Enzim endonuklease restriksi terbagi menjadi dua kelompok atau tipe.

Tipe I akan
mengenali suatu urutan pasangan nukleotida yang spesifik pada DNA dan selanjutnya
memotong DNA pada suatu tapak tidak spesifik jauh dari urutan tadi. Karena tapak
pemotongan tidak spesifik, enzim endonuklease tipe I tidak terlalu bermanfaat untuk
pembentukan molekul DNA rekombinan. Enzim endonuklease restriksi tipe II juga mengenal
suatu urutan pasangan nukleotida spesifik pada DNA, tetapi tipe ini memotong DNA justru
didalam urutan tadi. Oelah karena itu pemotongan DNA selalu pada urutan yang sama (tapak
yang sama), maka enzim endonuklease restriksi II sangat bermanfaat untuk pembentukan
molekul DNA rekombunan.

Urutan pengenalan enzim endonuklease restriksi tipe II memiliki suatu sumbu simetri
yang melewati titik tengah urutan pengenalan. Dalam hal ini urutan basa 5’ ––> 3’ pada
ujung DNA sama dengan urutan basa 5’ –– > 3’ pada komplementernya.

Enzim endonuklease restriksi sudah diisolasi pada sejumlah bakteri yang berbeda.
Oleh karena itu tiap enzim memerlukan DNA pada suatu urutan pasangan nukleotida yang
spesifik untuk enzim yang bersangkutan. Enzim yang berbeda mengenal dan memotong
urutan pasangan nukleotida yang, enzim tersebut disebut isoehnzeme.

Pemutusan DNA oleh enzim endonuklease restriksi tipe II terjadi pada posisi
menyamping, tetapi sebagian lagi pada posisi berhadapan. Pemutusan DNA pada posisi
menyamping menghasilkan ujung 5’ lancip ataupun ujung 3’ lancip. Sedangkan pemutusan
pada posisi berhadapan menghasilkan ujung tumpul. Enzim endonukleasi restriksi II yang
menghasilkan ujung-ujung lancip memiliki nilai khusus pada pengklonal fragmen-fragmen
DNA juga kedua ujung tajam hasil pemotongan bertemu dalam larutan, maka akan terbentuk
perpasangan basa yang sempurna.

Seleksi Klon Rekombinan

Southern mengembangkan suatu metode untuk mendeteksi fragmen-fragmen didalam

sel agarose yang komplementer dengan urutan RNA atau DNA tertentu. Metode ini dikenal
sebagai Southern Blotting yang kemudian dikembangkan untuk menganalisis RNA dan
protein yang dikenal dengan Nothern dan Wastern blotting. Pada intinya, teknik blotting ini
mentransfer makro molekul dari gel yang berarti mereka telah dipisahkan secara
elektroforesis ke permukaan suatu membran. Sekali ditransformasi, makro molekul ini akan
dapat difiksasi secara permanen pada membran. Membran ini relatif mudah ditangani dan
dapat dipakai untuk berbagai macam teknik analisis. Sebagai akibatnya, membran ini juga
luas pemakaiannya dalam mendeteksi dan menganalisis asam dan protein.

MANFAAT DAN RISIKO REKAYASA GENETIKA

Manfaat Rekaya Genetika

1. Analisis Genetika
Dewasa ini, teknik DNA rekombinan digunakan untuk kepentingan analisis
genetik. Teknik ini memungkinkan pengadaan suatu kumpulan klon yang meliputi
keseluruhan klon, demikian pula memungkinkan pemetaan genetik maupun fisik yang
 lengkap serta memungkinkan pemetaan urutan nukleotida dari keseluruhan
kromosom. Peta fisik yang dihasilkan memperlihatkan seluruh gen pada genom yang
ditandai oleh urutan nukleotida.
2. Diagnosis Molekular atas penyakit manusia
Pemanfaatan urutan DNA yang diklon memungkinkan pengamatan langsung
terhadap genotip dari pada pengamatan atas suatu produk gen yang belum dikenal
atau yang tidak terekspresi.
3. Terapi Gen
Kemampuan mengisolasi dan mengklon gen-gen spesifik manusia yang pada
mulanya dikembangkan sebagai suatu kegiatan penelitian, sekarang digunakan dalam
bidang kedokteran secara operasional untuk menangani kelainan-kelainan menurun
dan cara yang ditempuh adalah mengganti gen cacat dengan salinan gen normal.
Proses terapi itu disebut sebagai terapi gen. Panduan terapi gen sudah disusun dan
mencakup beberapa hal yang akan ditempuh lebih lanjut.
a. Gen harus diisolasi dan ditranfer.
b. Cara tranfer gen yang efektif harus ada
c. Jaringan target harus dapat tercapai
d. Terapi gen tidak boleh menyakiti pasien dan sudah tidak ada cara terapi
yang efektif.
4. Sidik Jari DNA
RFLP sudah digunakan untuk membedakan salinan gen yang normal dari
yang mutan dan dapat digunakan sebagai penanda genetik, karena polimorfisme
tersebut diwariskan dalam pola kodominan. Fenotip dari penanda ini berupa susunan
atau deretan fragmen DNA berbagai ukuran yang ada pada southern blou, sesudah
DNA dipotong dengan enzim endonuklease restriksi. Tipe RFLP kedua muncul dari
variasi jumlah urutan berulang tandem.
5. Bioteknologi
Menurut Micklos da freyer (1990) kesulitan analitis genetis tanaman disebabkan oleh:
1. Pertumbuhan tanaman yang lambat dan umur pergantian generasi yang lama
2. Besarnya genom tanaman termasuk banyaknya kromosom poliploid
3. Dimilikinya kotak kayu yaitu dinding sel berupa selulose yang mengelilingi
tanaman

