TRANSPOSABLE GENETIC ELEMENT

Ketidakstabilan Genetik dan Penemuan Elemen Transposabel

 Awal tahun 1940-an, B. McClintock telah menemukan kalau beberapa urutan DNA
dapat berubah posisi yang disebut elemen genetik yang transposabel atau singkatnya
disebut transposon.
 Eelem tranposabel ini cukup kecil, mulai dari 500 sampai 10.000 pasangan nuleotida,
tetapi ada juga yang besar.
 Elemen ini ada pada prokariotik dan eukariotik.

Ketidakstabilan Genetik dan Penemuan Elemen Transposabel

 Elemen transposabel ini ditemukan oleh B. McClintock melalui analisa

ketidakstabilan genetik pada jagung yang berkaitan dengan kerusakan kromosom
tempat elemen transposable berada.
 Pada analisa McClintock, kerusakan dideteksi dengan hilangnya penanda genetik
tertentu.
 Pada beberapa eksperimen, McClintock menggunakan penanda (alel pada lokus C
pada lengan pendek dari kromosom 9, disebut CI) yang mengkontrol deposisi
pigmentasi pada aleuron.
 Eksperimen B. McClintock:
1. McClintock memfertilisasikan bunga betina CC dengan bunga jantan CI CI
2. Menghasilkan biji yang endospermnya CI CC.
3. McClintock beranggapan bahwa alel inhibitor CI telah hilang beberapa saat selama
pembentukan endosperm, sehingga klon dari jaringan yang dapat membentuk
pigmen dapat muncul.
4. Genotip dari klon ini kemungkinan adalah –CC dan yang hilang adalah alel CI
akibat kerusakan kromosom. Kerusakan pada suatu lokasi akan melepaskan
segmen kromosom dari sentromernya sehingga membentuk fragmen asentrik.
5. Kejadian seperti ini secara berkala muncul akibat kerusakan bagian tertentu pada
kromosom 9, dan diberi nama Ds (disosiasi)
 6. Faktor ini tidak mampu untuk mempengaruhi kerusakan kromosom. Ds diaktifkan
oleh faktor lain yang disebut Ac (aktivator).
7. Dua faktor inilah yang menyebabkan ketidakstabilan genetik pada kromosom 9.
8. Ketika salah satu dari elemen ini masuk atau berada dekat sebuah gen, fungsi dari
gen tersebut telah berubah. Bahkan fungsi dari gen tersebut bisa benar-benar
hilang. Oleh karena itu, McClintock menyebut Ac dan Ds sebagai elemen
pengontrol.
9. Elemen Ac dapat aktif sendiri namun Ds tidak. Ketika suatu transposon dapat
mengaktifkan dirinya sendiri, hal ini disebut berfungsi secara autonom, sedangkan
jika tidak maka disebut nonautonom

Elemen Transposabel di Bakteri

 Transposon pada bakteri yang paling sederhana adalah rangkaian insersi atau elemen
IS.
 Elemen IS yang homolog terkadang berkombinasi dengan gen lain untuk membentuk
tansposon gabungan, yang ditandai dengan simbol Tn. Simbol ini juga digunakan
untuk menandai transposon yang tidak mengandung elemen IS, seperti elemen yang
disebut sebagai Tn3. Seperti halnya transposon gabungan, elemen ini juga
mengandung gen yang yang tidak diperlukan untuk transposisi.

Elemen IS

 Elemen IS merupakan elemen yang terorganisasi secara kompak.

 Ujung urutan ini selalu berorientasi secara invert (terbalik) sehingga disebut inverted
terminal repeat (terminal berulang) yang panjangnya berkisar antara 9 sampai 40
pasang nukleotida.
 Ketika elemen IS masuk ke dalam kromosom atau plasmid, elemen ini membuat
duplikat dari urutan DNA pada lokasi insersi. Hasil pengkopian dari duplikasi terletak
pada masing-masing sisi dari elemen tersebut dan disebut sebagai duplikasi lokasi
target.
 Elemen IS memediasi integrasi episome ke dalam kromosom bakteri.
 Pembentukan transposon gabungan:
 1. Tansposon gabungan terbentuk ketika dua elemen IS saling menginsersi. Urutan
ini dapat diubah oleh kerja sama dari elemen yang mengapitnya.
2. Pada Tn9, elemen IS yang mengapit langsung berorientasi dengan yang lainnya
sedangkan Tn5 dan Tn10 berorientasi terbalik.
3. Masing-masing transposon gabungan ini membawa gen yang resistan terhadap
antibiotik.
4. Tn9 resistan terhadap chloraphenicol, Tn5 resistan terhadap kanamycin dan Tn10
resistan terhadap tetracycline.
5. Pada Tn5, elemen yang terletak di kiri, disebut IS50L tidak mampu untuk
menstimulasi transposisi namun elemen yang berada di kanan yaitu IS50R mampu
melakukannya.
6. Perbedaannya adalah perubahan pasangan nukleotida tunggal menghalangi IS50L
untuk mensintesis faktor transposisi yang penting. Faktor ini merupakan protein
yang disebut transposase yang disintesis oleh IS50R.

