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Dentro de las células, el ADN está organizado en estructuras llamadas cromosomas que,
durante el ciclo celular, se duplican antes de que la célula se divida. Los organismos
eucariotas (por ejemplo, animales, plantas, y hongos) almacenan la inmensa mayoría de
su ADN dentro del núcleo celular y una mínima parte en los elementos celulares
llamados mitocondrias, y en los plastos, en caso de tenerlos; los organismos procariotas
(bacterias y arqueas) lo almacenan en el citoplasma de la célula, y, por último, los virus
ADN lo hacen en el interior de la cápsida de naturaleza proteica. Existen multitud de
proteínas, como por ejemplo las histonas y los factores de transcripción, que se unen al
ADN dotándolo de una estructura tridimensional determinada y regulando su expresión.
Los factores de transcripción reconocen secuencias reguladoras del ADN y especifican
la pauta de transcripción de los genes. El material genético completo de una dotación
cromosómica se denomina genoma y, con pequeñas variaciones, es característico de
cada especie.
Historia
El ADN fue aislado por vez primera durante el invierno de 1869 por el médico suizo
Friedrich Miescher mientras trabajaba en la Universidad de Tubinga. Miescher realizaba
experimentos acerca de la composición química del pus de vendas quirúrgicas
desechadas cuando notó un precipitado de una sustancia desconocida que caracterizó
químicamente más tarde.1 2 Lo llamó "nucleína", debido a que lo había extraído a partir
de núcleos celulares.3 Se necesitaron casi 70 años de investigación para poder identificar
los componentes y la estructura de los ácidos nucleicos.
En 1919 Phoebus Levene identificó que un nucleótido está formado por una base, un
azúcar y un fosfato.4 Levene sugirió que el ADN formaba una estructura con forma de
solenoide (muelle) con unidades de nucleótidos unidos a través de los grupos fosfato.
En 1930 Levene y su maestro Albrecht Kossel probaron que la nucleína de Miescher es
un ácido desoxirribonucleico (ADN) formado por cuatro bases nitrogenadas (citosina
(C), timina (T), adenina (A) y guanina (G)), el azúcar desoxirribosa y un grupo fosfato,
y que, en su estructura básica, el nucleótido está compuesto por un azúcar unido a la
base y al fosfato.5 Sin embargo, Levene pensaba que la cadena era corta y que las bases
se repetían en un orden fijo. En 1937 William Astbury produjo el primer patrón de
difracción de rayos X que mostraba que el ADN tenía una estructura regular.6
La función biológica del ADN comenzó a dilucidarse en 1928, con una serie básica de
experimentos de la genética moderna realizados por Frederick Griffith, quien estaba
trabajando con cepas "lisas" (S) o "rugosas" (R) de la bacteria Pneumococcus (causante
de la neumonía), según la presencia (S) o no (R) de una cápsula azucarada que es la que
confiere virulencia (véase también experimento de Griffith). La inyección de
neumococos S vivos en ratones produce la muerte de éstos, y Griffith observó que si
inyectaba ratones con neumococos R vivos o con neumococos S muertos por calor, los
ratones no morían. Sin embargo, si inyectaba a la vez neumococos R vivos y
neumococos S muertos, los ratones morían, y en su sangre se podían aislar neumococos
S vivos. Como las bacterias muertas no pudieron haberse multiplicado dentro del ratón,
Griffith razonó que debía producirse algún tipo de cambio o transformación de un tipo
bacteriano a otro por medio de una transferencia de alguna sustancia activa, que
denominó "principio transformante". Esta sustancia proporcionaba la capacidad a los
neumococos R de producir una cápsula azucarada y transformarse así en virulentas. En
los siguientes 15 años, estos experimentos iniciales fueron duplicados mezclando
distintos tipos de cepas bacterianas muertas por el calor con otras vivas, tanto en ratones
(in vivo) como en tubos de ensayo (in vitro).7 La búsqueda del «factor transformante»
que era capaz de hacer virulentas a cepas que inicialmente no lo eran continuó hasta
1944, año en el cual Oswald Avery, Colin MacLeod y Maclyn McCarty realizaron un
experimento hoy clásico. Estos investigadores extrajeron la fracción activa (el factor
transformante), y mediante análisis químicos, enzimáticos y serológicos, observaron
que no contenía proteínas, ni lípidos no ligados, ni polisacáridos activos, sino que estaba
constituido principalmente por "una forma viscosa de ácido desoxirribonucleico
altamente polimerizado", es decir, ADN. El ADN extraído de las cepas bacterianas S
muertas por el calor lo mezclaron "in vitro" con cepas R vivas: el resultado fue que se
formaron colonias bacterianas S, por lo que se concluyó inequívocamente que el factor
o principio transformante era el ADN.8 A pesar de que la identificación del ADN como
principio transformante aún tardó varios años en ser universalmente aceptada, este
descubrimiento fue decisivo en el conocimiento de la base molecular de la herencia, y
constituye el nacimiento de la genética molecular. Finalmente, el papel exclusivo del
ADN en la heredabilidad fue confirmado en 1952 mediante los experimentos de Alfred
Hershey y Martha Chase, en los cuales comprobaron que el fago T2 transmitía su
información genética en su ADN, pero no en su proteína9 (véase también experimento
de Hershey y Chase).
