GENETIKA MIKROORGANIZAMA

Uvod u mikrobiologiju tla

znaajno podruje biologije znanost o nasljeivanju i varijabilnosti mikroorganizmi su zahvalni objekti za prouavanje naslijea istraivanje mikrobne genetike omoguilo je otkrivanje vrlo bitnih genetikih fenomena koji se nisu mogli istraivati na viestaninim organizmima s dugim generacijskim vremenom i stanicama vrlo diferenciranim prema funkcijama tkiva i organa

Uvod u mikrobiologiju tla

STRUKTURA MOLEKULE DNA

DNA molekula naslijea kod svih prokariota i eukariota molekule koje ulaze u sastav DNA: - eer deoksiriboza - fosfat - 4 razliite baze (purini: adenin (A) i gvanin (G) pirimidini: citozin (C) i timin (T) ) 1953. James Watson i Francis Crick predloili model trodimenzionalne strukture DNA koji je najbolje mogao objasniti sloenu bioloku strukturu ove makromolekule kao i mehanizam replikacije (1962. Nobelova nagrada)

Uvod u mikrobiologiju tla

1. bioloki aktivnu molekulu ine dva polinukleotidna lanca DNA 2. dva se lanca obavijaju oko sredinje osi inei 2-struku zavojnicu. Baze su smjetene s unutarnje strane zavojnice, a eeri i fosfati s vanjske 3. dva su lanca meusobno povezana vodikovim vezama i to specifino preko A jednog i T drugog lanca, te G jednog i C drugog lanca 4. dva lanca DNA su antiparalelna, to znai da su usmjerena u suprotnim pravcima s obzirom na 3`- 5` fosfodiestersku vezu
Uvod u mikrobiologiju tla

Okosnica eer fosfat smjetena je na periferiji dvostruke uzvojnice STRUKTURALNA ULOGA Pu i Py smjeteni u unutranjosti nose GENETIKU INFORMACIJU 4 vrste N baza: 2 Pu A i G 2 Py T i C
A se sparuje s T G se sparuje s C

Lanci su meusobno komplementarni

H veze izmeu parova baza dre 2 lanca na okupu

RNA se razlikuje od DNA: - eerna komponenta (riboza) - Py je uracil (U) - RNA je jednolanana molekula
Uvod u mikrobiologiju tla

REPLIKACIJA DNA
= proces tijekom kojeg od 1 roditeljske molekule DNA nastaju 2 jednake molekule. Pri tome oba lanca roditeljske molekule slue kao kalupi za sintezu novih,komplementarnih lanaca
Zbog obligatnog sparivanja A T, G C, 1953. godine Watson i Crick su sugerirali da pri replikaciji jedan komplementarni lanac DNA slui kao kalup drugom lancu. Da bi stanica nastavila ivot iz generacije u generaciju, tj. da bi se DNA prenosila mora imati sposobnost stvaranja vlastite kopije

Uvod u mikrobiologiju tla

Odmatanje i odvajanje dvostruke uzvojnice sinteza novih lanaca (struktura replikacijske ralje) Roditeljski lanci slue kao kalupi za tvorbu novih, komplementarnih lanaca semikonzervativna replikacija (svaka molekula kerka prima po 1 lanac od molekule majke) Reiji Okazaki razrijeio dilemu: oba lanca se sintetiziraju u smjeru 5 3 vodei lanac se sintetizira kontinuirano - tromi lanac se sintetizira u obliku fragmenata

Uvod u mikrobiologiju tla

Sloeni proces u kojem sudjeluju mnogi proteini meu kojima 3 vrste DNA-polimeraza, te DNA ligaza

Uvod u mikrobiologiju tla

TOK GENETIKE INFORMACIJE (centralna dogma)

- DNA sadri uputu za biosintezu proteina;

