PENDAHULUAN

Latar Belakang
Para ahli pada tahun 1930-an telah melakukan studi dan mempelajari susunan

kimia gen melalui pendekatan biofisik dan biokimia. Hal ini yang kemudian

berkembang melahirkan cabang ilmu baru yang disebut Biologi Molekular. Biologi

molekuler merupakan ilmu pengetahuan merupakan multi disiplin ilmu dari biokimia,

biologisel, dan genetika yang mempelajari aktivitas biologi pada level molekular,

termasuk interaksi antara perbedaan tipe DNA, RNA, protein, dan biosintesisnya

(Wahyudi, 2011).

Biologi molekular atau biologi molekul merupakan salah satu cabang biologi

yang merujuk kepada pengkajian mengenai kehidupan pada skala molekul. Hal ini

menyangkut tentang interaksi molekul dalam benda hidup dan kesannya, terutama

tentang interaksi berbagai sistem dalam sel, termasuk interaksi DNA, RNA, dan

sintesis protein, dan bagaimana interaksi tersebut diatur. Bidang ini juga berhubungan

dengan bidang biologi (dan kimia) lainnya, terutama genetika dan biokimia

(Henuhili, 2000).

Perkembangan ilmu dan pengetahuan dalam biologi molekuler, khususnya

pada pengkajian karakter bahan genetik telah menghasilkan kemajuan yang sangat

pesat bagi perkembangan penelaahan suatu organisme dan pemanfaatannya bagi

kesejahteraan manusia. Keterkaitan antara Genetika dan Biologi Molekular ini

memunculkan istilah Genetika Molekular, yaitu ilmu yang mempelajari tentang seluk

beluk gen. Area penting dalam genetika molekuler adalah penggunaan informasi

molekuler untuk menentukan pola penurunan atau hereditas, dan juga dalam
pengklassifikasian (molecular systematics) melalui penggunaan metode-metode

genetika dan biologi molekuler (Sutarno, 2012).

Para ahli menyadari bahwa pola dari hereditas bisa dijelaskan dari segregasi

yang dicapai kromosom pada meiosis. Hal ini bisa menjawab pertanyaan yang

muncul dari ahli biologi selama lebih dari 50 tahun. Berdasarkan uraian di atas, maka

makalah ini disusun untuk memahami pembuktian DNA sebagai materi genetic

(Johnson, G dan Raven, 2002).

Biologi molekuler merupakan cabang ilmu biologi yang mengkaji kehidupan

secara skala molekuler. Pengenalan alat merupakan langkah pertama sebelum kita

melakukan praktikum atau penelitian. Alat-alat laboratorium mempunyai cara dan

prinsip kerja yang berbeda. Selain itu kita juga dapat meminimalisir resiko kesalahan

kerja pada saat melakukan praktikum biologi molekuler. Setiap pengguna harus

mengikuti hal-hal tersebut agar dalam menggunakan alat-alat laboratorium tidak

terjadi kerusakan alat ataupun hal-hal yang berbahaya (Suryanto, 2003).

DNA merupakan rantai – rantai nukleutida yang secara kimia hampir tidak

saling berbeda, sedangkan sebaliknya protein dari campuran 20 macam amino yang

sangat berlainan, masing – masing dengan sifat kimianya yang khas. Keragaman

inilah yang memungkinkan sifat kimia yang serba canggih dimiliki oleh setiap

protein, dan ini diduga dapat menjelaskan mengapa evolusi telah memilih protein

daripada molekul RNA sebagai katalisator yang terbesar reaksinya di dalam sel

(Khopkar, 1990).

Alat merupakan salah satu pendukung dari pada keberhasilan suatu pekerjaan

di laboratorium. Sehingga untuk memudahkan dan melancarkan berlangsungnya

praktikum pengetahuan mengenai penggunaan alat sangat diperlukan. Pengenalan

alat merupakan langkah pertama sebelum kita melakukan percobaan atau penelitian

Dengan pengenalan alat-alat laboratorium. Kita dapat mengetahui berbagai macam

alat yang terdapat di Laboratorium (John dan Rachmawati, 2011)

Selain itu kita juga dapat meminimalisir resiko kesalahan kerja pada saat

melakukan percobaan mikrobiologi. Alat-alat laboratorium mempunyai cara dan

prinsip kerja yang berbeda. Setiap pengguna harus mengikuti hal-hal tersebut agar

dalam menggunakan alat-alat laboratorium tidak terjadi kerusakan alat ataupun hal-

hal yang berbahaya (Hafsah,2009).

