Dicom

Departamento de Engenharia Informtica
A Norma DICOM
Paulo de Carvalho, Jorge Henriques {carvalho, jh}@dei.uc.pt Universidade de Coimbra
Informtica Mdica - DEI Univ. de Coimbra
DICOM
! Bibliografia
Bas Revet, DICOM Cook Book for Implementation in Modalities: Chapter 1 and 2, Philips Medical Systems, 1997. Norma: ftp://medical.nema.org/medical/Dicom/ (recomenda-se que o seu uso seja s para consultas pontuais, j que esta composta por vrios milhares de pginas)
DICOM
! Modelo
OSI Upper Layer Service: independncia de suporte especfico de comunicao fsica (existem extenses para TCP/IP) DICOM File Service: acesso a arquivos independentemente dos formatos fsicos e estrutura de ficheiros.
Processamento Distribudo: Modelo

! Para poder haver cooperao:
Domnio de Aplicao:
Qual o papel dos intervenientes Servidor (Service Provider) Cliente (Service User) Viso equivalente dos dados Semntica Informao depende do contexto do servio distribudo As operaes (servios) implementadas Armazenamento, processamento, etc.
Relao: Servio+Dados+Papel
Domnio da Comunicao

Interface Lgica Protocolo Representao de Dados (Integer, Float, etc.) Sintaxe de Transferncia (Little/Big Endian; Construo da Stream)
DICOM: Modelo
! RelaoClasse de Servio (Service
Classe)
Estabelece o papel (role)

SCU SCP
Servios (Service Elements-operaes) Informao (IOD-Dados) SE+IOD = SOP Cada classe de servio pode conter SOPs distintas (ex: guardar diferentes tipos de imagem; sendo os servios realizados custa de grupos de servio, ex.,C-STORE)
Ateno: Servio e Dados so designados por classe

Informtica Mdica - DEI Univ. de Coimbra 5
DICOM: A Norma
DICOM: IOD (Part 3 da Norma)

! IOD Information Object Definition A informao de uma classe SOP

Modelo Abstracto de Dados para veicular informao de objectos reais. Permitem s Aplicaes DICOM (AE) terem a mesma vista dos dados. Exemplo: Um doente, uma imagem, um ECG, etc. Agrupamentos genricos utilizveis em diversas IE
! Information Entity (IE): Agrupam dados de um objecto real.
! Information Object Modules (IOM): agrupam dados relacionados.
! Atributos: Dados elementares.

! Tipos de IODs:

Normalizada composta somente por uma IE Composta composta por duas ou mais IEs. A relao entre as IEs depende do Modelo de Informao.

! Modelo de uma IOD composta

! Exemplo (IOD Composta):
IOM
10
DICOM: IOD&IOM
! Exemplo Real (Extrado da norma de 2003):
IOD Parte 3 IOM Parte 3
11
DICOM: IOM
! Como definido cada Atributo ?
IOM Parte 3
Attribute Name (legvel Humanos) Attribute Description (Semntica) Attribute TAG (legvel Sis. Inf.) Value Representation (Sintaxe) Value Multiplicity Type Classification
12
DICOM: Atributos
! Attribute TAG
Identificador nico composto por

<Grupo nmero>.<Elemento Nmero>
Permite determinar univocamente a representao (sintaxe) do atributo e a sua multiplicidade usando o Dicionrio de Dados.
IOM Parte 3
Dicionrio de Dados Parte 6
Grupo Patient
13
DICOM: Atributos
! Value Representation and Multiplicity
VM nmero mximo de ocorrncias no IOM VR Tipo de Representao (sintaxe)
Estruturas de Dados&Codificao Parte 5
Dicionrio de Dados Parte 6
14
DICOM: Atributos
IOM Parte 3
! Type Classification (Parte 5 da Norma)
Tipo 1: Atributo Obrigatrio. Tipo 1C: IODs e SOP definem Atributos que devem ser includos em determinadas condies. Nessas condies so obrigatrios. Na ausncia dessas condies no podem ser includos. Tipo 2: So valores obrigatrios. Contudo quando o valor desconhecido permitido que este seja codificado com 0bytes (ver streaming). Tipo 2C: IODs e SOP definem Atributos que devem ser includos em determinadas condies. Nessas condies nestas condies estes atributos funcionam como os do tipo 2. Na ausncia dessas condies no podem ser includos. Tipo 3: Opcionais.
15
DICOM: Consulta
IOD
16
DICOM: Consulta
17
DICOM: Consulta
18
DICOM: Data Set

! Representao independente do H/W
e do Sistema Operativo.
Data Set Sintaxe de Transferncia

