El sistema procesal penal actualmente vigente en la legislació n colombiana está

estructurado sobre la base del Acto Legislativo 03 de 2002, que reformó los arti ́culos 250 y
251 de la Constitución Poli ́tica.

Esta reforma constitucional marca la decadencia de

la Ley 600 de 2000, caracterizada por una estructura procesal de carácter “mixto”, inspirada
en parte bajo reglas inquisitivas y en parte bajo reglas acusatorias. Las primeras
prevalentemente en la fase de la instrucció n, destinada a la actividad de investigació n y de
formación de la prueba a través de la libre iniciativa del scal en la bú squeda de la misma y
conducida según reglas de reserva y secreto investigativo que re- legaban al imputado y a
su defensor a condiciones de absoluta inferioridad, excluyéndolos muchas veces de la
participación contradictoria en fundamentales actos de prueba. Las segundas reglas
aplicadas en la fase del juicio, con algú n carácter público y oral, pero depen- dientes siempre
de los resultados probatorios obtenidos durante la fase de instrucción, donde el fiscal
ostentaba poderes requirentes y juridiscentes en la misma persona, analizando con una
decisión judicial de “certeza” o no sobre los elementos probatorios que permaneci ́an desde
la fase anterior.

De frente a ese sistema de corte continental-europeo, ciertamente poco garantista y

carente de idoneidad para satisfacer las expectativas de justicia material, la Carta Superior
ordenó la instauración de un sistema de corte acusatorio, para lo cual el Congreso expidió
la Ley 906 de 2004, que introdujo una inmediata y profunda reforma de las estructuras
procesales hacia un esque- ma democrático de amplio respeto por la persona y las garanti ́as
individuales, en conjunción con la perentoria misió n del Estado de garantizar la pronta y
efectiva apli- cació n de la ley penal, todo materializado en la diferen- ciación entre los roles
de scal y juez; la eliminació n del secreto en la producción de la prueba; la acentuación de
los poderes de las partes y su igualdad de armas; de la garanti ́a de la inmediación y la
contradicció n; y la aplicación de los principios de publicidad y oralidad.
Estructura del proceso penal acusatorio

A la Fiscali ́a General de la Nació n le corresponde “... adelantar el ejercicio de la acción penal

y realizar la investigación de los hechos que revistan las características de un delito que lle-
guen a su conocimiento por medio de denuncia, petición especial, querella o de o cio...” (art.
250, inc. 1). En desarrollo de esta cláusula general de competencia, la Constitución Poli ́tica
dejó establecida una estructura procesal, en la que el scal debe presentar una acusación
ante los jueces de conocimiento, con el n de “...dar inicio a un juicio público, oral, con
inmediación de las pruebas, contradicto- rio, concentrado y con todas las garantías” (art.
250, num. 4).

Etapa de investigació n

El proceso penal acusatorio colombiano, en su normal discurrir, posee tres estadios básicos:
“...Indagación, investigación y juzgamiento penal...” (art. 250, par. CP). Sin embargo, bajo
una interpretació n sistemática de la norma constitucional, se ha superado ya la distinción
entre investigació n previa (indagación) e investigació n propiamente dicha (instrucción);
veamos:

“La regulación introducida mediante el Acto Legis- lativo No. 03 de 2002 afecta
notablemente el ante- rior modelo. En efecto, se establece la obligación de investigació n de
los hechos que “revistan las caracterís- ticas de un delito”, bajo una consideración: “siempre
y cuando medien su cientes motivos y circunstancias fácticas que indiquen la posible
existencia del mismo”. Es decir, la investigació n no se adelanta y la acción penal no se inicia,
cuando se ha establecido la existencia de un hecho punible y se ha identi cado al autor, sino
que se investiga la posible comisión de un delito, bastando el conocimiento de unos hechos
y la derivació n de dicho conocimiento de la posibilidad de existencia del delito...”

