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La profundidad a que se deberían tomar las muestras depende completamente de los objetivos de
la investigación. En términos generales, pocas plántulas tienen capacidad para emerger si las
semillas están enterradas a más de 10 cm. de profundidad. Las excepciones pueden incluir
especies de semillas grandes tales como Avena fatua y Xanthium strumarium. Por esta razón, las
muestras de suelo raramente deben exceder los 10 cm. de profundidad.
Sin embargo, muchos investigadores sobre bancos de semillas están interesados en diferentes
sistemas de labranza en los cuales las semillas son enterradas a distintas profundidades por las
herramientas de labranza. En estos casos puede ser necesario tomar muestras a 30 cm. de
profundidad. Estos investigadores deberían recordar, sin embargo, que enterrar las semillas a esa
profundidad con equipos mecánicos es un proceso físico bastante uniforme. O sea, el mismo tipo
de arado entierra las semillas en las mismas proporciones y a las mismas profundidades sin
ninguna relación con el tipo de suelo, su ubicación, la época del año u otros factores. Esta
uniformidad significa que si el sistema de labranza es conocido, las proporciones relativas de
semillas a las diferentes profundidades pueden ser estimadas sin necesidad de muestrear el banco
de semillas. Por lo tanto, puede ser necesario muestrear a una sola profundidad para estimar todo
el banco de semillas en ese perfil de suelo; esta profundidad probablemente sea una función de
las características de la emergencia desde esa profundidad de las especies motivo de estudio del
investigador.
Cuando se muestrean suelos dentro de una parcela o en todo un campo los investigadores deben
decidir sobre la distribución espacial de las muestras. Los diseños de muestras al azar podrían ser
apropiados si las semillas estuvieran también distribuidas al azar. Más aún, el tiempo consumido
ubicando puntos al azar dentro de un campo basado en una selección a priori de números al azar,
por lo general no es práctica. Para una mayor facilidad del muestreo muchos investigadores toman
muestras de suelo a intervalos más o menos uniformes a lo largo de un modelo en forma de W
dentro de una parcela o de un campo. Otros investigadores utilizan un modelo en X o una línea
diagonal. Colbach et al. (2000) analizaron varios modelos distintos para estimar la seguridad de las
muestras en poblaciones agregadas de malezas y concluyeron que muchos modelos
proporcionaban resultados equivalentes y que la línea diagonal era el diseño de uso más simple.
Entendemos que cualquier diseño es aceptable siempre que cubra el largo y el ancho de la parcela
o del campo.
Aún cuando las muestras de suelos fueran tomadas antes de la germinación de las semillas, puede
subsistir una pregunta concerniente el momento del muestreo. Por ejemplo, en zonas templadas
del hemisferio norte las semillas de muchas especies anuales estivales caen desde agosto hasta
octubre y germinan desde marzo hasta junio siguientes, dependiendo de las especies. El momento
preciso para un muestreo de dichas especies podría ser desde final del otoño hasta la primavera
(p. ej., noviembre a marzo). Sin embargo, aún durante el período invernal de aparente reposo
existe actividad biológica en las semillas enterradas en el suelo. Esta actividad afecta la mortalidad
de las semillas y puede tener influencia sobre la elección del momento adecuado para proceder al
muestreo del banco de semillas.