Estructura química del ADN: dos cadenas de nucleótidos conectadas mediante puentes
de hidrógeno, que aparecen como líneas punteadas.
El ADN es un largo polímero formado por unidades repetitivas, los nucleótidos.17 18 Una
doble cadena de ADN mide de 22 a 26 angstroms (2,2 a 2,6 nanómetros) de ancho, y
una unidad (un nucleótido) mide 3,3 Å (0,33 nm) de largo.19 Aunque cada unidad
individual que se repite es muy pequeña, los polímeros de ADN pueden ser moléculas
enormes que contienen millones de nucleótidos. Por ejemplo, el cromosoma humano
más largo, el cromosoma número 1, tiene aproximadamente 220 millones de pares de
bases.20
En los organismos vivos, el ADN no suele existir como una molécula individual, sino
como una pareja de moléculas estrechamente asociadas. Las dos cadenas de ADN se
enroscan sobre sí mismas formando una especie de escalera de caracol, denominada
doble hélice. El modelo de estructura en doble hélice fue propuesto en 1953 por James
Watson y Francis Crick (el artículo Molecular Structure of Nucleic Acids: A Structure
for Deoxyribose Nucleic Acid fue publicado el 25 de abril de 1953 en Nature).21 El éxito
de éste modelo radicaba en su consistencia con las propiedades físicas y químicas del
ADN. El estudio mostraba además que la complementariedad de bases podía ser
relevante en su replicación, y también la importancia de la secuencia de bases como
portador de información genética.22 23 24 Cada unidad que se repite, el nucleótido,
contiene un segmento de la estructura de soporte (azúcar + fosfato), que mantiene la
cadena unida, y una base, que interacciona con la otra cadena de ADN en la hélice. En
general, una base ligada a un azúcar se denomina nucleósido y una base ligada a un
azúcar y a uno o más grupos fosfatos recibe el nombre de nucleótido. Cuando muchos
nucleótidos se encuentran unidos, como ocurre en el ADN, el polímero resultante se
denomina polinucleótido.25
Componentes
• Ácido fosfórico:
Enlace fosfodiéster. El grupo fosfato une el carbono 5' del azúcar de un nucleósido con
el carbono 3' del siguiente.
Su fórmula química es H3PO4. Cada nucleótido puede contener uno
(monofosfato: AMP), dos (difosfato: ADP) o tres (trifosfato: ATP) grupos de
ácido fosfórico, aunque como monómeros constituyentes de los ácidos nucleicos
sólo aparecen en forma de nucleósidos monofosfato.
• Desoxirribosa:
• Bases nitrogenadas:
• Timina:
• Citosina:
Adenina: 6-aminopurina.
• Adenina:
En el código genético se representa con la letra A. Es un derivado de la purina
con un grupo amino en la posición 6. Forma el nucleósido adenosina
(desoxiadenosina en el ADN) y el nucleótido adenilato o (desoxi)adenosina
monofosfato (dAMP, AMP). En el ADN siempre se empareja con la timina de la
cadena complementaria mediante 2 puentes de hidrógeno, A=T. Su fórmula
química es C5H5N5 y su nomenclatura 6-aminopurina. La adenina, junto con la
timina, fue descubierta en 1885 por el médico alemán Albrecht Kossel.
• Guanina:
Las bases nitrogenadas tienen una serie de características que les confieren unas
propiedades determinadas. Una característica importante es su carácter aromático,
consecuencia de la presencia en el anillo de dobles enlaces en posición conjugada. Ello
les confiere la capacidad de absorber luz en la zona ultravioleta del espectro en torno a
los 260 nm, lo cual puede ser aprovechado para determinar el coeficiente de extinción
del ADN y hallar la concentración existente de los ácidos nucleicos. Otra de sus
características es que presentan tautomería o isomería de grupos funcionales debido a
que un átomo de hidrógeno unido a otro átomo puede migrar a una posición vecina; en
las bases nitrogenadas se dan dos tipos de tautomerías: tautomería lactama-lactima,
donde el hidrógeno migra del nitrógeno al oxígeno del grupo oxo (forma lactama) y
viceversa (forma lactima), y tautomería imina-amina primaria, donde el hidrógeno
puede estar formando el grupo amina (forma amina primaria) o migrar al nitrógeno
adyacente (forma imina). La adenina sólo puede presentar tautomería amina imina, la
timina y el uracilo muestran tautomería doble lactama-lactima, y la guanina y citosina
pueden presentar ambas. Por otro lado, y aunque se trate de moléculas apolares, las
bases nitrogenadas presentan suficiente carácter polar como para establecer puentes de
hidrógeno, ya que tienen átomos muy electronegativos (nitrógeno y oxígeno)
presentando carga parcial negativa, y átomos de hidrógeno con carga parcial positiva, de
manera que se forman dipolos que permiten que se formen estos enlaces débiles.
