Estrutura de Proteínas

1
 Importância da Estrutura Primária

E. coli : 3.000 proteínas; Humanos: 50.000-100.000

Estrutura tridimensional característica : função característica

Estrutura primária influencia na estrutura e função

1 - funções diferentes, seqüências diferentes
2 - doenças genéticas – proteínas defeituosas (30% - muda 1 aa)
3 – funções similares em espécies diferentes: seqüências similares
Ex: Ubiquitina idêntica em mosca de frutas e homem

2
Conformação de Proteínas
Níveis de Estrutura

3
 Importância da Estrutura Primária
Estrutura primária influencia na estrutura e função
Anemia Falciforme

Único resíduo de Valina no lugar de Ac. Glutâmico (6) na

hemoglobina

4
 Ligação Peptídica

Ligação Peptídica mantém a Estrutura Primária

condensação

1930
Ligação Simples
Linus Pauling mais curta
Robert Corey 5
 Ligação Peptídica

Compartilhamento de 2 pares de elétrons

O da Carbonila tem N da Amida tem carga

carga parcial parcial positiva
negativa Caráter Parcial de
dupla ligação

Rigidez
Lig. da
Dipolo
peptídica
elétrico ligação
6
 Ligação Peptídica

LIGAÇÃO RÍGIDA E PLANAR

Sem rotação N-C (mais curta)

Lig. Ca rodam
normal
Rotação de grupos R

7
 Ligação Peptídica

Ângulos de
Rotação

Impedimentos estéricos

Gera a
Estrutura
Secundária da
cadeia

8
Ligação Peptídica

Polipeptídeo

9
 Estrutura Secundária de Proteínas

Conformação local de alguma porção do polipeptídeo

a- Hélice (1930)
Conformação-b (1951)
Alças ou Dobras

10
 a -Hélice
 Arranjo mais simples do polipeptídeo

 Estrutura fortemente retorcida em torno

de um eixo longitudinal imaginário

 Grupo R voltado para fora

 Cada volta = 3,6 resíduos de aminoácidos

 f = - 45o y = -60
11
a -Hélice

12
a -Hélice

Em proteínas,
Hélice direita

L-aminoácidos

13
 a- Hélice
Nem todos polipeptídeos formam α
hélice estável

Estabilização interna da cadeia

LIGAÇÕES-H - Internas

H do N
Ligações-H
O do C

No 4o aminoácido N- termimal

Grupo R
N-term 14
externo
 a- Hélice
Dependência dos Grupos R

 CARGA em pH7.0  VOLUME ou

FORMA
Ex: Bloco de Glu

Não se forma a hélice ou é

desestabilizada quando próximos
15
 a- Hélice
Dependência dos Grupos R

Arginina 103

Aspartato 100

Par iônico
Idem para
Estabiliza hélice hidrofóbicos
16
 a- Hélice
Dependência dos Grupos R

PROLINA GLICINA

Dobra desestabilizadora Possui muita flexibilidade

Não tem H para pontes
Pouca freqüência em
hélices
Raramente em hélices
17
 a- Hélice
+ DIPOLO ELÉTRICO

 Resultante das pontes-H da cadeia

 4 últimos aa não fazem ligações de H

 Distribuição diferente nas extremidades

Aminoácidos
Negativos

Aminoácidos
- Positivos
18
 a- Hélice

* Restrições que afetam a estabilidade das hélices:

 1) repulsão ou atração eletrostáticas dos aa com seus grupos Rs
 2) volumes dos grupos Rs
 3) interação entre as cadeias de aa (espaçados 3-4aa)
 4) prolina e glicina
 5) interação entre aa das extremidades e dipolo elétrico da hélice

Depende dos aa da porção da cadeia (Estrut. Primária)

19
 CONFORMAÇÃO b
 Estrutura estendida em forma de zigue-zague

 Estruturas lado a lado = Pregas (FOLHAS-b = b-sheet)

 FOLHAS-b: ligações-H - Entre sequências vizinhas

 Porções próximas ou não na sequência

 Grupo R voltado para fora em direções opostas (alternados)

 Paralela ou Antiparalela (amino-carboxi terminais)

20
 Folha-b (b-sheet)

Ponte-H

R - alternados Ex:
21
Fibroína
 Folha-b (b-sheet)

Ponte-H

R - alternados 22
Folha-b

antiparalelas

Grupos R pequenos
Gly, Ala Fibroína 23
da seda
 DOBRAS ou ALÇAS

 Dobra ou volta de até 180o

 30% nas estruturas enoveladas são alças ou dobras

Dobras b (dobras em folhas b)

 4 resíduos: LIGAÇÕES-H entre O (carboxi) com H (N) do 4oaa
 Resíduos Glicina (pequeno R) e Prolina (N config. cis)

