UNIVERSIDAD DE CARTAGENA

FACULTAD DE CIENCIAS EXACTAS Y NATURALES

DEPARTAMENTO DE QUÍMICA 2009

PROGRAMA: QUÍMICA 019

ASIGNTURA: BIOQUÍMICA 1990003
UBICACIÓN: VIII SEMESTRE
REQUISITO: QUÍMICA ORGÁNICA, BIOLOGÍA
DOCENTE: JUAN TORRES CASTELLAR, Q.F. MsC
HORARIO DE CLASE: Lunes: 02: 00 P.M.  04:00 P.M.
Martes: 02: 00 P.M.  02:00 P.M.
HORAS SEMANALES: 4 horas teóricas semanales
PERÍODO DE CLASE: Segundo período, Julio a Noviembre de 2010
DURACIÓN DEL PERÍODO: 16 semanas
TOTAL HORAS DE CLASE: 64

I. OBJETIVOS
a. OBJETIVOS GENERALES: Estudio de la estructura, función, mecanismos de
acción, técnicas analíticas de determinación estructural y aplicaciones de las
biomoléculas.
b. OBJETIVOS ESPECÍFICOS
i. Explicar el funcionamiento de sistemas biológicos a partir de modelos
y teorías de las ciencias químicas.
ii. Caracterizar las biomoléculas a partir de su estructura.
iii. Identificar la función y participación de las enzimas en las rutas
metabólicas.
iv. Integrar las rutas metabólicas en función de la regulación de las
mismas.
II. JUSTIFICACIÓN
La Bioquímica es una de las ramas de la Química donde se concentran mayores
recursos de investigación en la actualidad. Además, siendo la bioquímica uno de
los pilares conceptuales y operativos de las actuales aplicaciones
biotecnológicas y biomédicas, el químico debe apropiarse de su lenguaje e
identificar las relaciones con los procesos productivos a nivel industrial y del
impacto de las herramientas de esta disciplina en una diversidad de campos como
la genómica, proteómica y biología molecular.
III. METODOLOGÍA
a. Conferencias magistrales
b. Aprendizaje basado en problemas
c. Simulaciones virtuales en la sala de informática
d. Clubes de revistas
e. Presentación de videos didácticos
IV. OBSERVACIONES GENERALES
a. El curso debe ser complementado por parte del estudiante con consultas en
bases de datos y empleando la literatura referenciada en este documento.
V. EVALUACIÓN
a. Primer corte 30%
i. Quiz: 5%
 ii. Tareas y participación: 5%
iii. Examen parcial: 20%
b. Segundo corte 30%
i. Quiz: 5%
ii. Tareas y participación: 5%
iii. Examen parcial: 20%
c. Tercer corte 40%
i. Quiz: 5%
ii. Club de revista: 5%
iii. Examen parcial: 30%
VI. CONTENIDO
a. UNIDAD 1: INTRODUCCIÓN A LA BIOQUÍMICA
i. Raíces de la bioquímica moderna
ii. Bases moleculares de la vida
iii. Química de los sistemas acuosos en biología
iv. Termodinámica de los procesos biológicos
v. Reacciones de oxido-reducción
b. UNIDAD 2: ÁCIDOS NUCLEICOS
i. Estructuras químicas del ADN y del ARN
ii. Teoría del mundo del ARN
iii. Fragmentación del ADN y del ARN mediante nucleasas
iv. Electroforesis
v. Northern y Southern blot
vi. Reacción de la polimerasa en cadena
vii. Métodos de secuenciación del ADN
1. Método de Maxam
2. Método de Sanger
3. Método del nanoporo
4. Secuenciación del ADN mediante espectometría de masas
viii. Cristalografía de ácidos nucleicos
ix. Micromatrices de ADN y de ARN
x. Bases de datos en genómica
xi. Tecnología del ADN recombinante
c. UNIDAD 3: PRÓTIDOS
i. Química de los aminoácidos
ii. Plegamiento de las proteínas
iii. Modelo de la caminata aleatoria
iv. Termodinámica de las proteínas
1. Diagramas de Ramachandran
2. Resolución de la paradoja de Levinthal
3. Estabilidad
a. Interacción hidrofóbica
b. Desnaturalización
v. Función de las proteínas
vi. Priones
vii. Métodos de separación y purificación
viii. Técnica Western blot
ix. Determinación estructural
1. Cristalografía de proteínas
2. Determinación de la estructura secundaria utilizando
dicroísmo circular
 3. RMN de proteínas
x. Métodos de secuenciación de las proteínas
1. Degradación de Edman
2. Secuenciación de proteínas por espectometría de masas
xi. Proteínas recombinantes
xii. Micromatrices de proteína
xiii. Complejos ácidos nucleicos-proteína
xiv. Análisis de la interacción de proteínas
1. Transferencia de energía de resonancia de Förster
2. Sistemas de doble híbrido en levadura
xv. Bases de datos en proteómica
d. UNIDAD 4: CINÉTICA ENZIMÁTICA
i. Especificidad de las enzimas
ii. Clases de enzimas
iii. Mecanismos de acción enzimática
1. Efecto entrópico
2. Estabilización del estado de transición
3. Modelo del anclaje inducido
4. Dinámica en el mecanismo enzimático
