Manual de NTSYS y anlisis de taxonoma numrica

Jorge Nez Editado por Daniel Andrade

Matriz de datos y su conversin al formato NTSYS

Datos (Score) en Microsoft Excel

Grabar como Microsoft Excel 4.0 Worksheet

Colocar los parametros de la matriz Tipo de matriz

Colocar los parametros de la matriz

150 marcadores

Colocar los parametros de la matriz 128 entradas

Grabar y cerrar

Abrir el NTedit

Importar el archivo excel

Seleccionar y abrir

Matriz abierta

Guardar matriz

Grabar como archivo NTSYS

Nombrar el archivo y grabar

Anlisis de Similitud

Abrir el programa NTSYS

Ingresar a SimQual

Seleccionar la ventana similarity

Ingresar a SimQual

Ingresar el archivo de datos Click

Seleccionar el archivo y abrir

Seleccionar el ndice de similitud

Nombrar el archivo de salida Click

Nombrar el archivo y grabar

DICE archivo.NTS SM archivo.NTS JAC archivo.NTS

Operar

Click

Reporte

Anlisis de Agrupamiento

Ingresar a SAHN Seleccionar la ventana Clustering

Ingresar a SAHN

Ingresar el archivo de datos Click

Seleccionar el archivo y abrir

Nombrar el archivo de salida Click

Nombrar el archivo y grabar

UPGMA DICE archivo.NTS NJ DICE archivo.NTS

Seleccionar el mtodo de agrupamiento

Seleccione o no Find para obtener los resultados de los empates

Indique el nmero de resultados que desea obtener y operar Indique el Numero de resultados

Click

Reporte

Obtencin del Dendograma

Ingresar a Graphics

Seleccionar la ventana Grafics

Ingresar a Tree plot

Seleccin del archivo Click

Seleccionar el archivo y abrir

Operar

Click

Reporte

El Dendograma

Edicin del Dendograma

Abrir Plot Options...

Titles, labels y lines

OTUs por pagina (cont...)

OTUs por pagina (cont...)

128 Solanum phureja

150 alelos marcadores SSR

El eje x

703800 703812 703767 703278 701570 702287 705328 705812 705811 704208 705253 705314 706023 703508 705803 703545 705498 705438 705378 705299 703507 705269 705809 704060 701025 703587 706166 703596 703547 705262
0.86 1.00

0.43

0.58

0.72

Coefficient

128 Solanum phureja

150 alelos marcadores SSR

703800 703812 703767 703278 701570 702287 705328 705812 705811 704208 705253 705314 706023 703508 705803 703545 705498 705438 705378 705299 703507 705269 705809 704060 701025 703587 706166 703596 703547 705262
0.86 1.00

0.43

0.58

0.72

Coefficient

Anlisis Cofentico

Ingresar a Coph

Seleccionar la ventana Clustering

Ingresar a Coph

Ingresar el archivo obtenido en el analisis de agrupamiento Click

Seleccionar el archivo y abrir

Nombrar el archivo de salida Click

Nombrar el archivo y grabar

Coph UPGMA DICE archivo.NTS Coph NJ DICE archivo.NTS

Operar

Click

Reporte

Matriz cofentica

Correlacin entre dos matrices

Ingresar a MxComp

Seleccionar la ventana graphics

Ingresar a MxComp

Ingresar el primer archivo de la matriz de similitud Click

Seleccionar el archivo y Abrir

Ingresar el segundo archivo de la matriz de similitud Click

Seleccionar el archivo y Abrir

Operar

Click

Reporte

Level 0.9 r 0.8 r < 0.9

r = 0.87

Interpretation Muy buena Buena Pobre Muy pobre

0.7 r < 0.8 r < 0.7

Grfico de la correlacin

Gracias!