Filogenia Molecular

MSc. Samara Cardoso da Silva

 FILOGENIA
 Origina-se do grego
– phylon = tribo, raça
– genetikos = gênese = origem

“Estudo das relações de parentesco

entre as espécies”
 FILOGENIA
 1859 - Charles Darwin
– Beagle: Origem das Espécies
– Primeiro diagrama publicado
representando relações filogenéticas,
– Classificação hierárquica,
– Consistente e única.

Charles Darwin,1859
 FILOGENIA
 Willi
Hennig – 1950
 Escola de classificação
– Sistemática Filogenética
– Classificação sistemática de
táxons de acordo com suas
Willi Hennig, 1972
relações filogenéticas
– Grupos monofiléticos
 FILOGENIA
 Estados de Caráter
– Plesiomorfia: característica considerada
primitiva que foi modificada a outra
mais recente dentro de uma linhagem.
– Apomorfia: característica recente
derivada de uma característica primitiva
de uma espécie ancestral.
 FILOGENIA MOLECULAR

É um campo da Biologia o qual visa

estudar as relações evolutiva entre
os diferentes grupos de indivíduos
existentes na terra (extintas ou não).
 FILOGENIA MOLECULAR
 Objetivo
– Determinar a historia evolutiva do gene,
sua função assim como da espécie,
– Caracterizar ancestrais,
– Estimar tempo de divergência entre dois
organismos desde o último ancestral
compartilhado,
– Caracterizar famílias gênicas e
protéicas.
 ÁRVORES FILOGENÉTICAS
 Representa graficamente a história
evolutiva dos organismos (Táxons)
nela apresentados
 Táxons
– famílias,
– gêneros,
– espécies,
– populações.
 ÁRVORES FILOGENÉTICAS

 OTUs (operational taxonomic units)

– Unidades Taxonomicas operacionais
 Nós internos: unidades ancestrais
 Raiz: ancestral comum à todas as
OTUs
 ÁRVORE FILOGENÉTICA
 Não enraizada,
– sem apontar onde está a espécie
ancestral de todo o grupo,
– as relações de topologia entre as OTUS
sem indicar a posição que se encontra a
espécie ancestral de todo o grupo.
 Enrraizadas
– Possuem um ancestral em comum
ÁRVORES FILOGENÉTICAS
 ÁRVORES FILOGENÉTICAS
 Gruposbaseados na relação
ancestral-descendente.
 ÁRVORES FILOGENÉTICAS
 Tipos de árvores
 MÉTODOS UTILIZADOS
 Métodos baseados em distância
– Árvore na qual a distância entre as
OTUs refletem as distâncias evolutivas
 Maxima Parcimônia
– seleciona a árvore que minimiza o
número de mudanças necessária para
explicar os dados
 Máxima Verossimilhança
– Concentra a árvore mais provável que
reflita os dados analisados.
 MÉTODOS UTILIZADOS
 Distância p
– mais simples, não considera
substituições múltiplas
 Jukes-Cantor
– considera substituições múltiplas
 Kimura 2P
– razão de transições e transversões
 MÉTODOS UTILIZADOS
 Tajima e Nei (GC)
 Tamura 3P (JC, K, TN)
 Distância Gama-poisson
– Considera taxas de evolução
diferenciadas para cada sítio.
 RECONSTRUÇÃO
FILOGENÉTICA
 Máxima Parcimônia
– minimiza o número de mudanças necessárias
para explicar os dados.
 Computação
– conta o número de passos de uma
determinada árvore(fitch) e busca a melhor
entre tantas possíveis (heurístico).
 Problema
– assume que a taxa de mudança em todos os
ramos são iguais.
 RECONSTRUÇÃO
FILOGENÉTICA
 Máxima Verossimilhança
 Principio de independencia
– Sequências após divergirem evoluem
diferentemente
 Vantagem
– menor variância em relação aos outros
métodos, já que é menos afetado por erros de
amostragem e mais robusto frentes as
violações de modelo evolutivo
 Desvantagem
– consome grande tempo para o cálculo
COMPARACÕES DOS MÉTODOS
 Parcimônia e Verossimilhança
– apresentam modelos evolutivos
– os métodos baseados na verossimilhança são
melhores, mais trabalhosos.
 Distância
– útil para a comparação de genomas inteiros,
presença ou ausência de genes, sem inerência
evolutiva.
 Ospacotes mais comuns utilizados
contem softwares para os 3 métodos
– Aumento da confiabilidade da árvore.
 ALGORITMOS PARA
RECONSTRUÇÃO DE TOPOLOGIAS
 UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic
mean)
– Sneath & Sokal, 1973
– Agrupamento seqüencial até a raiz (único
método que dá a raiz da árvore)
– Assume o relógio molecular
 Evolução Mínima
– Cavalli-Sforza & Edwards, 1967
– Minimiza o somatório dos ramos da
árvore
– Busca exaustiva em todas as árvore
 ALGORITMOS PARA
RECONSTRUÇÃO DE
TOPOLOGIAS
 Neighbor-joining
– Saitou & Nei, 1987
– Identifica os vizinhos que
seqüencialmente minimizam o tamanho
total da árvore (S)
– Um dos algoritmos mais usados,
eficiente e rápido
 ALGORITMOS PARA
RECONSTRUÇÃO DE TOPOLOGIAS
 Como escolher:
 Poder
– quanto dado é necessário para resolver
filogenia

 Falseabilidade
– se fica claro quando pressuposições são
violadas

 Consistência
– se é eficaz com muitos dados
 ALGORITMOS PARA
RECONSTRUÇÃO DE TOPOLOGIAS
 Robustez
– se é eficaz quando pressuposições são
violadas

 Eficiência
– Rapidez

 Escolha do gene
 TESTE DE CONFIANÇA
 BOOTSTRAP
– Distância
– Parcimônia
– Verossimilhança
– Reamostragem com reposição
pseudoaleatória dos dados
– Final de todas as réplicas árvore final
estimada.
PHYLOTREE