Jurnal Sains Farmasi & Klinis

p-ISSN: 2407-7062 | e-ISSN: 2442-5435

homepage: http://jsfk.ffarmasi.unand.ac.id

ORIGINAL ARTICLE Vol. 5 No. 3 (Desember 2018) | pp. 191–200 |

Deteksi Cepat Gen InvA pada Salmonella spp.

Dengan Metode PCRm
(Rapid Detection of InvA Genes in Salmonella spp. with The PCR Method)

Soni Muhsinin*, Maria Martina Sulastri, dan Dadih Supriadi

Sekolah Tinggi Farmasi Bandung

ABSTRACT: Salmonella spp. is a major infectious agent in humans through an oral route by contaminating food and drinks.
Diseases caused by Salmonella spp. called salmonellosis. Salmonella spp. has an invA gene that causes pathogens in humans.
InvA gene detection can be done by PCR method. The purpose of this study was to develop a rapid detection method for InvA
gene in Salmonella spp. with the PCR method. The steps of the research method were started from Salmonella ATCC culture,
Salmonella ATCC DNA Isolation, Quantitative Analysis of Salmonella ATCC DNA, Specific primary design for InvA gene detection,
Primary Characterization, Optimization of PCR components. Results of isolation of Salmonella ATCC DNA were obtained with a
DNA concentration of 4.5 ng / ul with DNA purity of 1.66. The PCR primers that have been designed for the InvA gene detection
consist of one primary pair, namely InvA-F: 5 ‘TCGTCATTCCATTACCTACC 3’ and InvA-R: 5 ‘AAACGTTGAAAAACTGAGGA 3’ which
produced 119 bp of InvA gene PCR products. InvA gene can be detected quickly using the PCR method that has been optimized
by the PCR component.
Keywords: Salmonella ATCC; InvA gene; DNA Isolation; PCR.
ABSTRAK: Salmonella spp. merupakan penyebab infeksi utama pada manusia melalui rute oral dengan cara mengkontaminasi
makanan dan minuman. Penyakit yang disebabkan oleh Salmonella spp. disebut salmonellosis. Salmonella spp. memiliki gen invA
yang menyebabkan patogen pada manusia. Deteksi gen InvA dapat dilakukan dengan metode PCR. Tujuan penelitian ini adalah
untuk pengembangan metode deteksi cepat Gen InvA pada Salmonella spp. dengan metode PCR. Tahapan metode penelitian
dimulai dari kultur Salmonella ATCC, Isolasi DNA Salmonella ATCC, Analisis Kuantitatif DNA Salmonella ATCC, Desain primer spesifik
untuk deteksi gen InvA, Karakterisasi primer, Optimasi komponen PCR. Hasil isolasi DNA Salmonella ATCC yang didapat dengan
konsentrasi DNA sebesar 4,5 ng/ul dengan kemurnian DNA 1,66. Primer PCR yang telah didesain untuk deteksi gen InvA terdiri dari
satu pasang primer, yaitu InvA-F: 5’ TCGTCATTCCATTACCTACC 3’dan InvA-R: 5’ AAACGTTGAAAAACTGAGGA 3’ yang menghasilkan
produk PCR gen InvA sepanjang 119 bp. Gen InvA dapat dideteksi dengan cepat menggunakan metode PCR yang telah dioptimasi
komponen PCR.
Kata kunci: Salmonella ATCC; gen InvA; Isolasi DNA; PCR.

