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Prdisposition Gntique au Paludisme: Contrle gntique de linfection,des formes simples et des formes graves De lapproche gne candidat au clonage positionnel
Prdisposition Gntique au Paludisme: Diffrences de Squence dADN expliquant des Diffrences de Rsistance Individu Rsistant
Met A T G Val G T C Ser T C A Leu C T G Gln C A A Pro C G G Cys T G T
Individu Sensible
A Met T G G Val T C T Ser C A C Leu T G
Gne X
T*
A A C G G T G T
Change qualitativement/quantitativement Lexpression du gne =>Modifie la squence protique =>Modifie la quantit de la protine
3. Clonage positionnel
Outils molculaires et concepts Analyses de liaison gntique/gnome humain Analyses de liaison gntique/gnome de la souris Identication des gnes et gnomique fonctionnelle
Parasitmie
Phenotypes 3 Anmie svre Neuropaludisme Dtresse respiratoire -prsence/absence -risque
Parasitmie
Moyenne ou Maximale
Parasitmie Accs
400 enfants
Infections asymptomatiques
200
Accs palustre
100
Paludisme svre 1
Hte
- Age
Devenir de linfection
Vecteur
Exposition - Dose inoculum - Rsistance aux insecticides
-
Facteurs socioconomiques
- Stabilit
Aggrgation familiale des formes svres (Ranque 2005), des formes simples (Traor 1999), des hauts niveaux dinfection (Abel 1992), des taux danticorps (Aucan 2001) Etude de jumeaux monozygotes vs dizygotes: formes simples (Jepson 1995), des taux danticorps (Sjoberg 1992) Etude de populations sympatriques: formes simples (Modiano 1996), des hauts niveaux dinfection (Modiano 1996), des taux danticorps (Modiano 1998)
Maladie/un gne majeur Maladie oligognique/qq gnes Maladie multifactorielle Maladie polygnique/ De nombreux gnes Environnement/ 0 gne
De nombreuses inconnues:
Nombre de gnes et dallles impliqus Impact de chacun des gnes et allles (hritabilit) Mode hrditaire Frquences des allles morbides Localisation sur le gnome Identit des gnes et allles
Prdisposition Gntique au Paludisme: Etude de populations humaines Objectif: Identier, chez lhomme, des Gnes et leurs Variants Impliqus dans le Contrle de la Rsistance au Paludisme
Contrle de la Parasitmie
phnotypes 1: parasitmie
400 enfants
200
3. Clonage positionnel
Outils molculaires et concepts Analyses de liaison gntique/gnome humain Analyses de liaison gntique/gnome de la souris Identication des gnes et gnomique fonctionnelle
La prsence de dciences frquentes au niveau de gnes du globule rouge (ie hmoglobinopathies) dans des zones dendmie palustre
Hmoglobines S et C=>gne de la -globine Thalassmies=> gnes des -globine et -globine
Approche Gne Candidat: un cas dcole Leffet Protecteur de lHmoglobine S contre le Paludisme Svre en Gambie
AA AA
AS
AS
Approche Gne Candidat: un cas dcole Leffet Protecteur de lHmoglobine S contre le Paludisme Svre en Gambie
AS
AS
Prdisposition Gntique au Paludisme Leffet protecteur des Hb S et C, en rsum Leffet est conrm par de nombreuses tudes Leffet est important (Odds ratio jusqu 0,07) LHb S et lHBC protgent contre le paludisme simple et svre MAIS leffet ne concerne quune petite fraction de la population qui prsente une rsistance au paludisme Globalement, leffet de lHb ne reprsenterait que 2% de lincidence des accs palustres simples
Immunit cellulaire
Anticorps bloquant linvasion
Prdisposition Gntique au Paludisme Phagocytose et ADCC (Antibody-Dependent Cellular Cytotoxicity), Mcanismes effecteurs anti-stades sanguins
FcRIIA
Mrozote
Neuropaludisme
IL6 IL1
T CD8
ICAM-1 CD36
Prdisposition Gntique au Paludisme: Approche Gne Candidat/Etudes Cas-Contrle Gnes associs au Paludisme Svre
type de molcules gnes localisation
16pter-p13.3 11p15.5 9q34 16q22.1 Xq28 17q21-q22 19p13.3-p13.2 7q11.2 17cen-q11.2 6p21.3 6p21.3 6p21.3 5q31.1-q33.1 5q31 2q14 21q22.1 6q23-q24 Xq26 1q21-q23
molcules rythrocytaires
NOS2 IL1A
molcules d'adhsion
molcules immunologiques
Case-control ASSOCIATION
Accs Palustre
Parasitmie
Biais possible dans les tudes cas-contrle d des fonds gntiques diffrent dans les populations cas et contrle
Diffrence de frquence alllique entre les deux populations au niveau de nombreux loci rpartis sur le gnome (rien voir avec la maladie tudi)
2 Allles
1 Enfant Atteint
-Comparaison des allles transmis par les parents htrozygotes lenfant atteint avec les allles non transmis (Spielman 1993) -Dveloppement de nouveaux tests TDT . Parents manquants . Marqueurs multiallliques . Plusieurs enfants par famille . Phnotypes quantitatifs . Analyse multipoint
Dmonstration directe du rle dun gne par ciblage gnique (KO) ou transgnse:
Ex: le gne X est-il impliqu dans la rsistance une maladie?
