   20   buah   dan   dpt   dikombinasikan   dg   susunan   yg   berbeda2   utk  
membentuk  protein  
Struktur   berhubungan   dg   fungsi,   perbedaan   struktur   3   dimensi   suatu   protein,   maka  
berbeda  jg  fungsinya  
 
 
Polisakarida  
Adalah  polimer  dr  monosakarida  yg  terikat  dg  ikatan  glikosida  (adanya  gugus  karbonil)  
Monosakarida  adlh  karbohidrat  yg  tdk  dpt  diuraikan  lg  mdj  karbohidrat  yg  lbh  sederhana,  
kalo  tetap  diuraikan  lg  maka  akan  mjd  senyawa  lain  (bukan  karbohidrat  lg).  
Monosakarida   berikatan   dg   monosakarida   yg   lain   ikatan   kimia   glikosida   à   karbohidrat  
punya   gugus   karbonil   –CO–   (aldehid   atau   keton)   yg   tdk   dapat   terionisasi   dan   dapat  
mereduksi.  
Gugus   karbonil   (letaknya   sll   di   depan)   berikatan   dg   gugus   hidroksil   atau   gugus   karbonil  
juga  (tetapi  jarang)  à  ada  orientasi  depan-­‐belakang  
Polisakarida  dpt  punya  2  fungsi:  sbg  cadangan  makanan  atau  sbg  jaringan  penyokong  
-­‐ fungsi   cadangan   mknan:   glukosa   yg   disimpan   dalam   bentuk   glikogen;   amilum   (pd  
tumbuhan)   yg   disimpan   dalam   bentuk   umbi   à   enzim   yg   dapat   memecah   amilum  
juga  dapat  memecah  glikogen,  dan  sebaliknya  
-­‐ fungsi  jaringan  penyokong:  selulosa  pd  tumbuhan  
Karbohidrat   sbg   cadangan   makanan   bersifat   sangat   higroskopis   (menarik   air)   dan  
mengambil  tempat.  
Cadangan   energi   lain   selain   karbohidrat   adalah   lemak   karena   sangat   kompak   dan  
tidak  menarik  air.  
 
 
Lipid  (lipid  membrane)  
Unti   penyusunnya   adalah   lemak   majemuk   (yg   terbanyak   adlh   fosfolipid)   yg   terikat   dg  
ikatan  non-­‐kovalent  (van  der  walls)   à  terletak   samping   menyamping   antara   2   molekul  
penyusunnya   yg   terikat   dg   ikatan   lemah   (bukan   ikatan   kuat   spt   3   biomakromolekul  
lainnya)  à  letak   molekul   penyusunnnya   yg   samping   menyamping   akan   membentuk   suatu  
     (INCHY)  

permukaan   (membrane)   yg   mempunyai   sifat   fluiditas   (spt   benda   cair)   à   sehingga   suatu  
sel  yg  bermembran  akan  mempunyai  sifat  fluiditas,  shg  suatu  sel  akan  mempunyai  bentuk  
spesifik  sesuai  dg  lingkungannya  saat  membentuk  organ  à  tetapi  saat  sel  sudah  berada  di  
luar   tubuh   (saat   dikultur   in   vitro),   suatu   sel   akan   sulit   diidentifikasi   karena   sudah   tdk  
berbentuk  spesifik  (spt  saat  masih  membentuk  organ)  
 
Sifat  fluiditas  sel  
-­‐ disebabkan  oleh  bentuk  membrane  sel  yg  disusun  oleh  lipid  
-­‐ menyebabkan   sel   mengambil   bentuk   spesifik   tertentu   saat   berada   di   lingkungan  
tertentu  (saat  membentuk  organ)  
-­‐ menyebabkan  sel  dapat  bermigrasi  saat  organogenesis  pd  masa  embrio  
-­‐ menyebabkan   sel   dapat   bermigrasi   pada   saat   tertentu   utk   kepentingan   tertentu,  
contoh:   sel   leukosit   yg   bermigrasi   saat   terjadi   proses   infeksi;   sel   eritrosit   yg   mampu  
mengisi   sampai   ke   kapiler2   darah   (pdhl   kapiler   darah   ukuran   diameternya   jelas  
lebih  kecil  dari  ukuran  sel  eritrosit)  
 