Pendahuluan terletak di daerah Salmonella pathogenicity island (SPI-R)

Salmonella spp. merupakan bakteri berbentuk batang
lurus, tidak berspora, bersifat gram negatif, sehingga
mempunyai komponen outer layer (lapisan luar) yang
tersusun dari LPS (lipopolisakariada) dan dapat berfungsi
sebagai endotoksin [1]. Salmonella spp. merupakan
penyebab utama dari penyakit salmonellosis yang disebarkan
melalui makanan (foodborne diseases) [2]. Salmonella spp. yang
menginfeksi tubuh melalui makanan akan bertahan hidup
kemudian menginvasi mukosa dari usus dan menghasilkan
racun. Keracunan oleh Salmonella disebabkan karena
kontaminasi Salmonella dalam jumlah yang signifikan yaitu
107 sel [3].
Salmonella spp. memiliki gen invA yang berperan
dalam menyebabkan sakit pada manusia. Gen tersebut
yang mempunyai operon yang berfungsi sebagai tempat
penyimpanan informasi genetik. Gen invA pada Salmonella
spp. terletak di kromosom yang mampu menghasilkan
protein yang dapat memberikan sifat invasif untuk
menginvasi sel epitel yang terdapat di dalam usus. [2]
Kultur merupakan metode pembiakan bakteri dalam
suatu media sebagai gold standar untuk deteksi Salmonella
spp. dengan sensitivitas dan spesifisitas 100%. Akan tetapi
metode ini memiliki beberapa kekurangan diantaranya:
memerlukan waktu yang lama untuk analisisnya (7-14 hari),
bersifat laborious, dan memerlukan lab dengan biosafety
lavel yang tinggi [4]. Selain metode Access this article
kultur, deteksi Salmonella spp. dapat
dilakukan dengan uji serologi, uji
widal, dan tes tubex. Ketiga metode

*Corresponding Author: Soni Muhsinin

Jl. Soekarno-Hatta No.754, Cipadung Kidul, Panyileukan,
Kota Bandung, Jawa Barat 40614| Email: soni.muhsinin@stfb.ac.id