DNA

transkripcija

RNA

translacija

proteini

Uvod u mikrobiologiju tla

TRANSKRIPCIJA
= proces sinteze RNA koji se odvija prepisivanjem slijeda nukleotida jednog lanca DNA (koji slui kao kalup) u redoslijed komplementarnih nukleotida u RNA RNA se sintetizira pomou RNA polimeraze (holoenzim) - pomou uputa s DNA kalupa Nakon zavretka sinteze, molekula ove glasnike RNA (mRNA, od messenger) odvaja se od DNA kao jednolanana molekulakoja prenosi uputu za sintezu proteina Nakon transkripcije - DNA se vraa u ds formu 3 skupine RNA molekula prisutne u stanicama: mRNA, tRNA i rRNA (svaka ima kljunu ulogu u biosintezi proteina)

Uvod u mikrobiologiju tla

TRANSLACIJA
= prevoenje genetske upute sadrane u mRNA u redoslijed aminokiselina u rastuem polipeptidnom lancu nastaje specifian protein sudjeluju molekule tRNA (transfer RNA), specifine za svaku pojedinu aminokiselinu Sve tRNA, bez obzira na specifinost,odlikuju se jedinstvenom opom strukturom (lanac od 80-ak nukleotida, oblika djeteline) Kodon u mRNA (skupina od 3 baze, ifra za ak) raspoznaje antikodon u tRNA, a ne aminokiselinu koja je na nju vezana Kodon stvara parove baza s antikodonom

Uvod u mikrobiologiju tla

Sinteza proteina odvija se na ribosomima rRNA ini komponentu ribosoma Udruivanjem mRNA, tRNA i jednog dijela ribosomske podjedinice zapoinje sinteza proteina (tj., povezivanje ak peptidnim vezama) Sloeni proces zahtijeva koordiniranu suradnju vie od 100 makromolekula (mRNA, tRNA, enzimi za aktivaciju ak, proteinske faktore, ribosome)

Uvod u mikrobiologiju tla

OSOBITOSTI PROKARIOTSKIH I EUKARIOTSKIH ORGANIZAMA

S obzirom na nain organizacije stanice, genetiari klasificiraju ivue organizme u 2 glavne skupine: prokariote i eukariote. Virusi predstavljaju zasebnu skupinu, jer su organizacijski ispod razine organizacije prokariota (nemaju staninu organizaciju, sadre ss ili ds DNA ili isto tako ss ili ds RNA (nikad obje) upakiranu u proteinski omota.

Uvod u mikrobiologiju tla

Prokarioti
bakterije, cijanobakterije

jednostavne stanine organizacije sadre 1 kromosom kruna dvolanana DNA, koja je slobodna bez proteina i nije obavijena membranom (genetski materijal nije obavijen membranom pa zato prava jezgra ne postoji; obino smjetena u sredini stanice

Uvod u mikrobiologiju tla

 transkripcija i translacija

dogaaju se istovremeno stanice se umnaaju procesom koji se naziva stanina dioba; s obzirom na ishod stanina dioba slii mitozi, ali to nisu identini procesi

Uvod u mikrobiologiju tla

Eukarioti biljke i ivotinje sadre pravu jezgru okruenu membranom (vanjska i unutranja) imaju kompleksne organele jezgricu kromosomi sastavljeni od DNA i proteina dakle, DNA udruena s proteinima (histonima) omoguuje da DNA zauzme kompaktniju strukturu

Uvod u mikrobiologiju tla

 kromosomi su obavijeni jezgrinom membranom, posljedica toga je da su transkripcija i translacija prostorno i vremenski odvojene.

umnoavanje stanica mitozom (nespolni nain razmnaanja), te stvaranje spolnih haploidnih stanica (mejozom)

ekspresija gena je mnogo bogatija nego kod prokariota

Uvod u mikrobiologiju tla

VARIJABILNOST MIKROORGANIZAMA

Uvod u mikrobiologiju tla

VARIJABILNOST MIKROORGANIZAMA S obzirom na veliku varijabilnost mikroorganizama razvile su se i teorije : monomorfizma (Cohn, 1875. zastupa teoriju o stalnosti oblika i statinosti vrsta) pleomorfizma (Nageli, 1877. zastupa teoriju o promjenjivosti oblika i vrsta) polimorfizmu (Tanner, 1916) oblici i osobine mikroorganizama ovise o promjenjivim uvjetima sredine kojima se mikroorganizmi prilagoavaju, ali isto tako i sami mikoorganizmi utjeu na izmjenu ekolokih inilaca produktima svog metabolizma.

