Estructura del gen y regiones reguladoras

Región flanqueante: Región polimórfica identificable de ADN localizada en las

proximidades de un gen, a diferencia del marcador intragénico, que está localizado dentro
del propio gen; se utilizan en el análisis de ligamiento para analizar la herencia del gen en
cuestión.
Región UTR: Se denomina UTR (del inglés untranslated region o bien
de untranslated trailer) a las regiones no traducidas de los genes. Se habla generalmente
de un 5'-UTR y de un 3'-UTR, que son las dos partes no traducidas de cada gen, debido a
que se encuentran colindando el marco abierto de lectura (u ORF). De este modo, el
elemento que está «corriente arriba» del ORF es el 5'-UTR, pues contacta con el ORF
mediante el carbono 5' de la desoxirribosa del primer desoxirribonucleótido del ORF (es
decir, de la adenosina del codón de inicio de la traducción); y, «corriente abajo», se sitúa el
3'-UTR, pues contacta mediante el carbono 3' del último desoxirribonucleótido del ORF (es
decir, el último del codón de stop).
Las UTRs poseen gran importancia en la regulación de la expresión génica. Por ejemplo,
existen proteínas adaptadoras que reconocen secuencias específicas, no codificantes, del
3'-UTR.2 Además, están implicadas en la correcta expresión espacial y temporal de los
genes.

El exón es la región de un gen que no es separada durante el proceso de corte y empalme y,

por tanto, se mantienen en el ARN mensajero maduro. En los genes que codifican una
proteína, son los exones los que contienen la información para producir
la proteína codificada en el gen. En estos casos, cada exón codifica una porción específica
de la proteína completa, de manera que el conjunto de exones forma la región
codificante del gen. En eucariotas los exones de un gen están separados por regiones largas
de ADN (llamadas intrones) que no codifican.

Un intrón es una región del ADN que forma parte de la transcripción primaria de ARN, pero
a diferencia de los exones, son eliminados del transcrito maduro, previamente a su
traducción.

Marco abierto de lectura: Marco abierto de lectura es una porción de una molécula de ADN
que cuando se traduce a los aminoácidos, no contiene codones de terminación. El código
genético lee secuencias de ADN en grupos de tres pares de bases, esto significa que, en una
molécula de ADN de doble hebra, hay 6 posibles sentidos en los que pueden abrirse marcos
de lectura --tres en dirección hacia adelante y tres en reverso. Un marco abierto de lectura
larga es probable que sea parte de un gen.
Silenciadores o inhibidores: Impiden que se transcriba el gen sin cambiar el grado de
empaquetamiento de la cromatina. Se describieron inicialmente en las levaduras, y ya se
han encontrado unos pocos en otros organismos. No confundir con el silenciamiento por
condensación de la cromatina.
Potenciadores (intensificadores o estimuladores: enhancers): aumentan mucho la
velocidad de inicio de transcripción de los pomotores mínimos que se colocan en su misma
cadena de DNA. En las levaduras hay elementos análogos a los potenciadores: las UAS
(upstream activating sequences), pero se diferencian de los potenciadores en que sólo
funcionan si se localizan en 5’ del promotor, nunca detrás.

La caja TATA (caja de Hogness; no se debe confundir con la caja TATA (Pribnow) de
procariotas que está a –10) se sitúa entre la posición –15 y –25, aunque en la levadura varía
mucho más (desde –40 a –120). La secuencia consenso es TATANAA, y la mutación de uno
de sus nucleótidos siempre estropea la actividad promotora. Su función es marcar el
fragmento del cromosoma en el que puede comenzar la transcripción, así como el sitio
preciso en el que iniciará la transcripción, pero no determina el sentido de la transcripción
debido a la simetría de su secuencia. Solo aparece en al 10-15% de los genes conocidos de
los humanos

Los elementos proximales

Estos elementos, que van desde –30 hasta –200, no especifican la posición del inicio, sino
la frecuencia con la que se produce el inicio por ser reconocidas por diversos factores de
transcripción que favorecen la interacción de la RNA polimerasa II con el punto de inicio. Su
presencia y secuencia son aún más variables que las de los elementos basales. Se
mencionarán los más frecuentes.
La caja CAAT se localiza entre –50 y –100. Su consenso es CC(CT)ACCTCT. Fue uno de los
primeros módulos descritos como importantes para el promotor. Se puede encontrar en
muchas posiciones y su papel es más importante que el de la caja TATA en proporcionar
eficacia al promotor, pero, curiosamente, no siempre está presente.

La caja GC suele aparecer varias veces (hasta 6 copias). Su secuencia suele ser de tipo
GGGCGG, con la C sin metilar. Pueden encontrarse tanto delante como detrás de la caja
CAAT (pero siempre delante del promotor mínimo) y son más frecuentes en promotores sin
TATA, como la mayoría de los genes de mantenimiento o domésticos (housekeeping). Su
función es permitir una expresión constante, pero baja.

Las secuencias distales específicas (SDE) son las más alejadas de todas (–100 a –200) y
suelen constar de 6 a 10 nt. Son reconocidas específicamente por determinadas proteínas.
Funcionalmente no se distinguen de los elementos distales, pero se diferencian de éstos en
que se localizan en la zona proximal. Un ejemplo son las secuencias Oct1 y Oct2 reconocidas
por los homeodominios que se verán en el tema siguiente.

Cuando los promotores carecen de estos elementos proximales se dice que son genes
constitutivos o de mantenimiento. Da igual que los genes constitutivos se expresen de
forma muy abundante, como que se transcriban a baja velocidad, puesto que lo importante
es que lo hagan de manera continua y no regulada.

La caperuza o casquete de los mRNA es un 7-metilguanilato unido al primer nucleótido del

RNA por un enlace 5’-5’ trifosfato. Esto hace que la guanosina añadida se una en sentido
opuesto al del resto de la cadena polinucleotídica. Vimos que los snRNA trascritos por la
RNA-polimerasa II también llevan esta caperuza.

Poliadenilación de los mRNA

El extremo 3’ de los mRNA no se corresponde con la posición donde se termina la

transcripción, sino que es más corto, aunque presente una secuencia adicional en 3’: la cola
de poli-A. Para añadir esta cola existe un complejo que posee todas actividades enzimáticas
necesarias que se denomina poliadenilosoma y se encuentra íntimamente asociado al
dominio CTD de la RNA-polimerasa II. La poliadenilación está estrechamente ligada a la
terminación pues el corte del RNA favorece la terminación al desestabilizar la interacción
con la RNA-polimerasa.

Aunque la poliadenilación del mRNA se descubrió en 1970, su función todavía no está clara:

 interviene en el transporte del mRNA al citoplasma;

 determina la duración de la semivida del mRNA;
 interviene en la traducción correcta o eficaz del mRNA;
 parece ser la señal que indica los hnRNA que van a madurar y los que no;
 parece ser esencial para el ayuste del último intrón (de forma similar a lo que hace
la caperuza con el primer intrón).