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Início da transcrição:
A unidade s da RNA-Pol é responsável pelo reconhecimento do promotor. Sendo assim, a holoenzima desliza
sobre a fita de DNA até que a unidade s encontre o promotor. Irá se formar o complexo fechado, no momento
do encontro da enzima com o promotor. A RNA-Pol irá promover a abertura da dupla fita de DNA, formando
o complexo aberto. O primeiro nucleotídeo será incorporado e formará o complexo ternário. Será formada a
bolha de transcrição, onde os oito nucleotídeos serão incorporados.
Alongamento da transcrição
O desligamento do fator s faz com que a RNA-Pol sintetize o RNA com muito mais Rapidez. O fator s
funciona como um freio no início da transcrição, servindo como um mecanismo de certificação, garantindo
uma transcrição correta. Conforme a bolha de transcrição caminha, a cadeia de RNA vai sendo formada e
soltando do DNA molde, o pareamento das bases do DNA vai sendo restaurado.
Término da Transcrição
A transcrição irá terminar quando a RNA-Pol passar através do sinal de terminação. Existem dois tipos de
sinais de terminação, a terminação independente de p e a terminação dependente de p.
Æ Terminação independente de p: apresenta uma porção rica em pares C-G e em seguida, uma região rica
em pares A-T. Quando a região rica em pares C-G é transcrita, regiões complementares da molécula de RNA
irão se parear, formando uma estrutura do tipo grampo de cabelo , que vai fazer com que ocorra uma pausa na
síntese, e como os pares A-U rompem com facilidade, o RNA é liberado e a transcrição termina.
Æ Terminação dependente de p: Não possuem a seqüência rica em pares A-T na fita molde, mas às vezes
possuem uma seqüência curta que é transcrita na forma de um grampo. A proteína p se liga ao RNA em sítios
de ligação específicos e migra, percorre a fita no sentido de 5’ para 3’ até alcançar o complexo de transcrição
formado pela RNA-Pol. Ocorre então uma pausa na transcrição devido a características da região terminadora.
Em função dessa pausa, a proteína p se aproxima da bolha de transcrição e promove a liberação do RNA
recém-sintetizado. A proteína p tem atividade de helicase, dependente de ATP. Essa atividade rompe as pontes
de hidrogênio para a liberação do transcrito.
2) Qual a enzima responsável pela transcrição em procariotos, como ela atua (cite os passo do processo) e
qual a importância do fator sigma para o processo?
A enzima responsável é a RNA polimerase. (descrever transcrição em procariotos). A unidade sigma da RNA
polimerase é responsável pelo reconhecimento do promotor. A holoenzima desliza sobre a fita de DNA até que
a unidade sigma encontra o promotor e a transcrição continue.
A proteína TBP (proteína ligante de TATA) se liga à caixa TATA e os outros fatores também vão se ligando,
formando um complexo fechado. O fator TF II H possui atividade de Helicase e irá se ligar ao complexo,
quebrar as pontes de hidrogênio promovendo a abertura da dupla fita de DNA, formando assim, um complexo
aberto. Durante o momento em que estão sendo sintetizados do 60° ao 70° nucleotídeos, ocorre a liberação dos
fatores TF II E e TF II H. Essa liberação permite que a RNA-Pol II alongue a fita de RNA.
Alongamento e término
O TF II F fica associados à RNA-Pol durante todo o alongamento, pois é ele que prende a RN-Pol na Fita de
DNA. Durante o alongamento, proteínas chamadas fatores de alongamento vão se acoplar na RNA-Pol e
aumentar sua atividade. Quando a síntese termina, a RNA-Pol é desfosforilada e reciclada, podendo ser usada
na síntese de uma outra cadeia de RNA.
Capeamento da extremidade 5’
Existe um grupo de enzimas chamadas exonucleases, que agem rompendo as ligações fosfodiéster entre os
nucleotídeos. Essas enzimas poderiam destruir a cadeia de RNA se não fossem algumas estratégias de proteção
à fita, como o capeamento e a poliadenilação.
O capeamento consiste na adição de uma guanosina metilada na extremidade 5’. Ele ocorre geralmente
quando a cadeia de RNA tem aproximadamente 30 nucleotídeos. Essa guanosina metilada funciona impedindo
que as exonucleases reconheçam a seqüência de RNA e rompa as ligações fosfodiéster.
