RESUME II

A. PLASMID DAN EPISOM

Menurut definisi, plasmid adalah replika (unit materi genetik yang mampu melakukan replikasi
independen) yang secara substansial diwariskan (dipertahankan tanpa seleksi spesifik) dalam
bentuk ekstrakromosom. Sebagian besar tapi tidak semuanya, plasmid tidak dapat dibuang, artinya
tidak diperlukan untuk bertahan hidup dari sel tempat mereka tinggal. Namun, dalam banyak
kasus, keduanya sangat penting dalam kondisi lingkungan tertentu, seperti adanya antibiotik.

Plasmid bayak ditemukan dua wilayah (1) ditemukan pada bakteri pathogen yang dapat
menyebabkan resisten terhadap obat dan antibiotic, dan (2) banyak ditemukan dalam industry yang
menggunakan mikroorganisme.

Tiga jenis utama bakteri plasmid telah yang dipelajari secara luas: (1) Plasmid F dan F’,
digunakan untuk transfer DNA ketika konjugasi (2) plasmid R (sebelumnya disebut faktor transfer
RTF atau resistensi), plasmid yang membawa gen untuk ketahanan terhadap berbagai obat,
antibiotik, antibakteri, dan (3) plasmid col (disebut faktor colicinogenic), pengkodean plasmid
untuk colic yang merupakan protein yang sensitif dalam membunuh sel E. coli.

Dalam beberapa hal, kromosom mitokondria dan kloroplas pada eukariota juga sesuai dengan
definisi plasmid.

Plasmid dapat dibagi menjadi dua kelompok berdasarkan apakah mereka memediasi transfer inti
konjugasi atau tidak. Plasmid konjugatif atau transmissible memediasi transfer DNA melalui
konjugasi. Semua plasmid F dan F’, sebagian besar plasmid R, dan beberapa plasmid Kol bersifat
konjugasi. Konjugat alami plasmid R banyak memiliki signifikan dalam penyebaran gen yang
resistensi terhadap antibiotik dan obat melalui populasi bakteri patogen. Plasmid yang tidak
konjugasi atau tidak dapat ditransmisikan adalah yang tidak memediasi transfer DNA melalui
konjugasi. Banyak plasmid R dan Kol bersifat nonkonjugatif.

Beberapa plasmid, seperti faktor F, juga sesuai dengan definisi unsur genetika yang disebut
episom. Episom adalah elemen genetik yang dapat bereplikasi di salah satu dari dua keadaan
alternatif (1) sebagai bagian kromosom inang utama (disisipkan secara kovalen) atau (2) sebagai
elemen genetika otonom, terlepas dari kromosom inang utama. Istilah plasmid dan episome bukan
sinonim. banyak plasmid tidak memiliki bentuk yang terintegrasi dan karenanya bukan episom.

Kemajuan spektakuler telah dicapai dalam struktur dan sifat episom dan plasmid selama
dua dekade terakhir. Banyak dari sifatnya diketahui bergantung pada keberadaan rangkaian DNA
pendek yang disebut elemen IS atau untaian penyisipan. Elemen IS juga ada dalam kromosom
inang utama. Untaian singkat ini (dari sekitar 800 sampai sekitar 1.400 pasang nukleotida
panjangnya) dapat dipindah-pindahkan, yaitu bergerak dari satu posisi ke posisi lain didalam
kromosom, atau berpindah dari satu kromosom ke kromosom lain. Sebagai tambahan, elemen IS
menjadi perantara recombinasi antara unsur-unsur genetik nonhomologi lainnya dimana mereka
berada. Bukti yang cukup menunjukkan bahwa elemen IS adalah unsur-unsur yang memediasi
integrasi episom menuju kromosom inang. Ini sangat jelas dalam kasus integrasi plasmid E. Coli
K12 (F faktor) selama pembentukan strain hfr's.
Empat elemen IS pertama yang masing-masing tampak beruntaian IS1, IS2, IS3, dan IS4-
masing-masing adalah 768, 1327, 1300, dan 1426 pasang nukleotida. Beberapa elemen lainnya
telah diidentifikasi secara terpisah, dicirikan , dan, dalam beberapa kasus, diurutkan. Kromosom
E. coli K12 tampak berisi delapan salinan dari IS1 dan lima salinan dari 1S2, ditambah satu atau
lebih salinan IS3 dan IS4. F Faktor E. coli K12 teridiri dari satu salinan IS2 dan dua salinan IS3.
Posisi elemen IS pada berbagai faktor F dan pada kromosom berbagai strain E. coli dipercaya
untuk menentukan lokasi penggabungan dari faktor F selama pembentukan Strain Hfr (Gambar
8.20)