Fungsi  lipid  membrane  tdk  terbatas  hanya  di  membrane,  tetapi  juga  di  dalam  sel,  dimana  
membrane   sel   akan   melanjut   ke   dalam   sel   dan   berkondensasi   di   tempat   tertentu  
membentuk  organ  di  dalam  sel  (RE  dan  apparatus  golgi)  
 
 
   
     (INCHY)  

KULIAH  BIOKIM  PERTEMUAN  IV  

 
 
Ikatan   kovalen   à   Interaksi   antara   2   atom/molekul   yg   sama/berbeda   dg   menggunakan  
electron   pd   kulit   terluarnya   utk   mencapai   suatu   struktur   yg   stabil   (menggunakan   tingkat  
energy   terendah   utk   mempertahannya)   à   yg   membentuk   materi/senyawa   baru   yg  
karakteristiknya  berbeda  dg  atom/molekul  penyusunnya  
Contoh:    
-­‐ Atom  H2  (gas,  sgt  reaktif)  dg  atom  O2  (gas,  sgt  reaktif)  yg  berinteraksi  membentuk  
molekul  H2O  (cair,  sangat  inert/stabil)  
-­‐ Glukosa   (kristal   putih,   mudah   larut,   rasa   manis)   yg   berpolimerisasi   membentuk  
amilum   (kelarutannya   lain,   rasa   tdk   manis),   atau   berpolimerisasi   membentuk  
selulosa  
 
Gas   mulia   à  berada  dalam  keadaan  murni  (He,  Ne,  Ar,  Xe,  Ra,  Kr),  bersifat  sangat  stabil,  
tdk   pernah   bereaksi   dg   atom/senyawa   lain,   mempunyai   struktur   kulit   electron   pd   kulit  
terluarnya  dlm  keadaan  stabil  (2  atau  8)  
Unsur-­‐unsur   selain   gas   mulia   akan   cenderung   mencari   struktur   yg   stabil   dmana   electron  
pd  kulit  terluarnya  memenuhi  hukum  octet  
 
Teori   Bohr   à  menggambarkan  atom  sbg  susunan  tata  surya,  inti  atom  sbg  matahari  dan  
yg  beredar  di  orbit2  adalah  electron  
Jika   atom   tsb   mendapatkan   energy   (cahaya/listrik/panas)   yg   cukup/tepat   akan   dpt  
menyebabkan   meloncatnya   electron   à   quantum   à   energy   minimum   utk   memindahkan  
orbit  electron  ke  satu  tingkat  
 
On   sangat   reaktif   à   terdapat   dalam   kaporit   (calsium   hipoklorit)   à   dg   dipanaskan   zat   On  
akan  mengoksidasi  zat2  yg  mengandung  lemak  
 
 
Ikatan  kimia  primer    
à  Ikatan  kimia  yg  pertama  kali  terbentuk  utk  membentuk  suatu  senyawa  baru,  ikatannya  
sangat  kuat,  contoh:  ikatan  kovalen  dan  ikatan  ion  
 
Ikatan  kovalen  à  pemakaian  electron  bersama  dg  tingkat  energy  terendah  
Ikatan   ion   à   terbentuk   akibat   ada   unsur   yg   menarik   kuat   electron   unsur   lain   pd   kulit  
terluar,   shg   unsur2   tsb   memenuhi   octet   dan   menjadi   bermuatan   [yg   memberikan   e   akan  
bermuatan  (+)  dan  yg  menerima  e  akan  bermuatan  (-­‐)]  shg  terjadilah  tarik-­‐menarik  antar  
kedua  unsur  tersebut  à  contoh:  elektrolit  (asam  basa  garam)  
 
     (INCHY)  

Tujuan&proses   ikatan   kovalen&ion   adalah   sama   yaitu   mencapai   struktur   oktet   dan  
mencari   tingkat   energy   terendah   utk   mempertahankannya,   tetapi   penampilannya  
berbeda  (kovalen  belum  tentu  larut,  ion  dapat  larut  tetapi  berbeda  kelarutannya)  
 
Ikatan  kovalen  
Dibentuk  bersama2  oleh  2  buah  atom  atau  lebih  yg  memakai  electron  bersama  
Jika  2  atom  yg  berkontribusi  tsb  persis  sama  (H2,  O2,  C2)  maka  electron  yg  dipakai  bersama2  
tsb  tidak  berat  sebelah  (berada  tepat  di  tengah,  shg  tdk  ada  muatan)  
 
