You are on page 1of 6

See discussions, stats, and author profiles for this publication at: https://www.researchgate.

net/publication/265116781

Simulasi Dinamika Molekular Proses Adhesi pada Model Nanopartikel 2D

Article

CITATIONS READS

0 806

2 authors:

Fadjar Fathurrahman Suprijadi Suprijadi


Bandung Institute of Technology Bandung Institute of Technology
6 PUBLICATIONS   6 CITATIONS    78 PUBLICATIONS   150 CITATIONS   

SEE PROFILE SEE PROFILE

Some of the authors of this publication are also working on these related projects:

Compaction in 2-d granular materials View project

All content following this page was uploaded by Suprijadi Suprijadi on 05 January 2015.

The user has requested enhancement of the downloaded file.


Prosiding Seminar Kontribusi Fisika 2011 (SKF 2011)
SK004
1-2 Desember 2011, Bandung, Indonesia

Simulasi Dinamika Molekular Proses Adhesi pada Model


Nanopartikel 2D
Fadjar Fathurrahman*, Suprijadi Haryono
Abstrak
Dalam makalah ini akan dilaporkan mengenai simulasi dan visualisasi proses adhesi
yang terjadi pada nanopartikel. Pemodelan dilakukan pada 2D dan simulasi dilakukan
dengan menggunakan teknik dinamika molekular sederhana dengan menggunakan
model potensial Lennard-Jones dan harmonik. Analisis kualitatif dilakukan dengan
melakukan visualisasi trayektori yang dihasilkan. Nanopartikel dimodelkan dengan 200
atom yang saling berikatan membentuk segi enam. Sedangkan untuk adatom
digunakan tiga model yakni monoatom, diatom, dan 7 atom yang membentuk
heksagonal. Fenomena osilasi adatom pada satu sisi nanopartikel teramati pada suhu
tertentu. Melalui analisis kualitatif terhadap trayektori yang dihasilkan diketahui bahwa
suhu merupakan faktor yang dominan dalam proses adhesi. Semakin tinggi suhu
adhesi semakin sulit terjadi. Selain suhu, bentuk dan massa atom juga mempengaruhi
meskipun tidak signifikan.
Kata-kata kunci: dinamika molekular, model nanopartikel 2D, adhesi, osilasi

Pendahuluan
Sifat dari material dalam skala nano pada umumnya berbeda dengan sifat dari
material tersebut dalam skala makro. Contohnya adalah nanopartikel Cu bersifat keras
dan tidak memiliki sifat dapat ditempa dan elastis seperti yang diamati pada Cu
makroskopik. Nanopartikel mendapatkan banyak perhatian dalam perkembangan
sains dan teknologi pada saat ini karena merupakan jembatan antara material bulk dan
struktur molekular. Salah satu cara yang mudah untuk menganalisis dan memprediksi
sifat dan fenomena yang menarik dalam skala nano adalah metode komputasi yang
berdasarkan pada dinamika molekular [1] dan/atau teori struktur elektronik (termasuk
di dalamnya adalah teori kerapatan fungsional).
Dalam makalah ini akan dibahas mengenai pemodelan nanopartikel sederhana
dalam 2D dan fenomena adhesi partikel yang lebih kecil ke nanopartikel tersebut
dengan menggunakan dinamika molekular. Dalam bagian dasar teori akan dijelaskan
mengenai teori dasar dinamika molekular dan model potensial yang digunakan. Nilai
parameter, struktur nanopartikel, dan prosedur simulasi akan dijelaskan dalam bagian
metode perhitungan sedangkan hasil perhitungan akan dibahas dalam bagian hasil
perhitungan dan analisis. Makalah ini ditutup dengan beberapa kesimpulan penting
yang dapat diambil dari perhitungan.

Teori
Dinamika molekular pada dasarnya memecahkan persamaan gerak dengan
menggunakan mekanika klasik (persamaan Newton). Karena persamaan yang terlibat
sangat besar (bergantung dari ukuran sistem yang diteliti) persaman ini diselesaikan
dengan menggunakan algoritma numerik yang diimplementasi pada komputer. Salah

ISBN 978-602-19655-1-1 Halaman 162 dari 216


Prosiding Seminar Kontribusi Fisika 2011 (SKF 2011)
1-2 Desember 2011, Bandung, Indonesia

satu komponen yang penting dalam dinamika molekular adalah potensial. Gaya yang
bekerja pada partikel diturunkan dari potensial ini. Salah satu potensial yang sering
digunakan adalah potential Lennard-Jones [2]:

  12   6 
U (r )  4       (1)
 r   r  
Dalam persamaan (1),  dan  adalah parameter potensial yang menyatakan
kekuatan dan jangkauan dari potential. Meskipun potensial ini pada awalnya
digunakan untuk memodelkan potensial pada argon cair, potensial ini juga sering
digunakan dalam model yang lebih umum untuk mendapatkan gambaran kualitatif.
Dalam implementasi dinamika molekular biasanya potential ini hanya bekerja pada
rentang jarak yang lebih kecil daripada nilai tertentu, rcut .
Selain potensial Lennard-Jones, potensial harmonik [1,3]:

1
k r  r0 
2
U (r )  (2)
2

juga sering digunakan untuk memodelkan potensial interaksi antara atom-atom yang
saling berikatan. Dalam persamaan (2) k dan r0 menyatakan konstanta gaya
harmonik dan jarak ikatan ekuilibrium.
Dalam makalah ini digunakan satuan Lennard-Jones [3]. Panjang dinyatakan dalam
satuan 3.4 angstrom. Satuan energi dinyatakan dalam 120  1.3806  10 16 erg/atom.
Satuan massa dinyatakan dalam 39.95  1.6747  10 24 g. Satuan waktu dinyatakan
dalam 2.161  10 12 s.

Metode Perhitungan
Perhitungan dalam makalah dilakukan dengan menggunakan paket perangkat
lunak dinamika molekular berbasis CPU/GPU (melalui toolkit CUDA) HOOMD (Highly
Optimized Object-oriented Many-particle Dynamics) yang ditulis dengan menggunakan
Python dan C++ [4]. Visualisasi struktur dan trayektori dilakukan dengan
menggunakan paket perangkat lunak VMD (Visual Molecular Dynamics) [5]. Dalam
HOOMD digunakan potensial Lennard-Jones yang dimodifikasi:

  12   
6

U (r )  4        (3)
 r   r  

ISBN 978-602-19655-1-1 Halaman 163 dari 216


Prosiding Seminar Kontribusi Fisika 2011 (SKF 2011)
1-2 Desember 2011, Bandung, Indonesia

Dalam persamaan (3), parameter  menyatakan kekuatan relatif gaya tarik


dibandingkan dengan gaya tolak.
Nanopartikel dimodelkan dengan 200 atom fiktif (diberi label A) yang saling
berikatan membentuk agregat heksagonal. Struktur tersebut dapat dilihat pada
Gambar 1.

Gambar 1. Struktur model nanopartikel.


Untuk adatom dimodelkan dengan menggunakan atom fiktif (diberi label B) yang
berupa monoatomi, diatomik, dan 7 atom yang saling berikatan membentuk
heksagonal. Posisi awal struktur-struktur tersebut dapat dilihat pada Gambar 2.

Gambar 2. Struktur awal yang digunakan dalam simulasi.


Parameter-parameter tetap yang digunakan dalam perhitungan adalah sebagai
berikut:  AA   BB  1.0 ,  AA   BB  1.0 ,  AA   BB  1.0 ,  AB  2.0 ,  AB  1.0 ,
 AB  1.3 .Massa atom A dibuat tetap 10 sedangkan massa atom B divariasikan: 5,
10, 20, 30, dan 50. Ensemble yang digunakan adalah NVT dengan nilai T
divariasikan: 0.02, 0.2, 0.4, 0.6, 0.8, dan 1.0. Ukuran kotak simulasi adalah 40 x 40.
Ukuran time step yang digunakan adalah 0.005 dan simulasi dilakukan 100000 time
step untuk setiap sistem.

ISBN 978-602-19655-1-1 Halaman 164 dari 216


Prosiding Seminar Kontribusi Fisika 2011 (SKF 2011)
1-2 Desember 2011, Bandung, Indonesia

Hasil dan Diskusi


Analisis kualitatif dilakukan dengan memvisualisasikan trayektori yang diperoleh
dari simulasi. Contoh snapshot trayektori dapat dilihat pada Gambar 3.

Gambar 3. Snapshot visualisasi trayektori hasil simulasi.