24
 DOBRAS ou AlÇAS

Prolina

Mudança de
direção

- 6%
- Folhas25b
 Interações mantém a conformação
Estabilidade Protéica: tendência ao estado nativo (funcional) - ENOVELADO

MANUTENÇÃO DA CONFORMAÇÃO ENOVELADA

ΔG enovelado/desenovelado ~ 20 a 60kJ/mol

* Lig. Dissulfeto e Interações Fracas mantém o estado enovelado

---Ligações-H, interações hidrofóbicas e iônicas

200 a 400kJ/mol para quebrar lig. simples

4 a 30kJ/mol para quebrar interação fraca 26
 Interações Hidrofóbicas

Proteína

Lipídeos N

Dispersão de
lipídios na água
– camada de C
solvatação

Formação de
Aglomerados – N

Maior entropia
da água

27
 Enovelamento da Proteína

Aumento da entropia da Água

Fator energético positivo para enovelamento

Associação de grupos Hidrofóbicos

Formação das Ligações de Hidrogênio entre aminoácidos

PADRÃO ESTRUTURAL

1) Resíduos hidrofóbicos no interior da macromolécula

2) Ligações-H dentro da Proteína é maximizado

28
 Estrutura Terciária e Quaternária

Estrutura Terciária:
Arranjo global de todos os átomos, envolvendo interações de aa em
distâncias mais longas na cadeia

Estrutura Quaternária :
Arranjo de duas ou mais cadeias polipeptídicas (subunidades) formando
complexos tridimensionais

29
 Proteínas Fibrosas e Globulares

Proteínas Fibrosas: arranjos de cadeias em folhas ou feixes

(único tipo de estrutura secundária)
Ex: suporte, formas e proteção

Proteínas globulares: arranjos de cadeias enoveladas em formas

esféricas ou globulares. (vários tipos de est. Secundárias)
Ex: enzimas e proteínas regulatórias

30
 PROTEÍNAS FIBROSAS

a-QUERATINA, COLÁGENO e FIBROÍNA

 Funções: resistência e/ou flexibilidade

 Elemento repetitivo de estrutura secundária

 Insolúveis: resíduos hidrofóbicos internos e no exterior

(empacotamento de cadeias encobrem
hidrofobicidade externa)

31
 a-QUERATINA

 Resistência, função estrutural

 Cabelos, unhas, lã, garras, espinhos, chifres, cascos, pele, penas

 Família dos Filamentos Intermediários - FI (estão presentes no

citoesqueleto celular com função estrutural)

 Duas fitas de a-queratina paralelas: espiral super-retorcida para a

esquerda (estrutura quaternária)

 Aminoac. Hidrofóbicos mantém superenovelamento e

Pontes Dissulfeto cruzadas aumentam resistência
32
 a-QUERATINA

Hélice para direita

(310aa)

Enovelada para esquerda

(67kDa)

33
 a-QUERATINA – estrutura superespiralada

Aminoácidos
Hidrofóbicos
Ala, Val, Leu,
Iso, Met, Phe

Ligações Dissulfeto:
Chifres - 18% dos aa são Cys 34
 a-QUERATINA
Secção transversal do fio de cabelo

35
 Resistência aumentada por ligações cruzadas
Ondulação permanente do cabelo
Calor úmido
Redução das
b-conformação pontes e
Enrolado Formação
em molde das pontes
esticado quebras de
pontes H

36
 COLÁGENO

 Resistência mecânica
 Tecidos conjuntivos: tendões, cartilagens, matriz do osso, córnea
dos olhos

 Hélice para Esquerda; três resíduos por passo

 TRÊS CADEIAS paralelas: espiral super-retorcida para a direita

(estrutura quaternária)

 35% Gly, 11%Ala, 21%Pro (HydPro)

 Peso Molecular: 100kDa 37
 COLÁGENO

Seqüência Repetida
Gly-X-Pro Hélice Tripla
Gly-X-HyPro Superespiralada

Curvatura
para direita

Hélice para
esquerda

Mais forte que aço!! 38

 COLÁGENO

Hélice Tripla Superespiralada vista da Extremidade Carboxi

Glicinas
39
“internas”
 COLÁGENO

Hélice tripla com 3 cadeias

Fibrilas de colágeno
Ligações cruzadas covalentes
15A
entre Lys e HyLys (> no > rigidez)

40
 COLÁGENO

 Defeitos genéticos: Podem ser Letais

- Síndrome de Ehlers-Danlos – junções frouxas
Substituição de uma Cys ou Ser (grupo R maior) por Glicina

 Desnutrição específica:
Escorbuto: falta vitamina C para enzima da via = hyPro e hyLys
causa hemorragia (paredes fracas dos vasos); cicatrização ineficiente, perda de dentes
e insuficiência cardíaca.