Atom  N,O,F  bersifat  elektrofil/elektronegatif,  cenderung  menarik  electron  
O2  bersifat  semiradikal  
 
Air  
H2O  berbentuk  pentagonal  dg  BM  18  à  dalam  18  gr  air,  terdpt  6x1023  butir  molekul  H2O  yg  
saling   berinteraksi   dg   ikatan   hydrogen   (terdpt   1.8x1024   ikatan)   à   shg   meskipun   secara  
individu   ikatan   hydrogen   lemah,   tp   krn   jumlahnya   sgt   banyak   shg   ikatannya   secara  
bersama2  kuat  
 
Ikatan  hydrogen  (ikatan  kimia  sekunder)  yg  disebabkan  oleh  polarisasi  dari  ikatan  kovalen  
menyebabkan    karakteristik  cair  pada  molekul  H2O  yg  sifatnya  sgt  stabil  à  shg  air  sangat  
ideal  digunakan  sbg  pelarut  terutama  pelarut  dlm  system  biologi  (semua  reaksi  kimia  di  
dlm   tubuh   terjadi   di   dalam   larutan)   à   system   biologi   menghasilkan   energy   membuang  
panas   yg   bisa   diserap   oleh   air   tanpa   perubahan   yg   berarti   bagi   air   à   air   jg   ideal   sbg  
penyerap  panas  
 
Air  tingkat  energinya  paling  rendah  shg  sebagai  pelarut  air  sgt  sukar  bereaksi  dg  senyawa  
yg  larut  dlm  air  à  air  senyawa  yg  sgt  inert  
 
Ikatan   hydrogen   à   ikatan   kimia   sekunder   yg   terbentuk   antara   2   buah   molekul   yg   punya  
gugus   elektrofil   kaya   oksigen   à   penting   membentuk   stuktur,   penting   menjelaskan  
kelarutan  
 
Perbedaan  kelarutan  molekul  yg  ikatannya  kovalen  dg  ikatan  ion:  
NaCl  à  ikatan  kimia  primernya  adalah  ikatan  ion,  larut  dalam  air,  dan  saat  larut  dalam  air  
molekulnya  terurai  dan  masing2  berinteraksi  lgsg  dg  air  (Na  dg  OH  dan  Cl  dg  H;  keduanya  
melalui  ikatan  hydrogen)  
Glukosa   C6H12O6   à   ikatan   kimia   primernya   adalah   ikatan   kovalen,   larut   dalam   air,   hanya  
gugus  OH  dari  glukosa  yg  berikatan  dg  air  dg  ikatan  hydrogen  
Selulosa   à   polimer   glukosa   à   jika   dilarutkan   dlm   air   maka   akan   basah,   bukan   larut   à  
terbentuk  ikatan  hydrogen  antara  glukosa  penyusunnya  dg  air  
     (INCHY)  

 
Molekul  hidrokarbon  
CH4  (metan)  à  bentuk  gas  à  jika  rantai  C  nya   dipanjangkan  akan  tetap  bentuk  gas  à  jika  
lebih   panjang   akan   menjd   bentuk   cair   à   cair   yg   lebih   kental   à   semisolid   (vaseline)   à  
solid  (paraffin/lilin)  
Materi  semisolid  yg  dibentuk  oleh  hidrokarbon  à  Vaseline  
 
 
Ikatan   hidrofobik   dari   van   deer   walls  à  yg  membuat  interaksi  antara  lipid  membrane,  
yg   tdk   berorientasi   depan-­‐belakang,   melainkan   samping-­‐menyamping,   berikatan   antara  
rantai  samping  molekul  hidrofobik  dari  fosfolipid  (lemak  majemuk  yg  membtk  membrane),  
karena   ikatannya   sangat   lemah   (dibandingkan   ikatan   hydrogen)   maka   interaksinya   dpt  
termodulasi  shg  sifat  lipid  membrane  tsb  menjadi  fluid.  
 
   
     (INCHY)  

KULIAH  BIOKIM  PERTEMUAN  V  

 
 
Ketika  H2O  terbentuk  maka  energy  yg  dilepaskan  sangatlah  besar.  
Jika   H2   ketemu   O2   dg   panas   yg   cukup   dan   lompatan   listrik   shg   terjadi   molekul   H2O,   saat  
terbentuk   melepaskan   energy   yg   begitu   besar   tetapi   setlh   terbentuk   akan   cenderung  
mencari  tingkat  energy  terendah  utk  mempertahankannya.  
 