Se estima que el genoma humano haploide tiene alrededor de 3.000 millones de pares
de bases. Para indicar el tamaño de las moléculas de ADN se indica el número de pares
de bases, y como derivados hay dos unidades de medida muy utilizadas, la kilobase
(kb), que equivale a 1.000 pares de bases, y la megabase (Mb), que equivale a un millón
de pares de bases.
Apareamiento de bases
Un par A=T con dos puentes de hidrógeno. Los puentes de hidrógeno se muestran como
líneas discontinuas.
Cada tipo de base en una hebra forma un enlace únicamente con un tipo de base en la
otra hebra, lo que se denomina "complementariedad de las bases". Según esto, las
purinas forman enlaces con las pirimidinas, de forma que A se enlaza sólo con T, y C
sólo con G. La organización de dos nucleótidos apareados a lo largo de la doble hélice
se denomina apareamiento de bases. Este emparejamiento corresponde a la
observación ya realizada por Erwin Chargaff (1905-2002),29 que mostró que la cantidad
de adenina era muy similar a la cantidad de timina, y que la cantidad de citosina era
igual a la cantidad de guanina en el ADN. Como resultado de esta complementariedad,
toda la información contenida en la secuencia de doble hebra de la hélice de ADN está
duplicada en cada hebra, lo cual es fundamental durante el proceso de replicación del
ADN. En efecto, esta interacción reversible y específica entre pares de bases
complementarias es crítica para todas las funciones del ADN en los organismos vivos.17
Como se ha indicado anteriormente, los dos tipos de pares de bases forman un número
diferente de enlaces de hidrógeno: A=T forman dos puentes de hidrógeno, y C≡G
forman tres puentes de hidrógeno (ver imágenes). El par de bases GC es por tanto más
fuerte que el par de bases AT. Como consecuencia, tanto el porcentaje de pares de bases
GC como la longitud total de la doble hélice de ADN determinan la fuerza de la
asociación entre las dos hebras de ADN. Las dobles hélices largas de ADN con alto
contenido en GC tienen hebras que interaccionan más fuertemente que las dobles
hélices cortas con alto contenido en AT.30 Por esta razón, las zonas de la doble hélice de
ADN que necesitan separarse fácilmente tienden a tener un alto contenido en AT, como
por ejemplo la secuencia TATAAT de la Caja de Pribnow de algunos promotores.31 En
el laboratorio, la fuerza de esta interacción puede medirse buscando la temperatura
requerida para romper los puentes de hidrógeno, la temperatura de fusión (también
denominado valor Tm, del inglés melting temperature). Cuando todas las pares de bases
en una doble hélice se funden, las hebras se separan en solución en dos hebras
completamente independientes. Estas moléculas de ADN de hebra simple no tienen una
única forma común, sino que algunas conformaciones son más estables que otras.32
Existen diferentes tipos de pares de bases que se pueden formar según cómo se forman
los puentes de hidrógeno. Los que encontramos en la doble hélice de ADN son los
llamados pares de bases Watson-Crick, pero también existen otros posibles pares de
bases, como los denominados Hoogsteen y Wobble u oscilante, que pueden aparecer en
circunstancias particulares. Además, para cada tipo existe a su vez el mismo par reverso,
es decir, el que se da si se gira la base pirimidínica 180º sobre su eje.
• Hoogsteen: en este caso cambian los grupos de la base púrica, que ofrece una
cara diferente (posiciones 6 y 7) y que forman enlaces con los grupos de las
pirimidinas de las posiciones 3 y 4 (como en Watson-Crick). También puede
haber Hoogsteen reversos. Con este tipo de enlace pueden unirse A=U
(Hoogsteen y Hoogsteen reverso) y A=C (Hoogsteen reverso).
• Wobble u oscilante: este tipo de enlace permite que se unan guanina y citosina
con un doble enlace (G=T). La base púrica (G) forma enlace con los grupos de
las posiciones 1 y 6 (como en Watson-Crick) y la pirimidina (T) con los grupos
de las posiciones 2 y 3. Este tipo de enlace no funcionaría con A=C, ya que
quedarían enfrentados los 2 aceptores y los 2 donadores, y sólo se podría dar en
el caso inverso. Encontramos pares de bases de tipo oscilante en el ARN,
durante el apareamiento de codón y anticodón. Con este tipo de enlace pueden
unirse G=U (oscilante y oscilante reverso) y A=C (oscilante reverso).