O capeamento resulta de uma ligação diferente, a ligação da extremidade 5’ de um nucleotídeo com a
extremidade 5’ de outro nucleotídeo, formando o capacete 5’. Esse capacete é formado da seguinte forma: uma
molécula de GTP é condensada com o triptofano na extremidade 5’ do RNA. O fósforo gama, localizado na
extremidade 5’ do RNA é retirado pela enzima fosfohidrolase. Logo depois, a enzima guaniltransferase fará
uma ligação fosfodiéster entre a guanosina 5’ e o nucleotídeo 5’, com a liberação de um pirofosfato.
A poliadenilação ocorre quando termina a transcrição dos Eucariotos. A enzima poli-A polimerase adiciona a
fita de RNA, um pedaço cheio de As, que vai proteger a extremidade 3’ da ação de exonucleases. A cauda de
As é bem grande, com cerca de 200 nucleotídeos, sendo assim, não faz diferença perder alguns desses As pela
ação das exonucleases, pois a parte que interessa do RNA ficará intacta.
A RNA polimerase II transcreve um seguimento de DNA bem maior que o necessário para produzir um
RNA mensageiro. A região desnecessária é removida por clivagem endonucleolítica, que ocorre numa região
localizada entre 11 e 30 nucleotídeos abaixo da seqüência 5’ AAUAAA 3’, que fica perto do final da unidade
transcricional. Depois do final da clivagem endonucleolítica, que retira a região desnecessária do transcrito é
que a enzima Poli-A polimerase vai adicionar a cauda Poli-A na extremidade 3’.
A reação e clivagem endonucleolítica e de adição da cauda poli-A são fortemente acopladas. Ou seja, uma
subunidade da enzima endonuclease caminha pela fita de RNA até encontrar a seqüência 5’ AAUAAA 3’. Ao
encontra-la essa subunidade irá se ligar a essa seqüência e fazer a clivagem, ou seja, a retirada da parte
desnecessária. Essa clivagem funciona como sinal para poli-A polimerase adicionar a cauda Poli-A.
Edição do RNA
10) Um pesquisador, estudando a expressão de um determinado gene (através da análise do RNA) observou
que o RNA primário encontrado no núcleo das células em estudo possuía 3.000 nucleotídeos, no entanto o
RNA mensageiro encontrado no citoplasma possuía apenas 2.000 nucleotídeos!!! Você pode ajudar o
pesquisador explicando o mecanismo que levou à diminuição no tamanho do RNA?
Esse RNA, que, com certeza é de um eucarioto, depois de pronto, passou por um processamento, que ocorreu
no núcleo. Esse processamento é composto por várias etapas:
Æ retirada dos íntrons e emenda dos éxons: após a formação do capacete e da cauda poli-A, mas antes que o
RNA saia do núcleo, todas as seqüências de íntrons são removidas e os éxons são ligados uns aos outros. O
resultado é uma molécula de RNA muito menor, que contém uma seqüência codificante não interrompida. Só
depois dessas três etapas o RNA sai do núcleo para o citoplasma. Os íntrons são retirados do RNA por enzimas
que, ao contrário da maioria, são compostas por um complexo de proteínas e RNAs. Essas enzimas que fazem
o splicing são denominadas “pequenas partículas de ribonucleoproteinas nuclear”, da sigla inglesa snRNPs. Em
cada íntron, um grupo de snRNPs reúne-se no RNA, cora o íntron e se agrupa novamente à cadeia de Rna,
liberando o íntron, cortado como um laço. O papel do RNA do snRNPs é reconhecer e, usando o pareamento
complementar de bases, parear-se com seqüências complementares de nucleotídeos que marcam o início e o
final de cada íntron. Assim, os snRNPs colocam os dois terminais do íntron juntos, formando um alça, para que
o splicing possa ocorrer.
12) Como as células determinam quais partes do transcrito primário serão removidas?
Cada íntron contém algumas seqüências de nucleotídeos que atuma como sinais para sua remoção. Essas
seqüências são encontradas em cada terminal do intra ou próximo deste. Elas são idênticas ou muito similares
em todos os nucleotídeos.
14) A organização dos genes com íntrons e éxons parece dispendiosa à primeira vista, mas ela tem
conseqüências positivas. Comente.