B. ELEMEN TRANSPOSABEL GENETIK

 INSTABILITAS GENETIK DAN PENEMUAN ELEMEN YANG TRANSPOSABEL

Elemen transposabel ditemukan oleh B Mc Clintock melalui analisis instabiliy genetik pada
jagung. Dalam analisis McClintock, break age events dideteksi dengan mengikuti hilangnya
penanda genetik tertentu. Dalam beberapa percobaan, Mc Clintock menggunakan penanda yang
mengendalikan pengendapan pigmentasi di aleuron, lapisan terluar dari endosperma kernel jagung.
Penanda Mc Clintock adalah alel lokus C di lengan pendek kromosom 9. Karena alel ini, yang
disebut C 'adalah penghambat dominan pewarna aleuron, setiap kernel yang dimilikinya
seharusnya tidak berwarna. McClintock membuahi tongkol jangung CC dengan serbuk sari dari
jumbai C'C ', menghasilkan kernel dimana endosperma adalah C'CC. Meskipun banyak dari kernel
ini tidak berwarna, seperti yang diharapkan, beberapa menunjukkan pigmen ungu kecoklatan.
McClintock menduga bahwa dalam mosaik tersebut, alel penghambat C telah hilang beberapa saat
selama perkembangan endosperma, yang menyebabkan tiruan jaringan yang mampu
menghasilkan pigmen. Genotipe dalam klon seperti itu adalah -CC, di mana tanda hubung
menunjukkan kehilangan atau alel C. Analisis lebih lanjut menunjukkan bahwa alel ini telah hilang
melalui kerusakan kromosom.

Situasi yang digambarkan dalam fig. 9.2. Istirahat pada sisi yang diberi label panah akan
melepaskan segmen kromosom dari sentromernya, menciptakan apa yang disebut ahli sitologi
sebagai fragmen akentrik. Fragmen semacam itu cenderung hilang selama pembelahan sel,
sehingga semua keturunan sel ini kekurangan kromosom yang diturunkan secara paternal. Karena
fragmen yang hilang membawa alel C ', tidak ada sel dalam kloning ini yang akan terhambat
membentuk pigmen, dan jika ada yang menghasilkan bagian aleuron, secercah warna akan muncul.
Ini adalah hasil yang terlihat pada kernel yang ditunjukkan pada Gambar 9.1.

McClintock menemukan bahwa mosaik kernel seperti itu sering diakibatkan oleh jeda pada situs
tertentu pada kromosom 9. Dia menamai faktor yang menghasilkan pemecahan Ds ini, untuk
"Dissociation." Dalam eksperimennya, kromosom yang membawa alel C 'juga membawa faktor
Ds. Namun, dengan sendirinya, faktor ini tidak mampu menginduksi kerusakan kromosom.
Melalui kerja keras, McClintock menemukan bahwa Ds harus diaktifkan oleh faktor lain, yang
disebut Ac, untuk "Activator." Faktor Ac hadir di beberapa stok jagung, tapi tidak ada di tempat
lain. Dengan menyilangkan stok yang berbeda, Ac bisa dikombinasikan dengan Ds, menciptakan
kondisi yang menyebabkan kerusakan kromosom.