 Tn5 juga menggambarkan fitur lain dari elemen kelas IS: aktivitas transposisi diatur
(Gbr 9.7). Ini bisa dilihat ketika sel bakteri terinfeksi bakteriofag nonlitik yang
membawa Tn5 pada kromosomnya.
 Pada infeksi semacam itu, frekuensi transposisi Tn5 berkurang secara drastis setiap
kali sel yang terinfeksi telah membawa ccpy Tn5. Pengurangan ini menyiratkan
bahwa residen transposon menghambat transposisi transposon yang masuk,
kemungkinan dengan mensintesis suatu penekan.
 Analisis terperinci telah menunjukkan bahwa hipotesis ini benar. Elemen 1550R dari
Tn5 sebenarnya menghasilkan dua protein.
o Satu. transposase, mengkatalisis transposisi,
o sedangkan yang lain versi singkat dari transposase, mencegah tramposisi.
Karena protein yang lebih pendek lebih banyak, transposisi Tn5 cenderung
ditekan.
 Tn3 merupakan elemen dari kelompok transposons yang memiliki ulangan ujung
terbalik sepanjang 38-40 pasang nukleotid, lebih besar daripada elemen IS dan
biasanya mengandung gen yang dibutuhkan untuk transposisi.
 Transposisi pada Tn3 berlangsung dalam dua tahap.
o Tahap pertama adalah transposase memediasi penggabungan antara dua
molekul sehingga membentuk struktur yang disebut cointegrate. Selama
 proses ini, transposon mengalami replikasi dan masing-masing membentuk
sambungan pada cointegrate.
o Pada tahap kedua, pengkode tnpR memutuskan mediasi rekombinasi pada
lokasi yang spesifik antara dua Tn3 elemen

Gambar Transposisi Tn3(Snustad, D. P. dan Simmons, M. J. 2012)

 Produk gen tnpR juga memiliki fungsi yaitu, menekan sintesis protein transposase dan
protein resolvase. Represi terjadi karena situs res terletak di antara gen tnpA dan
tnpR. Dengan mengikat ke situs, protein tnpR mengganggu sintesis kedua produk gen,
membuat mereka kekurangan pasokan kronis. Akibatnya, elemen Tn3 cenderung
tetap tidak bergerak.
Signifikansi Medis dari Transposon Bakteri