O splicing de RNA permite aos eucariotos uma vantagem adicional sobre os procariotos. Os éxons de
diferentes genes podem ser trocados através do mecanismo de recombinação. Assim, novos tipos de proteínas
podem ser formados. A emenda ou splicing também possibilita a criação de novos éxons durante a expressão
gênica. Se o splicing ocorre de forma diferente, formará um m-RNA diferente, conseqüentemente proteínas
diferentes. Concluindo, ao invés de ser um processo dispendioso, como pareceu à primeira vista, o splicing de
17) As ribozimas são enzimas sintetizadas a partir de um RNA, mas, para que exista um RNA é necessário
que exista enzimas para catalisar sua síntese. Sendo assim, que surgiu primeiro, o RNA ou as proteínas?
A descoberta da ribozima, um RNA auto-catalítico, permitiu formular a hipótese de um mundo primordial
formado apenas por moléculas de RNA, que seriam auto-catalíticas. Um RNA pode tanto armazenar
informações quanto catalisar reações químicas.
18) Descreva o funcionamento do Operon LAC. Explique como a bactéria ativa o sistema apenas quando a
lactose está presente no meio de cultura. Explique como a bactéria faz para não consumir lactose enquanto
houver glicose no meio de cultura.
A fonte de nutrientes utilizada pelas bactérias durante seu crescimento, é proveniente de açúcares. Quando a
fonte de nutrientes é a lactose, a célula precisa hidrolizar esse dissacarídeo para formar glicose e galactose.
Quem faz essa hidrólise é a enzima β-galactosidase, e ela só ocorre quando há glicose presente no meio. Essa
enzima está presente em células bacterianas em quantidades muito pequenas, mas quando se adiciona lactose
no meio de cultura, a concentração dessa enzima aumenta cerca de 1000 vezes.
O Operon Lac é composto por 3 genes: o Z (codifica a enzima β-galactosidase), Y (Codifica a enzima lactose
permease) e A ( codifica a enzima tiogalactosídeo-transacetilase). A expressão desses três genes é controlada
pelo repressor LAC, que é composto por 4 subunidades idênticas, sendo que cada uma delas possui um sítio de
ligação ao indutor. Esse repressor se liga fortemente ao sítio operador do operon, o que vai bloquear a
transcrição do mesmo por impedir que a RNA-Pol inicie a transcrição dos genes desse operon.
A expressão desse operon também pode ser controlada por ativador. A transcrição do operon Lac não
depende apenas da presença de lactose, mas também da concentração de glicose no meio. O máximo de
transcrição desse operon ocorre quando a única fonte de carbono é a lactose, mas a transcrição desse operon
diminui cerca de 50 vezes ao adicionar glicose no meio. Isso ocorre pq na ausência de glicose, ativadores se
ligam próximo ao promotor, ativando a síntese.
Resumindo, na ausência de glicose e presença de lactose, o complexo CRP-cAMP se liga ao promotor,
estimulando a transcrição, ao mesmo tempo que o repressor LAC será desligado do operador pela alolactase.
Na presença de glicose, o complexo CRP-cAMP não se forma e conseqüentemente, não ocorre a transcrição.
Mas para que a transcrição ocorra, também é necessária a presença da lactose que, através do seu derivado
alolactose, irá deslocar o repressor LAC do Operador.
b) na presença de arabinose: Quando há arabinose no meio, a proteína Ara c assume outra forma e se liga a
arabinose. O complexo Ara C: arabinose se liga aos 4 sítios operadores no DNA e ativa a transcrição dos genes
do Operon Ara. Quando a arabinose está presente também é formada uma alça, os sítios AraO1 e AraO2
interagem entre si, formando uma alça pequena (diferente da alça formada na ausência de arabinose). Como
conseqüência da formação dessa alça, a transcrição do gene ara C é afetada e há um pequeno aumento na
21) Como os genes podem ser classificados de acordo com sua forma de regulação?
Genes constitutivosÆ esses genes são continuamente expressos na maioria das células. Esses genes são
responsáveis pela manutenção das funções essenciais de qualquer célula, como: transcrição, tradução,
replicação, etc.
Genes induzíveisÆ são ativados ou reprimidos em resposta a estímulos ambientais, tais como, frio, calor,
estresse, ferimentos, etc.
Genes tecido-específicosÆ Genes que só se expressam em determinados tecidos sob a regulação tecido-
específica.