Untuk  terbang,  massa  jenis  suatu  benda  hrs  <  massa  jenis  udara  
 
Hasil  oksidasi  =  CO2  dan  H2O  
 
Energy  yg  dilepaskan  utk  menghasilkan  1  mol  H2O  adalah  sama  (dr  sumber  manapun)  à  
dasarnya  adalah  hukum  Hess.  
 
Hukum   Hess   à   energy   yg   terlibat   dlm   suatu   reaksi   kimia   tertentu   ditentukan   oleh  
keadaan  awal  dan  keadaan  akhir,  bukan  dari  prosesnya.  
 
Ikatan  kimia  
Usaha   utk   mencari   tingkat   energy   terendah   pd   suatu   molekul   adlh   dg   membentuk   ikatan  
kimia   à   bentuk   paling   stabil   pd   tingkat   atom   adalah   jika   memenuhi   hukum   octet   à   shg  
atom   akan   cenderung   membentuk   konfigurasi   yg   memenuhi   hokum   octet   à   baik   dengan  
cara  pemakaian  electron  bersama  (pd  ikatan   kovalen)  ataupun  perpindahan  electron  ke  
orbit  unsur  lain  shg  unsur2  tsb  mjd  bermuatan  (pd  ikatan   ion)  à  sebab  terjadinya  kedua  
ikatan   tsb   adalah   sama2   utk   mecari   tingkat   energy   terendah   utk   mempertahankannya   dg  
cara  memenuhi  prinsip  octet.  
 
Ik.ion  à  antara  hydrogen/logam  dg  senyawa  lain  (biasanya  anorganik)  
Ik.kovalen  à  biasanya  antara  senyawa2  organik  
 
 
Ikatan  kimia  sekunder  (ikatan  hydrogen,  ikatan  van  der  walls)  
Ikatan   van   deer   walls   à   jika   semakin   diperpanjang   rantainya   maka   senyawa   tsb   akan  
berubah  dari  gas  –  cair  –  semisolid  –  solid.  
Ikatan   hydrogen   à   membawa   sifat   kelarutan   dalam   air,   jika   tadinya   senyawa   tsb   larut  
dalam  air,  jika  semakin  diperpanjang  maka  hanya  akan  menyerap  air/basah  (bukan  larut)  
Interaksi  yg  disebabkan  oleh  ikatan   kimia   sekunder   ini,  dapat  juga  terjadi  intramolekul,  
dg  syarat  molekul  harus  besar  à  terjadi  pada  protein/asam  nukleat.  
 
 
     (INCHY)  

Asam  nukleat  
DNA   berbentuk  double  helix  à  2  rantai  polinukleotida  membentuk  putaran  spt  helix  dan  
berikatan  pd  basa  nitrogennya  dg  ikatan  hydrogen  (A-­‐T  dan  C-­‐G).  
Jika   ikatan   hidrogennya   dilepas,   maka   akan   terjadi   denaturasi   sehingga   struktur   3  
dimensinya  hilang  à  struktur  double  helix  menjadi  lepas  shg  strukturnya  mjd  lebih  banyak  
dan  menyebabkan  kekeruhan  pd  larutan  percobaan  à  dpt  diperiksa  dg  spektrofotometer  
pd  𝝀  260nm.  
 
tRNA   berbentuk   daun   semanggi/daun   cengkeh   à   adanya   ikatan   hidrogen   antara   basa  
nitrogen  yg  berpasangan  pd  rantainya  sendiri,  shg  membtk  daun  semanggi.  
 
 
Ikatan   kimia   primer   (ikatan   kovalen)   à   penting   utk   membentuk   struktur   dasar   suatu  
molekul,  tetapi  struktur  dasar  blm  tentu  fungsional.  
Ikatan   kimia   sekunder   (ikatan   hydrogen)   à   menyebabkan   suatu   molekul   tetap  
fungsional  karena  ia  mempertahankan  struktur  3  dimensi  molekul  tsb.  
 