191
D eteksi Cepat Gen I nvA pa da S a l m one l l a spp... M uhs i ni n et . al.

ini memiliki kekurangan, yaitu nilai sensitivitas sebesar 47- Konsentrasi DNA dapat dihitung dengan menggunakan
77 % dan nilai spesifisitas sebesar 50-85% [5,6]. Metode rumus sebagai berikut: Konsentrasi DNA = A260 x 50 x
molekuler berbasis DNA telah banyak dikembangkan, Faktor Pengenceran [11].
salah satunya teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). PCR
memiliki beberapa keunggulan, diantara: cepat dalam Desain dan Karakterisasi Primer Spesifik untuk deteksi gen
menganalisis hasil (1 hari), memiliki nilai sensitifitas dan InvA
spesifisitas yang tinggi (>90%) [7-9]. Berdasarkan latar
Desain primer dilakukan dengan studi literatur dan
belakang di atas telah dilakukan penelitian yang bertujuan
BLASTING Primer menggunakan software BLAST lewat
untuk pengembangan metode deteksi cepat Gen InvA
laman http://blast.ncbi.nml.nih.gov/Blast.cgi. BLAST
pada Salmonella spp. dengan metode PCR.
merupakan salah satu fitur dalam NCBI (National Centre for
Biotechnology Information) yang berfungsi untuk menganalisis
Metode Penelitian apakah ada kemiripan primer yang kita gunakan dengan
genom lainnya pada GenBank DNA database. Software
Kultur Salmonella ATCC
BLAST pada NCBI dapat digunakan untuk melakukan
Kultur Salmonella ATCC didapatkan dari Politeknik
perhitungan panjang produk yang dihasilkan berdasarkan
Kesehatan Bandung. Kultur tersebut kemudian disubkultur
posisi forward primer dan reverse primer pada urutan gen
pada media agar miring NA (Oxoid) yang dimasukkan ke
Salmonella spp. Primer yang sudah dirancang pada
dalam tabung reaksi (Pyrex). Hasil koloni subkultur yang
tahapan sebelumnya, kemudian akan dilakukan uji primer
tumbuh setelah 1-2 hari diinkubasi pada suhu 37 0C,
yang meliputi, konten persen GC dari urutan primer,
kemudian digunakan untuk isolasi DNA.
kemungkinan primer dimer, dan range temperature melting
(Tm). [12].
Isolasi DNA Salmonella ATCC
Tahapan isolasi DNA sesuai dengan yang tertera pada
Optimasi Komponen PCR
protokol Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega)
Optimasi komponen PCR yang dilakukan
yaitu masukan 1 ml hasil kultur pada microcetrifuge tube
diantaranya: Konsentrasi Template DNA (2,5 ul dan 5 ul),
1,5 ml, kemudian sentrifugasi dengan kecepatan 13.000
Taq Polimerase (0-2 U), Konsentrasi MgCl2 (0 – 3 µM),
– 16.000 x selama 2 menit. Hilangkan supernatan, dan
konsentrasi dNTPs (0-250 μM) [13]. Semua komponen
pellet ditambahkan 600 µl Nuclei Lysis Solution, homogenkan
PCR ini dilakukan amplifikasi DNA dengan menggunakan
dengan menggunakan pipet sampai larutan tersuspensikan.
alat Thermocycler (Thermo). Profil PCR yang digunakan
Inkubasi pada suhu 80 oC selama 5 menit untuk melisiskan
adalah sebagai berikut: suhu denaturasi 95 oC, annealing
sel, tambahkan 3 µl larutan Rnase dan kocok tube 2 – 5 kali
50 oC dan extension 72 oC dengan jumlah siklus 35 siklus.
agar homogen. Inkubasi 15 – 60 menit pada suhu 37 oC,
Hasil dari amplifikasi DNA menggunakan PCR ini akan
kemudian dinginkan sampel pada suhu kamar. Tambahkan
dianalisis produk PCR nya dengan menggunakan metode
200 µl Protein Precipitation Solution dan vortex dengan
elektroforesis gel agarose.
kecepatan tinggi selama 20 detik. Inkubasi sampel diatas es
selama 5 menit, sentrifugasi pada kecepatan 13.000 – 16.000
Elektroforesis gel agarose produk PCR
x Selma 3 menit. Pisahkan supernatan dan tambahkan 600
Hasil amplifikasi DNA (amplicon) dianalisis
µl isopropanol pada suhu kamar, sentrifugasi pada kecepatan
menggunakan elektroforesis gel agarosa. Konsentrasi
13.000 – 16.000 x selama 2 menit. Pisahkan supernatant
agarosa sebesar 2 % dalam buffer TBE 1 x (Tris-borate-
dan tambahkan etanol 70 % dan balik tabung beberapa kali
EDTA) dan ditambahkan pewarna Diamond sebanyak
untuk mencuci pellet, sentrifugasi pada kecepatan 13.000
2 µl. Amplicon dimasukan ke dalam sumuran sebanyak 5
– 16.000 x selama 2 menit. Tiriskan tabung pada kertas
µl yang ditambahkan 1 µl loading dye (Promega). Sebagai
penyerap bersih dan biarkan pellet mongering selama 5 –
penanda (Marker) digunakan ladder 100 bp (Promega).
10 menit. Tambahkan 100 µllarutan DNA rehidrase dan
Elektroforesis dijalankan dengan kondisi tegangan 110 V
inkubasi pada suhu 65 oC selama 1 jam atau inkubasi 24
selama 35 menit. Hasil elektroforesis divisualisasi dibawah
jam pada suhu 4 oC. Simpan DNA pada suhu 2-8 oC [10].
sinar Blue Light (Mupid) kemudian didokumentasikan
sebagai hasil analisis
Analisis Kuantitatif DNA Salmonella ATCC
Tahap selanjutnya dilakukan perhitungan konsentrasi
DNA menggunakan alat Nanodrop (Termo Scientific).