Uvod u mikrobiologiju tla

GENOTIP sveukupno nasljee nekog organizma sveukupna DNA tj. zbirka svih gena nekog organizma odreuje itav niz karakteristika nekog organizma predstavlja potencijalna svojstva nekog organizma, ali ne stvarna svojstva

FENOTIP odnosi se na stvarna, izraena svojstva - sve osobine nekog organizma tj. sva njegova fizioloka i morfoloka svojstva oznaava pojavni oblik genotipa skup svih osobina jednog organizma nastalih interakcijom genotipa i okolia (faktora sredine)

Uvod u mikrobiologiju tla

MODIFIKACIJE

Karakteristike koje nastaju promjenom vanjskih uvjeta a pod kontrolom gena zovu se modifikacije (privremene i nenaslijedne) promijene fenotipa - promjene vanjskog oblika uslijed:
- razliitih uvjeta kultiviranja mikroorganizama - razliitog sastava hranjive podloge - razliitih fiziko kemijskih faktora, itd.

2 tipa modifikacija: ADAPTACIJE

Uvod u mikrobiologiju tla

DISOCIJACIJE

ADAPTACIJE
niz promjena osobina mikroorganizama kako bi se prilagodili uvjetima sredine radi preivljavanja, razvitka i razmnoavanja Prilagodljivost razliitim ljekovima antibioticima ili sulfonamidima; stvaranje rezistentnih sojeva mikroorganizama prilagodljivost razliitim hranjivim supstratima (npr. eerima) mikroorganizmi stvaraju posebne adaptivne, odnosno induktivne enzime prilagodljivost na dezinfekcijska sredstva

Uvod u mikrobiologiju tla

DISOCIJACIJE
poseban oblik promjenjivosti mikroorganizama u okviru odreene vrste, oituje se pojavom razliitih kolonija u istorodnoj populaciji mikroorganizama

5 tipova kolonija koje nastaju mikrobiolokim disocijacijama unutar populacije: 1. 2. 3. 4. 5. sojevi s glatkim kolonijama (S-oblici, smooth, glatki) sojevi s hrapavim kolonijama (R-oblici, rough, hrapavi) sojevi sa sluzavim kolonijama (M-oblici, mucoid, sluzavi) sojevi s patuljastim kolonijama (D-oblici, dwarf, patuljasti) sojevi gonidijskih kolonija (G-oblici, gonidial)

Uvod u mikrobiologiju tla

MUTACIJE
= bilo kakva promjena molekule DNA naziva se mutacija. Mutacije su nasljedne promjene genoma koje se prenose s generacije na generaciju. Mutacije klasificiramo po razliitim kategorijama: LETALNE i NELETALNE ovisno izazivaju li smrtnost ili ne Po postanku SPONTANE ili INDUCIRANE GENSKE i KROMOSOMSKE

Uvod u mikrobiologiju tla

Genske mutacije (tokaste mutacije) - promjene na nivou gena, javljaju se kao posljedica promjena slijeda baza u DNA . Ove mutacije mogu se dogoditi spontano uslijed nekih greaka tijekom replikacije DNA. U proces replikacije ukljueni su brojni enzimi. Ti enzimi vrlo rijetko rade pogreke jer replikacijski mehanizam je izuzetno vjeran, ali kad do njih doe poslijedica su promjene u sastavu baza u DNA. Dakle, do takvih mutacija dolazi bez intervencije tvari koje uzrokuju mutacije, te ih zovemo spontanim mutacijama.
Uvod u mikrobiologiju tla

UESTALOST MUTACIJA
Mutacije su vrlo rijetki dogaaji Stopa mutacije oznaava vjerojatnost da e doi do mutacije nekog gena prilikom diobe stanice Rauna se da se one pojavljuju u odnosu 1:104 do 1:1010 po bakteriji u generaciji. Mogue je poveati broj mutanata 10 100 000 puta ukoliko se bakterijska kultura podvrgne nekim mutagenim agensima (fizikalnim ili kemijskim).

