February 11, 2005

Multiple choice questions 
(numbers in brackets indicate the number of correct answers)

All mitochondrial genomes analyzed to date are
circular 
linear 
<50 kb in size 
>50 kb in size 
none of the above  (1)

All chloroplast genomes analyzed to date are
circular 
linear 
<50 kb in size 
>50 kb in size 
none of the above  (2)

Bacterial genomes are compacted by
Histones 
Other proteins than histones 
Supercoiling 
DNA polymerases 
DNA topoisomerases 
CP proteins  (3)

Plasmids are molecules that
are linear 
are circular   
are supercoiled in vivo 
are present in all bacteria 
contain essential genes 
replicate independently  (3)
Operons 
are characteristic for eukaryotic genomes 
contain more than one gene 
contain more than one promoter 
contain similar genes 
contain almost no intergenic sequences  (2)

Telomers are located
at the ends of ribosomal RNA 
in centromers 
in the middle of chromosomes 
at the ends of chromosomes 
in nuclear DNA 
in mitochondrial DNA 
in prokaryotes 
in eukaryotes  (3)

Microsatellites are
frequently found in bacterial genomes 
always smaller than 50 bp 
used as DNA markers 
repeated sequences 
movable DNA elements  (2)

Transposons
are RNA sequences 
are DNA sequences 
are only found in eukaryotes 
contain no genes 
contain at least one gene 
can replicate  (2)

Most genes are transcribed into
t­RNAs 
mRNAs 
ribosomal RNAs 
repeat elements 
small nuclear RNAs  (1)

Transcriptomes
consist of RNA   
consist of proteins 
are translated into proteins 
do not change   
differ in different cells  (3)

­sheets are stabilized by
hydrophobic bonds 
ionic bonds 
hydrogen bonds 
covalent bonds 
all of the above 
none of the above  (1)

Chaperons are involved in
translation 
transcription 
protein degradation 
polypeptide folding 
mRNA processing  (1)

Restriction endonucleases
are located in the nucleus 
degrade DNA completely 
bind to DNA 
are enzymes 
are proteins 
were discovered in the 1980s  (3)

PCR is used for
reverse transcribing RNA into DNA 
digesting proteins 
digesting DNA 
copying plasmids 
amplifying DNA 
amplifying proteins  (1)

Transformation
converts DNA into RNA 
converts RNA into proteins 
joins two DNA fragments 
cuts DNA into fragments 
introduces DNA into cells 
removes genomes from cells 
is used in cloning of DNA  (2)

DNA polymerases
join DNA fragments 
replicate RNA 
replicate DNA 
synthesize DNA in 5’­>3’ direction 
synthesize DNA in 3’­>5’ direction 
require a primer to function 
require nucleotides to function 
require ATP  (4)
Genome markers
Must occur as multiple alleles 
Must be repeat DNA sequences 
Can be any unique DNA sequence 
Are only used in genetic maps 
Are composed of foreign DNA  (1)

Linkage analysis
Is used in physical mapping 
Is based on Mendel’s laws 
Can only be used with prokaryotes 
Is based on recombination frequencies 
Requires unlinked genes  (2)

Physical mapping
Requires large numbers of organisms 
Is always based on optical methods 
Can use DNA fragment libraries 
Uses polymorphic restriction sites 
Can use sequence tagged sites (STSs)   (2)

Self study questions at the end of chapters 2, 3, 4, and 5 of the GENOMES textbook:

Chapter 2: 20, 22, 24.
Chapter 3: 2, 4, 11.
Chapter 4: 2, 4.
Chapter 5: 1, 3, 8, 10.