Sistem dua faktor ini memberikan penjelasan tentang ketidakstabilan genetik yang McClintock
lakukan dengan mengamati kromosom 9. Namun, percobaan tambahan menunjukkan bahwa ini
hanyalah satu dari banyak ketidakstabilan yang ada dalam genom jagung. McClintock menemukan
contoh lain kerusakan pada lokasi yang berbeda pada kromosom 9, dan juga pada kromosom
lainnya. Karena kerusakan pada bagian ini bergantung pada aktivasi oleh Ac, McClintock
berhipotesis bahwa faktor Ds juga terlibat. Baik Ac dan Ds merupakan anggota family dari elemen
transposable. Unsur-unsur ini terkait secara struktural satu sama lain dan dapat disisipkan di
berbagai situs pada kromosom. Sebenarnya, seringkali ada banyak salinan elemen Ac dan Ds yang
ada dalam genom jagung. Melalui analisis genetika, McClintock menunjukkan bahwa Ac dan Ds
dapat bergerak. Ketika salah satu elemen ini dimasukkan ke gen yang hampir dekat, McClintock
kadang-kadang menemukan bahwa fungsi gen itu telah diubah. Dalam kasus ekstrim, fungsinya
benar-benar dihapuskan. Karena pengaruh ini pada ekspresi gen, McClintock menyebut Ac dan
Ds sebagai elemet pengendali.

 ELEMEN TRANSPOSABLE DI BAKTERI.

Ketidakstabilan genetik juga ditemukan pada bakteri, dan dalam banyak kasus ini telah
menyebabkan identifikasi elemen transposable. Transposon bakteri ini adalah yang pertama
dipelajari pada tingkat molekuler dan oleh karena itu memberikan petunjuk penting tentang
organisasi dan perilaku transposon eukariotik. Transposom bakteri yang paling sederhana adalah
urutan penyisipan, atau elemen IS. Ini biasanya terdiri kurang dari 1500 pasangan nukleotida yang
panjang dan hanya mengandung gen yang terlibat dalam mempromosikan atau mengatur
transposisi. Terkadang dua elemen IS homolog bergabung dengan gen lain untuk membentuk
transposon komposit, yang dilambangkan dengan simbol Tn. Simbol ini juga digunakan untuk
menunjukkan transposon yang tidak mengandung elemen IS, seperti elemen yang dikenal sebagai
Tn3. Seperti transposon komposit, elemen ini mengandung gen yang tidak diperlukan untuk
transposisi. Bakteriofagus yang terintegrasi ᴧ juga dianggap sebagai elemen transposabel karena
dapat memasukkan diri ke dalam kromosom bakteri. Namun, fag ini mewakili batas atas ukuran
transposon dan jelas mengandung banyak gen yang tidak diperlukan untuk perilaku penyisipan.

 IS Elemen

Elemen IS diatur secara kompak. Biasanya ada urutan pengkodean tunggal dengan sekuen pendek,
identik, atau hampir sama pada kedua ujungnya (Gambar 9.4). Sekuen terminal ini selalu dalam
orientasi terbalik berkenaan satu sama lain, jadi disebut pengulangan terminal terbalik. Panjangnya
berkisar antara 9 sampai 40 pasangan nukleotida.

Ketika elemen IS dimasukkan ke dalam kromosom atau plasmid, mereka menciptakan duplikasi
urutan DNA di tempat penyisipan. Satu salinan duplikasi terletak di setiap sisi elemen. Pasangan
pendek (3-12 nukleotida) ini, secara langsung diulang urutan oleh karena itu disebut duplikasi
lokasi sasaran dan diperkirakan timbul dari jeda terhubung pada DNA beruntai ganda (Gambar
9.5).

 FAMILY TN3.