 
Protein    
Kolagen  à  bentuk  tripel  helix   à  3  untaian  kolagen  membentuk  tripel  helix  melalui  ikatan  
hydrogen  di  antara  mereka.  
Dapat  terjadi  ikatan  kimia  sekunder  (baik  hydrogen  maupun  van  der  walls)  pada  untaian  
asam  amino  suatu  protein  (intern  protein)  à  karena  unit  asam  amino  ada  20  macam  (yg  
terbaru   ada   22   macam)   à   yg   membedakannya   adalah   rantai   samping   protein   yg   tdk  
membentuk  ikatan  peptide.  
Fungsi  suatu  protein  ditentukan  oleh  struktur  3  dimensinya.  
Struktur   protein   ditentukan   oleh   2   faktor   à   komposisi   protein   (yg   bergantung   oleh   gen)  
dan  kondisi  lingkungan.  
 
Peran  pH  dan  suhu  
Rantai   samping   asam   amino   mempunyai   sifat   larut   air   dan   dpt   terionisasi   (dalam   pH  
tertentu   dpt   bermuatan   (+)   atau   (-­‐),   ada   5   rantai   samping   yg   bermuatan)   à   pH  
menentukan   bentuk   struktur   3   dimensi   protein   (Suhu   jg   mempengaruhi,   tetapi   suhu   pd  
makhluk   hidup   tdk   beragam)   à   hanya   ada   1   pH   atau   range   pH   tertentu   yg   betul2  
mendukung   fungsi   protein   yg   bersangkutan   à   shg   sangat   penting   mempertahankan   pH  
dalam  tubuh  makhluk  hidup  pd  tingkat  molekul.  
 
pH  bergantung  dr  metabolism  intern  tubuh  kita  à  diatur  oleh  sistem  dapar/buffer.  
Suhu  tubuh  lebih  stabil.  
 
     (INCHY)  

ENERGI  
 
Kerja  =  memindahkan  beban  =  beban  x  jarak  
Potensi  utk  melakukan  kerja  à  Energy   à  kemampuan  utk  memindahkan  beban  dg  jarak  
tertentu  à  konsep  energy  jelas  dan  terukur  
 
Ada  sejumlah  panas  yg  dapat  dihasilkan  oleh  1  kg  batu  bara  à  Kalori  à  1  kal  =  panas  yg  
diperlukan  menaikkan  1  gr  air  sebesar  1oc  
 
James  Watt  à  energy  panas  jd  gerak  mekanik  
Joule  à  1  kal  setara  dg  sekian  satuan  kerja  à  1  Joule  =  sekian  kal  (yg  paling  umum)  
 
 
   
     (INCHY)  

KULIAH  BIOKIM  PERTEMUAN  VI  

 
 
Energy  à  Kemampuan/potensi  utk  melakukan  kerja.  
Kerja   dapat   diukur   dengan   rumus   jarak   x   beban,   secara   spontan   akan   memerlukan  
kalori.  
Joule   à  energi  mekanik  mjd  kalor/panas  à  energy  adlh  potensi  utk  menimbulkan  suatu  
efek  à  suatu  sinar  mengenai  suatu  pemuka.  
 
Energy  sifatnya  interkonvertibel  atau  bisa  diubah2  mjd  bentuk  lain  sesuai  dg  kebutuhan;  
dan  bisa  diukur  karena  ekivalen  satu  sama  lain  à  dampaknya  sgt  besar.  
 
Konsep   energy   vital   à   diperlukan   utk   mempertahankan   proses2   yg   plg   dasar   dlm  
kehidupan  à  energy  yg  benar2  hanya  ada  pd  makhluk  hidup  (kdg  dikaitkan  dg  mitos)  à  
=substansi  vital  
 
 
Hukum  Termodinamika  I&II  
I. Hukum   kekekalan   energy   à   jumlah   energy   konstan,   yg   berubah   hanyalah  
penampilannya   à   hukum   Hess   à   “Dalam   suatu   reaksi   kimia   ttt   jumlah  
kalori/panas   yg   terlibat   ditentukan   oleh   keadaan   awal   dan   keadaan   akhir,   bukan  
oleh  prosesnya”.  
II. Hukum   enteropi   à   “Dalam   suatu   system   tertutup,   meskipun   jumlah   energy  
bebasnya   tetap,   tetapi   kemgknan   utk   melakukan   kerja   berkurang   dg   berjalannya  
waktu”.  
 
