LAPORAN PRAKTIKUM

MK BIOTEKNOLOGI PERTANIAN

(TANAMAN)

Kelas C

Kelompok 8

M. Ganjar Nugraha 150510160111

Dea Pratama 150510160115

Huurun Iin A. 150510160

Fitri Febrianti 150510160

PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN

UNIVERSITAS PADJADJARAN

2018
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

DNA, atau yang dikenal juga sebagai Deoxyribonucleic acid adalah senyawa
kimia yang paling penting dalam makhluk hidup. DNA adalah asam nukleat yang
mengandung materi genetik dan berfungsi sebagai pengatur perkembangan biologis
seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terletak pada nukleus, mitokondria,
dan kloroplas. DNA pada nukleus berbentuk linier dan berasosiasi dengan protein
histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak
berasosiasi dengan protein histon.
Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada (ekstraksi
atau lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer ekstraksi
atau buffer lisis untuk mencegah DNA rusak (Yuwono, 2008). Isolasi DNA dapat
dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain: preparasi ekstrak sel, pemurnian
DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Preparasi ekstrak sel dapat dilakukan
dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti baik secara
mekanik maupun secara kimiawi. Pemecahan dinding sel secara mekanik dapat
dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil.
Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian detergen.
Penambahan sabun cair dan garam dapur adalah untuk melisiskan membran inti
untuk mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA (Rachmat, 2012).
Salah satu prinsipisolasi DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi
merupakan teknik untukmemisahkan campuran berdasarkan berat molekul
komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian
bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung . Hasil
sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan
pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah.
 BAB II

METODE

2.1 Alat dan Bahan

2.1.1 Isolasi DNA

 10% SDS

 Larutan CTAB : 2% CTAB, 100mM Tris-Cl (pH 8.0), 20 mM EDTA (pH 8.0),
1.4 M NaCl

 Isopropanol, chloroform, ethanol 70%, buffer TE

 Pipet

 Sampel untuk isolasi DNA

Tabel Error! No text of specified style in document..1 Sampel Isolasi DNA

No. Manual buffer Plant DNA extraction kit

1. Ubi kentang Biji beras
2. Biji beras
3. Daun teh

2.1.2 PCR
 1 μl DNA Template
 1 μl primer F
 1 μl primer R
 Pipet
 Nuclease Free water

2.1.3 Elektrophoresis
 0,8% gel agarose
 Larutan 0,5xTBE buffer
 Tray elektroforesis
 Pipet
 Loading dye
2.2 Prosedur Praktikum

2.2.1 Isolasi DNA

1. Mesterilisasi alat-alat isolasi (mortal, pestel, spatula, dan gunting) dengan

menggunakan alkohol 70% dan dikeringkan dengan menggunakan tissue.

2. Memotong sampel hingga ukuran kecil sebanyak kurang lebih 0,5 gram
dalam mortal.

3. Menggerus sampel dalam mortar steril yang diberi bufer ekstraksi sebanyak
1000 μL, yang terdiri dari larutan CTAB 900 μL dan larutan SDS 100 μL.

4. Memasukkan hasil gerusan ke dalam tabung mikro 2 mL, menginkubasi di

dalam waterbath pada suhu 65 ˚C selama 15 menit sambil melakukan
pengocokan perlahan setiap lima menit.

5. Memurnikan DNA dilakukan dengan menambahkan CIA (cloroform : isoamil

alkohol = 24 : 1) sebanyak 700 μL ke dalam tabung, kemudian mengocok
DNA hingga merata.

6. Melakukan sentrifugasi suspensi dengan kecepatan 10000 rpm selama 10

menit.

7. Mengambil dan memindahkan supernatan ke tabung mikro 1,5 ml.

8. Melakukan pemekatan DNA dengan penambahan isopropanol sebanyak 700

μL ke dalam supernatan dan mencampurnya perlahan.

9. Melakukan sentrifugais sampel pada kecepatan 10000 rpm selama 10 menit.

10. Mencuci pelet yang diperoleh dengan 10 μL etanol 70%, kemudian diamkan
selama 30 menit dalam suhu ruang.

11. Melakukan sentrifugasi campuran kembali selama 5 menit pada kecepatan

10000 rpm suhu 4oC.

12. Mengeringkan pelet dan selanjutnya di anginkan pada suhu ruangan selama
24 jam hingga alkohol mengering.
 13. Melarutkan pelet yang telah kering dalam bufer TE yang mengandung
ribonuklease sebanyak 100 μL dan didiamkan pada suhu 4°C selama satu
hari sebelum digunakan untuk kegiatan selanjutnya.

2.2.2 PCR
1. Mencampurkan semua komponen yang dibuat kedalam tabung sesuai urutan
(lihat Tabel 1). Setelah semuanya tercampur, mikrotabung disentrifugasi
dalam waktu singkat sekitar 1 menit.
2. Memasukkan sampel dalam mesin PCR.

2.2.3 Elektrophoresis
1. Membersihkan sumur gel agarose dengan menggunakan siringe

2. Meloading sampel 6 μl hasil PCR dan menambahkan 1 μl loading dye ke

dalam sumur gel agarose.

3. Running elektroforesis pada 90 volt selama 60 menit.

 BAB III

HASIL DAN PEMBAHASAN

3.1 Hasil

Gambar 1. Kualitas DNA

Gambar 2. PCR
 BAB IV

PENUTUP

4.1 Kesimpulan
Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsipisolasi DNA
yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan
campuran berdasarkan berat molekul komponennya.
Berdasarkan praktikum yang dilakukan, terdapat beberapa larutan yang memiliki
fungsinya masing-masing selama prosedur dilaksanakan. Pelet DNA pun berhasil
didapatkan, meskipun yang didapatkan pada pelet DNA daun terdapat kontaminasi
yang disebabkan oleh beberapa faktor seperti kurang telitinya pelaksanaan
prosedur. Pelet DNA biji dan buah yang didapatkan tidak terdapat kontaminasi,
namun perlu dilakukan uji kualitas terhadap DNA untuk mengetahui kondisi DNA
yang terisolasi.

4.2 Saran

Sebaiknya setiap prosedur dilakukan secara teliti dan berhati-hati agar tidak terjadi
kontaminasi pada hasil isolasi.
DAFTAR PUSTAKA

Rachmat. 2012. Isolasi DNA. Jakarta

Yuwono, T., 2008. Biologi Molekuler. Erlangga. Jakarta.