Estructura
El ADN es una molécula bicatenaria, es decir, está formada por dos cadenas dispuestas
de forma antiparalela y con las bases nitrogenadas enfrentadas. En su estructura
tridimensional, se distinguen distintos niveles:33 34
1. Estructura primaria:
o Secuencia de nucleótidos encadenados. Es en estas cadenas donde se
encuentra la información genética, y dado que el esqueleto es el mismo
para todos, la diferencia de la información radica en la distinta secuencia
de bases nitrogenadas. Esta secuencia presenta un código, que determina
una información u otra, según el orden de las bases.
2. Estructura secundaria:
o Es una estructura en doble hélice. Permite explicar el almacenamiento de
la información genética y el mecanismo de duplicación del ADN. Fue
postulada por Watson y Crick, basándose en la difracción de rayos X que
habían realizado Franklin y Wilkins, y en la equivalencia de bases de
Chargaff, según la cual, la suma de adeninas más guaninas es igual a la
suma de timinas más citosinas.
o Es una cadena doble, dextrógira o levógira, según el tipo de ADN.
Ambas cadenas son complementarias, pues la adenina y la guanina de
una cadena se unen, respectivamente, a la timina y la citosina de la otra.
Ambas cadenas son antiparalelas, pues el extremo 3´ de una se enfrenta
al extremo 5´ de la homóloga.
o Existen tres modelos de ADN. El ADN de tipo B es el más abundante y
es el descubierto por Watson y Crick.
3. Estructura terciaria:
o Se refiere a cómo se almacena el ADN en un espacio reducido, para
formar los cromosomas. Varía según se trate de organismos procariotas o
eucariotas:
La forma "A" es una espiral que gira hacia la derecha, más amplia que la "B", con una
hendidura menor superficial y más amplia, y una hendidura mayor más estrecha y
profunda. La forma "A" ocurre en condiciones no fisiológicas en formas deshidratadas
de ADN, mientras que en la célula puede producirse en apareamientos híbridos de
hebras ADN-ARN, además de en complejos enzima-ADN.37 38
Los segmentos de ADN en los que las bases han sido modificadas por metilación
pueden sufrir cambios conformacionales mayores y adoptar la forma "Z". En este caso,
las hebras giran alrededor del eje de la hélice en una espiral que gira a mano izquierda,
lo opuesto a la forma "B" más frecuente.39 Estas estructuras poco frecuentes pueden ser
reconocidas por proteínas específicas que se unen a ADN-Z y posiblemente estén
implicadas en la regulación de la transcripción.40
Estructuras en cuádruplex
Además de estas estructuras apiladas, los telómeros también forman largas estructuras
en lazo, denominadas lazos teloméricos o lazos-T (T-loops en inglés). En este caso, las
hebras simples de ADN se enroscan sobre sí mismas en un amplio círculo estabilizado
por proteínas que se unen a telómeros.47 En el extremo del lazo-T, el ADN telomérico
de hebra sencilla se sujeta a una región de ADN de doble hebra porque la hebra de ADN
telomérico altera la doble hélice y se aparea a una de las dos hebras. Esta estructura de
triple hebra se denomina lazo de desplazamiento o lazo-D (D-loop).45
La doble hélice es una espiral dextrógira, esto es, cada una de las cadenas de
nucleótidos gira a derechas; esto puede verificarse si nos fijamos, yendo de abajo a
arriba, en la dirección que siguen los segmentos de las hebras que quedan en primer
plano. Si las dos hebras giran a derechas se dice que la doble hélice es dextrógira, y si
giran a izquierdas, levógira (esta forma puede aparecer en hélices alternativas debido a
cambios conformacionales en el ADN). Pero en la conformación más común que adopta
el ADN, la doble hélice es dextrógira, girando cada par de bases respecto al anterior
unos 36º.49
Cuando las dos hebras de ADN se enrollan una sobre la otra (sea a derechas o a
izquierdas), se forman huecos o hendiduras entre una hebra y la otra, dejando expuestos
los laterales de las bases nitrogenadas del interior (ver la animación). En la
conformación más común que adopta el ADN aparecen, como consecuencia de los
ángulos formados entre los azúcares de ambas cadenas de cada par de bases
nitrogenadas, dos tipos de hendiduras alrededor de la superfície de la doble hélice: una
de ellas, la hendidura o surco mayor, que mide 22 Å (2,2 nm) de ancho, y la otra, la
hendidura o surco menor, que mide 12 Å (1,2 nm) de ancho.50 Cada vuelta de hélice,
que es cuando ésta ha realizado un giro de 360º o lo que es lo mismo, de principio de
hendidura mayor a final de hendidura menor, medirá por tanto 34 Å, y en cada una de
esas vueltas hay unos 10,5 pb.
La anchura de la hendidura mayor implica que los extremos de las bases son más
accesibles en ésta, de forma que la cantidad de grupos químicos expuestos también es
mayor lo cual facilita la diferenciación entre los pares de bases A-T, T-A, C-G, G-C.
