Testi consigliati

-Biologia Molecolare del Gene, Watson et al. Zanichelli

- Genetica, Russell, EdiSes

-Gene VIII , Lewin, Zanichelli

il controllo
dell’espressione
genica permette ad
una cellula uovo
indifferenziata di
formare un
individuo adulto e
differenziato
...e solo conoscendo le regole del controllo dell’espressione
genica possiamo realizzare prodotti biotecnologici
 1.2%

La maggioranza delle differenze fenotipiche dipende dalle

differenze di espressione genica
La trascrizione
 La RNA polimerasi catalizza la
formazione del legame
fosfodiesterico

la direzione di sintesi è sempre 5’ > 3’

Componenti e funzioni
della RNA polimerasi
batterica; e i geni che
le codificano

Esiste un’ulteriore
subunità la
subunità ω (10kD)
codificata dal gene
rpoZ che ha un
ruolo
nell’assemlaggio
del “core”
enzimatico
 L’RNA polimerasi batterica e quella eucariotica

.β = viola; β’ = blu
.α = giallo e verde
.ω = rosso
Il fattore σ
La RNA polimerasi del
batteriofago T7 è
costituita da una sola
proteina
Il fattore sigma e il “core” enzimatico
vengono riciclati in fasi differenti della
trascrizione
un tipico promotore procariotico ha tre componenti:
le sequenze di consenso -35 e -10 e il punto di inizio
CONSENSO
rispetto alla trascrizione nel DNA dobbiamo distinguere l’elica stampo
(template) dall’elica codificante (coding)

l’ RNA è complementare allo stampo e identico al codificante

come si studia la
trascrizione
si deve identificare l’ RNA
messaggero
ecco un esempio “storico”
di come si può fare
attraverso la marcatura
del RNA con nucleotidi
radioattivi e ibridazione
con il DNA complementare
La tecnica del “Northern
blotting” consente di
evidenziare gli RNA
presenti nelle cellule

L’RNA si mette in
evidenza ibridandolo con
una sonda marcata di
DNA complementare

Watson p.628; Russel p. 195

S1 mapping - identificazione del 5’ e/o del 3’ dell’mRNA
 Primer extension
DNA
5’ RNA

Si isola l’RNA e si ibrida con

Una sonda (primer) marcata

Si allunga il primer con trascrittasi

inversa

Si determina la lunghezza dell’estensione

su gel di poliacrilamide e autoradigrafia

La lunghezza del frammento ci dice direttamente dove

inizia la trascrizione (il 5’ dell’mRNA)
 DNA footprinting

RNA polimerasi

Watson p. 475
Elettroforesi
Il n° di bande
perse identifica la
lunghezza del sito
di legame
Il fattore sigma 70: alcuni domini proteici legano il DNA al promotore
Le interazioni tra fattore sigma, RNA polimerasi e DNA
Il fattore sigma70: il dominio 2.4 lega il promotore a -10

L’interazione
specifica degli
aminoacidi del
fattore sigma con
le basi del
promotore si può
studiare mediante
l’uso di mutazioni
sito-specifiche
Fattori sigma diversi riconoscono promotori con sequenze di consenso
diverse

non sempre le sequenze -35 e -10 si trovano esattamente in quelle

posizioni