 
Proses   penjelasan   ttg   pemakaian   energy   pd   makhluk   hidup   dan   hubungannya   dg  
hukum  termodinamika  I:  
• Energy  dipakai  utk  melaksanakan  reaksi  kimia  dalam  tubuh,  shg  tdk  akan  ada  yg  keluar  
mjd   panas.   Ikatan   kimia   di   ATP   dapat   diukur.   Energy   yg   terlibat   dlm   suatu   reaksi   kimia  
keseluruhan   jumlahnya   sama,   yg   satu   muncul   sbg   senyawa   kimia   (proses),   yg   satu  
muncul  sbg  energy  bebas.  
• Pd   makhluk   hidup,   glukosa   diproses   dlm   reaksi   yg   panjang,   proses   yg   bertahap   akan  
melepaskan   energy   panas   sedikit2   dan   menyerap   energy   dlm   bentuk   ikatan   kimia,   yg  
terjadi  dlm  siklus  sel.  
• Pada  fase  G1  butuh  energy  utk  persiapan  sintesis  DNA,  pada  fase  S  butuh  energy  besar  
utk   mereplikasi   DNA   shg   tdk   ada   yg   keluar   sbg   panas,   pada   fase   G2   butuh   energy   utk  
persiapan  mitosis  membuat  perangkat  dlm  sitoplasma,  pada  fase  M  terjadilah  mitosis.  
     (INCHY)  

Karena   semua   proses   itu   butuh   energy,   shg   yg   keluar   sbg   panas   kecil.   Shg   tetap  
mengikuti  hukum  termodinamika.  
• Jenis  reaksi  kimia:  
-­‐ Endotermik  à  memerlukan  asupan  energy  berupa  panas  seblm  memulai  kerja  
-­‐ Eksotermik  à  reaksi  kimia  yg  menghasilkan  panas  (baik  spontan  timbul  panas  atau  
sebelumnya  sudah  panas  shg  jd  tambah  panas)  
• Pd   makhluk   hidup   karena   tdk   ada   fluktuasi   suhu   yg   besar,   tetapi   proses   berjalan  
menyerap   energy,   shg   istilah   yg   dipakai   bukan   eksotermik   tetapi   eksoeksergonik  
(mengeluarkan   energy),   dan   bukan   endotermik   tetapi   endoendergonik   (menyerap  
energy).  
• Shg   konsep   energy   vital   pd   makhluk   hidup   (contohnya   ATP)   tetap   dpt   diintegrasikan  
kpd  konsep  energy  (hokum  termodinamika  I).  
 
Bioenergetika  à  pertukaran  energy  di  tingkat  sel,  mempelajari  mitokondria  
 
 
Penjelasan  hukum  termodinamika  II  pd  makhluk  hidup  (mh):  ???      ………01:14:00………  
Dianalogikan  dg  bejana  berhubungan……..??  
Suatu  sel  selama  hidup  sll  ada  perbedaan  gradient  dan  pasti  sll  berbeda  dg  lingkungannya  
(suhu,  pH,  komponen).  
Selama   mh   masih   hidup   enteropi   itu   tdk   ada,   tetap   dpt   mempertahankan   segala   macam  
perbedaannya   dg   lingkungan,   krn   mh   punya   system   yg   mengatur   hal   tsb   dan   melakukan  
reaksi  kimia.  
Shg   mh   tetap   berada   dlm   keadaan   yg   sesuai   dg   hukum   termodinamika   II,   tetapi   seolah2  
terjd  penundaan  selama  masih  hidup.  
 
 
   
     (INCHY)  

KULIAH  BIOKIM  PERTEMUAN  VII  

 
 
Suatu   makhluk   hidup   (mh)   pd   tahap   tertentu   dlm   jangka   waktu   tertentu   seakan2   sel   tdk  
tunduk   pd   hukum   enteropi   à   sebenarnya   tunduk,   tetapi   mh   bisa   menggunakan   cara2  
tertentu   shg   dapat   mempertahankan   perbedaan   gradient   2   energi   potensial   à   hal   ini  
dijamin  dg  proses  metabolism.  
 
Metabolism   à   suatu   rangkaian   yg   mengolah   zat2   tertentu   dlm   rangka   mencapai   tujuan  
m.h.   yaitu   (1)   memperoleh   energy,   dan   (2)   memperoleh   bahan   baku   utk  
dipergunakan  membuat  zat2  yg  dibutuhkan.  
 
Prinsip  pokok  metabolism:  
-­‐ Energy  yg  dibutuhkan  kurang  lebih  sama  
-­‐ Sintesis  bahan  baku  kurang  lebih  sama,  karena  sama2  mensintesis  biomakromolekul  
 
 
Protein  integral  merupakan  stabilisator  pd  membran  lipid  bilayer.  
 