Como consecuencia de ello, también se verá facilitado el reconocimiento de secuencias
de ADN por parte de diferentes proteínas sin la necesidad de abrir la doble hélice. Así,
proteínas como los factores de transcripción que pueden unirse a secuencias específicas,
frecuentemente contactan con los laterales de las bases expuestos en la hendidura
mayor.51 Por el contrario, los grupos químicos que quedan expuestos en la hendidura
menor son similares, de forma que el reconocimiento de los pares de bases es más
difícil; por ello se dice que la hendidura mayor contiene más información que la
hendidura menor.49
Sentido y antisentido
Superenrollamiento
Estructura de moléculas de ADN lineales con los extremos fijos y superenrolladas. Por
claridad, se ha omitido la estructura en hélice del ADN.
Modificaciones de bases
La expresión de los genes está influenciada por la forma en la que el ADN está
empaquetado en cromosomas, en una estructura denominada cromatina. Las
modificaciones de bases pueden estar implicadas en el empaquetamiento del ADN: las
regiones que presentan una expresión génica baja o nula normalmente contienen niveles
altos de metilación de las bases citosina. Por ejemplo, la metilación de citosina produce
5-metil-citosina, que es importante para la inactivación del cromosoma X.60 El nivel
medio de metilación varía entre organismos: el gusano Caenorhabditis elegans carece
de metilación de citosina, mientras que los vertebrados presentan un nivel alto - hasta
1% de su ADN contiene 5-metil-citosina.61 A pesar de la importancia de la 5-metil-
citosina, ésta puede desaminarse para generar una base timina. Las citosinas metiladas
son por tanto particularmente sensibles a mutaciones.62 Otras modificaciones de bases
incluyen la metilación de adenina en bacterias y la glicosilación de uracilo para producir
la "base-J" en kinetoplastos.63 64
El ADN puede resultar dañado por muchos tipos de mutágenos, que cambian la
secuencia del ADN: agentes alquilantes, además de radiación electromagnética de alta
energía, como luz ultravioleta y rayos X. El tipo de daño producido en el ADN depende
del tipo de mutágeno. Por ejemplo, la luz UV puede dañar al ADN produciendo dímeros
de timina, que se forman por ligamiento cruzado entre bases pirimidínicas.66 Por otro
lado, oxidantes tales como radicales libres o el peróxido de hidrógeno producen
múltiples daños, incluyendo modificaciones de bases, sobre todo guanina, y roturas de
doble hebra (double-strand breaks).67 En una célula humana cualquiera, alrededor de
500 bases sufren daño oxidativo cada día.68 69 De estas lesiones oxidativas, las más
peligrosas son las roturas de doble hebra, ya que son difíciles de reparar y pueden
producir mutaciones puntuales, inserciones y deleciones de la secuencia de ADN, así
como translocaciones cromosómicas.70
Muchos mutágenos se posicionan entre dos pares de bases adyacentes, por lo que se
denominan agentes intercalantes. La mayoría de los agentes intercalantes son moléculas
aromáticas y planas, como el bromuro de etidio, la daunomicina, la doxorubicina y la
talidomida. Para que un agente intercalante pueda integrarse entre dos pares de bases,
éstas deben separarse, distorsionando las hebras de ADN y abriendo la doble hélice.
Esto inhibe la transcripción y la replicación del ADN, causando toxicidad y mutaciones.
Por ello, los agentes intercalantes del ADN son a menudo carcinógenos: el benzopireno,
las acridinas, la aflatoxina y el bromuro de etidio son ejemplos bien conocidos.71 72 73 Sin
embargo, debido a su capacidad para inhibir la replicación y la transcripción del ADN,
estas toxinas también se utilizan en quimioterapia para inhibir el rápido crecimiento de
las células cancerosas.74
El daño en el ADN inicia una respuesta que activa diferentes mecanismos de reparación
que reconocen lesiones específicas en el ADN, que son reparadas en el momento para
recuperar la secuencia original del ADN. Asimismo, el daño en el ADN provoca una
parada en el ciclo celular, que conlleva la alteración de numerosos procesos fisiológicos,
que a su vez implica síntesis, transporte y degradación de proteínas (véase también
Checkpoint de daños en el ADN). Alternativamente, si el daño genómico es demasiado
grande para que pueda ser reparado, los mecanismos de control inducirán la activación
de una serie de rutas celulares que culminarán en la muerte celular.
Funciones biológicas
Las funciones biológicas del ADN incluyen el almacenamiento de información (genes y
genoma), la codificación de proteínas (transcripción y traducción) y su autoduplicación
(replicación del ADN) para asegurar la transmisión de la información a las células hijas
durante la división celular.
Genes y genoma
El ADN codificante
Desde este punto de vista, las obreras de este mecanismo son las proteínas. Estas
pueden ser estructurales, como las proteínas de los músculos, cartílagos, pelo, etc., o
funcionales, como la hemoglobina o las innumerables enzimas del organismo. La
función principal de la herencia es la especificación de las proteínas, siendo el ADN una
especie de plano o receta para producirlas. La mayor parte de las veces la modificación
del ADN provocará una disfunción proteica que dará lugar a la aparición de alguna
enfermedad. Pero en determinadas ocasiones, las modificaciones podrán provocar
cambios beneficiosos que darán lugar a individuos mejor adaptados a su entorno.