iv. Mecanismo de Michaelis-Menten
v. Gráficas de Line-Weaver-Burk
vi. Regulación de la acción enzimática
1. Inhibición reversible
2. Inhibición irreversible
3. Inhibición combinada
4. Modulación alostérica
5. Utilización de Inhibidores
vii. Control de la actividad
1. Producción de enzima
2. Compartimentación
3. Modificaciones post-traduccionales
4. Ambiente celular
viii. Cofactores y coenzimas
ix. Aplicaciones industriales
1. Procesamiento de alimentos
2. Detergentes biológicos
3. Bebidas fermentadas
4. Industria fotográfica
5. Biología molecular
6. Biocombustibles
7. Jugos de fruta
8. Almidón
9. Caucho
10. Papel
e. UNIDAD 5: METABOLISMO DE GLÚCIDOS
i. Glicólisis
ii. Ciclo de los ácidos tricarboxílicos
iii. Cadena Respiratoria de transporte de electrones
iv. Regulación de las vías metabólicas de los glúcidos
f. UNIDAD 6: METABOLISMO DE LÍPIDOS
i. Metabolismo de triacilgliceroles
ii. Catabolismo de los ácidos grasos
 iii. Biosíntesis del colesterol
g. UNIDAD 7: MEMBRANAS BIOLÓGICAS
i. Potenciales de membrana
ii. Energética del transporte a través de membranas
iii. Transportadores
iv. Canales iónicos
h. UNIDAD 8: SEÑALIZACIÓN
i. Señalización en la superficie celular
1. Estímulos celulares
2. Segundos mensajeros
3. Receptores acoplados a proteína G
4. Ruta bioquímica de la respuesta visual
a. Bacteriorodopsina
b. Estudios espectroscópicos de la rodopsina
c. Proteínas rodopsina en la respuesta visual
5. Proteínas adaptadoras citosólicas
6. La proteína efectora adenilil ciclasa
7. Amplificación de la señal aguas debajo de un receptor
8. Desensibilización de un receptor
9. Modelo operacional del receptor muscarínico de la acetilcolina
10. Síntesis de DAG y de IP3 a partir del PI unido a la membrana
11. Ruta IP3 /DAG y elevación del Ca++ citosólico
12. Regulación de la contractibilidad del músculo liso arterial
mediante el óxido nítrico y el GMPc
13. Factor Tubby
ii. Señalización en el interior del citoplasma
1. Receptores con actividad tirosin-cinasa intrínseca
a. Cascada de las MAP cinasas
b. Cascada de la PI3K
2. Receptores nucleares
a. Receptores esteroideos
b. RXS y receptores huérfanos
3. Bioquímica del cáncer
i. UNIDAD 9: FOTOSÍNTESIS
i. Energía de transferencia y complejos recolectores de luz
ii. Transferencia de electrones, centros bacterianos de reacción y
fotosistema I
iii. Biofísica de la oxidación del agua
VII. BIBLIOGRAFÍA
a. Peretó, J., Sendra, R., Pamblanco, M. y Bañó, C. (2005), Fonaments de
Bioquímica (La edición de 2007 es una traducción al Castellano), Col·lecció
Educació, Servei de Publicacions de la Universitat de València.
b. Stryer, L. Berg, J.M. y Tymoczko, J. (2008), Bioquímica. 6ª ed., Ed. Reverté.
Existe traducción al Catalán.
c. Nelson, D. L., y Cox, M. (2007), Lehninger: Principios de Bioquímica. 5ª edición,
Ed. Omega.
d. Devlin, T.M. (2004), Bioquímica. Libro de texto con aplicaciones clínicas. 4ª
edición, Ed. Reverté.
e. Mathews, C.K, van Holde, K.E. y Ahern, K.G. (2002), Bioquímica. 3ª edición, Ed.
Addison Wesley.
 f. Voet, D. y Voet, J.G. (1992), Bioquímica. Ed. Omega.
g. Lodish, H. y Darnell, HJ. (2006), Biología Molecular. 5ª edición, Ed.
Panamericana.
h. Alberts, B. (2004), Biología Molecular de la Célula. 4ª edición, Ed. Omega.
VIII. CURSOS INTERACTIVOS EN LA RED
a. Bioquímica (Departamento de Bioquímica y Biología Molecular de la
Universidad de Salamanca). http://campus.usal.es/~dbbm//modmol/
b. Biomoléculas (Departamento de Bioquímica y Biología Molecular de la
Universidad del Pais Vasco). http://www.ehu.es/biomoleculas/
c. BioModel (Interuniversitario). http://biomodel.uah.es/
d. Gel elecrophoresis virtual lab. (Universidad de Utah, Genetic Science Learn
Center) http://learn.genetics.utah.edu/content/labs/gel/
e. metabolismo:
http://www.wiley.com/college/boyer/0470003790/reviews/redox/redox_concl
usion.htm
f. purificación de proteínas:
http://home.btconnect.com/agbooth/archive/swingPP/ProteinLab.html
g. proteínas recombinantes:
http://www.dnai.org/text/mediashowcase/index2.html?id=1022
h. Método de secuenciación de sanger: http://highered.mcgraw-
hill.com/sites/0072556781/student_view0/chapter15/animation_quiz_1.html
i. PCR:
http://www.sumanasinc.com/webcontent/anisamples/molecularbiology/pcr.ht
ml