Professional Documents
Culture Documents
Dosen Pengampu:
Dr. FAUZIYAH HARAHAP, M.Si
Oleh:
4163141050
JURUSAN BIOLOGI
2019
BAB I
PENDAHULUAN
1.3 Tujuan
1. Untuk mengetahui alat-alat utama dan pendukung yang digunakan dalam
teknik analisis biologi molekuler.
2. Untuk memahami prinsip kerja alat-alat utama dan pendukung yang
digunakan dalam teknik analisis biologi molekuler.
3. Untuk mengetahui PCR.
4. Untuk mengetahui tahapan-tahapan kerja dari PCR.
5. Untuk mengetahui manfaat dan kerugian dalam penggunaan PCR.
BAB II
HASIL ANALISIS
Biopointe Pre-
15. sterilized Wadah sterilisasi.
(Rached)
PEMBAHASAN
d. dNTP
dNTP merupakan building blok atau bisa disebut ‘batu bata’ penyusun
DNA yang baru. dNTP terdiri atas 4 macam sesuai dengan basa penyusun
DNA,yaitu dATP, dCTP, dGTP dan TTP.
e. Buffer
Buffer yang biasanyaterdiri atas bahan-bahan kimia untuk mengkondisikan
reaksi agar berjalan optimum dan menstabilkan enzim DNA polymerase.
f. Ion logam
Ion logam bivalen, umumnya Mg++, fungsinya sebagai kofaktor bagi
enzim DNA polymerase. Tanpa ion ini enzim DNA polymerase tidak
dapat bekerja.
Ion logam monovalen, kalsium (K+).
1. Denaturasi
Denaturasi dilakukan pada suhu 90-95°C, sehingga terjadi pemisahan
utas ganda DNA menjadi dua utas tunggal DNA yang menjadi cetakan (template)
tempat penempelan primer dan tempat kerja DNA polimerase.
2. Annealing
Selanjutnya, suhu diturunkan untuk penempelan primer oligonukleotida
pada sekuens yang komplementer pada molekul DNA cetakan. Tahap ini disebut
annealing. Suhu campuran diturunkan sampai mencapai ~55°C atau sesuai
melting temperature (Tm) dari primer oligonukleotida (Glick & Pasternak, 2003).
Selama tahap ini, primer berpasangan dengan sekuens komplementernya di dalam
DNA cetakan. Primer oligonukleotida melekat pada masing-masing utas tunggal
DNA dengan arah yang berlawanan; satu primer melekat pada ujung untai DNA
sense, sedangkan primer yang lain melekat pada ujung utas DNA antisense.
3. Ekstensi
Tahap selanjutnya adalah tahap ekstensi yang dilakukan pada suhu 72°C.
Suhu ini merupakan suhu optimum untuk kerja enzim Taq DNA polimerase. Pada
tahap ini enzim Taq DNA polimerase mengkatalis reaksi penambahan
mononukleotida pada primer yang sesuai dengan utas DNA komplemen yang
berada di sebelahnya. Suhu pada setiap tahap diatur sedemikian rupa sehingga
dihasilkan amplifikasi sekuens target DNA yang efisien.
3.4.1 Keuntungan
Dengan jumlah yang sedikit dari susunan DNA dapat digunakan seperti
halnya satu sel yang kecil
Adanya degradasi DNA menjadi fragmen-fragmen hanya beberapa ratus
pasang dapat juga digunakan untuk amplifikasi
Banyaknya angka copy dari urutan DNA yang spesifik dapat di
amplifikasi secara simultan dengan reaksi multiplex PCR
DNA kontaminan, seperti jamur dan bakteri, tak dapat teramplifikasi
karena hanya digunakan yang spesifik untuk manusia saja.
‘Commercial kits’ sekarang sudah avalable untuk simpel reaksi PCR dan
amplifikasinya.
3.4.2 Kerugian
Target dari susunan DNA dapat tak teramplifikasi dengan adanya atau
munculnya penghambat PCR pada DNA yang telah di ekstrak.