Por otro lado, algunas secuencias de ADN desempeñan un papel estructural en los
cromosomas: los telómeros y centrómeros contienen pocos o ningún gen codificante de
proteínas, pero son importantes para estabilizar la estructura de los cromosomas.
Algunos genes no codifican proteínas, pero sí se transcriben en ARN: ARN ribosómico,
ARN de transferencia y ARN de interferencia (ARNi, que son ARN que bloquean la
expresión de genes específicos). La estructura de intrones y exones de algunos genes
(como los de inmunoglobulinas y protocadherinas) son importantes por permitir los
cortes y empalmes alternativos del pre-ARN mensajero que hacen posible la síntesis de
diferentes proteínas a partir de un mismo gen (sin esta capacidad no existiría el sistema
inmune, por ejemplo). Algunas secuencias de ADN no codificante representan
pseudogenes que tienen valor evolutivo, ya que permiten la creación de nuevos genes
con nuevas funciones.34 Otros ADN no codificantes proceden de la duplicación de
pequeñas regiones del ADN; esto tiene mucha utilidad, ya que el rastreo de estas
secuencias repetitivas permite estudios sobre el linaje humano.
Transcripción y traducción
La replicación del ADN es el proceso por el cual se obtienen copias o réplicas idénticas
de una molécula de ADN. La replicación es fundamental para la transferencia de la
información genética de una generación a la siguiente y, por ende, es la base de la
herencia. El mecanismo consiste esencialmente en la separación de las dos hebras de la
doble hélice, las cuales sirven de molde para la posterior síntesis de cadenas
complementarias a cada una de ellas. El resultado final son dos moléculas idénticas a la
original. Este tipo de replicación se denomina semiconservativa debido a que cada una
de las dos moléculas resultantes de la duplicación presenta una cadena procedente de la
molécula madre y otra recién sintetizada.
Interacciones ADN-proteína
Todas las funciones del ADN dependen de sus interacciones con proteínas. Estas
interacciones pueden ser inespecíficas, o bien la proteína puede unirse de forma
específica a una única secuencia de ADN. También pueden unirse enzimas, entre las
cuales son particularmente importantes las polimerasas, que copian las secuencia de
bases del ADN durante la transcripción y la replicación.
Interacciones inespecíficas
Interacción de ADN con histonas (en blanco, arriba). Los aminoácidos básicos de estas
proteínas (abajo a la izquierda, en azul) se unen a los grupos ácidos de los fosfatos del
ADN (abajo a la derecha, en rojo).
Las proteínas estructurales que se unen al ADN son ejemplos bien conocidos de
interacciones inespecíficas ADN-proteínas. En los cromosomas, el ADN se encuentra
formando complejos con proteínas estructurales. Estas proteínas organizan el ADN en
una estructura compacta denominada cromatina. En eucariotas esta estructura implica la
unión del ADN a un complejo formado por pequeñas proteínas básicas denominadas
histonas, mientras que en procariotas están involucradas una gran variedad de
proteínas.81 82 Las histonas forman un complejo de forma cilíndrica denominado
nucleosoma, en torno al cual se enrollan casi dos vueltas de ADN de doble hélice. Estas
interacciones inespecíficas quedan determinadas por la existencia de residuos básicos en
las histonas, que forman enlaces iónicos con el esqueleto de azúcar-fosfato del ADN y,
por tanto, son en gran parte independientes de la secuencia de bases.83 Estos
aminoácidos básicos experimentan modificaciones químicas de metilación,
fosforilación y acetilación,84 que alteran la fuerza de la interacción entre el ADN y las
histonas, haciendo al ADN más o menos accesible a los factores de transcripción y por
tanto modificando la tasa de transcripción.85
Otras proteínas que se unen a ADN de manera inespecífica en la cromatina incluyen las
proteínas del grupo de alta movilidad (HMG, High Mobility Group) que se unen a
ADN plegado o distorsionado.86 Estas proteínas son importantes durante el plegamiento
de los nucleosomas, organizándolos en estructuras más complejas para constituir los
cromosomas87 durante el proceso de condensación cromosómica. Se ha propuesto que
en este proceso también intervendrían otras proteínas, formando una especie de
"andamio" sobre el cual se organiza la cromatina; los principales componentes de esta
estructura serían la enzima topoisomerasa II α (topoIIalpha) y la condensina 13S.88
Sin embargo, el papel estructural de la topoIIalpha en la organización de los
cromosomas aún es discutido, ya que otros grupos argumentan que esta enzima se
intercambia rápidamente tanto en los brazos cromosómicos como en los cinetocoros
durante la mitosis.89
Interacciones específicas
Un grupo bien definido de proteínas de unión a ADN es el conformado por las proteínas
que se unen específicamente a ADN monocatenario o ADN de hebra sencilla
(ssDNA). En humanos, la proteína A de replicación es la mejor conocida de su familia y
actúa en procesos en los que la doble hélice se separa, como la replicación del ADN, la
recombinación o la reparación del ADN.90 Estas proteínas parecen estabilizar el ADN
monocatenario, protegiéndolo para evitar que forme estructuras de tallo-lazo (stem-
loop) o que sea degradado por nucleasas.