KO dun gne chez une souris R Transgnse du gne (provenant dune souris R) chez une souris S
3. Clonage positionnel
Outils molculaires et concepts Analyses de liaison gntique/gnome humain Analyses de liaison gntique/gnome de la souris Identication des gnes et gnomique fonctionnelle
Positional Cloning
Family studies Chromosome interval Genomic Candidate sequences genes
The Human Genome Project
Disease mutation
Met A T G Val G T C Ser T C A Leu C T G Gln C A A Pro C G G Cys T G T
T*
A A C G G T G T
Liaison gntique (Linkage): cosgrgation de deux ou plusieurs allles au cours des gnrations en raison de la proximit de leur locus sur le gnome/sur le mme chromosome.
Liaison gntique dun marqueur gntique avec un phnotype (trait qualitatif ou quantitatif): cosgrgation dallles du marqueur gntique avec (lallle de prdisposition ) la maladie au cours des gnrations (en raison de la proximit de leur locus sur le gnome/sur le mme chromosome).
Clonage positionnel Analyse de liaison gntique: Le Lodscore bas sur un Rapport de vraisemblance (Hypot liaison gntique vs Hypot non liaison gntique)
Clonage positionnel Analyse de liaison gntique: les outils molculaires Les marqueurs microsatellites: allles identis par leur taille rpartis sur lensemble du gnome
Les SNPs: -substitution/dltion-insertion dune seule bp -de nombreuses techniques pour les typer/identier -rpartis sur lensemble du gnome
Clonage positionnel Analyse de liaison gntique: les outils molculaires Les marqueurs microsatellites: allles identis par leur taille/ nb de rptitions de tetra, tri ou dinuclotides: ex= (CA)n rpartis sur lensemble du gnome: carte 1996 du gnthon 5264 microsatellites
Clonage positionnel Analyse de liaison gntique: les SNPs Les SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms): -substitution/dltion-insertion dune seule bp TTGTCCC allle -590C/ promoteurIL4 TTGTTCC allle -590T/ promoteurIL4 -de nombreuses techniques pour les typer/identier (RFLP, SSCP, DHPLC, squenage) -rpartis sur lensemble du gnome: 1re carte publie en 2001: 1.42 millions SNPs sur le gnome humain
Clonage positionnel Analyse de liaison gntique: les SNPs Typage par PCR-RFLP
Prdisposition Gntique au Paludisme:Analyse de liaison gntique Deux rgions chromosomiques contenant des gnes de prdisposition
OMIM Online Mendelian Inhritance in Man MIM248310 PLASMODIUM FALCIPARUM BLOOD INFECTION LEVELS, PFBI
Gene map locus 5q31-q33 Rihet et al. (1998) provided evidence for linkage of the level of blood infection with Plasmodium falciparum and the chromosome region 5q31-q33, which contains numerous candidate genes encoding immunologic molecules. They performed a sib-pair linkage analysis on 153 sibs from 34 families. The results, obtained by means of a 2-point Haseman-Elston method and a nonparametric approach, showed linkage of parasitemia to D5S393 (P = 0.002) and D5S658 (P = 0.0004). Multipoint analyses confirmed linkage, with a peak close to D5S658. The heritability of the locus was 0.48, according to the 2-point results, and 0.43, according to the multipoint results; this indicated that its variation accounted for approximately 45% of the variance of blood infection levels and that the locus plays a central role in the control of parasitemia. Garcia et al. (1998) and Flori et al. (2003) also found association between P. falciparum blood infection levels and 5q31-q33. Hernandez-Valladares et al. (2004) used an F(11) advance intercross line in a population of mice infected with Plasmodium chabaudi to identify mouse quantitative trait loci (QTLs) for control of parasitemia on mouse chromosomes 11 and 18, which carry regions homologous to human 5q31q33. They identified a novel QTL for parasitemia control on mouse chromosome 11, linked to marker D11Mit242, and involved in the clearance stages of the parasites from the bloodstream.
