Antara faktor penyebab kemunduran kerajaan Fatimiyah adalah kerana kelemahan para

khalifah, pepecahan dalam tubuh tentera dan bencana alam.

Kelemahan para khalifah ini terjadi sejak al Hakim (996-1021). Kelemahan ini disebabkan
kerana apabila dinobatkan menjadi khalifah, usianya masih sangat muda iaitu dalam
sebelah tahun. Lemahnya khalifah bermata biru ini menyebabkan tampilnya orang-orang
kuat dan berpengaruh sebagai pemegang kekuasaan yang sebenarnya, dan khalifah ketika
itu hanya sebagai patung boneka.

Seterusnya, Perpecahan dalam tubuh tentera yang terdiri daripada tiga unsur kekuatan.
Pertama, unsur bangsa Berber yang sejak awal ikut berjuang mendirikan dinasti Fatimiyah.
Kedua, unsur bangsa Turki yang berjaya masuk kerana didatangkan oleh khalifah al Aziz.
Ketiga, unsur kekuatan bangsa Sudan yang didatangkan oleh khalifah al Mustanshir. Tiga
unsur ini selalu bersaing dan sesekali terlibat dalam peperangan antara mereka.
Peperangan terbuka yang paling besar adalah peperangan antara Berber dan Turki.
Sementara khalifah yang lemah tidak mampu berbuat apa-apa. Akhirnya, wilayah-wilayah
dinasti yang demikian luas secara beransur-ansur pudar kerana memisahkan diri atau
dikuasai oleh dinasti lain.

Di samping itu, bencana alam seperti kekeringan yang melanda Mesir. Hal ini menimbulkan
penderitaan rakyat kerana kelaparan, wabak penyakit, rompakan dan lain-lain, juga bagi
negara menyebabkan lumpuhnya ekonomi pertanian yang hasilnya merupakan sumber
pertukaran asing utama Mesir. Keadaan ini memaksa khalifah meminta bantuan kepada
Konstantin Monomachus untuk menghantar bahan-bahan makanan ke Mesir.