Fase de indagació n

Podemos decir entonces que la etapa de investigació n tiene una primera fase de
indagación, descrita asi ́ por la Corte Constitucional:
La Fiscali ́a, en una primera fase de indagaciones, deter- mina la ocurrencia de los hechos y
delimita los aspectos generales del presunto ili ́cito. Dado que los acontecimientos fácticos
no siempre son fácilmente verificables, y que las circunstancias que los determinan pueden
hacer confusa la identi cación de su ilicitud, el n de la indagació n a cargo de la Fiscali ́a, y de
las autoridades de polici ́a judicial, es de nir los contornos juri ́dicos del suceso que va a ser
objeto de investigación y juicio. La fase de indagación es reservada y se caracteriza por una
alta incertidumbre probatoria, despejada apenas por los datos que arroja la notitia criminis.

Desde el momento en que la noticia criminal tiene ocurrencia a través de la denuncia, la

querella, el informe, o la acción o ciosa de las autoridades, y hasta la formulación de la
imputació n, la polici ́a judicial realiza un sinnú mero de actividades tendientes a establecer
la existencia de los hechos concretos de esa noticia y determinar si constituyen o no delito,
e identificar o, por lo menos, individualizar a los presuntos autores o parti ́cipes de la
infracción penal, y asegurar medios de convicción que permitan ejercer debidamente la
persecución penal del Estado.

Son actividades urgentes que se concretan en inspecciones en el lugar del hecho,

inspecciones de cadáver, entrevistas, interrogatorios, y actos de ubicación, identi cación,
levantamiento, embalaje, preservació n y seguridad de elementos materiales probatorios,
de los cuales se pueda inferir que se ha cometido un delito

y quién o quiénes pueden ser sus autores o parti ́cipes (art. 205 CPP). Sobre estas actividades
el fiscal ejerce un control y dirección juri ́dica con base en los reportes de iniciació n de tales
indagaciones y en los informes de polici ́a judicial pertinentes.

Con los informes de polici ́a judicial el fiscal, en equipo con el investigador, debe realizar un
programa metodológico que determine los objetivos de la investigació n (de acuerdo con
los elementos de la presunta conducta punible), los criterios para evaluar sus logros, la
distribución de tareas, y los criterios y procedimientos de seguimiento y control de las
acciones (art. 207 CPP).
Durante esta indagació n, si el scal encuentra que el hecho no ha existido, o que no
constituye delito, puede archivar la actuación; en caso de surgir nuevos elementos
probatorios, y si no ha prescrito la acción penal (art. 79 CPP), puede reanudarse la
investigación.

La Corte estima que esta disposición es exequible, siempre y cuando la decisió n de archivo
que adopte el fiscal sea motivada y comunicada al Ministerio Público y a la vi ́ctima a efectos
de garantizar sus derechos.

Si la causal se funda en: que quien lo realizó murió , o no hay lugar a ejercicio de la acción
por estar prescrita, o se desistió de la querella o no se puede formular por existir caducidad,
o existe otra causal objetiva de extinción de la acción penal, se deberá solicitar al juez de

conocimiento la preclusión de la acción penal, de acuerdo con el arti ́culo 78 del CPP36.

En sentido contrario, si una evaluació n preliminar de los resultados de la ejecución del plan
metodoló gico puede entregar elementos materiales probatorios o información legalmente
obtenida sobre los cuales se pueda concre- tar la realización de una conducta

punible, y se logre identi car, o por lo menos individualizar, al posible autor o parti ́cipe, e
inferir razonablemente que la persona sobre la cual se ha realizado la indagació n es autor
o parti ́cipe del delito que se investiga, entonces el scal procede a formular imputación a
través de solicitud hecha al juez de control de garanti ́as para que se instale la respectiva
audiencia.

