Avances en biología molecular

2010

DNA antiguo: El nacimiento de la Paleogenómica Ramón Muñoz Chápuli. Catedrático.

Departamento de Biología Animal

El DNA antiguo nunca estuvo tan de moda. Los avances registrados durante los últimos diez años
en este terreno han sido motivo de que la revista Science haya seleccionado los estudios sobre
DNA de organismos extintos como uno de los diez campos más relevantes de la pasada década. La
misma revista consi- deraba también la publicación del borra- dor del genoma Neandertal como
uno de los diez avances o breakthroughs más im- portantes del año 2010. Cuando pensa- mos lo
calientes que están aún las con- troversias acerca de la publicación del genoma humano, parece
increíble que ya conozcamos buena parte del genoma del “otro” humano, desaparecido hace unos
30.000 años. Esto ha sido posible gracias a un esfuerzo conjunto de una serie de grupos de
investigación liderados por el Instituto Max Planck de Antropología Evolutiva de Leipzig
(Alemania), y en concreto por el investigador sueco Svante Pääbo [Green et al., Science, 328:710
(2010)].

El doble reconocimiento de Science

atrae la atención hacia dos importantes

hechos. En primer lugar los avances en

las tecnologías de secuenciación de DNA.

En segundo las posibilidades, que hace

veinte años hubiéramos situado en el

ámbito de la ciencia ficción, de secuen- ciar DNA de organismos desaparecidos

hace miles o millones de años. Esta posi- bilidad comenzó a vislumbrarse a me- diados de la
década de los 80, cuando se

anunciaron una serie de resultados espec- taculares que luego no pudieron ser con- firmados. Las
muestras aisladas no sólo

estaban fuertemente degradadas (fragmentadas y modifi- cadas químicamen- te) sino que
también aparecían masiva- mente contaminadas con DNA de origen bacteriano, vírico o humano.
Después de un reflujo en el entusiasmo ini- cial, la situación ha cambiado radical- mente en la
última década. Esto se ha debido sobre todo al desarrollo de tecno- logías diseñadas para trabajar
con DNA degradado, para amplificarlo por PCR y para identificar y ensamblar mediante
procedimientos bioinformáticos la aguja de las secuencias relevantes en medio del pajar de DNA
contaminante [Stiller et al., Genome Res 19:1843 (2009)]. De esta forma ha sido posible secuenciar
el ge- noma del mamut (a partir de pelos, en los que el DNA está bien preservado por la queratina,
una proteína muy resistente) y estudiar su relación filogenética con los elefantes [Miller et al.,
Nature 456:387 (2008)]. Fue posible secuenciar el DNA mitocondrial del Neandertal [Briggs et al.,
Science, 325:318 (2009)] y demostrar, mediante DNA procedente de restos orgánicos y
conservado en sedimentos congelados, que mamuts y humanos convivieron en Alaska durante
casi tres mil años, contradiciendo la idea de un rápido exterminio de los primeros [Haile et al.,
PNAS, 106:22352 (2009)]. Ha sido posible describir a partir de un dedo encontrado en una cueva
de Siberia lo que podría ser un nuevo tipo de humano, con una evolución independiente de
neandertales y humanos modernos, que vivió en Asia Central hace 40.000 años [Krause et al.,
Nature 464:894 (2010); Reich et al., Nature 468:1053 (2010)]. Y así, hasta llegar a la publicación del
ge- noma Neandertal y desvelar no sólo las diferencias genéticas con nuestra especie, sino que
muy probablemente existió en Europa flujo genético entre neandertales y humanos, o dicho de
forma menos académica, que las relaciones entre ellos no fueron siempre inamistosas. Se calcula
que europeos y asiáticos (pero no africa- nos) hemos heredado entre un 1% y un 4% de nuestros
genes de antepasados neandertales. En este descubrimiento ha habido participación española, en
con- creto el análisis de muestras de doce indi- viduos Neandertales hallados en la cueva del
Sidrón (Asturias) que murieron hace 49.000 años a causa del derrumbamiento de una cueva.
Grupos de investigación españoles acaban de publicar un artículo sobre este tema en el que
analizan gené- ticamente estos individuos y muestran que probablemente formaban un grupo
familiar con características patrilocales (es decir, que las mujeres procedían de fuera del clan
familiar, como sucede en la mayor parte de las comunidades huma- nas primitivas) [Lalueza-Fox et
al., PNAS, 108:250 (2011)].