Prdisposition Gntique au Paludisme:Analyse de liaison gntique Deux rgions chromosomiques contenant des gnes de prdisposition
OMIM Online Mendelian Inhritance in Man MIM609148 MALARIA, MILD, SUSCEPTIBILITY, MALS
Gene map locus 6p21.3 Tumor necrosis factor-alpha (TNF; 191160) is thought to be a critical mediator of malaria fever, and mild malaria was previously reported to be linked to the MHC region containing the TNF gene (Jepson et al., 1997). Flori et al. (2003) analyzed 34 families from Burkina Faso to test for linkage between polymorphisms within the MHC region and mild malaria. Twopoint analysis indicated linkage of mild malaria to TNFd (lod = 3.27), a highly polymorphic marker in the MHC region. Multipoint analysis also indicated evidence for linkage of mild malaria to the MHC region, with a peak close to TNF (lod = 3.86). The authors proposed that genetic variation within TNF may influence susceptibility to mild malaria, but TNF alleles associated with resistance to severe malaria, including the TNF-308 (191160.0004) polymorphism, are unlikely to explain linkage of mild malaria to the MHC region.
5q
cM
3
Markers
D5S642 D5S2117 D5S393, D5S399 D5S658 D5S436 D5S2090 D5S636 D5S2012 D5S487
q31.1 q31.2 q31.3 q32 q33.1 q33.2 q33.3 q34 q35.1 q35.2 q35.3
IL12B
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
D5S642
D5S2117
D5S393
D5S399 D5S658
p=0.0008
Chromosome 5q31-33
D5S436 D5S2090 D5S636 D5S2012
23 24
D5S487
cM
9 25 26 <0.05 (ND) -
Rihet et al., Am J Hum Genet, 1998, 63(2):498 Garcia et al, Am J Trop Med Hyg, 1998, 58(6):705 Flori et al Genes Immunity, 4, 265
Prdisposition Gntique au Paludisme:Analyse de liaison gntique Le chromosome 5q31-q33 est li dautres maladies
IGES (IMMUNOGLOBULIN E CONCENTRATION)
Marsh et al. (1994), Meyers et al. (1994)
IFN-
IRF1
Th1
IL-12
CPA
Th0
IFN-
IL-4
IL-10
IL-4
Th2
CPA
IL-5
cytophilic IgG
IL-2
IL-4
IL-6 IL-10
LB
IgG4 B Lymphocytes
Prdisposition Gntique au Paludisme et chromosome 5q31-q33 :Hypothse Gnes contrlant la rponse immunitaire protectrice et la parasitmie
Balance Th1/Th2
Chr 6
Classe II
6p21.3
CMH
Classe III
TNF
Classe I
Une tude Familiale Longitudinale au Bukina faso: Chromosome 6p21-p23 et Accs Palustre Simple
Phnotypes: -Accs: oui/non -Risque daccs (effet de lge inclus) -Parasitmie maximale (effet de lge inclus)
Parasitmie
Temps (2 ans)
Analyse de Liaison Gntique entre le Chromosome 6p21-p23 et le Risque dAccs Palustre Flori et al (2003), Hum Mol Genet,12(4): 375
4,5 4 3,5 3 2,5
TNF
Lod score
2 1,5 1 0,5 0
MHC class I
A CB
MHC Class II
DR DQ DP
1cM
1 cM
D6S276
D6S291
3 2,5
TNF
Lod score
2 1,5 1
cMH classe I CMH classe II
DRDQ DP
1 cM
0,5
A CB
0
D6S276 TNFb TNF-308, -244, -238 TNFd D6S291
Carte gntique
Recherche systmatique des mutations prsentes dans le gne TNF dans la population dtude
Analyse de 16 fragments du gne TNF (3,6Kb). Recherche des mutations dans le promoteur, les exons et les introns par DHPLC (Denaturing High Performance Chromatography) et Squenage. Test dassociation entre les mutations dont la frquence est suprieure 0,01 et la parasitmie maximale et le risque daccs palustre.
