Professional Documents
Culture Documents
net/publication/265116781
Article
CITATIONS READS
0 806
2 authors:
Some of the authors of this publication are also working on these related projects:
All content following this page was uploaded by Suprijadi Suprijadi on 05 January 2015.
Pendahuluan
Sifat dari material dalam skala nano pada umumnya berbeda dengan sifat dari
material tersebut dalam skala makro. Contohnya adalah nanopartikel Cu bersifat keras
dan tidak memiliki sifat dapat ditempa dan elastis seperti yang diamati pada Cu
makroskopik. Nanopartikel mendapatkan banyak perhatian dalam perkembangan
sains dan teknologi pada saat ini karena merupakan jembatan antara material bulk dan
struktur molekular. Salah satu cara yang mudah untuk menganalisis dan memprediksi
sifat dan fenomena yang menarik dalam skala nano adalah metode komputasi yang
berdasarkan pada dinamika molekular [1] dan/atau teori struktur elektronik (termasuk
di dalamnya adalah teori kerapatan fungsional).
Dalam makalah ini akan dibahas mengenai pemodelan nanopartikel sederhana
dalam 2D dan fenomena adhesi partikel yang lebih kecil ke nanopartikel tersebut
dengan menggunakan dinamika molekular. Dalam bagian dasar teori akan dijelaskan
mengenai teori dasar dinamika molekular dan model potensial yang digunakan. Nilai
parameter, struktur nanopartikel, dan prosedur simulasi akan dijelaskan dalam bagian
metode perhitungan sedangkan hasil perhitungan akan dibahas dalam bagian hasil
perhitungan dan analisis. Makalah ini ditutup dengan beberapa kesimpulan penting
yang dapat diambil dari perhitungan.
Teori
Dinamika molekular pada dasarnya memecahkan persamaan gerak dengan
menggunakan mekanika klasik (persamaan Newton). Karena persamaan yang terlibat
sangat besar (bergantung dari ukuran sistem yang diteliti) persaman ini diselesaikan
dengan menggunakan algoritma numerik yang diimplementasi pada komputer. Salah
satu komponen yang penting dalam dinamika molekular adalah potensial. Gaya yang
bekerja pada partikel diturunkan dari potensial ini. Salah satu potensial yang sering
digunakan adalah potential Lennard-Jones [2]:
12 6
U (r ) 4 (1)
r r
Dalam persamaan (1), dan adalah parameter potensial yang menyatakan
kekuatan dan jangkauan dari potential. Meskipun potensial ini pada awalnya
digunakan untuk memodelkan potensial pada argon cair, potensial ini juga sering
digunakan dalam model yang lebih umum untuk mendapatkan gambaran kualitatif.
Dalam implementasi dinamika molekular biasanya potential ini hanya bekerja pada
rentang jarak yang lebih kecil daripada nilai tertentu, rcut .
Selain potensial Lennard-Jones, potensial harmonik [1,3]:
1
k r r0
2
U (r ) (2)
2
juga sering digunakan untuk memodelkan potensial interaksi antara atom-atom yang
saling berikatan. Dalam persamaan (2) k dan r0 menyatakan konstanta gaya
harmonik dan jarak ikatan ekuilibrium.
Dalam makalah ini digunakan satuan Lennard-Jones [3]. Panjang dinyatakan dalam
satuan 3.4 angstrom. Satuan energi dinyatakan dalam 120 1.3806 10 16 erg/atom.
Satuan massa dinyatakan dalam 39.95 1.6747 10 24 g. Satuan waktu dinyatakan
dalam 2.161 10 12 s.
Metode Perhitungan
Perhitungan dalam makalah dilakukan dengan menggunakan paket perangkat
lunak dinamika molekular berbasis CPU/GPU (melalui toolkit CUDA) HOOMD (Highly
Optimized Object-oriented Many-particle Dynamics) yang ditulis dengan menggunakan
Python dan C++ [4]. Visualisasi struktur dan trayektori dilakukan dengan
menggunakan paket perangkat lunak VMD (Visual Molecular Dynamics) [5]. Dalam
HOOMD digunakan potensial Lennard-Jones yang dimodifikasi:
12
6
U (r ) 4 (3)
r r
terjadi akan menurun. Amplitudi osilasi yang terjadi pada partikel dengan 7 atom tidak
terlihat jauh berbeda dengan osilasi yang terjadi pada monoatom.
Untuk penelitian lebih lanjut dapat digunakan model 3D dengan menggunakan
model nanopartikel yang lebih realistis, misalnya bentuk geometri dodekahedron.
Selain itu juga dapat digunakan model nanopartikel dengan atom yang sebenarnya
dan potensial yang diperoleh dari perhitungan ab initio.
Kesimpulan
Dalam makalah ini kami melakukan pemodelan dan simulasi proses adhesi pada
nanopartikel. Dari hasil simulasi kami menemukan bahwa faktor suhu, massa, dan
ukuran partikel yang teradhesi mempengaruhi kestabilan adhesi. Semakin tinggi suhu,
adhesi semakin sulit untuk terjadi. Semakin besar massa partikel, semakin sulit adhesi
terjadi. Semakin besar ukuran partikel, semakin mudah adhesi terjadi. Faktor suhu
merupakan faktor yang paling dominan di antara faktor-faktor tersebut. Selain itu,
partikel yang teradhesi pada nanopartikel juga mengalami gerak osilasi pada salah
satu sisi dari nanopartikel.
Referensi
[1] M.P. Allen dan D.J. Tildesey. “Computer Simulation of Liquids”. Oxford Science
Publications. Oxford. 1987.
[2] Lennard-Jones, J. E. "On the Determination of Molecular Fields", Proc. R. Soc.
Lond. A 106 (738): 463–477. (1924).
[3] D.C. Rapaport. “The Art of Molecular Dynamics Simulation 2nd Edition”.
Cambridge University Press. Cambridge. 2004. p. 15.
[4] W. Humphrey, A. Dalke, dan K. Schulten, "VMD - Visual Molecular Dynamics", J.
Molec. Graphics, 1996, vol. 14, pp. 33-38. URL:
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
[5] Joshua A. Anderson, Chris D. Lorenz, dan Alex Travesset. “General purpose
molecular dynamics simulations fully implemented on graphics processing units”.
Journal of Computational Physics 227 (2008). p. 5342. URL:
http://codeblue.umich.edu/hoomd-blue
Fadjar Fathurrahman*
Program Magister Sains Komputasi
Institut Teknologi Bandung
tom_marvollo@students.itb.ac.id
Suprijadi Haryono
Theoretical High Energy Physics And Instrumentation Research Division
Institut Teknologi Bandung
supri@fi.itb.ac.id
*Corresponding author