Biologia 38 – Trascrizione

RNA-polimerasi

Tutti i tipi di RNA vengono sintetizzati nel nucleo. A sintetizzarli è un enzima, detto RNA-polimerasi che,
copiando su particolari tratti del DNA (geni per l’RNA), ne esegue una copia complementare (e non
identica) di quelle sequenze.
L’RNA-polimerasi è stata studiata bene nei procarioti e solo negli ultimi anni si è compreso il funzionamento
negli eucarioti. Pertanto, nella trattazione verrà dapprima descritta la RNA-polimerasi dei procarioti e poi
quella degli eucarioti.

RNA-polimerasi nei procarioti

I procarioti hanno un'unica RNA-polimerasi che sintetizza tutte le forme di RNA (rRNA, tRNA, mRNA).
Il processo di trascrizione si svolge in 3 fasi: inizio allungamento fine.

Inizio
1. L’RNA-polimerasi scivola (guidata da alcune proteine) lungo la doppia elica sino a quando incontra
la regione del promotore di un gene, cioè una sequenza di nucleotidi che indica il punto d'inizio
della trascrizione.
2. Riconoscimento e legame col promotore. Tale processo è favorito da un fattore proteico dell’RNA-
polimerasi, chiamato fattore σ (sigma).
Il legame avviene in maniera orientata, cioè nella direzione della lettura (il legame in senso opposto
è impossibile).
Il legame col promotore è importante per
svariati motivi:
 Consente di individuare il sito di inizio
del gene da leggere;
 Consente di modulare la velocità
lettura dell’RNA-polimerasi stessa. Ci
sono alcune sequenze altamente
specifiche e critiche sul promotore tali
da determinare non solo la specificità
del legame tra DNA e RNA-polimerasi,
ma anche influire sulla velocità di
lettura di quest’ultima.
Infatti, se queste sequenze critiche
assomigliano molto al tratto di DNA (e alla catena senso, più precisamente) da codificare,
esse impongono alla RNA-polimerasi una velocità di trascrizione notevole; mentre, se sono
molto diverse, la velocità di trascrizione è lenta.
Nel primo caso i promotori si dicono forti, nel secondo caso deboli.
In realtà, anche altre proteine regolatrici influenzano la velocità di trascrizione.
3. Cambiamento di forma della RNA-polimerasi (da un complesso chiuso ad un complesso aperto).
Tale cambiamento comporta la separazione dei filamenti di DNA, ad opera di una subunità interna
detta rudder (timone) e lo srotolamento di circa 13 bp per formare la bolla di trascrizione, in cui
avviene la lettura del DNA.
I filamenti che la RNA-polimerasi si lascia dietro si riavvolgono grazie a un’altra subunità interna
detta zipper (cerniera).

Allungamento
Tale fase comporta l’ulteriore aggiunta di ribonucleotidi. Dopo la sintesi dei primi 9 nucleotidi, l’RNA-
polimerasi si stacca dal promotore (altrimenti non potrebbe procedere nella lettura del DNA) e va avanti
con la trascrizione, leggendo e sintetizzando il gene in questione, dall’inizio alla fine, senza staccarsi.
Biologia 38 – Trascrizione 1
Il tutto procede ad una velocità media di 50 nucleotidi al secondo (inferiore rispetto a quella di duplicazione
del DNA … 800 nucleotidi al secondo).
La direzione di trascrizione è sempre 5’  3’ (riferita all’RNA e non al DNA!).

Fine
Quando finisce la lettura del gene, l’RNA-polimerasi si stacca dal DNA. Questa operazione è imposta da
elementi di controllo detti terminatori. I terminatori possono essere di due tipi:
 Rho-indipendenti. Sono formati da due sequenze consecutive, la prima ricca di basi C e G, la
seconda una poli-A.
A causa della prima sequenza si viene a formare una forcina che rallenta la corsa della RNA-
polimerasi; a causa della seconda sequenza, invece, l’RNA si stacca dal DNA, in quanto il legame A-
U è molto debole.
 Rho-dipendenti. Diversamente dai precedenti, reclutano una specifica proteina, detta Rho (una
ATPasi ad anello), la quale effettua la separazione dell’RNA neosintetizzato dal DNA; questa
proteina viene a sua volta attivata da una sequenza ricca di basi G sul tratto di DNA letto.