Sebagian  besar  mh  akan  melakukan  proses  oksidasi  karbohidrat  yg  disebut  dg  glikolisis  à  
proses  ini  menghasilkan  energy  (dari  hasil  pemisahan  ikatan  kimia)  dan  bahan  baku.  
 
Protein  à  bahan  baku  dr  segala  macam  senyawa  yg  mempunyai  aktifitas  biologis.  
 
Asam   amino   à   masuk   dlm   tubuh   kita   sbg   hasil   degradasi   protein   yg   berasal   dr   bahan  
mknan,  kalo  asam  amino  yg  sudah  ada  di  dlm  tubuh  sejak  awal  bisa  mrpk  hasil  degradasi  
protein  bahan  mknan  ataupun  hasil  degradasi  protein  dlm  tubuh  kita  sendiri.  
Asam   amino   akan   diproses   tergtg   keperluan,   kalo   utk   anabolisme   digunakan   utk  
membentuk  molekul  besar,  kalo  utk  katabolisme  bisa  krn  asupannya  kecil  shg  energynya  
kurang,  atau  asupannya  besar  tp  memang  kebutuhannya  jg  besar.  
 
 
Reaksi  fotosintesis  :  6  CO2  +  6  H2O  à  C6H12O6  +  O2  à  dilakukan  oleh  tumbuhan  
Reaksi   sebaliknya   (C6H12O6   +   O2   à   6   CO2   +   6   H2O)   à   dilakukan   oleh   seluruh   m.h.   yg  
aerobik  
C6H12O6  à  adalah  cikal  bakal  yg  bisa  dibentuk  mjd  bahan  yg  diperlukan  utk  kehidupan  
 
 
Bagaimana  suatu  sel  memperoleh  dan  mengelola  energy  (bioenergetika)  
     (INCHY)  

Bahan   umum   (yaitu   glukosa   (yg   plg   umum)   atau   asam   lemak)   à   sel   menceraikan   ikatan  
kovalen  dr  glukosa  dg  cara  oksidasi  atau  hidrolisis  
 
Prinsip  oksidasi  dalam  pembebasan  energi:  
1. Reaksi  yg  mengikat  oksigen  (aerobic)  
2. Ada   proses   tertentu   yg   dapat   berjalan   tanpa   memerlukan   oksigen   (ada  
mikroorganisme   ttt   yg   dpt   melakukan   reaksi   kimia   atau   dapat   tumbuh   dlm   kondisi  
anaerob)   à   disebut   proses   dehidrogenasi   (penarikan   atom   H)   yg   memakai   enzim  
dehidrogenase  
3. Pada   proses   oksidasi   terjadi   proses   kehilangan   electron   shg   suatu   senyawa   mjd  
bermuatan  dan  energinya  mjd  turun  (karena  elektronnya  lepas)  
 
Oksigen    
Oksigen   bersifat   elektrofil   (sangat   suka   elektron)   shg   cenderung   menarik   electron   dr  
sekitarnya.  
Senyawa  O2  mempunyai  pasangan  electron  di  kulit  terluar  di  salah  1  orbitnya  tetapi  1  orbit  
yg  lain  masih  kosong  karena  O2  mempunyai  2  orbit  di  kulit  terluarnya  yg  masing2  diisi  oleh  
1  e-­‐  à  sifatnya  semi  radikal  (juga  reaktif  tetapi  lbh  lambat)  
Oksigen  tunggal  (On)  tdk  punya  pasangan  e-­‐  di  kulit  terluarnya  shg  sangat  reaktif  à  radikal  
yg  sangat  kuat.  
 
 
Hubungan  proses  pembebasan  energy  dg  Hk.Hess  
Proses   pembebasan   energy   pd   pemecahan   C6H12O6   mjd   CO2   +   H2O:   (1)   pd   percobaan  
(contoh:  bom  calorimeter)  terjadi  pelonjakan  suhu  di  akhir  proses;  (2)  pd  proses  yg  terjadi  
di  dalam  tubuh  makhluk  hidup  tdk  terjadi  pelonjakan  suhu  pd  tubuh  m.h.  à  hal  ini  seakan2  
tdk  sesuai  dg  hukum  kekekalan  energy  (Hk.  Hess)  à  penjelasannya:  (1)  pd  percobaan  bom  
calorimeter  prosesnya  terjadi  dlm  waktu  cepat,  sdkgn  di  dlm  tubuh  mh  prosesnya  terjadi  
dlm   waktu   lama&secara   bertahap;   (2)   tiap   tahap   pd   proses   tsb   (di   dlm   tubuh   mh)  
menghasilkan   energy   yg   tdk   dikeluarkan   sbg   panas,   tetapi   sbg   senyawa2   antara   yg  
menghasilkan   energy;   dan   pd   tahap   tertentu   energy   yg   dilepaskan   akan   ditangkap   lg   utk  
membentuk  ikatan  kimia  (ikatan  kovalen  berenergi  tinggi)    
 