192 Jur na l Sai ns Fa r m a s i & K l i ni s | Vo l . 0 5 N o . 0 3 | D e s e m be r 2018

D eteksi Cepat Gen I nvA pa da S a l m one l l a spp... M uhs i ni n et . al.
Hasil dan Diskusi
Tahapan isolasi dilakukan untuk mendapatkan DNA
murni dari kultur Salmonella spp. Isolasi DNA memiliki
beberapa tahapan, yaitu: (1) Lisis dinding sel; (2) Purifikasi;
dan (3) Presipitasi. Isolasi DNA dilakukan sesuai dengan
protocol KIT Promega [10]. Langkah awal 1 ml kultur di
sentifugasi dengan kecepatan 14.500 rpm. Sentrifugasi
bertujuan untuk mengendapkan sel dari komponen lainnya
berdasarkan berat jenis molekul. Pemecahan sel (lisis)
merupakan tahapan dari awal isolasi DNA yang bertujuan
untuk mengeluarkan isi sel dengan penambahan Nuclei
Lysis [14]. Tahap selanjutnya yaitu penambahan RNAse
untuk menghilangkan RNA pada larutan DNA. RNAse
merupakan enzim pendegradasi RNA dan protein presipitation
digunakan untuk mengendapkan protein [11]. Supernatan
yang mengandung DNA dipisahkan dan ditambahkan
larutan isopropanol sebagai agen presipitasi lanjutan
Pellet DNA kemudian dicuci dengan etanol 70% untuk
menghilangkan pengotor [14]. Supernatan dipisahkan dan
pellet DNA dikeringkan kemudian ditambahkan DNA
rehidrase sebagai pelarut dan mencegah degradasi DNA,
selanjutnya dilakukan analisis kuliatas dan kuantitas DNA
[10]. Hasil Isolasi DNA dapat dilihat pada gambar 1.
DNA yang telah diisolasi kemudian dihitung
kemurnian dan konsentrasinya menggunakan alat
Nanodrop (Thermo Scientific) yang memiliki prisip seperti
spektrofotometer. Kemurnian DNA dapat dihitung
Gambar 1. Hasil isolasi DNA salmonella ATCC
Jurnal S ains Farma si & Kl i n i s | Vol . 05 No. 03 | D es e m be r 2 0 1 8
melalui perbandingan A260 nm dengan A280 nm. Hasil
isolasi DNA dikatakan murni apabila rasio perbandingan
A260 nm dan A280 nm adalah 1,8- 2,0 [11]. DNA dapat
menyerap cahaya ultraviolet karena keberadaan basa-basa
purin dan pirimidin. Pita ganda DNA dapat menyerap
cahaya UV pada 260 nm dan kontaminan protein
akan menyerap cahaya pada 280 [15].
Berdasarkan hasil pengukuran diperoleh kemurnian
DNA 1,66 yang menunjukan adanya sedikit kandungan
protein, sehingga masih dapat digunakan untuk proses
amplifikasi [11]. Berdasarkan hasil pengukuran konsentrasi
DNA yang didapat yaitu 4,5 ng/µl.
Primer yang digunakan pada penelitian ini berdasarkan
literatur jurnal dengan gen target InvA yaitu InvA-F:
5’ TCGTCATTCCATTACCTACC 3’ dan InvA-R: 5’
AAACGTTGAAAAACTGAGGA 3’ yang menghasilkan
panjang produk 119 bp [16]. Tahap selajutnya dilakukan
karakterisasi primer untuk melihat kualitas primer dengan
pengujian bioinformatika menggunakan software BLAST
[12]. Hasil analisis BLAST (Gambar 2) menunjukan bahwa
urutan primer yang digunakan spesifik hanya terdapat pada
Salmonella. Tahap selanjutnya dilakukan dilakukan uji primer
untuk melihat kualitas primer dan panjang produk PCR
yang dihasilkan. Berdasarkan hasil dari BLAST Primer