RNA-polimerasi negli eucarioti

Negli eucarioti il processo di trascrizione è molto più complesso per 5 motivi.

1. Tipi di RNA-polimerasi
A differenza dei procarioti (dove esiste un solo tipo di RNA-polimerasi), negli eucarioti ci sono molti tipi di
RNA-polimerasi.
Le varie RNA-polimerasi non sono solo chimicamente diverse tra loro, ma stanno anche in posti diversi (le
polimerasi II e III nel nucleo, la polimerasi I nel nucleolo) e riconoscono promotori diversi.
 RNA-polimerasi I. Si occupa della sintesi dell’ rRNA 28S, 18S e 5.8S;
 RNA-polimerasi II. Permette la sintesi di mRNA, snRNA, snoRNA, miRNA, RNA delle telomerasi;
 RNA-polimerasi III. Permette di sintetizzare tRNA, rRNA 5S, scRNA e alcuni snRNA.
Oltre a questi tre tipi, esistono altri tipi di RNA-polimerasi che operano nelle piante, nei mitocondri e nei
cloroplasti.

2. Fattori di Trascrizione Generali (GTF=General Transcription Factors, sempificati in TF).

Si tratta di un gruppo di 6 proteine (TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH) che hanno il compito di
riconoscere il promotore e svolgere il DNA nel processo di trascrizione della RNA-polimerasi II.
La nomenclatura TFII sta per Transcription Factor of RNA-polymerase II.
Il primo fattore di trascrizione ad entrare in azione durante la trascrizione è il TFIID. Si tratta di un grosso
complesso proteico formato da 12 subunità; tra queste particolarmente importante è la subunità TBP
(TATA binding protein), che si lega a livello del TATA-box.
La TFIID piega di circa 80° la
sequenza TATA e questo espone
alcune regioni di essa al
contatto con i fattori TFIIA e
TFIIB, le quali si legano e
stabilizzano il legame del TFIID.
Successivamente, si lega l’RNA-
polimarasi II assieme alla TFIIF.
Gli ultimi a legarsi sono il TFIIE,
TFIIJ (che è una subunità del
TFIIA) ed il TFIIH (che ha la
funzione di elicasi, cioè di
srotolare ed aprire la doppia elica del DNA). Tutti questi fattori formano, con la RNA-polimerasi II, il
complesso di trascrizione iniziale.

Biologia 38 – Trascrizione 2
Durante la fase di allungamento la RNA-polimerasi II si stacca da quasi tutti i fattori di trascrizione (TF). Gli
unici TF a rimanere attaccati alla RNA-polimerasi sono il TFIID (che stabilizza il legame tra l’RNA-polimerasi
ed il DNA) e il TFIIH (che ha il compito di svolgere ed aprire la doppia elica del DNA).

3. Attivatori, repressori, co-attivatori, co-repressori e complesso mediatore.

Gli attivatori e repressori sono una serie di proteine che interagiscono con particolari sequenze del DNA,
dette elementi regolatori prossimali e distali (vedi dopo), ed esercitano una funzione stimolante o inibente
sul processo di trascrizione. Essi non agiscono mai direttamente sul macchinario della trascrizione ma si
servono del complesso mediatore (che fa da mediatore, appunto, tra loro e vari TF) o di altre proteine,
dette co-attivatori e co-repressori.