El genoma de los Neandertal : Se logró secuenciar el genoma de

Neandertal a partir de los huesos de tres ejemplares Neandertales que
vivieron en Croacia entre 38,000 y 44,000 años atrás.

Nuevos métodos de secuenciación de fragmentos degradados de ADN

permitieron a los científicos hacer las primeras comparaciones directas
entre el genoma humano moderno y aquel de nuestros ancestros
Neandertales.
2011

Experimento en laboratorio logra

retrasar síntomas de la vejez
Científicos en Estados Unidos lograron retrasar, e incluso eliminar, la
aparición de los signos de envejecimiento como arrugas, cataratas y
desgaste muscular en ratones.

Image captionLos científicos eliminaron del

organismo las células que han dejado de dividirse.

Lo lograron eliminando un tipo de células que, con la edad, se acumulan en el

organismo porque dejan de dividirse.

Los investigadores de la Clínica Mayo afirman que el hallazgo demuestra por

primera vez que estas células "agotadas" juegan un papel importante en el
envejecimiento.
Y pueden ser la clave para ayudar a que la gente permanezca sana durante más
tiempo cuando envejece, expresan los científicos en la revista Nature.

La investigación se centró en la llamada senescencia celular, el momento en el

que las células dejan de dividirse.

La capacidad de división celular juega también un papel en el desarrollo de

tumores, que son causados por la multiplicación indefinida de las células.

En los 1960 los científicos descubrieron que las células llevan a cabo un número
limitado de divisiones pero llega un punto en que dejan de dividirse.

En ese momento quedan en un estado de limbo, la llamada senescencia celular,

en el que ni mueren ni se continúan multiplicando.

El sistema inmune se encarga de eliminar a estas células regularmente, pero con

el tiempo sus números comienzan a acumularse.

Los científicos creen que cerca del 10% de las células de las personas muy
mayores están en senescencia.

Eliminación

Los investigadores de la Clínica Mayo descubrieron una forma de matar a todas

las células senescentes en ratones genéticamente modificados.
Estos ratones envejecían mucho más rápido de lo normal, pero cuando les dieron
un fármaco diseñado para matar a las células senescentes los animales mostraron
"un retraso drástico" de los signos de envejecimiento.
Me siento optimista de que esto pueda realmente tener un impacto. Nadie quiere
vivir más si la calidad de vida es malaDr. Jan van Deursen

En particular se analizaron tres síntomas de la vejez: la formación de cataratas en

el ojo, el desgaste de tejido muscular y la pérdida de depósitos de grasa bajo la
piel, que provoca las arrugas.

Cuando el fármaco fue suministrado después de que los ratones envejecieran, los
científicos encontraron una mejora en la función muscular.

"Nunca había visto algo semejante" explica el doctor James Kirkland, uno de los
investigadores.

Su colega, el doctor Jan van Deursen, explica a la BBC que "quedamos muy
sorprendidos por este efecto tan profundo. Realmente creo que es muy
significativo".

El hallazgo plantea la tentadora posibilidad de retrasar los signos de

envejecimiento en humanos. Sin embargo, las células senescentes no pueden ser
tan fácilmente eliminadas en el humano.

"Me siento optimista de que esto pueda realmente tener un impacto. Nadie quiere
vivir más si la calidad de vida es mala" dice el doctor Deursen.

La gente joven, explica, puede eliminar sus propias células senescentes.

"Todo lo que se necesitaría sería preparar, o estimular, al sistema inmune para

que se encargue de eliminar a las células senescentes".

"O desarrollar un fármaco que las ataque basado en las proteínas especiales que
estas células producen".

El doctor Jesús Gil, del Consejo de Investigación Médica del Reino Unido, afirma
que "el hallazgo debe ser tomado con un poco de cautela, porque es un estudio
preliminar".

Pero agrega que es una investigación "fascinante" que "sugiere que si te deshaces
de las células senescentes puedes mejorar los fenotipos (características físicas)
asociados al envejecimiento y mejorar la calidad de vida en el humano
envejecido".
Hallan tres tipos de flora intestinal
En nuestro intestino viven unos 100.000 millones de bacterias de unas 1.000
especies distintas, lo cual es unas 10 veces más del total de células en
nuestro organismo.

Derechos de autor de la imagenEMBLImage

captionExisten tres tipos distintos de flora intestinal.

Se sabe que estas bacterias ayudan a digerir alimentos, a descomponer toxinas,

producir ciertas vitaminas y aminoácidos y a formar una barrera contra los agentes
invasores.