NCBI (Gambar 3) panjang produk yang dihasilkan dari
amplifikasi PCR yaitu 119 bp dengan GC % dari primer
forward 45% dan reverse 35 %.
193
D eteksi Cepat Gen I nvA pa da S a l m one l l a spp... M uhs i ni n et . al.
Gambar 2. Primer BLAST
Hasil pengujian pada NCBI, primer dari literatur
dapat menempel pada gen InvA, untuk primer forward
pada panjang 167 bp dan primer reverse 285 bp dengan
menghasilkan produk 119 bp yang ditunjukan pada
Gambar 3. Urutan nukleotida primer forward dan reverse
terdapat pada gen InvA sehingga dapat menempel pada
gen tersebut (Gambar 4).
Keberhasilan amplifikasi fragmen DNA dipengaruhi
oleh beberapa faktor yaitu DNA template, primer, MgCl2,
enzim polimerase, suhu, waktu dan jumlah siklus. Optimasi
PCR perlu dilakukan terlebih dahulu untuk mendapatkan
kondisi PCR yang tepat sehingga dihasilkan produk PCR
yang spesifik [17]. Konsentrasi template DNA yang terlalu
kecil sering menghasilkan pita DNA amplifikasi yang
tipis dan tidak jelas. Sejalan dengan hal tersebut volume
template DNA sangat berkaitan dengan konsentrasi primer
dan volume total reaksi sehingga perlu dicari optimalisasi
rasio antara volume template DNA dengan primer [17].
Berdasarkan hasil elektroforegram (Gambar 5), terlihat
jelas perbedaan ketebalan pita DNA yang dihasilkan dari
volume template DNA 0,5 µL dan 1 µL. Pita DNA pada
volume 0,5 µL lebih tipis dibandingkan dengan pita pada
volume 1 µl menunjukan konsentrasi template pada volume
0,5 µl terlalu kecil sehinggga menghasilkan pita yang tidak
jelas.
Enzim polimerase berfungsi sebagai katalisis untuk
reaksi polimerisasi DNA pada proses PCR enzim ini
194
diperlukan untuk tahap ekstensi DNA. Kemampuan
mengkatalisis reaksi polimerasi DNA pada proses PCR
yang terjadi pada tahap ekstensi. Konsentrasi enzim
polimerase yang tidak tepat dapat menyebabkan hasil
pita DNA yang smear, maka dari itu optimasi konsentrasi
enzim polimerase diperlukan agar proses amplifikasi
berjalan dengan baik [18]. Hasil elektroforegram (Gambar
6) dari optimasi konsentrasi Taq Polimerase pada
konsentrasi 2 U dan 1,5 U terjadi smear pada pita DNA
yang menunjukan terjadinya kelebihan konsentrasi enzim
polimerase. Konsentrasi Taq polimerase yang berlebihan
dapat mengakibatkan amplifikasi DNA non target
yang menghasilkan produk yang tidak spesifik dan jika
konsentrasi Taq polimerase rendah menyebabkan proses
amplifikasi berjalan tidak baik atau tidak terjadi amplifikasi
DNA [20]. Berdasarkan hasil elektroforegram (Gambar
6) konsentrasi optimal untuk Taq polimerase yaitu 1 U
yang menunjukan hasil pita yang tebal dan terlihat jelas,
sedangkan untuk konsentrasi 0,5 U pita yang dihasilkan
kurang jelas dan tipis karena konsentrasi Taq polimerase
yang rendah. Hasil pada konsentrasi 0 U tidak ada pita
yang muncul menunjukan proses optimasi konsentrasi Taq
polimerase tidak terjadi kontaminasi.
Konsentrasi ion Mg2+ berpengaruh besar terhadap