Untuk semua parameter model yang dicoba, diperoleh bahwa adhesi terjadi hampir
pada seluruh sistem pada rentang suhu yang disimulasikan. Meskipun demikian
kestabilan adhesi ini bergantung pada suhu. Semakin tinggi suhu, proses adhesi
cenderung makin sulit untuk terjadi. Pada suhu rendah adhesi sudah terjadi pada awal
simulasi, sedangkan untuk suhu yang lebih tinggi proses adhesi terjadi pada waktu
yang lebih lama. Selain itu adhesi yang terjadi pada suhu tinggi tidak stabil karena
partikel yang teradhesi masih dapat bergerak cukup bebas.
Selain itu, massa dan ukuran partikel yang teradhesi juga mempengaruhi proses
adhesi. Semakin besar massa partikel yang teradhesi dibandingkan dengan massa
atom pembentuk nanopartikel, adhesi cenderung makin sulit terjadi jika suhu tinggi.
Jika suhu tidak terlalu tinggi adhesi dari partikel dengan massa besar ke nanopartikel
masih dapat terjadi.
Bentuk partikel yang teradsorpsi juga mempengaruhi mudah atau tidaknya proses
adhesi. Dari simulasi yang dilakukan diperoleh bahwa semakin besar partikel semakin
mudah terjadi adhesi dengan nanopartikel.
Dari seluruh simulasi yang dilakukan sebagian besar proses adhesi juga dibarengi
dengan gerakan osilasi partikel teradhesi pada satu sisi dari nanopartikel. Amplitudo
osilasi ini dipengaruhi oleh suhu secara siginifikan. Semakin tinggi suhu semakin besar
amplitudo osilasi partikel teradhesi. Kami tidak menemukan adanya pengaruh
signifikan dari ukuran partikel terhadap amplitudo osilasi dari simulasi yang kami
lakukan meskipun secara intuitif semakin besar ukuran partikel amplitudo osilasi yang

ISBN 978-602-19655-1-1 Halaman 165 dari 216


Prosiding Seminar Kontribusi Fisika 2011 (SKF 2011)
1-2 Desember 2011, Bandung, Indonesia

terjadi akan menurun. Amplitudi osilasi yang terjadi pada partikel dengan 7 atom tidak
terlihat jauh berbeda dengan osilasi yang terjadi pada monoatom.
Untuk penelitian lebih lanjut dapat digunakan model 3D dengan menggunakan
model nanopartikel yang lebih realistis, misalnya bentuk geometri dodekahedron.
Selain itu juga dapat digunakan model nanopartikel dengan atom yang sebenarnya
dan potensial yang diperoleh dari perhitungan ab initio.

Kesimpulan
Dalam makalah ini kami melakukan pemodelan dan simulasi proses adhesi pada
nanopartikel. Dari hasil simulasi kami menemukan bahwa faktor suhu, massa, dan
ukuran partikel yang teradhesi mempengaruhi kestabilan adhesi. Semakin tinggi suhu,
adhesi semakin sulit untuk terjadi. Semakin besar massa partikel, semakin sulit adhesi
terjadi. Semakin besar ukuran partikel, semakin mudah adhesi terjadi. Faktor suhu
merupakan faktor yang paling dominan di antara faktor-faktor tersebut. Selain itu,
partikel yang teradhesi pada nanopartikel juga mengalami gerak osilasi pada salah
satu sisi dari nanopartikel.

Referensi
[1] M.P. Allen dan D.J. Tildesey. “Computer Simulation of Liquids”. Oxford Science
Publications. Oxford. 1987.
[2] Lennard-Jones, J. E. "On the Determination of Molecular Fields", Proc. R. Soc.
Lond. A 106 (738): 463–477. (1924).
[3] D.C. Rapaport. “The Art of Molecular Dynamics Simulation 2nd Edition”.
Cambridge University Press. Cambridge. 2004. p. 15.
[4] W. Humphrey, A. Dalke, dan K. Schulten, "VMD - Visual Molecular Dynamics", J.
Molec. Graphics, 1996, vol. 14, pp. 33-38. URL:
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
[5] Joshua A. Anderson, Chris D. Lorenz, dan Alex Travesset. “General purpose
molecular dynamics simulations fully implemented on graphics processing units”.
Journal of Computational Physics 227 (2008). p. 5342. URL:
http://codeblue.umich.edu/hoomd-blue

Fadjar Fathurrahman*
Program Magister Sains Komputasi
Institut Teknologi Bandung
tom_marvollo@students.itb.ac.id

Suprijadi Haryono
Theoretical High Energy Physics And Instrumentation Research Division
Institut Teknologi Bandung
supri@fi.itb.ac.id

*Corresponding author

ISBN 978-602-19655-1-1 Halaman 166 dari 216

View publication stats

You might also like