CATLISE ENZIMTICA

PROGRAMA DE PS-GRADUAO EM BIOTECNOLOGIA UFSCar

Profa. Dra. Ignez Caracelli Prof. Dr. Julio Zukerman Schpector

Bruno da Silva Thomazini Gabriel Vendramini Raquel Massaro

So Carlos, 13 de Junho de 2011

SUMRIO
1. MECANISMOS CATALTICOS A. Catlise cido-Bsica B. Catlise Covalente C. Catlise por ons Metlicos Catlise Eletrosttica D. Catlise por meio de Efeitos de Proximidade e Orientao E. Catlise por Ligao Preferencial do Estado de Transio 2. ANIDRASE CARBONICA A. Estrutura Enzimtica B. Mecanismo Cataltico 3. SERINO-PROTEASES e CISTENO-PROTEASES A. O Stio Ativo B. Estruturas por Difrao de Raio X C. Mecanismo Cataltico D. Zimognios

4. ENZIMAS E NOVAS APLICAES E TECNOLOGIAS

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ENZIMAS

ENZIMAS VISO GERAL

Mediadoras de reaes qumicas; Funo especfica; Protenas catalisadoras:
condies termodinmicas; sem alteraes no processo global; no consumidas; especficas para substrato e reao qumica.
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ENZIMAS VISO GERAL

Atividade cataltica:
Enzimas (protenas); Enzimas (RNAs ribozimas).

Unio Internacional de Bioqumica e Biologia Molecular (IUBMB):

Seis classes.
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ENZIMAS CLASSES
1. Oxidorreductases:
CH3 CH COO- + NAD+ OH
Lactato
2e- 2H+

CH3 C COO- + NADH + H+

Lactatodesidrogenase

O
Piruvato

2. Transferases:
H2O CH2 - CH COO- + THF

OH

NH3+

Serina hidroximetiltransferase NH3+

CH2 COO- + THF

CH2

Serina

Glicina
6

Fonte: CHAMPE, C. P. et al. Bioqumica Ilustrada.

ENZIMAS CLASSES
3. Hidrilases:
NH2 C NH2 + H2O Uria
Urease

CO2 + 2NH3

4. Liases:
CH3 C COO- Piruvato- 3 CH + CO2 CH O O descarboxilase Acetaldedo Piruvato
Fonte: CHAMPE, C. P. et al. Bioqumica Ilustrada.
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ENZIMAS CLASSES
5. Isomerases:
CH3
-OOC

CH C CoA

-OOC

CH2 CH2 C - CoA O Succinil - CoA

O Metilmalonil - CoA

Metilmalonil CoA mutase

6. Ligases:
CH3 C COO- + CO2 O Piruvato
ATP Piruvatocarboxilase ADP + Pi
-OOC

CH2 C COOO Oxalacetato

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Fonte: CHAMPE, C. P. et al. Bioqumica Ilustrada.

 Eficincia cataltica;

PROPRIEDADES
Eficincia cataltica;

Fonte:CHAMPE, C. P. et al. Bioqumica Ilustrada.

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ENZIMAS PROPRIEDADES
Stios ativos:

Fonte: CHAMPE, C. P. et al. Bioqumica Ilustrada.

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ENZIMAS PROPRIEDADES
Especificidade:
Complementaridade

Fonte:VOET, D.; VOET, J. G. Bioqumica.

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ESPECIFICIDADE
Hiptese chave-fechadura:

Hiptese ajuste induzido:

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MECANISMO CATALTICOS

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MECANISMOS CATALTICOS
Fatores essenciais:
especificidade; organizao otimizada.

Natureza qumica:
catlise cido-bsica; catlise covalente; catlise por ons metlicos.
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MECANISMOS CATALTICOS
Natureza fsica:
catlise eletrosttica; efeitos de proximidade e orientao; ligao preferencial ao complexo do estado de transio.

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CATLISE CIDO-BSICA
Transferncia de prtons entre substrato e enzima. Catlise cida:
Grupo cido doa um prton;

Catlise bsica:
Grupo bsico recebe um prton;
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CATLISE CIDO-BSICA
Ex: tautomerizao ceto-enlica

Fonte: VOET, D.; VOET, J. G. Bioqumica.

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CATLISE CIDO-BSICA
Ex: tautomerizao ceto-enlica

Aminocidos ionizveis: Lys, His, Arg, Asp, Glu, Cys e Tyr.

Fonte: VOET, D.; VOET, J. G. Bioqumica.
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CATLISE COVALENTE
Ligao covalente transitria entre enzimasubstrato; Ataques nucleoflico/eletroflico de um radical do stio cataltico sobre o substrato. Etapas:
reao nucleoflica; retirada de eltrons pelo catalisador eletroflico; eliminao do catalisador.
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CATLISE COVALENTE

Fonte: VOET, D.; VOET, J. G. Bioqumica.

Catlise predominantemente eletroflica

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CATLISE POR ONS METLICOS

ons metlicos cofatores metlicos; Metais: ligados enzima ou na soluo aquosa; Freqentemente envolve metais de transio:
cargas positivas; aceptores de pares eletrnicos.

Interaes inicas:
orientao do substrato; estabilizar cargas.
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CATLISE POR ONS METLICOS

Trs formas de participao:
ligao com o substrato;

mediando reaes de oxirreduo;

estabilizando eletrostaticamente.

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CATLISE POR ONS METLICOS

Metaloenzimas:
contm ons metlicos fortemente ligados; Fe2+, Fe3+, Cu2+, Zn2+, Mn2+ ou Co3+.