spesifisitas dan jumlah produk (yield) PCR. Umumnya
jika ion Mg2+ kurang akan menurunkan yield, sedangkan
jika ion Mg2+ berlebih akan menghasilkan produk non
Jur na l Sai ns Fa r m a s i & K l i ni s | Vo l . 0 5 N o . 0 3 | D e s e m be r 2018
D eteksi Cepat Gen I nvA pa da S a l m one l l a spp... M uhs i ni n et . al.
spesifik. Magnesium mempengaruhi penempelan primer
serta aktifitas enzim [21]. Kondisi optimal PCR untuk
fragmen DNA yaitu pada konsentrasi ion MgCl2 1,5
µM. Hasil elektroforegram pada konsentrasi MgCl2 1,5
uM menunjukan pita cukup tebal dan jelas dari pada
kosentrasi 0,5 µM dan 1 µM (Gambar 7). Konsentrasi
MgCl2 1,5 µM sudah menunjukan pita yang cukup tebal
sehingga diambil konsentrasi terendah yang menghasilkan
hasil pita yang jelas, sedangkan pada konsentrasi 3 µM
amplifikasi menunjukan hasil yang negatif. Konsentrasi
ion Mg2+ yang terlalu besar menyebabkan magnesium
bebas berlebih mengurangi aktivitas enzim dan banyaknya
dNTPs disekitar Taq polymerase menyebabkan
terjadi kesalahan dalam sintesis DNA baru dan proses
amplifikasi tidak terjadi. Pada penelitian ini konsentrasi
MgCl2 yang rendah menyebabkan intensitas pita yang
rendah pada produk PCR. Hal ini disebabkan rendahnya
aktifitas Taq polimerase. Konsentrasi MgCl2 yang tinggi
juga mempengaruhi jumlah pita yang dihasilkan dan
mengakibatkan penurunan intensitas [22].
dNTPs merupakan suatu campuran yang terdiri atas
dATP (deoksiadenosintrifosfat), dTTP (deoksitimidin
trifosfat), dCTP Konsentrasi optimal dNTPs untuk
proses PCR harus ditentukan [18]. dNTPs merupakan
Gambar 3. Hasil primer BLAST
Jurnal S ains Farma si & Kl i n i s | Vol . 05 No. 03 | D es e m be r 2 0 1 8
komponen yang sangat berhubungan dengan ion Mg2+.
Hasil elektroforesis menunjukan amplifikasi negatif pada
konsentrasi 250 µM dan 300 µM (Gambar 8). Konsentrasi
dNTPs yang besar menyebabkan magnesium yang tersedia
terikat dengan dNTPs sehingga tidak adanya magnesium
bebas menyebabkan enzim polimerase tidak aktif dan tidak
terjadinya amplifikasi DNA. Ada interaksi antara Mg2+
dan dNTPs menyebabkan perubahan konsentrasi dNTPs
dan mempengaruhi konsentrasi Mg2+ dalam reaksi. Bila
digunakan konsentrasi dNTPs yang tinggi, konsentrasi
Mg2+ sebaiknya juga dinaikkan. Bila konsentrasi
dNTPs berlebih, dNTPs akan berikatan Mg2+ sehingga
mengurangi konsentrasi Mg2+. Ion Mg2+ berperan dalam
membentuk kompleks dengan dNTPs sehingga dNTPs
menjadi semakin larut, meningkatkan aktivitas enzim
polimerase. Berdasarkan hasil elektroforegram (Gambar
8) menunjukan konsentrasi dNTPs yang optimal pada
konsentrasi 150 µM.
Hasil penelitian menunjukan konsentrasi komponen
PCR yang optimal ditunjukan pada Tabel 1 dengan
kondisi amplifikasi berdasarkan literatur jurnal penelitian
yaitu suhu denaturasi 95 oC, annealing 50 oC dan extension
72 oC dengan jumlah siklus 35 siklus [16].
195
D eteksi Cepat Gen I nvA pa da S a l m one l l a spp... M uhs i ni n et . al.