Para peneliti sering menggunakan bahan tertentu dengan ukuran sangat kecil,

untuk itu diputuhkan mikropippet untuk mempermudah pekerjaan. Mikropipet terdiri

dari ukuran 20 µL, 100 µL, 1000 µL. Gunakan tip yang baru untuk setiap sample

yang berbeda untuk menghindari kontaminasi (Lewin, 2004).

Pipet yang biasa dipakai saat ini adalah pipet yang terbuat dari plastik

atau glass yang didesain untuk mengukur single volume atau beberapa volume

berbeda. Saat ini banyak laboratorium sudah menggunakan pipet otomatis yang

ukurannya sudah diset sehingga lebih mudah untuk digunakan (Cheesbrough, 2005).

Tujuan Percobaan

Adapun tujuan dari penulisan ini adalah untuk mengetahui alat dan bahan

laboratorium Genetika Molekuler serta cara penggunaannya

Kegunaan Penulisan

Adapun kegunaan dari penulisan ini adalah sebagai salah satu syarat untuk

memenuhi komponen penilaian di Laboratorium Genetika Molekuler Program Studi

Agroteknologi Fakultas Pertanian Universitas Sumatera Utara dan sebagai sumber

informasi bagi pihak yang membutuhkan.

 TINJAUAN PUSTAKA
Pengenalan alat merupakan langkah pertama sebelum kita melakukan

praktikum atau penelitian. Alat-alat laboratorium mempunyai cara dan prinsip kerja

yang berbeda. Selain itu kita juga dapat meminimalisir resiko kesalahan kerja pada

saat melakukan praktikum biologi molekuler. Setiap pengguna harus mengikuti hal-

hal tersebut agar dalam menggunakan alat-alat laboratorium tidak terjadi kerusakan

alat ataupun hal-hal yang berbahaya (Suryanto, 2003).

Mesin polymerase chain reaction (PCR) adalah sebuah teknologi laboratorium

yang utama dalam biologi mokuler. PCR mempunyai derajat spesifisitas dan

sensitivitas yang cukup tinggi. Dengan teknik PCR ini, dalam hitungan menit kita

bisa menghasilkan jutaan copy DNA. Elektroforesis merupakan suatu teknik yang

mengukur laju perpindahan atau pergerakan partikel bermuatan dalam suatu medan

listrik (Martin, 1996).

Teknik elektroforesis mempergunakan medium yang terbuat dari gel.

Perpindahan partikel pada medium gel tersebut dipengaruhi oleh faktor-faktor seperti

ukuran partikel, komposisi dan konsentrasi gel, densitas muatan, kuat medan listrik

dan sebagainya. Semakin kecil partikel tesebut, maka pergerakan atau migrasinya

akan semakin cepat, karena matriks gel mengandung jaringan kompleks berupa pori-

pori sehingga partikel-partikel tersebut dapat bergerak melalui matriks tersebut

(Yuwono, 2011).

Mikropipet Prinsip kerja Masukkan Tip bersih ke dalam Nozzle / ujung

mikropipet dan tekan Thumb Knob sampai hambatan pertama / first stop. Masukkan

tip ke dalam cairan sedalam 3-4 mm. Tahan pipet dalam posisi vertikal kemudian
lepaskan tekanan dari Thumb Knob maka cairan akan masuk ke tip lalu pindahkan

ujung tip ke tempat penampung yang diinginkan dan tekan Thumb Knob sampai

hambatan kedua / second stop atau tekan semaksimal mungkin. Jika ingin melepas

tip putar Thumb Knob searah jarum jam dan ditekan maka tip akan terdorong keluar

dengan sendirinya berfungsi mendorong tip keluar. Mikropipet (micropipet) adalah

suatu alat yang digunakan untuk memindahkan cairan dalam jumlah kecil secara

akurat. Penggunaan pipet gelas seperti pipet ukur dan pipet gondok tidak mempunyai

akurasi yang tinggi untuk volume kurang dari 1 ml (Daisy,1994).