El factor de transcripción represor del fago lambda unido a su ADN diana mediante un
motivo hélice-giro-hélice (helix-turn-helix).91
Sin embargo, otras proteínas han evolucionado para unirse específicamente a secuencias
particulares de ADN. La especificidad de la interacción de las proteínas con el ADN
procede de los múltiples contactos con las bases de ADN, lo que les permite "leer" la
secuencia del ADN. La mayoría de esas interacciones con las bases ocurre en la
hendidura mayor, donde las bases son más accesibles.92
Las proteínas específicas estudiadas con mayor detalle son las encargadas de regular la
transcripción, denominadas por ello factores de transcripción. Cada factor de
transcripción se une a una secuencia concreta de ADN y activa o inhibe la transcripción
de los genes que presentan estas secuencias próximas a sus promotores. Los factores de
transcripción pueden efectuar esto de dos formas:
Como los ADN diana pueden encontrarse por todo el genoma del organismo, los
cambios en la actividad de un tipo de factor de transcripción pueden afectar a miles de
genes.95 En consecuencia, estas proteínas son frecuentemente las dianas de los procesos
de transducción de señales que controlan las respuestas a cambios ambientales o
diferenciación y desarrollo celular.
Nucleasas y ligasas
Las nucleasas son enzimas que cortan las hebras de ADN mediante la catálisis de la
hidrólisis de los enlaces fosfodiéster. Las nucleasas que hidrolizan nucleótidos a partir
de los extremos de las hebras de ADN se denominan exonucleasas, mientras que las
endonucleasas cortan en el interior de las hebras. Las nucleasas que se utilizan con
mayor frecuencia en biología molecular son las enzimas de restricción, endonucleasas
que cortan el ADN por determinadas secuencias específicas. Por ejemplo, la enzima
EcoRV, que se muestra a la izquierda, reconoce la secuencia de 6 bases 5′-GAT|ATC-
3′, y hace un corte en ambas hebras en la línea vertical indicada, generando dos
moléculas de ADN con los extremos romos. Otras enzimas de restricción generan sin
embargo extremos cohesivos, ya que cortan de forma diferente las dos hebras de ADN.
En la naturaleza, estas enzimas protegen a las bacterias contra las infecciones de fagos,
al digerir el ADN de dicho fago cuando entra a través de la pared bacteriana, actuando
como un mecanismo de defensa.97 En biotecnología, estas nucleasas específicas de la
secuencias de ADN se utilizan en ingeniería genética para clonar fragmentos de ADN y
en la técnica de huella genética.
Las enzimas denominadas ADN ligasas pueden reunir hebras de ADN cortadas o
rotas.98 Las ligasas son particularmente importantes en la replicación de la hebra que
sufre replicación discontinua en el ADN, ya que unen los fragmentos cortos de ADN
generados en la horquilla de replicación para formar una copia completa del molde de
ADN. También se utilizan en la reparación del ADN y en procesos de recombinación
genética.98
Topoisomerasas y helicasas
Las topoisomerasas son enzimas que poseen a la vez actividad nucleasa y ligasa. Estas
proteínas varían la cantidad de ADN superenrollado. Algunas de estas enzimas
funcionan cortando la hélice de ADN y permitiendo que una sección rote, de manera
que reducen el grado de superenrollamiento. Una vez hecho esto, la enzima vuelve a
unir los fragmentos de ADN.58 Otros tipos de enzimas son capaces de cortar una hélice
de ADN y luego pasar la segunda hebra de ADN a través de la rotura, antes de reunir las
hélices.99 Las topoisomerasas son necesarias para muchos procesos en los que interviene
el ADN, como la replicación del ADN y la transcripción.59
Las helicasas son unas proteínas que pertenecen al grupo de los motores moleculares.
Utilizan energía química almacenada en los nucleósidos trifosfatos, fundamentalmente
ATP, para romper puentes de hidrógeno entre bases y separar la doble hélice de ADN
en hebras simples.100 Estas enzimas son esenciales para la mayoría de los procesos en
los que las enzimas necesitan acceder a las bases del ADN.
Polimerasas
Recombinación genética
Estructura de un intermedio en unión de Holliday en la recombinación genética. Las
cuatro hebras de ADN separadas están coloreadas en rojo, azul, verde y amarillo.106
Artículo principal: Recombinación genética
Una hélice de ADN normalmente no interacciona con otros segmentos de ADN, y en las
células humanas los diferentes cromosomas incluso ocupan áreas separadas en el núcleo
celular denominadas “territorios cromosómicos”.107 La separación física de los
diferentes cromosomas es importante para que el ADN mantenga su capacidad de
funcionar como un almacén estable de información. Uno de los pocos momentos en los
que los cromosomas interaccionan es durante el sobrecruzamiento cromosómico
(chromosomal crossover), durante el cual se recombinan. El sobrecruzamiento
cromosómico ocurre cuando dos hélices de ADN se rompen, se intercambian y se unen
de nuevo.