Gambar 4a. Hasil penempelan primer inva gene Urutan gen InvA

Gambar 4b. Hasil penempelan primer inva gene Penempelan primer forward pada Panjang 167 bp

196 Jur na l Sai ns Fa r m a s i & K l i ni s | Vo l . 0 5 N o . 0 3 | D e s e m be r 2018

D eteksi Cepat Gen I nvA pa da S a l m one l l a spp... M uhs i ni n et . al.

Gambar 4c. Hasil penempelan primer inva gene Penempelan primer reverse pada Panjang 285 bp

Gambar 5. Hasil Optimasi Konsentrasi Template DNA

Keterangan :
(1) Pita hasil elekrtroforegram pada volume DNA 0,5 µl.
(2) Pita hasil elekrtroforegram pada volume DNA 1 µl

Jurnal S ains Farma si & Kl i n i s | Vol . 05 No. 03 | D es e m be r 2 0 1 8 197

D eteksi Cepat Gen I nvA pa da S a l m one l l a spp... M uhs i ni n et . al.

Gambar 6. Hasil optimasi konsentrasi taq polimerase

Keterangan :
(1) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 2 U
(2) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 0 U
(3) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 1,5 U
(4) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 1 U
(5) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 0 U
(6) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 0,5 U

198 Jur na l Sai ns Fa r m a s i & K l i ni s | Vo l . 0 5 N o . 0 3 | D e s e m be r 2018

D eteksi Cepat Gen I nvA pa da S a l m one l l a spp... M uhs i ni n et . al.

Gambar 7. Hasil optimasi konsentrasi MgCl2

Keterangan :
(1) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 0 µM
(2) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 0,5 µM
(3) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 1 µM
(4) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 1,5 µM
(5) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 2 µM
(6) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 2,5 µM
(7) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 3 µM

Gambar 8. Hasil optimasi DNTPs

Keterangan :
(1) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 50 µM
(2) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 100 µM
(3) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 150 µM U
(4) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 200 µM
(5) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 250 µM
(6) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 300 µM
(7) Pita hasil elekrtroforegram pada konsentrasi 0 µM

Jurnal S ains Farma si & Kl i n i s | Vol . 05 No. 03 | D es e m be r 2 0 1 8 199

D eteksi Cepat Gen I nvA pa da S a l m one l l a spp... M uhs i ni n et . al.

Tabel 1. Tabel Konsentrasi Optimal Komponen PCR

Konsentrasi Konsentrasi
No Komponen Volume
Awal PCR
1 Taq Polimerase 5U 1U 0,2 µl

2 Buffer 5X 1X 10 µl
3 MgCl2 25 µM 1,5 µM 3 µl
4 dNTPs 10 mM 150 µM 0,75 µl
5 Primer Forward 100 µM 100 nM 5 µl
6 Primer Reverse 100 µM 100 nM 5 µl
7 DNA Template 4,5 ng/µl 4,5 ng/ µl 1 µl