Oleh karena itu, penelitian dilakukan pada sel tunggal, karena sifat yang
dikendalian oleh banyak gen sulit direkayasa dan dikendalian. Peneliti tanaman
menghadapi masalah yang sama dalam upaya mereka untuk merekayasa secara
genetis pengembangan kemampuan tanaman dalam fotosintesis dalam toleransi
terhadap kekeringan dan dalam hal sifat meningkatkan jumlah panen. Hal ini berlaku
juga pada peneliti hewan yang menggunakan gen-gen tunggal dalam penelitiannya.

Menciptakan Dasar Yang Kokoh Bagi Keberhasilan Pengembvangan Relayasa Genetika Di

Indonesia

Sebagai suatu ilmu terapan dalam biologi di Indonesia, diharapkan rekayasa genetika
dapat dikuasai dan dikembangkan dengan cara secepat mungkin menciptakan dasar yang
kokoh bagi pengembangan rekayasa genetika yang dilakukan dan diharapakan lebih berhasil
sehinga kita tidak selalu hanya mempu melakukan alih teknologi saja.

Dasar yang kokoh bagi pengembangan rekaysa genetika di Indonesia adalah tumbuh
dan berkembangnya ilmu-ilmu murni pendukung. Inilah dasar utama bagi pengembangan
rekayasa genetika sebagai ilmu terapan disamping faktor-faktor lain. Hal ini berarti ilmu-ilmu
murni dalam genetika, biokimia, biologi, molekular dan sebagainya harus tumbuh dan
berkembang dengan ditunjang oleh tenaga-tenaga handal dan prasarana yang dibutuhkan.

Suatu cara pengadaan tenaga handal yang akan menekuni usaha-usaha pengembangan
ilmu-ilmu murni adalah dengan perbaikan dan pembenahan dalam jalur sekolah dan diantara
tenaga-tenaga handal diharapkan akan banyak muncul karya penelitian murni yang dapat
mendorong pertumbuhandan perkembangan ilmu-ilmu murni dalam genetika, biokimia,
biologi, molekulaer dan sebagainya yang nantinya berdampak pada laju pertumbuhan dan
perkembangan ilmu-ilmu terapan termasuk rekayasa genetika yang semakin cepat.

Pertanyaan dan jawaban:

1. Bagaiamana teknik rekombinan digunakan dalam analisis genetika?

Jawab:
Dewasa ini, teknik DNA rekombinan digunakan untuk kepentingan analisis
genetik. Teknik ini memungkinkan pengadaan suatu kumpulan klon yang meliputi
keseluruhan klon, demikian pula memungkinkan pemetaan genetik maupun fisik
yang lengkap serta memungkinkan pemetaan urutan nukleotida dari keseluruhan
kromosom. Peta fisik yang dihasilkan memperlihatkan seluruh gen pada genom
yang ditandai oleh urutan nukleotida.

2. Dalam melakukan proses terapi gen apa saja yang perlu diperhatikan?
Jawab:
Panduan terapi gen sudah disusun dan mencakup beberapa hal yang akan
ditempuh lebih lanjut seperti gen harus diisolasi dan ditranfer, cara tranfer gen
yang efektif harus ada, jaringan target harus dapat tercapai dan terapi gen tidak
boleh menyakiti pasien dan sudah tidak ada cara terapi yang efektif.

3. Bagaiamana dasar pengembangan rekayasa genetika di Indonesia?

Jawab:
Dasar yang kokoh bagi pengembangan rekaysa genetika di Indonesia adalah
tumbuh dan berkembangnya ilmu-ilmu murni pendukung. Inilah dasar utama bagi
pengembangan rekayasa genetika sebagai ilmu terapan disamping faktor-faktor
lain. Hal ini berarti ilmu-ilmu murni dalam genetika, biokimia, biologi, molekular
dan sebagainya harus tumbuh dan berkembang dengan ditunjang oleh tenaga-
tenaga handal dan prasarana yang dibutuhkan.
4. Bagaiaman cara pengadaan tenaga handal yang akan menekuni bidang ilmu
murni?
Jawab:
Suatu cara pengadaan tenaga handal yang akan menekuni usaha-usaha
pengembangan ilmu-ilmu murni adalah dengan perbaikan dan pembenahan dalam
jalur sekolah dan diantara tenaga-tenaga handal diharapkan akan banyak muncul
karya penelitian murni yang dapat mendorong pertumbuhandan perkembangan
ilmu-ilmu murni dalam genetika, biokimia, biologi, molekulaer dan sebagainya
yang nantinya berdampak pada laju pertumbuhan dan perkembangan ilmu-ilmu
terapan termasuk rekayasa genetika yang semakin cepat.