22)Discuta sucintamente todas as etapas nas quais a expressão gênica pode ser regulada.
1) Regulação transcricional: é o principal nível de regulação, pois representa para a célula a forma de controle
mais econômica, uma vez que se o gene não for transcrito nenhuma das etapas posteriores ocorrerá. Em
eucariotos, essa regulação ocorre através da ligação de proteínas reguladoras ao DNA e do remodelamento da
cromatina;
3) Regulação Traducional: ocorre pela presença de regiões codificadoras adicionais em certas classes de
RNA. Tais regiões são codificadoras de pequenos peptídeos, e são localizadas antes da região que codifica o
peptídeo principal. Desta forma, a tradução dessas pequenas regiões pode comprometer a tradução do peptídeo
principal, inviabilizando a continuidade do processo traducional.
Estabilidade do DNA: os RNAs mensageiros não possuem uma vida útil muito longa. Eles precisam ser
eliminados para que a sua tradução não leve a uma concentração muito alta de seus produtos (proteínas). Cada
m-RNA permanece um período de tempo diferente no citoplasma antes de ser degradado por enzimas, ou seja,
cada m-RNA possui uma estabilidade diferente. Praticamente todos os RNAs recebem o capacete 5’ e a cauda
poli-ª Existem algumas proteínas que são capazes de se associar ao capacete e à cauda poli-A, inibindo ou
promovendo a ação de enzimas de degradação. Sendo assim, se as proteínas associadas a essa extremidade
forem estabilizadoras, o processo de degradação será inibido, resultando numa maior estabilidade do RNA.
Mas se a proteína associada for desestabilizadora, a degradação será induzida, resultando uma menor meia-vida
do m-RNA.
Regulação dos mecanismos de endereçamento das proteínas: a proteína, logo depois de sua síntese deve
ser endereçada ao compartimento onde ela vai atuar. Sendo assim, o controle dos mecanismos de
endereçamento de uma proteína é uma forma de regulação da expressão gênica.
28)Explique o controle da transcrição por metilação do DNA e como ele influencia no nível de compactação
do DNA.
A ausência ou a presença desse s radicais no DNA vai determinar o nível de compactação de suas partes. O
processo de metilação consiste na adição de radicais metil em citosinas ao logo da molécula de DNA. A enzima
DNA-metiltransferase é que controla os níveis de metilação ao longo do genoma. Elas tanto adicionam quanto
retiram radicais metil das citosinas. Esse processo de metilação ocorre logo após a síntese do DNA e atinge
uma considerável parcela das citosinas do mesmo. Determinadas regiões do genoma apresentam diferentes
níveis de metilação em função do tecido e da fase do desenvolvimento em que se encontram.ssas diferenças
ocorrem devido a ação das desmetilases tecido-específicas.
29)Discuta sobre as modificações epigenéticas ocorridas nas histonas e sua influência na regulação da
expressão gênica em eucariotos.
As principais modificações epigenéticas sofridas pelas histonas foram a acetilação, a fosforilação e a
metilação. A presença de tais modificações nas histonas são fundamentais para a determinação do nível de
compactação da cromatina que, por sua vez, influencia a expressão gênica em eucariotos. A acetilação dos
aminoácidos lisina, por exemplo, está diretamente correlacionada com a atividade transcricional, na medida em
que histonas acetiladas são normalmente associadas à cromatina transcricionalmente ativa. Acredita-se que a
acetilação neutralize a carga básica das histonas reduzindo sua afinidade pelo DNA e alterando as interações
entre histonas de nucleossomos adjacentes. Tais alterações tornariam a cromatina mais acessível à transcrição.
Da mesma forma, a fosforilação ocorrida na serina 10 da histona H3 tem correlação direta com a ativação
gênica em células de mamíferos e acredita-se que isso ocorra em função da neutralização da carga das histonas
pela adição de fosfatos reduzindo sua afinidade pelo DNA. Além de alterar a compactação do DNA e
Zíper de leucina Æ é uma região da proteína que é rica em aas leucina dispostos a cada 7 aas e voltados
para o mesmo lado da proteína. O número e a disposição desses aas permitem a proteína formar dímeros com
outras proteínas que também apresentam zíper de leucina.