Uvod u mikrobiologiju tla

POSLJEDICE MUTACIJA Neke genske mutacije oteuju ili unitavaju stanicu. Promjene genotipa pri emu stanica gubi neku od fenotipskih karakteristika koja joj je potrebna moe biti i pogubna za stanicu. Druge stvaraju nova svojstva koja potomstvu koje ih nasljeuje pruaju bolje mogunosti za opstanak u novim okolnostima.

Uvod u mikrobiologiju tla

GENETIKE REKOMBINACIJE KOD PROKARIOTA

REKOMBINACIJA kod bakterija podrazumijeva dogaaj kod kojeg jedna bakterijska stanica donira DNA drugoj bakterijskoj stanici

Uvod u mikrobiologiju tla

ponovnim spajanjem lanaca DNA stvara se nova molekula DNA (slijed baza potjee djelomino od jedne, a djelomino od druge ishodne molekule DNA)

prijenos genetike informacije je jednosmjeran stanica iz koje se prenosi genetiki materijal (genetiki davalac), a stanica u kojoj se zbiva proces rekombinacije genetiki primalac, recipijent

Uvod u mikrobiologiju tla

3 naina prijenosa genetikog materijala:

KONJUGACIJA TRANSFORMACIJA TRANSDUKCIJA

Uvod u mikrobiologiju tla

1. KONJUGACIJA
prijenos DNA iz stanice donora u recipienta neposrednim kontaktom dviju stanica

KONJUGACIJA

2. TRANSFORMACIJA
prijenos DNA iz okoline u bakterijsku stanicu (DNA moe biti iz razliitih izvora, najee ostaci DNA iz mrtvih bakterijskih stanica) Transformacijom je prvi puta dokazano da se genetiki materijal moe prenositi iz jedne bakterijske stanice u drugu, te da je nositelj genetike upute molekula DNA.

TRANSFORMACIJA

Uvod u mikrobiologiju tla

Mehanizam transformacije

- tip genetske rekombinacije koja se ostvaruje uzgojem odreene vrste mikroorganizama na hranjivim podlogama u kojima se nalaze ubijene kulture drugih mikroorganizama.

Uvod u mikrobiologiju tla

3. TRANSDUKCIJA
= prijenos odsjeka kromosoma stanice donora preko faga u stanicu recipijenta
Nema kontakta dviju stanica kao kod konjugacije, niti se DNA ne prenosi kao slobodna kod transformacije, DNA se prenosi unutar bakterijskog virusa koji se naziva bakteriofag, iz stanice donora u recipijenta Bakteriofag je virus koji napada bakterije. Graen je od glave u kojoj se nalazi DNA obavijena proteinskim omotaem i repa.

Uvod u mikrobiologiju tla

U procesu infekcije, fag se privrsti na staninu stijenku bakterije i isputa svoju DNA u bakteriju dolazi do prodiranja DNA faga u stanicu domaina.

U bakterijskoj stanici, DNA faga se replicira, te usmjerava sintezu proteinskih omotaa. Za vrijeme razvoja faga unutar inficirane stanice, DNA domaina se degradira Neki fragmenti bakterijske DNA se sluajno upakiraju unutar proteinskih omotaa faga, tako da novonastali fagi nose bakterijsku DNA umjesto DNA faga.

Nakon lize bakterijske stanice oslobaaju se estice bakteriofaga (i transducirani fagi) koji kasnije inficiraju novu populaciju bakterija. Transdukcija stanine DNA virusom moe dovesti do rekombinacije DNA prve stanice domaina i DNA druge stanice domaina. Unesena DNA integrira se u kromosom.
Uvod u mikrobiologiju tla