DICOM: Data Set

! Representao independente do H/W
e do Sistema Operativo.
Data Set Sintaxe de Transferncia

DICOM: Data Set

! Data Set - Organizao ! Para cada Atributo:
TAG par ordenado de16 bits Unsigned Int

<Grupo><Elemento> <Grupo> o MSW
VR 16 bits char
2 caracteres do conjunto por omisso
do DICOM
Value Length Unsigned Int

Nmero de bytes do Value Field 16/32 bits VR explcito/VR implcito
Value field nmero par de bytes

Contm o valor propriamente dito Se VM>1 ento os vrios valores so
delimitados se forem cadeias de caracteres. Entre cada cadeia 5Ch \.
21
DICOM: Data Set
22
DICOM: Sintaxe de Transferncia

! Sintaxe de Transferncia estabelece

VR Byte Ordering
Big Endian Little Endian
Codificaes especficas para pixels, ondas e overlays (Ver captulo 5 da norma)

Na norma 2003 definida a codificao em formatos RLE, JPEG, JPEG-LS e JPEG2000
! Cada sintaxe de transferncia dispe de um identificador nico (UID). ! A sintaxe de transferncia por omisso do DICOM : Implicit VR Little
Endian Transfer Syntax. UID=1.2.840.10008.1.2
23
DICOM: Sintaxe de Transferncia

! Para que dois processos DICOM possam comunicar necessrio que durante a
fase de associao as sintaxes de transferncia sejam negociadas.
24
DICOM: Representao da Informao
25
DICOM: Classes de Servio

! Cada Classe de Servio define:

Os Os Os Os
Papeis servios [e modelos] IODs envolvidos em sub-servios (SOPs) grupos de servio envolvidos (DIMSE)
26
DICOM: Servios
! Tipos de Classes de Servio (Captulo 4 da Norma) classe de operaes
realizveis sobre os IOD

Verification Storage Query/Retrieve Study Content Notification Patient Management Study Management Results Management Print Management Media Storage Storage Commitment Basic Worklist Management Queue Management Grayscale Softcopy Presentation State Storage Structured Reporting Storage
27
DICOM: Classe de Servio - Exemplo

! Patient Management
Modelo Funcional
28
DICOM: Classe de Servio - Exemplo

! Patient Management
Modelo Funcional
Modelo da Informao (IODs envolvidas)
29
DICOM: Classe de Servio

! Patient Management Aces Possveis:

Get Patient Information Notfications

Receive Patient Event Notification Provide Patient Event Notification
30
DICOM: SOP
! Modelo Geral
IODs
X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X
STORE
Uma dada aco sobre um IOD definida pelo classe SOP SOP=Dados+Aco
Servios
DICOM: SOP
! As classes SOP so identificadas
recorrendo a UIDs.
! Instncias das SOPs so identificadas

recorrendo a UIDs (as cpias tm o mesmo UID de instncia)
Gartantido pelo PACS e pelo RIS
32
DICOM: Classes de Servio

! Implementao dos Servios recorre a
servios DIMSE.
DICOM Application Entity
Service Classes
Association Negotiation
- Study Mgt - Patient Image Mgt - Results Mgt - Storage - Print - Query/Retrieve
Part 4
! Exemplo
Patient Management:
Receive Patient Event Notification Implementado custa de uma
Information Objects
Normalized - Patient - Study - Visit Composite - CT image - MR image - CR image
Part 3
mensagem N-EVENT-REPORT
DICOM Message Service Element (DIMSE)

(DIMSE-C and DIMSE-N Operations and Notifications)
Part 7
Upper Layer Association Services (1)
Upper Layer Presentation Data Service

(see figure 6.1-1)
(1) This figure expands upon figure 6.1-1 by showing that the Association Services specified in Part 8 are formally part of the Application Entity.
Part 8 and Part 9
33
DICOM: DIMSE
! Tipos de grupos de servio:

C-XXXX aplicveis a IOD compostas N-XXXX aplicveis Normalizadas
Verificao de Ligao
Leitura/Alterao de Informao
Criao/Eliminao de uma Instncia de uma SOP
34
DICOM: Mensagens
! Formato das Mensagens (Captulo 7)
35
DICOM: Mensagens
! Formato das Mensagens DIMSE
(Captulo 7 da Norma)
! Cada comando veicula um conjunto
de elementos que compem o Command Set para alm da instncia do SOP.
! Cada um desses elementos

composto:

TAG identificador nico Length Unsigned Integer32 bits Value Parmetro propriamente dito.
36
DICOM: Comunicao
! Para o modelo TCP/IP captulo 8

da norma
37
DICOM: Comunicao
! Classe de Servio Storage ! Objectivo: Transferncia simples de objectos entre AE DICOM

SCU e SCP suportam os IODs envolvidos Informao armazenada no meio Informao fica disponvel durante um certo tempo
! Papis:

MAGN ETOM
1 SCU 1 SCP
! Implementado custa de C-Store
38
DICOM: Comunicao
! Classe de Servio Storage Protocolo

SCU invoca C-Store-RQ 1 Constroi msg C-Store-RQ com o IOD 2 Envia para Preentation Layer usando
msg P-Data ...
Recebe uma C-Store-Conf
SCP Recebe C-Store-RQ (armazena IOD) e responde com C-Store-RSP Recebe uma C-Store-Ind 1 Constroi msg C-Store-RSP 2 Envia para Preentation Layer usando msg P-Data
39
DICOM: Comunicao
! Classe de Servio Storage Protocolo

SCU invoca C-Store-RQ 1 Constroi msg C-Store-RQ com o IOD 2 Envia para Preentation Layer usando msg P-Data
...
Recebe uma C-Store-Conf
SCP Recebe C-Store-RQ (armazena IOD) e responde com C-Store-RSP Recebe uma C-Store-Ind 1 Constroi msg C-Store-RSP 2 Envia para Preentation Layer usando msg P-Data
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DICOM: Associao
! Primeiro iniciar uma ligao
! Acordar:

Quais as SOPs que vo ser aplicadas Papeis Sintaxe de Transferncia Parmetros de comunicao
Maximum Package Size Nmero de associaes simultneas
41
DICOM: SOP de Imagem
! Nvel Paciente:

Identificao Dados Demogrficos Actividade central Identificao Tipo de modalidade Data/hora Detalhes do tipo de exame Detalhes do equipamento (parmetros)
! Nvel do Estudo:

! Srie

42

! Nvel da Imagem

Informao da posio Informao relacionada com os parmetros de aquisio Dados relativos organizao Dados da imagem
! Modelo Completo:
Cada bloco Representa uma IE
43

! Srie:
Organizao de imagens:
Relao temporal (ex:angiografia) Relao espacial (ex: CT)
Neste caso poder conter uma imagem de referncia Quando so aplicados algoritmos distintos de reconstruo, os resultados so guardados em sries distintas. Relativas a um rgo (ex: vrias vistas do intestino)
44
45

! Identificadores
Identificador do Paciente
RIS ou HIS
Identificador da SOP Instance

RIS ou HIS
Identificador do Study
RIS ou HIS fundamental que seja nico no RIS
Identificador da Srie
Primeira informao gerada pela
modalidade. Pode ser usado para estabelecer uma ordem nas sries de imagens
Identificador da Imagem
Igual ao UID da SOP
46

! Representao dos dados de imagem ! Organizao Espacial

EsquerdaDireita Cima Baixo
! Representao de cada pixel
Codificao
Complementos de 2 Pixel Representation Data Element (0028,0103)
Nmero de Elementos por pixel

Podem ser vrios (canais de cor, planos, etc.) Definido pelo Pixel Sample Value
Organizao de cada valor

Bits Alocated (0028,0100) Bits Stored (0028,0101) High Bit (0028,102)
47

! Representao dos dados de
imagem ! Sintaxe de Transferncia

OW (Other Word String) Packed
48

! Exemplo (retirado do captulo 5 da norma):
49

! Representao em memria e byte stream
50
DICOM: SOP De Imagem

! Organizao dos dados:
Outras organizaes para imagens com compresso so definidas no captulo 5 da norma. Existem organizaes especficas para (Cap. 5):
RLE JPEG JPEG lossless JPEG-LS JPEG2000
51
DICOM: Arquivo
! Modelo
Physical Media Layer: dimenses, propriedades fsicas e mecnicas, propriedades de gravao, etc. (CDR,etc.) Media Format Layer: organizao das bit streams em estruturas especficas; estruturas de directorias etc. DICOM Data Format Layer
DICOM Media Storage SOP e IODs
relacionados Formato de ficheiro DICOM Formato de ficheiro seguro DICOM DICOM Media Storage Directory SOP e IODs DICOM Media Storage Application Profiles DICOM Security Profiles
52
DICOM: Ficheiros
! Media Storage Service Classe
Media Storage Roles

FSR File Set Read FSU File Set Update FSC File Set Creator
Media Storage Services

M-READ M-WRITE M-DELETE M-INQUIRE FILE SET M-INQUIRE-FILE

Media Storage SOPs
53
DICOM: File Services

! FILE-ID:

Identificador do ficheiro que ter que ser nico no File-Set. ID composto por 1 a 8 caracteres do seguinte conjunto: {A-Z,1-0,_} O ID DICOMDIR um nome reservado para um ficheiro que descreve o File-Set A organizao pode ser como no DOS (directorias, sub-directorias). A path como no DOS: SUBDIR1\SUBDIR2\IMDICOM O FileID de um dado ficheiro composto pela Path completa. Um FILE-SET corresponde a um conjunto de ficheiros que partilham um espao de nomes no qual cada ID de ficheiro nico. Cada FILE-SET dispe de um ficheiro DICOMDIR.
! FILE-SETS:
! Servios
54
DICOM: Ficheiros
! Formato de Ficheiro ! Ficheiro

1 Header DICOM (FMI) 1 Instncia de SOP
! Sintaxe de Transferncia do Header

nica (tem que ser sempre legvel) O FMI deve ser transferido com Explicit VR Little Endian Transfer Syntax; UID=1.2.840.10008.1.2.1 (excepo os dois primeiros campos do Header) Em verses anteriores da norma era aplicado a Implicit VR Little Endian Transfer Syntax O data set transferido com a sintaxe definida no Header (UID)
55
DICOM: Ficheiros
! Header ! Preambulo

! Prefixo:

128 bytes para informao especfica de implementao. No tem TAG No tem value length Caso no seja usado: 00h 4 bytes No tem TAG No tem value length DICM serve para reconhecer de que se trata de um ficheiro DICOM
! Nmero de bytes do File Meta Information

! File Meta Information Version

4 bytes Nmero de bytes no Meta File Information (permite estabelecer o nmero de bytes de informao privada no final do FMI). Offset para o incio do Data Set.
2bytes Indica a verso do header (compatibilidade com o Standard) Identificao do standard de 2003: bit 0 do 2 byte = 1
56
DICOM: Ficheiros
! Header ! Media Storage SOP UID
Identifica a classe SOP no Data Set Identifica a instncia no data set Identifica a sintaxe de transferncia no data set Identificao da implementao que escreveu o ficheiro. Para efeitos de debugging. A verso da API usada para escrever o ficheiro
! Media Storage Instance UID
! Transfer Sintaxe UID
! Implementation Class UID
! Implementation Version Name
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DICOM: Ficheiros
! Header ! Source Application Entity Title
Identifica a aplicao que escreveu o ficheiro Identifica quem colocou informao privada no ficheiro A informao privada
! Private Information Creator UID
! Private Information
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DICOM: Ficheiros Exemplo

! Exemplo do Header (FMI-File Meta Information) de um ficheiro para
Medicina Nuclear em que a SOP transferida com sintaxe Explicit VR BIG Endian Transfer Syntax.
! Nota: Na norma 2003 (e posterior) a FMI transferida recorrendo
sintaxe Explicit VR Little Endian. Em normas anteriores, a sintaxe de transferncia era Implicit VR Little Endian.
! Neste exemplo, por uma questo de simplificao, considera-se que se

aplica a sintaxe Implicit VR Little Endian.
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DICOM: Ficheiros Exemplo FMI

char pream[128]; FILE fich; for (int i=0;i<128;i++) preamb[i]=0; fwrite(preamb, 128*sizeof(char), 1, fich); char prefix[4]; prefix[0]=D; prefix[1]=I; prefix[2]=C; prefix[3]=M; fwrite(prefix,4, 1, fich); 4 bytes VR implcito
Notas: Implicit VR Little Endian Transfer Syntax Assume-se que os campos opcionais no esto presentes116 bytes para Data Set
unsigned int tagGN=0x0200, tagEN=0x0000; unsigned long int valLen=0x02000000;//valor = 2 em 4 bytes fwrite(&tagGN, sizeof(tagGN), 1, fich); fwrite(&tagEN, sizeof(tagEN), 1, fich); fwrite(&valLen, sizeof(valLen), 1, fich); unsigned int val_ui=0x7400;//116 bytes fwrite(&val_ui, sizeof(val_ui), 1, fich);
60
unsigned int tagGN=0x0200, tagEN=0x0100; unsigned long int valLen=0x02000000;//valor = 2 em 4 bytes fwrite(&tagGN, sizeof(tagGN), 1, fich); fwrite(&tagEN, sizeof(tagEN), 1, fich); fwrite(&valLen, sizeof(valLen), 1, fich); unsigned int val_ui=0x0100; fwrite(&val_ui, sizeof(val_ui), 1, fich);
61
26 caracteres=0x1A
unsigned int tagGN=0x0200, tagEN=0x0300; fwrite(&tagGN, sizeof(tagGN), 1, fich); fwrite(&tagEN, sizeof(tagEN), 1, fich); char *valueCH=geraUID(); unsigned long int val_ui=strlen(valueCH);//26 bytes fwrite(&val_ui, sizeof(val_ui), 1, fich); fwrite(valueCH, strlen(valueCH), 1, fich);
unsigned int tagGN=0x0200, tagEN=0x0200; fwrite(&tagGN, sizeof(tagGN), 1, fich); fwrite(&tagEN, sizeof(tagEN), 1, fich); unsigned long int val_ui=0x1A00;//26 bytes fwrite(&val_ui, sizeof(val_ui), 1, fich); char *valueCH=1.2.840.10008.5.1.4.1.1.20; fwrite(valueCH, strlen(valueCH), 1, fich);
62
! Sintaxe de Transferncia: UID=1.2.840.10008.1.2.2 (Explicit VR BIG Endian Transfer