Hélice-volta-hélice Æ proteínas dessa classe possuem 2 α-hélices separadas por uma seqüência curta de aas,
o que promove uma volta na molécula.
b Iniciação Æ a tradução de toda proteína começa com a incorporação de uma metionina, e para isso é
necessária a formação do complexo de iniciação da transcrição. O mRNA contendo a informação se liga à
subunidade menor do ribossomo. Logo depois, ocorre a ligação entre o aminoacil-tRNA iniciador e a
subunidade maior do ribossomo, assim, está formado o complexo de iniciação. O tRNA iniciador ocupa o sítio
P no ribossomo, e seu pareamento através do anticódon, com o códon AUG do mRNA sinaliza o começo da
tradução. Essa etapa depende da hidrólise do GTP feita pelos fatores de iniciação.
e Processamento pós traducional Æ essa etapa é de grande importância, pois é graças a ela que existe
toda essa diversidade estrutural de proteínas. Essas modificações pós traducionais são determinadas por
informações contidas nas próprias proteínas, são elas que vão dizer, para onde essa proteína vai atuar. O
processamento começa ainda durante a tradução. Alguns exemplos de modificações pós-traducionais:
Clivagem proteolítica, modificação covalente.
f Endereçamento de proteínas Æ como a célula sabe para onde endereçar uma determinada proteína?
Em todos os sistemas de endereçamento em eucariotos, com exceção daqueles que envolvem proteínas
33)Determinados anfíbios possuem um genoma 10 vezes maior que o genoma de mamíferos. Discuta esse
fato, considerando:
• A correlação entre complexividade do genoma e tamanho do genoma;
• Os tipos de seqüências presentes quanto a sua repetitibilidade no genoma.
O tamanho do genoma numa espécie se refere ao conteúdo de DNA que ela possui, ao valor C, que varia
muito de espécie para espécie. Tal valor pode ser medido em pares de bases. A complexividade de um genoma
refere-se ao número de genes diferentes presentes nele. Genes que chegarão a produzir proteínas. Em
procariotos, a quantidade de genes, o tamanho do genoma está diretamente proporcional à complexividade do
organismo. Em eucariotos, genomas muito grandes não rotulam um indivíduo complexo. Existem eucariotos,
como os anfíbios que possuem o seu genoma bem maior do que o genoma dos mamíferos, e como sabemos, os
mamíferos são bem mais complexos. Nos eucariotos, temos os íntrons e éxons. Um organismo pode ter um
grande número de pares de bases, mas se ele tiver um grande número de éxons também, seu genoma não será
complexo.
A complexividade de seqüências de um genoma refere-se á quantidade de seqüências únicas nele presente.
Na análise detalhadas das seqüências de DNA revelaram que a maioria dos genes está na fração do DNA não
repetitivo, ou seja, a maioria dos genes de eucariotos ocorrem apenas uma vez no genoma haplóide. A
proporção de genoma ocupada por DNA não repetitivo varia amplamente entre as espécies.
34)Qual é a diferença entre os genomas de eucariotos superiores, eucariotos inferiores e procariotos quanto a
presença de DNA repetitivo?
Uma considerável parcela do genoma de eucariotos superiores é composta por DNA repetitivo. Determinadas
espécies chegam a apresentar mais de 80% de DNA repetitivo em seu genoma. Em eucariotos inferiores, a
proporção de DNA repetitivo é bem menor e os organismos procariotos não possuem DNA repetitivo.
35)Eucariotos superiores apresentam complexidade morfológica e funcional muito maior que a observada em
procariotos. Explique a correlação entre tal diferença e o número de genes presentes.
Para que um organismo apresente maior complexividade funcional e morfológica, ele deverá possuir genes
que coordenam tais características. De fato, o número de genes presentes em eucariotos superiores é muito
maior do que os de procariotos.
36)Com base na análise do genoma humano é possível dividir a espécie em diferentes raças? Justifique.
A comparação das seqüências de DNA dos genomas de indivíduos da espécie humana revelou níveis de
diferença inferiores a 0,1% dos nucleotídeos. Níveis similares foram obtidos quando os indivíduos analisados
pertenciam a uma mesma “raça”, ou quando eram de “raças” diferentes. Assim, ficou evidenciado que o
conceito de raça não se aplica à espécie humana, pois indivíduos da mesma raça são tão parecidos entre si
(99,9%) quanto indivíduos de raças distintas, com também 99,9% de semelhança.