Sentrifuga Dengan kekuatan yang melebihi gaya gravitasi, sentrifugator dapat

mengendapkan partikel-partikel dalam sebuah larutan. Semakin besar kekuatan

sentrifugalnya , maka pengendapannya menjadi semakin cepat dan efektif.

Pengendapan terjadi saat kita memberikan kecepatan tertentu,dan hal ini tergantung

jari-jari dari sentrfugator. Ada dua tipe baling-baling pada sentrifugator, yaitu : fixed-

angle danswing-out. Pemisahan partikel pada tipe fixed-angle terjadi lebih cepat dan

pengaplikasian kekuatan sentrifugal yang besar lebih mudah dilakukan pada tipe ini

dibanding swing-out type. Kemudian, saat menggunakan baling-baling yang

tipeswing out , panjang tabung tidak boleh melebihi jari-jari sentrifugator karena

dapat terjadi kerusakan saat alat dinyalakan (Cheesbrough, 2005).

Spektrofotometer Prinsip kerja spektrofotometer adalah bila cahaya

(monokromatik maupun campuran) jatuh pada suatu medium homogen, sebagian dari

sinar masuk akan dipantulkan, sebagian diserap dalam medium itu, dan sisanya

diteruskan. Nilai yang keluar dari cahaya yang diteruskan dinyatakan dalam nilai

absorbansi karena memiliki hubungan dengan konsentrasi sampel (Triwibowo, 2005).

 Elektroforesis DNA merupakan teknik untuk memisahkan sampel DNA

berdasarkan ukuran (berat molekul) dan struktur fisik molekulnya. Posisi

molekul yang terpisah pada gel dapat dideteksi dengan pewarnaan atau

autoradiografi, ataupun dilakukan kuantifikasi dengan densitometer. Elektroforesis

untuk makromolekul memerlukan matriks penyangga untuk mencegah terjadinya

difusi karena timbulnya panas dari arus listrik yang digunakan. Gel poliakrilamid dan

agarosa merupakan matriks penyangga yang banyak dipakai untuk pemisahan protein

dan asam nukleat (DNA) (Campbell, 2005).

Bila berada dalam suatu medan listrik, molekul biologi yang bermuatan

positif akan bermigrasi ke elektroda negatif dan sebaliknya. Prinsip inilah yang

dipakai dalam elektroforesis untuk memisahkan molekulmolekul berdasarkan

muatannya. Molekul DNA bermuatan negatif sehingga di dalam medan listrik akan

bermigrasi melalui matriks gel menuju kutub positif . Makin besar ukuran

molekulnya, makin rendah laju migrasinya. Berat molekul suatu fragmen DNA

dapat diperkirakan dengan membandingkan laju migrasinya dengan laju migrasi

fragmen-fragmen molekul DNA standar (DNA marker) yang telah diketahui

ukurannya (Suryo, 2004).

Spektrofotometri sinar UV digunakan untuk mengukur tingkat kemurnian DNA

hasil isolasi. Spektrofotometri merupakan metode analisis yang didasarkan pada

absorpsi radiasi elektromagnet. Keuntungan utama pemilihan metode

spektrofotometri bahwa metode ini memberikan metode sangat sederhana untuk

menetapkan kuantitas zat yang sangat kecil (Istanti, 1999).

 Thermocycler Dengan menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR)

, setiap materi genetik apapun dapat ditcntukan dengan tepat dan direplikasi dalam

jumlah banyak dengan cara menentukan sepasang primer yang mengapit sekuens

DNA yang dikehendaki. Cara kerja PCR dimulai dan pengikatan dua oligonukleotida

(primer) yang telah dikeahui komposisinya ke suatu sekuens target target yang

diinginkan. Kemudian, DNA polimerase akan memperpanjang oligonukleotida

tersebut. Setiap reaksi akan diulang setelah tahap denaturasi sehingga terjadilah

amplifikasi (penguatan) secara eksponensial (David, 2009).