1.2. Fase de investigación formal

En audiencia de formulación de la imputación el scal comunica a la persona su calidad de

imputada, le re ere los hechos concretos objeto de la investigació n, y le informa la
posibilidad de que se allane a la impu- tación, con el bene cio consecuente de una rebaja de
pena de hasta la mitad de la pena imponible. Aqui ́ se materializa el derecho de defensa para
que esta parte pueda preparar de modo e caz su actividad procesal (arts. 286 a 290 CPP), lo
que no obsta para que el pre- sunto implicado pueda ejercer su derecho de defensa desde
la fase de indagación:

...la correcta interpretación del derecho de defensa implica que se puede ejercer desde
antes de la im- putación. Asi ́ lo establece el propio Có digo por ejemplo desde la captura o
inclusive antes, cuando
el investigado tiene conocimiento de que es un pre- sunto implicado en los hechos. Por ello,
la limitación establecida en el arti ́culo 8° de la Ley 906 de 2004,
si se interpreta en el entendido de que el derecho de defensa sólo se puede ejercer desde
el momento en que se adquiere la condición de imputado, seri ́a violatorio del derecho de
defensa.

También se informan los términos legales para realizar la investigación y se crean escenarios
procesales para tomar decisiones sobre alegaciones preacordadas, acuerdos reparatorios,
libertad del imputado, etc.

Formulada la imputación, esta fase de investigación formal tiene por objeto continuar la
ubicació n, identi- cación, preparació n y aseguramiento de los elemen- tos materiales
probatorios y medios de prueba que fundamentarán la acusación o cualquier otra decisión
conclusiva de la investigació n, respecto de quien se ha formulado la imputació n. Se trata de
una actuación de tipo procedimental y, por tanto, en ella no se judicializa acto alguno,
a no ser que se entiendan por esta expresión las actuaciones del scal que se someten al juez
que ejerce las funciones de control de garanti ́as. Por esta razón sus actos de bú squeda y
preparación de la prueba no se recopilan en un expediente judicial, sino en un archivo de
investigación que contiene medios cognoscitivos, elementos materiales o material de

referencia, y no pruebas que puedan ser valoradas por el juez en el juicio.

El scal controla juri ́dicamente la labor investigativa de la polici ́a judicial, pudiendo

suspender, interrumpir y renunciar a la acción penal (arts. 321 y 330 CPP), pero só lo “...en
los casos que establezca la ley para la aplica- ción del principio de oportunidad regulado
dentro del marco de la política criminal del Estado, el cual estará sometido al control de
legalidad por parte del juez que ejerce las funciones de control de garantías” (art. 250, inc.
1 CP).

Durante esta etapa, el control judicial opera también cuando la Fiscali ́a debe “Solicitar al
juez que ejerza las funciones de control de garantías, las medidas necesarias que aseguren
la comparecencia de los imputados al proceso penal, la conservación de la prueba y la
protección de la comunidad, en especial de las víctimas” (art. 250, num. 1 CP).

La fase termina normalmente (existen circunstancias alternas de terminación) cuando el

juez de cono- cimiento decreta la preclusión de la investigación, en el evento en que, según
lo dispuesto en el arti ́culo 332 del CPP, no hubiere mérito para acusar al imputado ante el
juez de conocimiento. Por el contrario, si “...de los elementos materiales probatorios,
evidencia física o informa- ción legalmente obtenida, se puede a rmar, con probabilidad de
verdad, que la conducta delictiva existió y que el imputado es su autor o partícipe” (art. 336
CPP), el scal presenta escrito de acusación ante el juez de conocimiento.

Para tomar cualquiera de las decisiones conclusivas con que naliza esta etapa, valga decir:
preclusión, acusació n o aplicació n controlada del principio de oportunidad, el scal tiene
treinta (30) di ́as, contados a partir del momento en que se formu-

ló la imputació n, término que puede ser prorrogado por otros treinta (30) di ́as para un
nuevo scal asignado, en el evento que el primero no haya tomado cualquiera de las
decisiones oportunamente, caso en el cual, si este ú ltimo tampoco se pronuncia, “...el
imputado quedará en libertad inme- diata, y la defensa o el Ministerio Público solicitará n la
preclusión al juez de conoci- miento” (art. 294 CPP).