 Transposon bakteri jelas reponsible untuk transposisi gen mengontrol resistensi

terhadap antibiotik (dan obat lain) dari satu molekul ke molekul yang lain.
 Semua R plasmid conjugative memiliki setidaknya dua komponen,
o satu segmen yang membawa satu set gen yang terlibat dalam transfer DNA
conjugative (mungkin analog dengan gen tra F plasmid)
o segmen kedua yang membawa gen / gen antibiotik dan / atau resistensi obat
atau gen yang disebut komponen RTF (Resistance Transfer Factor).
  Komponen RTF dari beberapa plasmid R konjugatif yang berbeda tampaknya
memiliki sejumlah besar homologi, berdasarkan pada percobaan hibridisasi silang
DNA-DNA.
 Komponen R-determinan menunjukkan lebih banyak perbedaan.
 Dalam beberapa plasmid R, R-determinan diapit oleh homolog IS elemen.
o Dalam beberapa kasus, ini hadir dalam orientasi yang sama, dan kasus lain
mereka dimasukkan dengan orientasi yang berlawanan.
o Dalam kedua kasus, mereka dapat memediasi transposisi dari R-determinan
dari satu R plasmid telah ditandai sebagai membawa dua atau lebih R-faktor
penentu, masing-masing diapit oleh IS elemen. Ini Adalah elemen hampir
pasti bertanggung jawab atas evolusi cepat plasmid bakteri yang membawa
beberapa faktor antibiotik dan resistensi obat.
 Tidak hanya plasmid ini cepat tersebar dalam spesies bakteri, tetapi mereka juga
ditransmisikan melintasi spesies dan bahkan garis generik. Sebagai contoh, E. Coli R
plasmid diketahui ditransfer ke beberapa genus, termasuk Proteus salmonella,
Hemophillus, Pasturella, dan Stigella, semua yang termasuk spesies patogen.
 Meningkatnya frekuensi dari bakteri membawa plasmid dengan R-determinan, yang
mengakibatkan resistensi terhadap antibiotik seperti penisilin, pada populasi rumah
sakit (yang terus menerus terkena antibiotik) telah banyak didokumentasikan.
 Kita harus membatasi penggunaan antibiotik untuk infeksi bakteri serius dan tidak
menggunakannya untuk setiap infeksi ringan yang datang bersama. Jika kita tidak
membatasi penggunaan, antibiotik dan obat-obatan yang sangat efektif hari ini
mungkin memiliki sedikit, jika ada, utilitas di masa depan.
Elemen Transposable Dalam Eukariota
Sebagai contoh pada transposable eukariotik akan dibahas transposons dari ragi, jagung, dan
Drosophila.
Elemen TY Ragi
 Ragi Saccharomyces cereviseae membawa sekitar 35 salinan dari elemen transposabel
yang disebut element Ty dalam genom haploidnya.
 Transposon ini memiliki 5900 pasang nukleotida panjang dan dibatasi pada setiap
ujungnya oleh segmen DNA yang disebut β sequence, yang panjangnya sekitar 340
pasangan basa (gambar 9.11).
 Masing-masing sequen δ urutannya mengarah pada arah yang sama (LTRs).
  Terkadang LTR terlepas dari elemen Ty yang menciptakan δ tunggal, Diperkirakan δ
tunggal dihasilkan oleh rekombinasi antara LTR elemen Ty lengkap seperti yang
ditunjukkan pada Gambar 9.12
 Organisasi genetik dari elemen Ty menyerupai retrovirus eukariot.
 Rantai tunggal virus RNA mensintesis DNA dari RNA yang telah memasuki sel.
DNA kemudian menyisipkan diri kedalam sebuah tempat dalam genom, membentuk
tempat target duplikat. Penyisipan seperti ini juga terjadi pada seluruh elemen Ty
yeast (sebuah urutan DNA berikatan dengan LTRs ) dan disebut sebagai provirus.
Provirus tersederhana dapat ditemukan dalam tiga bentuk gen, gag, pol dan env. Ty
elemen hanya memiliki dua gen A dan B yang analog dengan gan dan pol gen dari
retrovirus. Karena banyaknya kemiripan yang dijumpai antara transposon retrovirus,
maka elemen Ty terkadang disebut sebagai retrotransposon.
Transposons jagung
 Transposable element dapat ditemukan pada beberapa tanaman, yaitu pada jagung
(zea mays) dan (Antirrrbinum majus).
 Penelitian ini telah dilakukan pada jagung, dan tranposonnya telah diidentifikasi.
 Element Ac/Dc merupakan famili jagung, yang ditemukan oleh McClintock, yang
terdiri dari berbagai elemen yang tersebar di seluruh genom.
 Studi molekuler telah menunjukkan bahwa elemen otonom fungsional, Ac, terdiri dari
4563 pasangan nukleotida yang terikat oleh pengulangan langsung pasangan 8-
nukleotida (gambar 9.14 a).
 Yang paling mencolok dari ini adalah di ujung, di mana urutan 11-nukleotida-
pasangan di satu ujung diulang dalam orientasi yang berlawanan di ujung lainnya.
Pengulangan terminal terbalik ini dianggap memainkan peran penting dalam
transposisi.
 Seluruh elemen Ac pada genom jagung muncul dengan bentuk yang hampir mirip satu
sama lain. Tidak seperti elemen Dc yang memiliki susunan yang heterogen.
 Satu kelas elemen Ds berasal dari elemen Ac dengan penghapusan urutan internal.
Gambar 9.14b
 anggota keluarga Ac / D yang tidak biasa ini disebut elemen D yang menyimpang.
 Aktivasi elemen Ac menggunakan bantuan protein yang disebut sebagai transposase
dari golongan transposon Ac/Dc.
  Penghapusan atau mutasi pada gen yang mengkode protein ini menghapuskan sinyal
pengaktif.
 Mekanisme kerja elemen Ac terjadi ketika replikasi bagian DNA dalam kromosom
yang dapat berpindah dari satu tempat ke tempat lain yang berdekatan. Ketika
replikasi berakhir ada dua kromatid bersaudara dengan salinan tunggal Ac dan dua
salinan pada salah satunya. Pada proses ini, Ac tidak dapat bereplikasi sendiri selama
transposisi, namun akan disalin secara normal pada saat replikasi sebelum atau
sesudah perpindahan. Sehingga elemen Ac dianggap nonreplikativ.

Gambar : Organisasi Struktural Anggota Autonomous Dan Nonautonomous

Dari Ac/Dc Keluarga Elemen Transposable Pada Jagung (Snustad, D. P. dan
Simmons, M. J. 2012)

Pertanyaan :

1. Apa faktor-faktor yang menyebabkan ketidakstabilan genetik pada kromosom 9 ?

2. Mengapa Ac dan Dc pada percobaan Mc-Clintock disebut sebagai element pengontrol
?

Jawaban:

1. McClintock menemukan bahwa kejadian seperti ini secara berkala muncul akibat
kerusakan bagian tertentu pada kromosom 9. Dia memberi nama faktor yang
menyebabkan kerusakan ini Ds (disosiasi). Pada ekperimen tersebut, kromosom yang
membawa alel CI juga membawa faktor Ds. Jika sendirian, faktor ini tidak mampu
 untuk mempengaruhi kerusakan kromosom. Ds diaktifkan oleh faktor lain yang
disebut Ac (aktivator).
2. Baik Ac maupun Ds adalah bagian dari elemen transposabel. Elemen ini secara
struktur saling terhubung dan dapat memasuki lokasi berbeda pada kromosom. Ketika
salah satu dari elemen ini masuk atau berada dekat sebuah gen, fungsi dari gen
tersebut telah berubah. Bahkan fungsi dari gen tersebut bisa benar-benar hilang. Oleh
karena itu, McClintock menyebut Ac dan Ds sebagai elemen pengontrol.