Pada PCR terdapat tiga suhu atau tahapan inkubasi yang diulangi sebanyak

20-50 kali. Satu ulangan dan ketiga tahap inii disebut siklus. Tahap pertama disebut

denaturasi, di mana kedua untai molekul DNA target akan terpisah (terdenaturasi)

oleh pemanasan DNA dengan suhu 94°C untuk memutus ikatan hidrogen di antara

basa-basa, menghasilkan dua untai DNA yang terpisah. Tahap kedua disebut

penempelan (annealing), di mana dua primer akan berhibridisasi menjadi sekuens

komplementer pada untai tunggal DNA. Primer-primer yang dimaksud adalah

sekuens DNA untai tungga] sintetis dan pendek (panjang 20-30 basa)

(Magdeldin, 2012).
 BAHAN DAN METODE
Tempat dan Waktu Praktikum
Adapun praktikum ini dilaksanakan di laboratorium Genetika Molekuler
Program Studi Agroteknologi, Fakultas Pertanian, Universitas Sumatera Utara pada
ketingian 32 mdpl. Pada hari Rabu, 27 Februari 2019 pada pukul 13.00 WIB sampai
dengan selesai.

Alat dan Bahan Praktikum

Adapun bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah alat-alat biologi
molekuler. Alat yang digunakan alat alat tulis dan kamera.

Prosedur Praktikum
- Disiapkan alat dan bahan yang akan di praktikumkan
- Dilihat peragaan Asisten yang memperkenalkan alatnya
- Dicatat jenis alat serta bahan dan cara pengunaannya
 TINJAUAN PUSTAKA
Cheesbrough, Monica. 2005. District Laboratory Practice in Tropical Countries,
ed.vol.2. Cambridge: Cambridge University Press, halaman 120-140.

Daisy, Ami. 1994. Nama fungsi dan cara kerja alat alat laboratorium mikrobiologi.
Penerbit Kanisius: Yogyakarta

David G. Watson. 2009. Analisis Farmasi. EGC. Jakarta.

Hafsah. 2009. Mikrobiologi Umum. Makassar.

Henuhili, V. 2000. Genetika Molekuler. UNY. Yogyakarta.

Istanti. R. 1999. Biologi Sel. Malang: jurusan Biologi FMIPA UM.

John dan Rachmawati. 2011. Chemistry 3A. Erlangga. Jakarta.

Johnson, G dan Raven. 2002. Biology 6th edition. McGraw-Hill Publishing

Company, Dubuque, Iowa.

Khopkar, S. M. 1990. Konsep Dasar Kimia Analitik. UI-Press. Jakarta.

Lewin, B. 2004. Genes. Pearson Prentice Hall. Pearson Education, Inc.

Lisdiyanti. 1997. Polymerase Chain Reaction: Cara Mudah Memperbanyak DNA.

Bogor: Warta Biotek.

Magdeldin, S. 2012. Gel Electrophoresis-Principles and Basics. Rijeka: InTech

Publisher.

Martin, R. 1996. Gel electrophoresis: Nucleid acids. Oxford: Bros Scientific

Publishers Ltd.

Neil, Campbell. 2002. Biologi. Jakarta: Erlangga.

Suryanto. 2003. Melihat Keanekaragaman Organisme Mealui Beberapa Teknik

Genetika Molekuler. USU. Medan.

Suryo. 2004. Genetika Strata 1. Yogyakarta: UGM Press.

Sutarno. 2012. Kimia dari Gen. UNS. Semarang

Stansfield, W.D., Colome, J.S., Cano, R.J. 2006. Scaum’s easy outline Biologi
Molekuler dan Sel. Jakarta: Erlangga.
Triwibowo, Y. 2005. Biologi Molekular. Jakarta: Erlangga.

Wahyudi, I, A. 2011. Biologi Molekuler-Prinsip Dasar Analisis. Erlangga. Jakarta.

Yuwono, T. 2005. Biologi Molekuler. Erlangga. Jakarta.