4. Apparato promotore (promoter).

L’apparato promoter è l’insieme delle sequenze che permettono di avviare la trascrizione.
In generale, i promotori si suddividono in due categorie, quelli contenenti e quelli non-contenenti le isole
CpG (C=citosina, p=fosfato, G=guanina: sequenze nucleotidiche, da 20-50 bp, ricche di coppie C-G).
 I promotori con isole GpG sono frequenti nei geni “housekeeping”, cioè quei geni che gestiscono le
funzioni basilari di tutte le cellule (ad esempio costruire membrane cellulari, le proteine del
citoscheletro, etc).
 I promotori senza isole CpG, invece, sono frequenti nei geni altamente regolati (cioè che subiscono
l’influenza di molti regolatori). Questi geni, di solito, gestiscono funzioni molto complesse (come la
difesa immunitaria e i processi digestivi).
Vediamo i vari tipi di apparati promotori per le rispettive RNA-polimerasi
 La RNA-polimerasi I ha un apparato promotore formato da:
 Un nucleo promotore (core) ricco in GC, che si estende da -45 a +20. A questo sito vi si lega
un complesso formato da 4 subunità, la TBP (TATA binding protein) + 3 TAF (TBP-activating
factor 1, 2, 3).
 Elemento a monte del promotore (UCE = upstream control element), ricco in GC, che si
estende da -180 a -107. Ad esso si lega la proteina UBF (upstream binding factor),
responsabile del ripiegamento del DNA e necessaria a portare l’UCE a contatto col gruppo
promotore, al fine di attivare la RNA-polimerasi I.
 La RNA-polimerasi II ha un apparato promoter formato da:
 Nucleo promotore (core promoter), rappresentato da solo 2 o 3 dei seguenti 5 elementi:
 BRE, una sequenza situata a -35 dal punto di inizio; rappresenta l’elemento
riconosciuto dal TFIID.
 TATA box, una
sequenza posta a -
25 dal punto di
inizio.
 Elemento iniziatore
(Inr), una sequenza
situata a ridosso
del sito d’inizio
della trascrizione,
tra le posizioni –3 e
+5.
 DPE (downstream
promotor
element), una sequenza che si trova a valle del sito d’inizio, a +30.
 MTE (motif ten element) situato tra +18 e +27. Esso interagisce con l’Inr per
l’attivazione del TFIID.
 Elementi regolatori prossimali, che sono posti tra -50 e -200 dal sito di inizio della
trascrizione. Questi elementi vengono riconosciuti e legati dagli attivatori ed hanno la

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 funzione di stabilizzare l’apparato di inizio della trascrizione e di modulare la reazione di
inizio. Quelli più noti sono:
 CCAAT-box (generalmente localizzata a -80/-100),
 GC-box (GGGCGG, generalmente a -40/-70),
 CRE.
 Elementi regolatori distali, che sono posti ad oltre -100.000 dal sito di inizio della
trascrizione. Nonostante la loro notevole distanza dal gene da trascrivere, questi elementi,
quando vengono attivati, si portano sempre in prossimità del gene, grazie all’attività dei TF
(Transcription Factors).
Gli elementi più noti sono:
 Esaltatori e silenziatori (enhancers e silencers), che sono sequenze grandi (circa 500
bp) che attivano o reprimono il promotore, mediante l’interazione dei TF
(Transcription Factors). Solitamente sono dislocati a notevole distanza dal
promotore (a monte o a valle di esso); talvolta, però, gli enhancers e i silencer
possono anche situarsi all’interno del gene da trascrivere.
 Isolatori (insulators), che sono sequenze molto grandi di DNA (da 300 a 2000 bp)
che hanno la funzione di:
 Confinare ed isolare le varie regioni dell’eucromatina per evitare che il DNA
di una regione vada a “mischiarsi” col DNA di altre regioni;
 Impedire eventuali cross-reazioni attivanti da parte di geni vicini (mediante
il blocco dei silencers e degli enhancers).
 Locus di controllo delle regioni (LCR = Locus control regions), che è un sito
regolatore situato molto lontano dal promotore ed indipendente dagli enanchers.
La sua funzione è quella di rendere attivo un promotore ed il meccanismo consiste
nell’aprire i nucleosomi del promotore, in modo che i TF possano legarsi ad esso (e
quindi attivare il promotore stesso). Spesso gli LCR sono tessuto-specifici cioè, pur
essendo presenti in tutte le cellule, funzionano solo in quelle di un determinato
tessuto grazie all’intervento di proteine attivatrici, presenti solo in quel tessuto.
 Regioni di attacco alla matrice (MAR = Matrix attachment regions), che sono
sequenze di DNA alle quali si lega la matrice nucleare (una fitta rete proteica che fa
parte del nucleo-scheletro e che regola la disposizione della cromatina all'interno
del nucleo). I MAR servono per organizzare la cromatina in domini (regioni) e
giocano un ruolo importante nella regolazione dell'espressione genica. I geni attivi
sono associati alle MAR nelle cellule dove sono espressi, mentre non sono associati
alle MAR nelle cellule dove non sono espressi.
 La RNA-polimerasi III può avere 4 tipi di apparato promotore:
 Tipo 1 (promotore interno): è formato
da 2 elementi di controllo a valle del
punto d'inizio della trascrizione, detti
boxA e boxC (sequenze di circa 10
basi); si trova nei geni per l'rRNA-5S.
 Tipo 2 (promotore interno): è formato
da 2 elementi di controllo a valle del
punto d'inizio, detti boxA e boxB; è
presente nei geni per il tRNA.
 Tipo 3 (promotore a monte): è
formato da 3 elementi (conservati) a
monte del punto di inizio, detti Oct,
PSE e TATA; è presente nei geni per gli snRNA.