8 NFW ad 50 µl

Kesimpulan [10] Corporation, P. Wizard ® Genomic DNA Purification Kit Wizard ®

Kesimpulan dari penelitian ini, Metode PCR gel base
dapat mendeteksi gen InvA dengan primer yang spesifik
dan komponen PCR yang telah dioptimasi dengan waktu
analisis yang cepat.
Ucapan Terimakasih
Terimakasih kepada P3M Sekolah Tinggi Farmasi
Bandung telah mendanai penelitian ini melalui hibah Riset
Internal STFB tahun 2018.
Referensi
[1] Jawetz, E., Melnick, J. L., Adelberg, E. A. Mikrobiologi Kedokteran,
Jakarta: EGC; 2005.
[2] Pham, O. H., & McSorley, S. J. Protective host immune responses to
Salmonella infection. Future microbiology. 2015;10(1),101-110.
[3] Jay, J. M., Loessner, M. J., Golden, D. A. Modern food microbiology.
Food Science Text Series. New York: Springer; 2005.
[4] Dzen, S. M., Roekistiningsih, S. S., Winarsih, S., Sumarno, I. S.,
Noorhamdani, A. S. Bakteriologi Medik. Malang: Bayumedia; 2003.
[5] Prasetyo, R. V., Ismoedijanto, V. Metode Diagnostik Demam Tifoid
pada Anak. Bagian Ilmu Kesehatan Anak FK Unair; 2009.
[6] Olsen, S. J., Pruckler, J., Bibb, W., Thanh, N. T. M., Trinh, T. M., Minh,
N. T., Chau, N. V. Evaluation of rapid diagnostic tests for typhoid fever.
Journal of clinical microbiology. 2004;42(5):1885-1889.
[7] Zeitoun, H., Kassem, M., Raafat, D., AbouShlieb, H., Fanaki, N.
Microbiological testing of pharmaceuticals and cosmetics in Egypt.
BMC microbiology. 2015;15(1):275.
[8] He, X., Xu, X., Li, K., Liu, B., Yue, T. Identification of Salmonella enterica
Typhimurium and variants using a novel multiplex PCR assay. Food
control. 2016;65:152-159.
[9] Horton, R. A., Card, R., Randall, L. P., & Teale, C. J. Differentiation
of UK endemic strains of Salmonella enterica serovar Newport
from epidemic North American strains by PCR detection of a
truncated bapA chromosomal gene. Research in veterinary science.
2016;104:113-116.
Genomic DNA. Solutions. 2009; 1123–1126.
[11] Sambrook, J., David W. Russell. Molecular Clonning : A Laboratory
Manual. 3th ed. Sold Spring Harbor Laboratori Press Book 1&2;
2001.
[12] Ye, J., Coulouris, G., Zaretskaya, I., Cutcutache, I., Rozen, S., Madden,
T. L. Primer-BLAST: a tool to design target-specific primers for
polymerase chain reaction. BMC bioinformatics. 2012;13(1): 134.
[13] Yuwono. Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction, Panduan
Eksperimen PCR untuk Memecahkan Masalah Biologi Terkini,
Yogyakarta: Andi; 2006.
[14] Hoarau G, Coyer JA, Stam WT, Olsen JL. A fast and inexpensive DNA
extraction/purification protocol for brown macroalgae. Molecular
Ecology Notes. 2007;7:191–193.
[15] Cheng YJ, Guo WW, Yi HL, Pang XM., Deng X. An efficient protocol for
genomic DNA extraction from citrus species. Plant Molecular Biology
Reporter. 2003;21:177a-177g.
[16] Alves, J., Hirooka, E.Y., Oliveira, T.C.R.M. de. Development of a
multiplex real-time PCR assay with an internal amplification control
for the detection of Campylobacter spp. and Salmonella spp. in
chicken meat.LWT Food Sci. Technol. 2016;72: 175 –181.
[17] Grunenwald, H. Optimization of Polymerase Chain Reactions.
Dalam Bartlett dan Stirling (Eds). Method in Molecular Biology: PCR
Protocols Second Edition. Humana Press; 2007.
[18] Jalali, M., Zaborowska, J., Jalali, M. The Polymerase Chain Reaction:
PCR, qPCR, and RT-PCR. In Basic Science Methods for Clinical
Researchers. 2016:1-18.
[20] Haley, S. D., Miklas, P. N., Afanador,L., Kelly, J. D. Random Amplified
Polymorphic DNA (RAPD) MarkerVariability Between and Within
Gene Pools of Common Bean. J. Amer. Soc. Hort. Sci. 2004;199
(1):122-125.
[21] Padmalatha, K., M.N.V. Prasad. Optimization of DNA Isolation and
PCR Protocol for RAPD Analysis of Selected Medicinal and Aromatic

Copyright © 2018 The author(s). You are free to share (copy and redistribute the material in any medium or format) and adapt (remix, transform, and build upon the
material for any purpose, even commercially) under the following terms: Attribution — You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if
changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use; ShareAlike — If you remix,
transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/)

200 Jur na l Sai ns Fa r m a s i & K l i ni s | Vo l . 0 5 N o . 0 3 | D e s e m be r 2018