Syntax)
! Implementation Class UID: gerar um identificador que identifique a API. Exemplo:

12345678 como sinnimo de DICOM-IM-DEI
! No so introduzidos os campos opcionais. ! A partir daqui ser o Data Set.
63
DICOM: DICOMDIR
! DICOMDIR

Identifica um File-Set; cada File-Set tem que dispor de uma DICOMDIR uma directoria que facilita o acesso informao pelo recurso a informao mdica chave.
64
DICOM: DICOMDIR
! Elementos Principais
Directory Entity (DE)

Agrupamento lgico de DRs
Directory Record (DR) Selection Keys (SK)

Chaves de Informao Mdica
! Directory Records
Referncia a uma Entitiy record de
nvel inferior. Selection Keys Referncia a um ficheiro do File-Set (FileID) Um mecanismo que permita realizar a ligao das DR
65
DICOM:DICOMDIR
! Regras para a construo de DICOMDIR:
Cada DE de Nvel inferior ser referenciada por, no mximo, uma DR de nvel superior. (Hierarquia) Cada DR tem que pertencer a uma DE. (Hierarquia) Todos os ficheiros referenciados por DR pertencem ao mesmo File-Set. Se o DICOMDIR dispuser de um Directory Information Module, todos os ficheiros do File-Set tm que ser referenciados por um DR. Cada ficheiro do File-Set deve ser referenciado por, no mximo, uma DR.
66
DICOM:DICOMDIR
! Exemplo:
67
DICOM:DICOMDIR
! Relao entre DRs
68
DICOM:DICOMDIR
! Estrutura Base
69
DICOM:DICOMDIR
70
DICOM:DICOMDIR
! Directory Record
Informao de gesto da lista

DICOM:DICOMDIR
Identificao de tipo
Informao do Ficheiro
DICOM:DICOMDIR
Informao do Ficheiro
73
DICOM: DICOMDIR
! Exemplo:
Ficheiro Next DR Next DE

DICOM: DICOMDIR
75

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Processamento Distribudo: Modelo

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Estabelece o papel (role)

Ateno: Servio e Dados so designados por classe

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DICOM: IOD (Part 3 da Norma)

! Information Entity (IE): Agrupam dados de um objecto real.

! Information Object Modules (IOM): agrupam dados relacionados.

! Atributos: Dados elementares.

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DICOM: IOD (Part 3 da Norma)

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DICOM: IOD (Part 3 da Norma)

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Identificador nico composto por

Dicionrio de Dados Parte 6

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VM nmero mximo de ocorrncias no IOM VR Tipo de Representao (sintaxe)

Estruturas de Dados&Codificao Parte 5

Dicionrio de Dados Parte 6

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! Type Classification (Parte 5 da Norma)

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DICOM: Data Set

Data Set Sintaxe de Transferncia

DICOM: Data Set

Data Set Sintaxe de Transferncia

DICOM: Data Set

TAG par ordenado de16 bits Unsigned Int

Value Length Unsigned Int

Value field nmero par de bytes

delimitados se forem cadeias de caracteres. Entre cada cadeia 5Ch \.

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DICOM: Data Set

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DICOM: Sintaxe de Transferncia

Codificaes especficas para pixels, ondas e overlays (Ver captulo 5 da norma)

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DICOM: Sintaxe de Transferncia

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DICOM: Representao da Informao

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DICOM: Classes de Servio

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DICOM: Classe de Servio - Exemplo

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DICOM: Classe de Servio - Exemplo

Modelo da Informao (IODs envolvidas)

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DICOM: Classe de Servio

Get Patient Information Notfications

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