Ahora, científicos descubrieron que esta enorme comunidad de microorganismos

se agrupa en tres grupos o "ecosistemas" diferentes de flora intestinal.
Y el tipo de flora que posee una persona afecta la forma como el organismo
absorbe nutrientes, procesa alimentos y se defiende de infecciones, dicen los
científicos en la revista Nature.
Tal como señalan los investigadores del Laboratorio Europeo de Biología
Molecular (EMBL), en Heidelberg, Alemania, identificando el ecosistema
bacteriano de un individuo podría en el futuro ayudar a diagnosticar enfermedades
como cáncer de colon y recto y a predecir cuál es el mejor tratamiento para ese
individuo.

Especie dominante

"Descubrimos que la composición de las especies de bacterias en el intestino es

diferente en cada persona" explicó a la BBC el doctor Jeoen Raes, del Instituto
Flandes para Biotecnología, uno de los autores del estudio.

"Analizamos la flora intestinal de unas 200 personas y vimos que éstas se agrupan
en tres distintos tipos o ecosistemas, y cada uno tiene una especie dominante"
agrega.
Estoy convencido de que enfermedades como la obesidad, diabetes, la enfermedad
de Crohn, la colitis ulcerosa y el cáncer de colon y recto e incluso el asma, el acné y
muchos otros males, están vinculados a la flora intestinal y a alteraciones que
ocurren en éstaDr. Jeroen Raes

El estudio analizó muestras fecales de 39 individuos de tres distintos continentes,

Europa, Asia y América y posteriormente se extendió el estudio para incluir a otras
85 personas de Dinamarca y 154 de Estados unidos.

Encontraron que, basados en la especie que dominaba en el intestino, todos los

casos podían dividirse en tres grupos o enterotipos.

Tal como explica el doctor Raes, todavía no saben porqué las personas tienen
alguno de estos ecosistemas de flora intestinal pero creen que podría deberse a
las diferencias como nuestro sistema inmune es capaz de distinguir entre las
bacterias beneficiosas y las bacterias perjudiciales.

O quizás se debe a las distintas formas como se liberan los desechos de

hidrógeno de las células.

Lo que es claro, dicen los científicos, es que estos tipos de flora intestinal no están
vinculados a factores como la edad, género, nacionalidad o índice de masa
corporal.

Pero sí podrían ser responsables de trastornos como la obesidad o enfermedades

vinculadas a la digestión y procesamiento de alimentos.

"Estoy convencido de que enfermedades como la obesidad, diabetes, la

enfermedad de Crohn, la colitis ulcerosa y el cáncer de colon y recto e incluso el
asma, el acné y muchos otros males, están vinculados a la flora intestinal y a
alteraciones que ocurren en ésta" explica el doctor Raes.
"Por eso esta comunidad de bacterias es tan importante y esencial para el
bienestar de una persona".

"Y no debemos olvidar el enorme tamaño de esta comunidad: tenemos 10 veces

más bacterias en el intestino que células en todo nuestro organismo. Es un
"órgano" del tamaño de nuestro cerebro pero formado sólo por bacterias y, sin
embargo, este órgano ha sido completamente abandonado por la comunidad
científica y médica", agrega el científico.

Diagnóstico de enfermedades

Derechos de autor de la imagenSPLImage

captionEn el intestino viven unos 100.000 millones de bacterias.

El hallazgo, afirman los investigadores, podría conducir a una nueva herramienta

para el diagnóstico y tratamiento de muchas enfermedades.

Es decir, en el futuro, cuando el médico esté diagnosticando o analizando la

probabilidad de que un paciente contraiga una enfermedad particular, no sólo
buscará claves en su organismo sino también en el tipo de flora intestinal que
posee.

Y los tratamientos para esa enfermedad podrían adaptarse al tipo de bacterias

para asegurar el mejor resultado.

Tal como explica el doctor Raes, todavía deberán llevar a cabo más estudios para
poder determinar, por ejemplo, si una persona nace con su tipo determinado de
flora o es algo que cambia con el paso del tiempo.

Tampoco se sabe si estos tres tipos de flora intestinal son igualmente beneficiosos
o uno es más perjudicial o beneficioso que otro.

"Todavía necesitamos llevar a cabo muchos más estudios. Pero si estamos en lo

correcto, podríamos en el futuro desarrollar una prueba simple -como una muestra
fecal- con la cual identificamos el tipo de flora", explica el investigador a la BBC.

"Y con esto podríamos diagnosticar una enfermedad o incluso modificar la flora
intestinal para prevenir el desarrollo de esa enfermedad" agrega el científico.