Elemen dalam kelompok transposon ini memiliki pengulangan terminal terbalik yang terdiri dari
38-40 pasang nukleotida dan menghasilkan duplikasi lokasi sasaran dari 5 pasangan nukleotida
pada saat insersi. mereka lebih besar dari elemen IS (biasanya 5000 pasangan nukleotida yang
panjang atau lebih lama) dan biasanya mengandung gen aksesori serta gen yang dibutuhkan untuk
transposisi Tn3 yang paling banyak dipelajari. Organisasi genetik Tn3 ditunjukkan pada Gambar
9.8. Ada tiga gen, tnpA, tnpR, dan bla, encoding, masing-masing, transposase, resolvase / represor,
dan enzim yang disebut beta lactamase. Beta laktamase memberikan ketahanan terhadap antibiotik
ampisilin, sedangkan dua protein lainnya berperan penting dalam transposisi.

transposisi Tn3 terjadi dalam dua tahap (Gambar 9.9). Pertama, transposase memediasi perpaduan
dua molekul, membentuk struktur yang disebut kointegrasi. Selama proses ini, transposon
direplikasi, dan satu salinan disisipkan di setiap persimpangan di kointegrasi. Perhatikan bahwa
kedua elemen Tn3 berorientasi ke arah yang sama. Pada tahap kedua transposisi, resolvase yang
dikodekan mpR memediasi suatu rekombinasi spesifik situs antara dua elemen Tn3. Peristiwa ini
terjadi pada urutan di Tn3 yang disebut res, situs resolusi, dan menghasilkan dua molekul, masing-
masing dengan salinan transposon.

Produk gen tnpR juga memiliki fungsi lain, yaitu untuk menekan sintesis protein transposase dan
resolvase. Penindasan ini terjadi karena situs res terletak di antara gen tnpA dan tnpR. Dengan
mengikat ke situs ini, protein tnpR mengganggu sintesis kedua produk gen tersebut, sehingga
menyebabkan kekurangan pasokan kronis. Akibatnya, unsur Tn3 cenderung tetap bergerak.

 Signifikansi Medis Transposon Bakteri

Transposon bakteri secara jelas bertanggung jawab atas transposisi gen yang mengendalikan
resistensi terhadap antibiotik (dan obat lain) dari satu molekul ke molekul lainnya. Mereka diyakini
berperan dalam evolusi yang cepat dari plasmid R (Bab 8). Semua plasmid R koniugatif memiliki
paling sedikit dua komponen, satu segmen membawa satu set gen yang terlibat dalam transfer
DNA konjugasi (mungkin analog dengan gen gen F plasmid) dan segmen kedua yang membawa
gen antibiotik dan / atau gen resistansi atau gen (Gambar , 9.10). Segmen yang membawa gen
transfer disebut komponen RTF (resistance transfer factor), segmen yang membawa gen resistensi
atau gen disebut determinator R. Komponen RTF dari beberapa plasmid R konjugasi berbeda
tampaknya memiliki sejumlah besar homologi, berdasarkan eksperimen cross-hibridisasi DNA-
DNA.

 ELEMEN TRANSPOSABEL DI EUKARYOTES.

Meskipun beberapa studi terperinci tentang unsur-unsur transposable telah dilakukan dengan
bakteri, ada penelitian ekstensif mengenai transposon pada eukariota, yang dimulai dengan karya
klasik McClintock. Beberapa penemuan yang lebih baru dengan transposon ragi, jagung, dan
Drosophila dibahas selanjutnya.

 Ragi TY Elements.

Ragi Saccharomyces cerevisiae membawa sekitar 35 salinan elemen transposable yang disebut Ty
dalam genom haploidnya. Transposon ini adalah sekitar 5900 pasangan nukleotida yang panjang
dan dibatasi pada masing-masing ujung segmen DNA yang disebut urutan ᵟ, yang panjangnya
sekitar 340 pasangan panjang (Gambar. 9.11) Setiap urutan ᵟ berorientasi pada arah yang sama,
membentuk apa yang dikenal sebagai pengulangan terminal panjang langsung, atau LTR.
Organisasi genetik elemen TY menunjukkan bahwa retrovirus eukariotik (Gambar 9.13a). Virus
RNA single-stranded ini mensintesis DNA dari RNA mereka setelah memasuki sel.