41
 FIBROÍNA da SEDA

 Produzida por insetos e aracnídeos

 Estrutura secundária em conformação b
 Rica em Glicina e Alanina – interações fracas e

pontes H

Fiandeiras da aranha

42
 FIBROÍNA da SEDA

Empacotamento das
cadeias laterais

Pontes H entre as cadeias

Não estende, mas é muito flexível (interações fracas)

43
 PROTEÍNAS GLOBULARES

Estrutura Terciária: empacotamento de segmentos diferentes

da cadeia polipeptídica uns sobre os outros (se for de
diferentes cadeias: quaternária)

 Enovelamento: Forma compacta (globular)

 Diversidade estrutural para funções diferentes (enzimas,

transportadoras, motoras, regulatória, anticorpos, etc)

44
 PROTEÍNAS GLOBULARES

 Enovelamento: Forma compacta (globular)

Soroalbumina humana: 585 aa (Mr 64.500)

45
 PROTEÍNAS GLOBULARES

MIOGLOBINA

 Difração de raios-X (anos 50)

 Massa Molecular: 16.700; 153 resíduos de aa
 Grupo Heme (protoporfirina): liga O2 (como hemoglobina no sangue)
 Armazena O2 no músculo marrom
 Músculo marrom: baleia, foca, botos (Submersão por períodos longos)

Grupo heme

46
 MIOGLOBINA

 8 a-hélices
 Dobras (dobra-b)
 Grupo heme (vermelho)

 Hélices: maior 23aa; menor 7aa

 70% aa em hélices
 Grupos R ocupam interior

Representação em Fita 47
 MIOGLOBINA

Fita com R Espaço cheio

hidrofóbicos em azul (vWalls)

Hidrofóbicos em
azul 48
MIOGLOBINA

Conclusões da resolução da
estrutura da mioglobina

 Grupos R hidrofóbicos no
interior da estrutura (estabilidade)

 Poucas (4) moléculas H2O

 4 Prolinas em dobras (Ser, Thr, Asn)

 Grupo Heme em cavidade (bolsão)

Importância para ligação do O2 no Fe2+
49
 PROTEÍNAS GLOBULARES

Citocromo c Lisozima Ribonuclease

Pontes dissulfeto 50
 ESTRUTURA QUATERNÁRIA DAS PROTEÍNAS
Associação de Cadeias Polipeptídicas

 Proteína multissubunitária: Multímero

 Poucas subunidades: Oligômero
 Cada subunidades: Monômero
 Duas subunidades: Dímero

51
ESTRUTURA QUATERNÁRIA DAS PROTEÍNAS
Hemoglobina
1ª proteína oligomérica com estrutura resolvida (1959)

 4 polipeptídeos (Mr 64500)

 Duas cadeias alpha (141aa)
 Duas cadeias beta (146aa)
 Dímero de Protômeros
 4 grupos prostéticos

52
 ENOVELAMENTO DE PROTEÍNAS

Enovelamento: estrutura tridimensional (conformação nativa)

adquirida pelo polipeptídeo linear

53
 ENOVELAMENTO DE PROTEÍNAS

Desnaturação: alteração da estrutura tridimensional suficiente

para a proteína perder sua função (atividade)

• Calor: desfaz pontes-H

• pH: altera carga líquida da proteína
• Álcool, acetona: rompem interações hidrofóbicas
• Uréia e Detergentes: interferem nas interações hidrofóbicas
SDS

• (NH4)2SO4: interfere nas interações com água

• Guanidina: interferem nas interações eletrostáticas
54
 Desnaturação

Processo cooperativo
55
Renaturação: volta ao estado nativo

Ribonuclease A

Toda informação para o

enovelamento está na
seqüência da aa

56
 ENOVELAMENTO

E. coli produz proteína de 100aa em 5s!!!!

Paradoxo de Levinthal (1968) Aleatório levariam
1077 anos!!

NÃO é Aleatório!

Forma-se Estrut. Secundárias, Supersecundárias, Domínios

(modelo hierárquico)

e/ou
Colapso espontâneo mediado por interações hidrofóbicas
(modelo colapso hidrofóbico – molten globule)

Proteínas enovelam-se usando esses dois modelos 57

 ENOVELAMENTO

Termodinâmica do Enovelamento

58
 ENOVELAMENTO

Termodinâmica do Enovelamento

59
 ENOVELAMENTO

Vaca-louca (doença do príon): enovelamento errado de uma

proteína (príon) de Mr 28.000 que provoca um efeito dominó que
converte outras príons para forma errada, formando agregados.
Forma espongiforme do cérebro.

Microscopia do
córtex cerebral
doente (vacuolar)

60