Biologia 38 – Trascrizione 4
  Tipo 4 (promotore interno + a monte): è formato da due promotori interni simili a quelli del
tipo 2 (boxA e boxB) e 2 promotori a monte (TF e TATA).; è presente nei geni che
trascrivono l’RNA-7SL, uno degli RNA più piccoli presenti nelle cellule1.
Un numero elevato di geni (40-50% nell’uomo) è provvisto di promoter alternativi. Si tratta di geni dotati di
promoter “opzionali” coi quali possono dare origine a proteine con caratteristiche biochimiche diverse, pur
partendo dallo stesso gene. Questo meccanismo è coinvolto nella specificità di tessuto (cioè, uno stesso
gene, in cellule appartenenti a tessuti diversi, può produrre più o meno la proteina codificata perché
influenzato da diversi promoter).
I promoter alternativi sono molto attivi durante la vita embrionale. Difetti nel funzionamento dei promotori
alternativi, possono essere causa di gravi malattie genetiche. Un esempio significativo è la “distrofia
muscolare di Duchenne”, dovuta alla mutazione del gene distrofina, che governa la produzione della
omonima proteina, componente fondamentale della struttura delle fibre muscolari scheletriche e
cardiache.

5.Elementi regolatori prossimali e distali

Quelli più conosciuti sono relativi alla RNA-polimerasi II e sono stati già trattati nel punto 4.

RNA polimerasi

Introduzione

nei procarioti negli eucarioti

a) Solo 1 tipo di RNA-polimerasi Differenze coi procarioti

a) Tipi di RNA-polimerasi
b) Bolla di trascrizione I, II, III (IV, V, mitocondriale, cloroplatica)
c) Promotore b) Fattori di trascrizione generali

d) Fattore sigma c) Attivatori, repressori, co-attivatori, co-

repressori e complesso mediatore.
e) Fasi della trascrizone
-Inizio d) Promotori
-allungamento • per l’RNA-polimerasi I
-fine core + UCE

• per l’RNA-polimerasi II
nucleo promotore
BRE +TATA-box + Elemento
iniziatore + DPE + MTE

elementi regolatori prossimali

CCAAT-box + GC-box +CRE

elementi regolatori distali

Enhancers + silencers + insulators
+ LCR + MAR

• per l’RNA-polimerasi III

- Tipo 1 (int.): boxA, boxC
- Tipo 2 (int.): boxA, boxB
- Tipo 3 (est.): TATA, Oct, PSE
- Tipo 4 (misto): TATA, TF, boxA, boxB

e) Elementi regolatori prossimali e distali

…solo per la RNA-polimerasi II

1
L’RNA-7SL è il principale componente della particella di riconoscimento del segnale (SRP = signal recognition particle), una
ribonucleoproteina (composta da RNA-7SL e circa 6 proteine) che si lega in corrispondenza dell’uscita del tunnel ribosomiale. Il suo
compito è quello di riconoscere, legare e trasportare le proteine destinate al reticolo endoplasmatico (vedi paragrafo relativo nel
capitolo sulla traduzione).

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