Promoteur
267
610ins
732ins
1304
2053
-863, -857
-1031
-376*
100pb
2395
851
Promoteur
-1031
238 -163
851
-308
1304
267
610ins
732ins
2053
-863, -857
-376*
-244, -
100pb
2395
SNPs du TNF associs avec les accs palustres simples et/ou svres SNPs du TNF associs au paludisme svre
Promoteur
-1031
238 -163
851
-308
1304
267
610ins
732ins
2053
-863, -857
-376*
-244, -
100pb
2395
Injection dAc anti-TNF inhibe la vre chez des sujets infects par P.falciparum
le TNF est impliqu
Chromosome 5
De nombreuses similitudes sur les plans gnomiques, physiologiques et physiopathologiques entre lhomme et la souris Squence complte des deux gnomes Conservation de la syntnie De nombreuses lignes consanguines disponibles avec des phnotypes contrasts Des croisements entre 2 lignes consanguines ayant des phnotypes diffrents Dmonstration directe du rle dun gne par KO ou transgense
Human chromosome 6
Chromosomes 1 4 8 9 10 13 17
Human chromosome 6
Rgions chromosomiques Homme et Souris lies au Paludisme: ET LA REGION MURINE CORRESPONDANT AU CHROMOSOME 5q31-q33?
Hernandez-Valladares M, Rihet P, ole-MoiYoi OK, Iraqi FA. Mapping of a new quantitative trait locus for resistance to malaria in mice by a comparative mapping approach with human Chromosome 5q31-q33. Immunogenetics. 2004 May;56(2):115-7.
Human chromosome 5
10 cM
1 11 13 5q31-q33 region
linked to parasitemia Linked to P. chabaudi resistance
Hernandez et al, 2004
15 17 18
Les rgions lies la rsistance au paludisme chez lhomme et chez la souris contiennent des gnes orthologues.
Homme 6p21-p23 5q31-q33 Souris chr17 chr 11
=>Le modle souris peut faciliter la cartographie puis lidentication du gne de prdisposition. Le rle du gne est dmontr in vivo chez la souris.A SUIVRE pour les chromosomes 5q31-q33 et 6p21-p23
Existence de diffrences gntiques entre les individus expliquant les diffrences de rsistance au paludisme (corrlation phnotype-gnotype chez lhomme et la souris) =>HYPOTHSE: certains polymorphismes affectent lexpression des gnes =>Gnes sur (ou sous) exprims chez les individus sensibles. Do lintrt dtudes de transcriptome
Etude du contrle gntique des phnotypes de rsistance au paludisme chez lhomme Cartographie gntique chez la souris
5q31-q33 6p21-p23
Localisation fine des rgions chromosomiques impliques (1-5cM) Analyse du transcriptome chez la souris et lhomme
Etude de polymorphismes de gnes candidats
TNF
Etudes fonctionnelles
Souris KO
De nombreuses tudes chez la souris, modle du contrle de la parasitmie et modle du neuropaludisme=>de nombreux loci, et quelques gnes identis (Pklr, Vnn1 ou Vnn3, Tnf) Chez lhomme, 2 loci conrms ce jour (chromosomes 5q31-q33 et 6p21.3) contrlant la parasitmie ou les accs palustres simples et correspondant des loci identis chez la souris
Dautres loci/gnes identier par criblage de lensemble du gnome humain: plusieurs nouveaux locus sur les chromosomes 5p15, 10p15, 12q21, 13q13
12
Approches gne candidat et clonage positionnel complmentaires Plusieurs gnes dont les polymorphismes sont associs au paludisme sont des gnes codant pour des molcules de cytoadhrence et/ou du systme immunitaire=>gnes impliqus directement dans un mcanisme effecteur ou dans sa rgulation Les polymorphismes au niveau de ces gnes expliquent en partie les diffrences de rsistance/susceptibilit au paludisme
HLA-B
IFN
IL-18
TNF Monocytes
IRF1
IL-12
+
CPA
Neutrophiles Eosinophiles
Th0
IFN
IL-4
IL-10
HLA-DR
IL-3 GM-CSF
_ _
Th2
IL-4
rythrocyte parasit
IL-5
IL-4 IL-6 IL-5 IL-10 IL-13 IL-9
+
LB FcgRIIA
IL-4
Neuropaludisme
IL6 IL1
T CD8
ICAM-1 CD36
Daprs Grau et al