UNIVERSIDADE FEDERAL DO SUL DA BAHIA

INSTITUTO DE HUMANIDADES, ARTES e CIÊNCIAS

CAMPUS SOSÍGENES COSTA

CURSO .................. : BACHARELADO INTERDISCIPLINAR EM CIÊNCIAS

COMPONENTE ..... : SISTEMÁTICA FILOGENÉTICA
MODALIDADE....... : PRESENCIAL CÓDIGO : ISC0186
CARGA HORÁRIA : 30h CRÉDITOS :2
NATUREZA ........... : OPTATIVA PERÍODO : VESPERTINO/NOTURNO

EMENTA

EMENTA:
Hierarquia da informação biológica (apomorfias, plesiomorfias, homoplasias); Homologia; Leitura de árvores
filogenéticas; As escolas da sistemática; Fontes de informação filogenética (anatomia, moléculas e outras fontes);
Obtenção e tratamento de dados para reconstrução de filogenias; Alinhamento de dados moleculares; Polarização de
caracteres e enraizamento; Seleção de modelos de evolução de nucleotídeos; Métodos de reconstrução filogenética:
parcimônia, máxima verossimilhança e inferência Bayesiana; Árvores consenso; Evidência total; Softwares para
inferências filogenéticas; Pensamento filogenético: interpretação de padrões e processos da vida com base em
filogenias; Abordagem aplicada da informação filogenética.

PRÉ-REQUISITO:
Nenhum pré-requisito.

CONTEÚDO PROGRAMÁTICO RESUMIDO

Informação disponibilizada pelo docente no primeiro dia de aula.

METODOLOGIA (OPCIONAL)
Informação disponibilizada pelo docente no primeiro dia de aula.

CRITÉRIO DE AVALIAÇÃO
Informação disponibilizada pelo docente no primeiro dia de aula.

BIBLIOGRAFIA BÁSICA
AMORIM, D. S. Fundamentos de Sistemática Filogenética. 3.ed. Ribeirão Preto: Holos Editora, 2002
DINIZ-FILHO, J. A. F. Métodos Filogenéticos Comparativos. Ribeirão Preto: Holos, 2000
FELSENSTEIN, J. Inferring Phylogenies. New York: Sinauer, 2004
JUDD, W.S., CAMPBELL, C.S., KELLOGG, E.A.; STEVENS, P.F. 2009. Sistemática Vegetal: um enfoque
filogenético. 3ª ed. Trad. André Olmos Simões et al. Porto Alegre: Artmed, 632p
SCHNEIDER, H. Métodos de Análise Filogenética: um guia prático. 3. ed. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de
Genética & Holos, 2007

BIBLIOGRAFIA COMPLEMENTAR
CASTRESANA, J. Selection of conserved blocks from multiple alignments for their use in phylogenetic
analysis. Molecular Biology and Evolution, 17: 540-552, 2000.
DARRIBA, D.; TABOADA, G.L.; DOALLO, R.; POSADA, D. jModelTest 2: more models, new heuristics and
parallel computing. Nature Methods, 9: 772, 2012
HALL, T. BioEdit v.7.0.5. Biological sequences alignment editor for Windows. Ibis Therapeutics a division of Isis
pharmaceuticals. 2005. Disponível em: http:// www.mbio.nesu.edu/bioefit.html.
HARVEY, P. H. & PAGEL, M. The Comparative Method in Evolutionary Biology. Oxford: Oxford University Press,
1991
HENNIG, W. Phylogenetic Systematics. Urbana: University of Illinois Press, 1966
UFSB - Campus Sosígenes Costa - Centro Cultural e de Eventos do Descobrimento de Porto Seguro –
CCED, CNPJ: 18.560.547/0001-07 - Rodovia Porto Seguro – Eunápolis, BR-367, km 31, Porto Seguro – BA
Documento atualizado em 15 de janeiro de 2016.
 UNIVERSIDADE FEDERAL DO SUL DA BAHIA
INSTITUTO DE HUMANIDADES, ARTES e CIÊNCIAS
CAMPUS SOSÍGENES COSTA

HARVEY, P.H. New uses for new phylogenies. Oxford: Oxford University Press, 1996.
KATOH, K.; STANDLEY, D.M. MAFFT Multiple sequence alignment software version 7: improvements in
performance and usability. Molecular Biology and Evolution, 30: 772-780, 2013.
MATIOLI, S.R. Biologia Molecular e Evolução. Ribeirão Preto: Holos, 2001
PORTER, M.L.; PÉREZ-LOSADA, M.; CRANDALL, K.A. Model-based multi-locus estimation of decapod
phylogeny and divergence times. Molecular Phylogenetics and Evolution, 37: 355-369, 2005
RONQUIST, F.; TESLENKO, M.; VAN DER MARK, P.; AYRES, D.; DARLING, A.; HÖHNA, S.; LARGET, B.; LIU, L.;
SUCHARD, M.A.; HUELSENBECK, J.P. MrBayes 3.2: efficient Bayesian phylogenetic inference and model
choice across a large model space. Systematic Biology, 61: 539-542, 2012
RONQUIST, F.; VAN DER MARK, P.; HUELSENBECK, J.P. Bayesian phylogenetic analysis using MRBAYES. In:
LEMEY, P.; SALEMI, M.; VANDAMME, A-M. (Eds.). The phylogenetic handbook. Cambridge University Press,
Cambridge, p. 210-266, 2009
STAMATAKIS, A. RAxML-VI-HPC: maximum likelihood-based phylogenetic analyses with thousands of taxa
and mixed models. Bioinformatics, 22: 2688-2690, 2006
TALAVERA, G., CASTRESANA, J. 2007. Improvement of phylogenies after removing divergent and
ambiguously aligned blocks from protein sequence alignments. Systematic Biology, 56: 564-577
WILEY, E.O.; SIEGEL-CAUSEY, D.; BROOKS, D.R. & FUNK, V.A. The Compleat Cladist: a primer of phylogenetic
procedures. Special Publication No 19. Kansas: The University of Kansas/Museum of Natural History, 1991
XIA, X.; XIE, Z.; SALEMI, M.; CHEN, L.; WANG, Y. 2003. An index of substitution saturation and its application.
Molecular Phylogenetics and Evolution, 26: 1-7