Amplifikasi dapat gagal jika terjadi perubahan urutan pada primer-binding
pada susunan genom DNA
Kontaminasi dari sumber manusia lain selain dari barang bukti forensic
tersebut atau kontaminasi sampel DNA teramplifikasi yang tak hati-hati
oleh petugas laboratorium forensik.
2. Isolasi DNA
Isolasi DNA menggunakan DNA extraktion kit (Ilustra Phytopure).
Sampel daun ditimbang sebanyak 0,5 gr kemudian digerus menggunakan mortar
steril dan diberi tambahan 500 l Reagen Phytopure I ke dalam mortar hingga
sampel menjadi halus. Campuran sampel dan reagen tersebut dituang kedalam
tube 1,5 ml dan ditambahkan Reagen Phytopure II sebanyak 200 l, divortex
hingga homogen dan diinkubasi pada suhu 650C selama 10 menit dan didiamkan
di dalam es selama 20 menit. Setelah itu, menambahkan 500 l cloroform dingin
dan 50 l Reagen Resin Phytopure ke dalam tube. Tahap selanjutnya, campuran
disentrifugasi selama 10 menit dengan kecepatan 3000 rpm. Supernatan yang
dihasilkan dipindahkan ke dalam tube 1,5 ml yang baru dan diberi tambahan
isopropyl alcohol dengan perbandingan supernatan : isopropyl alcohol = 1:1
kemudian vortex hingga homogen, kemudian dilanjutkan kembali sentrifugasi
selama 10 menit dengan kecepatan 10.000 rpm. Supernatan yang dihasilkan
dibuang dan tertinggal pelet yang transparant di dasar tube. Pelet dicuci
menggunakan 100 l ethanol 70%. Pencucian dilakukan tiga kali dengan
membuang supernatan setelah sentrifugasi. Pelet kemudian dikering anginkan dan
ditambahkan dengan 50 l TE Buffer 1x untuk storage.
PENUTUP
4.1 Kesimpulan
Teknik biologi molekuler menyebabkan perkembangan dan pemahaman
ilmu parasitologi berkembang pesat. Mulai identifikasi, deteksi dan pencarian
obat, antigen dll, dapatdilakukan dengan lebih cepat dan akurat sehingga tidak
terjadi kesalahan deteksi fatal.
Alat-alat pendukung utama yang digunakan dalam teknik analisis biologi
molekuler, antara lain: Polimerase Chain Reaction (PCR), Mikrosentrifuge,
Mikropipet, Timbangan Analitik, Inkubator (Incubator Biosan), Hot Plate,
Powersupplay Elektroforesis, Electrophoresis Buffer, Biostep, Maxfill, Agarose,
Electrophoresis Buffer, GD Column, UV4 PCR (Sterilization Cabinet), Biopointe
Pre-sterilized (Rached), Multi Vortex dimana masing-masing alat memiliki
fungsi, prinsip dan prosedur kerja yang spesifik dan berbeda-beda.
Salah satu teknik perbanyakan DNA yang juga banyak dimanfaatkan
adalah PCR yang telah dijelaskan. Jadi, PCR merupakan metode replikasi DNA
secara enzimatik tanpa menggunakan organisme. Dari metode ini dihasilkanlah
DNA dalam jumlah yang banyak dalam waktu yang relative singkat, sehingga
memudahkan berbagai macam metode yang memanfaatkan DNA. PCR ini pun
memiliki tiga tahap, yaitu peleburan (melting), annealing (penempelan) dan
ekstensi. Tahapan ini dilakukan dalam 20-30 kali siklus.
4.2 Saran
Saya berharap makalah yang telah saya susun ini dapat berguna bagi
pembaca terlebih lagi dalam memahami dan mengenal alat-alat praktikum di
laboratorium biologi molekuler dan juga mengetahui fungsi-fungsi alat tersebut
agar tidak terjadi kesalahan penggunaan alat dalam suatu proses penelitian serta
saya berharap hasil penelitian yang diperoleh akurat.
DAFTAR PUSTAKA