 Transposon Jagung

Unsur-unsur yang dapat ditukar telah ditemukan di beberapa tanaman, terutama jagung (zea mays)
dan snapdragon (Antimbinum majus) Investigasi yang paling luas melibatkan jagung, di mana
beberapa keluarga transposon telah mengidentifikasi

 Ac dan Ds Elements

Family Ac / Ds jagung, yang awalnya ditemukan oleh McClintock, terdiri dari banyak elemen
yang tersebar di seluruh genom. Studi molekuler telah menunjukkan bahwa elemen otonom
fungsional, Ac, terdiri dari 4.563 pasangan nukleotida yang dibatasi oleh 8 pengulangan langsung
nukleotida 8 (Gambar 9.14a). Pengulangan langsung ini dibuat pada saat elemen tersebut
memasukkan ke dalam sebuah situs pada sebuah kromosom. Urutan pengulangan lainnya
ditemukan di dalam elemen itu sendiri. yang paling mencolok di ujung-ujungnya, di mana urutan
pasangan nukleotida 11 di satu ujung diulang dalam orientasi yang berlawanan di ujung yang lain.
pengulangan terminal terbalik ini dianggap memainkan peran penting dalam transposisi.

Fungsi pengaktifan elemen Ac dikaitkan dengan protein yang disintesisnya. Karena protein ini
terlibat dalam transposisi, kadangkala disebut transposase keluarga Ac / Ds. Penghilangan atau
mutasi pada gen yang mengkodekan prolein ini akan menghapus sinyal pengaktifan dan
menjelaskan mengapa elemen Ds, yang memiliki lesi semacam itu, tidak dapat mengaktifkan
dirinya sendiri. Namun karena transposase ini dapat difus, elemen Ac tunggal dapat
menyediakannya ke semua elemen Ac dan Ds dalam genom (lihat Gambar 9.3). Oleh karena itu
kita mengatakan bahwa transposase Ac / Ds adalah trans-acting.
PERTANYAAN DAN JAWABAN

 DITA FEBRI A

 RAMA MAULIDIN R A

1. Bagaimana proses hilangnya genotip atau alel yang ada pada percobaan McClintock?

Jawab : pelepasan segmen kromosom dari sentromernya atau disebut sebagai sebagai fragmen
akentrik. Fragmen semacam ini cenderung hilang selama pembelahan sel, sehingga semua
keturunan sel ini kekurangan kromosom yang diturunkan secara paternal. Karena fragmen yang
hilang membawa alel C ', tidak ada sel dalam kloning ini yang akan terhambat membentuk pigmen,
dan jika ada yang menghasilkan bagian aleuron, secercah warna akan muncul. Ini adalah hasil
yang terlihat pada kernel pada percobaan McClintock.

2. Mengapa struktur/rupa dari Ac dan Ds itu sangat berbeda?

Jawab : Semua elemen Ac dalam genom jagung tampaknya serupa secara struktural, jika tidak
identik. Ini tidak terjadi pada elemen Ds, di mana heterogenitas struktural telah diamati. Satu
kelas elemen Ds berasal dari elemen Ac oleh penghapusan urutan internal. Kelas lain memiliki
ciri khas urutan ulang terminal ulang Ac, serta beberapa urutan subterminal, namun sisa DNA
berbeda. Anggota family Ac / Ds yang tidak biasa ini disebut elemen Ds yang menyimpang.
Elemen Ds kelas ketiga ditandai oleh pengaturan piggybacking yang aneh, satu elemen Ds
disisipkan ke yang lain, namun dengan orientasi terbalik. Telah ditunjukkan bahwa elemen Ds
ganda ini bertanggung jawab atas kerusakan kromosom.