Proses   eksergonik   à   proses   yg   melepaskan/menghasilkan   energy   (con:   proses   memecah  
bahan  makanan)  
Proses   endergonik  à   proses   yg   memerlukan/mengkonsumsi   energy   (con:   sintesis   protein,  
sintesis  DNA,  pembentukan  polisakarida,  mempertahankan  perbedaan  gradien)  
 
 
Basal  Metabolic  Rate  (BMR)  
     (INCHY)  

Diukur  di  ruangan  khusus  (ruang  benedist  akuator)  à  suhu  24-­‐280C,  kelembaban  diatur,  
cahaya  diatur,  akustic  tdk  bising&tdk  senyap,  orang  percobaan  tdk  boleh  tidur.  
Jika   dianggap   makhluk   hidupp   berada   dalam   aktivitas   yg   paling   relaks,   tdk   ada   aktivitas  
apapun,   energy   basal   tetap   dibutuhkan   utk   mempertahankan   perbedaan   gradient   dg  
lingkungan.  
Jika   sudah   tidak   ada   perbedaan   gradient   dg   lingkungan   (sudah   berada   dlm   keadaan  
enteropi)  maka  berarti  sel  itu  sudah  mati.  
 
Enzim  NaK-­‐ATP-­‐ase  à  protein  integral  yg  terpaku  di  membran  sel  
Sintesis  protein  terjadi  di  ribosom  di  REK,  sintesis  DNA  terjadi  di  inti  sel.  
 
 
Proses  eksergonik  selalu  diikuti  dg  proses  endergonic  dalam  tubuh:  
Agar   energy   yg   dilepaskan   dr   proses   eksergonik   dpt   ditangkap   utk   dipakai   oleh   proses  
endergonic,  harus  ada  senyawa  antara  yg  umum  (contoh:  ATP)  
Energy   yg   dilepaskan   dr   proses   eksergonik   [con:   oksidasi   substrat   mknan   (glukosa/asam  
lemak)]   ditangkap   langsung   utk   digunakan   pd   proses   endergonic   pembentukan   ikatan  
kovalen  berenergi  tinggi  à  shg  sangat  sedikit  energy  yg  keluar  sbg  panas  à  mknya  suhu  
m.h.  cenderung  konstan.  
 
Ikatan  kovalen  berenergi  tinggi:  ikatan  anhidrida  dan  ikatan  tioester.  
ATP   mempunyai   2   ikatan   anhidrida   asam   à   ATP   dibuat   mitokondria,   diedarkan   ke  
beberapa   tempat   dan   bisa   dipakai   dimana   saja   à   shg   dpt   disebut   dg   senyawa   antara   di  
dalam  sel  (energy  currency)  pd  proses  eksergonik&endergonic.  
Ikatan  ester  à  ikatan  antara  asam  dg  OH  alcohol  yg  mengeluarkan  1  molekul  air.  
Tioester   à   belerang   dg   asam   à   SH   bereaksi   dg   asam   à   yg   paling   terkenal   adlh   asam  
pantotenat  (asam  pantotenat  à  cikal  bakal  KoA.  
 
Tapi,   tdk   pernah   sel   menumpuk   ATP,   karena:   (1)   ATP   adlh   senyawa   anhidrida   asam,  
kurang   stabil   dbangdingkan   senyawa   dg   ikatan   kovalen   biasa,   (2)   senyawa   asam   dan   dpt  
terionisasi,  shg  dapat  merusak.        
Kalo  ATPnya  kelebihan,  energy  dr  ATP  akan  dipakai  utk  membentuk  ikatan  kovalen  biasa  
(contoh:  ikatan  glikosida  pd  glikogen,  atau  ikatan  ester  pd  lemak).