2. Etapa de juzgamiento

Terminada la investigación comienza la etapa princi- pal del proceso penal acusatorio,
escenario natural de la formación y el debate de la prueba, bajo principios de inmediación,
contradicció n, concentración, publici- dad y oralidad.
2.1. Fase de transición

...la presentación del escrito de acusació n marca el nal de la etapa de investigació n y da

inicio a una etapa de transició n entre aquella y el juicio oral. Los nes primordiales de esta
fase son la delimitació n de los temas que serán debatidos en el juicio oral y la jación de los
elementos de convicció n que podrán practicarse como pruebas en el juicio. El objetivo
general de la misma es depurar el debate que será llevado a instancias del juez de
conocimiento en el juicio, de manera que alli ́ só lo se discuta lo relativo a la responsabilidad
penal del imputado.

La transición hacia el juicio oral se cumple a instancias del juez de conocimiento, que
inicialmente se instala en audiencia de formulación de la acusación, ordenando al scal que
haga la acusación oralmente; se mani esten impedimentos, recusaciones, factores de
incompeten- cia y nulidades; se inicie el procedimiento de descu- brimiento de prueba, y se
materialicen medidas de protecció n para las vi ́ctimas (arts. 338-343 CPP).

Los hechos de la acusació n que se formula oralmente deben ser los mismos que se
debatirán en la audiencia del juicio oral. La Fiscali ́a debe descubrir los elementos materiales
y la informació n que haya recolectado durante su investigación, y la defensa hace lo propio
si va a ejercer una defensa a rmativa con los medios de prueba que pretenda hacer valer en
juicio.

En un siguiente escenario de transición, el juez de conocimiento celebra la audiencia

preparatoria, cuyo objeto general es determinar la prueba que se prac- ticará en el juicio.
Para ello, las partes y las vi ́ctimas ofrecen los medios de prueba y los elementos materiales
o evidencia fi ́sica que se encontraron, prepararon y aseguraron durante su investigación,
sobre las solicitudes de exclusió n de prueba ili ́cita y de la no admisible. En este mismo
escenario, las partes mani estan observaciones pertinentes al procedimien- to de
descubrimiento de prueba; la defensa descubre los medios de conocimiento que hará valer
en juicio; las partes mani estan si tienen interés en hacer estipu- laciones probatorias, y el
acusado mani esta si acepta o no los cargos de la acusació n (art. 356 CPP).
Esta fase de transición finaliza con la citació n que hace el juez de conocimiento a los
intervinientes, para la realización de la audiencia del juicio oral.

2.2. Juicio oral

Instalada por el juez de conocimiento la audiencia de juicio oral, en ella se realizan una o
más sesiones continuas y públicas, en las cuales el scal, de manera oral, con el in-
terrogatorio y contrainterrogatorio de los testigos de los hechos, y la introducció n de la
evidencia fi ́sica a través de testigos de acreditació n, sustenta su acusació n; a su vez, la
defensa está facultada para ejercer la refutación, y con la consecuente decisión del juez el
juez valora y decide sobre los hechos que estima pro- bados a través de los medios
introducidos, practicados y controvertidos en la audiencia por las partes.

Esta audiencia, luego de su instalación, se inicia con la declaración de los hechos, fase
obligatoria para la Fiscali ́a y facultativa para la defensa. Es la declaración inicial, que no es
prueba, y en ella las partes hacen una exposición breve de su teori ́a del caso para que el
juez tenga una visió n de lo que sucederá en el juicio, la hipótesis fáctica, la ade- cuación
juri ́dica y la prueba que se introducirá (estipula- ciones y prueba anticipada) y la que se
practicará.