Sin embargo, pueden utilizarse herramientas de evolución molecular para inferir los
genomas de organismos ancestrales a partir de organismos contemporáneos.120 121 En
muchos casos, estas inferencias son suficientemente fiables, de manera que una
biomolécula codificada en un genoma ancestral puede resucitarse en el laboratorio para
ser estudiada hoy.122 123 Una vez que la biomolécula ancestral se ha resucitado, sus
propiedades pueden ofrecer inferencias sobre ambientes y estilos de vida primigenios.
Este proceso se relaciona con el campo emergente de la paleogenética experimental.124
A pesar de todo, el proceso de trabajo hacia atrás desde el presente tiene limitaciones
inherentes, razón por la cual otros investigadores tratan de elucidar el mecanismo
evolutivo trabajando desde el origen de la Tierra en adelante. Dada suficiente
información sobre la química en el cosmos, la manera en la que las sustancias cósmicas
podrían haberse depositado en la Tierra, y las transformaciones que podrían haber
tenido lugar en la superficie terrestre primigenia, tal vez podríamos ser capaces de
aprender sobre los orígenes para desarrollar modelos de evolución ulterior de la
información genética125 (véase también el artículo sobre el origen de la vida).
Técnicas comunes
El conocimiento de la estructura del ADN ha permitido el desarrollo de multitud de
herramientas tecnológicas que explotan sus propiedades fisicoquímicas para analizar su
implicación en problemas concretos: por ejemplo, desde análisis filogeńeticos para
detectar similitudes entre diferentes taxones, a la caracterización de la variabilidad
individual de un paciente en su respuesta a un determinado fármaco, pasando por un
enfoque global, a nivel genómico, de cualquier característica específica en un grupo de
individuos de interés. 126
Podemos clasificar las metodologías de análisis del ADN en aquellas que buscan su
multiplicación, ya in vivo, como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), ya in
vitro, como la clonación, y aquellas que explotan las propiedades específicas de
elementos concretos, o de genomas adecuadamente clonados. Es el caso de la
secuenciación de ADN y de la hibridación con sondas específicas ("southern blot" y
chips de ADN).
Secuenciación
La PCR puede efectuarse como una técnica de punto final, esto es, como una
herramienta de generación del ADN deseado, o como un método continuo, en el que se
evalúe dicha polimerización a tiempo real. Esta última variante es común en la PCR
cuantitativa.126
Southern blot
Chips de ADN
Aplicaciones
Ingeniería genética
Medicina forense
Los médicos forenses pueden utilizar el ADN presente en la sangre, el semen, la piel, la
saliva o el pelo en la escena de un crimen para identificar al responsable. Esta técnica se
denomina huella genética, o también "perfil de ADN". Al realizar la huella genética, se
compara la longitud de secciones altamente variables de ADN repetitivo, como los
microsatélites, entre personas diferentes. Este método es frecuentemente muy fiable
para identificar a un criminal.144 Sin embargo, la identificación puede complicarse si la
escena está contaminada con ADN de personas diferentes.145 La técnica de la huella
genética fue desarrollada en 1984 por el genetista británico Sir Alec Jeffreys,146 y fue
utilizada por primera vez en medicina forense para condenar a Colin Pitchfork en los
asesinatos de Narborough (UK) en 1983 y 1986.147 Se puede requerir a las personas
acusadas de ciertos tipos de crímenes que proporcionen una muestra de ADN para
introducirlos en una base de datos. Esto ha facilitado la labor de los investigadores en la
resolución de casos antiguos, donde sólo se obtuvo una muestra de ADN de la escena
del crimen, en algunos casos permitiendo exonerar a un convicto. La huella genética
también puede utilizarse para identificar víctimas de accidentes en masa,148 o para
realizar pruebas de consanguinidad.149
Bioinformática
Nanotecnología de ADN
Historia y antropología
A lo largo del tiempo, el ADN almacena mutaciones que se heredan y, por tanto,
contiene información histórica, de manera que comparando secuencias de ADN, los
genetistas pueden inferir la historia evolutiva de los organismos, su filogenia.156 La
investigación filogenética es una herramienta fundamental en biología evolutiva. Si se
comparan las secuencias de ADN dentro de una especie, los genetistas de poblaciones
pueden conocer la historia de poblaciones particulares. Esto se puede utilizar en una
amplia variedad de estudios, desde ecología hasta antropología, como ilustra el análisis
de ADN llevado a cabo para identificar las Diez Tribus Perdidas de Israel.157 158 Por otro
lado, el ADN también se utiliza para estudiar relaciones familiares recientes.