Continúa la audiencia con la actividad probatoria contradictoria, donde las partes

interrogan y contrainterrogan testigos y peritos, introducen evidencias fi ́sicas o materiales
y pruebas documentales. Termina con los argumentos de conclusión (obligatorios para
la Fiscali ́a, facultativos para la defensa, la vi ́ctima y ministerio pú blico), donde las partes
ayudan al juez a analizar y valorar la prueba, concretan juri ́dicamente sus peticiones, y
argumentan sobre las mismas. Alli ́ el juez emite el sentido de su fallo, si es de declaración
de responsabilidad penal, solicita a las partes que le den criterios para individualizar la pena
por imponer, y si la vi ́ctima está constituida, a petició n suya, del scal o del Ministerio Público
en los casos que la ley lo autoriza, cita para audiencia de reparació n integral y para proferir
la sentencia.
2.3. Incidente de reparación integral

El incidente de reparación integral tiene lugar cuan- do el sentido del fallo fue de
responsabilidad penal y la vi ́ctima o sus herederos le solicitan al juez, una vez emitido el
sentido del fallo, que convoque a la audiencia de incidente de reparación integral, donde la
vi ́ctima como demandante deberá probar el dañ o causado con el delito y su pretensió n de
reparación integral.

En esta audiencia, en primer lugar, si el juez admite la pretensió n de la vi ́ctima, promoverá

que se llegue a una conciliación o mediación. De presentarse y llegar a un acuerdo y el juez
aprobarlo, incorporará los resultados a la sentencia. De no ser asi ́, decretará la práctica de
la prueba ofrecida por el demandante y el demandado (declarado penalmente
responsable), y fallará el inci- dente e incorporará sus resultados a la sentencia.
En esta audiencia, el scal o el Ministerio Público pueden actuar a instancias de la vi ́ctima,
salvo que la pretensió n sea exclusivamente econó mica. En los even- tos de agravios a los
intereses colectivos, el Ministerio Pú blico debe procurar la indemnización de los perjui- cios
(art. 102 CPP).

3. Etapa de ejecución de penas y medidas de seguridad

Ejecutoriada la sentencia condenatoria, comienza la etapa de ejecución de la pena impuesta

al condenado de la medida de seguridad impuesta al inimputable por trastorno mental. En
el primer caso, los ó rganos competentes para la ejecución son: el Instituto Nacional
Penitenciario y Carcelario (INPEC) (ejecución material administrativa de la pena), y los
jueces de ejecució n de penas y medidas de seguridad (control jurisdiccional de la ejecución
de la pena); en el segundo caso: el Sistema General de Seguridad Social en Salud (ejecución
admi- nistrativa de la medida de protección y seguridad) y los jueces de ejecució n de penas
y medidas de seguridad.

El Ministerio Público puede intervenir en esta etapa en ejercicio de sus facultades

constitucionales dentro del proceso penal (art. 277-7 CP) e interponer los recursos que sean
necesarios contra los actos de la administra- ción y contra las decisiones judiciales (art. 459
CPP).

Durante esta etapa, las autoridades encargadas de la ejecución deben cumplir con los
provei ́dos del juez de conocimiento en materia de concesió n del mecanismo sustitutivo de
la pena privativa de la libertad consisten- te en la suspensió n condicional de la ejecución de
la pena (arts. 63 CPC y 474 CPP) y de la medida sustitu- tiva de prisió n domiciliaria u
hospitalaria por enfermedad muy grave (arts. 38 y 68 CPC). Son competentes también para
la concesión de la libertad condicional (arts. 64 CPC y 471 CPP).

Cumplida la pena o la medida de seguridad, esta etapa termina con el decreto de extinció n
de la condena pro- ferido por el juez de ejecución de penas y medidas de seguridad y la
consecuente orden de liberació n. Estos mismos efectos se aplican cuando el bene ciario de
los mecanismos sustitutivos haya cumplido con las obligaciones impuestas por el juez de
ejecució n de penas y medidas de seguridad, sin que haya incurrido en las conductas de que
habla el arti ́culo 66 del CPP.