Enzimas ativadas por metais:

ligam ons metlicos da soluo; Na+, K+, Mg2+ ou Ca2+.
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CATLISE POR ONS METLICOS

Enzimas/cofatores metlicos:

Fonte: MOTTA, V.T. Bioqumica Bsica.

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CATLISE ELETROSTTICA
Molculas vizinhas - solventes:
reduo dos efeitos de atrao entre grupos qumicos.

Constante dieltrica muito baixa:

reatividade qumica do substrato; reduz a energia de ativao.

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CATLISE ELETROSTTICA
Distribuio de cargas no sitio ativo:
estabilizao dos estados de transio;

guiar substratos polares para seus sitios de ligao.

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CATLISE POR EFEITO DE PROXIMIDADE E ORIENTAO

Enzimas tm maior eficincia cataltica com:
condio fsica do stio cataltico; relao espacial adequada complexo enzima-substrato orientado estado de transio.
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CATLISE POR EFEITO DE PROXIMIDADE E ORIENTAO

Fonte: VOET, D.; VOET, J. G. Bioqumica.

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CATLISE POR LIGAO PREFERENCIAL AO ESTADO DE TRANSIO

Estado de transio liga-se com a enzima;
Toro mecnica nos seus substratos:
Mecanismo do balco de estiramento; Facilita as reaes.
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CATLISE POR LIGAO PREFERENCIAL AO ESTADO DE TRANSIO

Fonte: VOET, D.; VOET, J. G. Bioqumica.

Reao 315 vezes mais rpida quando R o grupo CH3 e no H.

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ANIDRASE CARBNICA

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ANIDRASE CARBNICA
Metaloenzima Enzima da classe liase Monmero Stio ativo Zn+ - Histidina 94 - Histidina 96 - Histidina 119 - Molcula de gua
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ANIDRASE CARBNICA
1hcb

Estrutura Enzimtica

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ANIDRASE CARBNICA
1hcb

Estrutura Enzimtica

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ANIDRASE CARBNICA
1hcb
Bicarnobato Zinco

Estrutura Enzimtica com ligantes

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ANIDRASE CARBNICA
His119

1hcb

Zn His94 His96

Estrutura Enzimtica

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ANIDRASE CARBNICA
gua

BCT

1hcb

Zn

His

His

His

Estrutura Enzimtica

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ANIDRASE CARBNICA
Enzima que catalisa a converso rpida de dixido de carbono em um prton (H+) e um on bicarbonato (HCO3-)
Anidrase Carbnica Dissociao CO2 + H2O H2CO3 H+ + HCO3cido Carbnico

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MECANISMO DE CATLISE ANIDRASE CARBNICA

Fonte: http://deqb.ist.utl.pt/bbio/72/pdf/cataliseenz.pdf

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PROTEASES

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PROTEASES
Catalizam a clivagem de ligaes peptdicas (hidrolizao) Responsveis por:
Renovao de Protenas Reciclagem de aminocidos Obteno de novas protenas Etc.

Fonte: http://graduacao.iqsc.usp.br/files/Aula12BioqIMecCatEnzExemplos201104072.pdf

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PROTEASES
Subdivises
Exopeptidase: atuam grupamento amino ou carboxi terminal Endopeptidase: atuam regies internas

Diviso com base no grupo funcional: (Barret, 1994)

*Serino Proteases resduo de serina no stio ativo *Cisteno Proteases resduo de cistena no stio ativo Aspartil 2 unidades de cido asprtico Metalo utiliza on metal no mecanismo de catlise
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SERINO PROTEASES

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SERINO PROTEASES

Serina

(EC 3.4.21)
3 representa a Classe = Hidrolase (catalisa reaes de hidrlise de ligaes covalentes) 4 a Sub-Classe = Peptidase (hidrolisa ligaes peptdicas) 21 a Sub sub-classe das serino-endopeptidases (enzimas contendo serina no 44 stio ativo) 44

SERINO PROTEASES
Stio Ativo Trade Cataltica: resduos (Ser, Asp e His)
Aspartato

Histidina Serina

Tripsina Fonte: PDB (2D8W)

Quimotripsina Fonte: PDB (2Y6T)

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SERINO PROTEASES
Identificao do Stio Ativo
Marcao covalente com DIPF (diisopropylphosphofluoridate) Apenas a Ser reativa ligou ao DIPF - 1 de 20 Ser na Quimotripsina

Figura pg4 Arq Aula12Bioq.....

46

Fonte: http://graduacao.iqsc.usp.br/files/Aula12BioqIMecCatEnzExemplos201104072.pdf

SERINO PROTEASES
Estruturas de Raio X
1957 Estrutura da quimotripsina bovina (David Blow) Estrutura primria - ~40% idnticos Ser reativa / His cataliticamente essencial / Asp prxima ao stio 2 domnios Folhas anti paralelas Estruturas Raio X sugerem uma base para diferentes especificidades

Tripsina

Elastase

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Fonte :http://www2.bioqmed.ufrj.br/enzimas/proteases2.htm Fonte: http://chemistry.umeche.maine.edu/MAT500/Peptidase2.html

MECANISMO CATALTICO
Aplicvel todas serino-proteases

A)

Ataque nucleoflico ao grupo carbonila

Complexo Enzima - Substrato

Fonte: DONALD VOET & JUDITH G. VOET Bioqumica Ed. Artmed, 2007 48 48

MECANISMO CATALTICO
B)

Catlise cida geral formao do intermedirio acil-enzima

Intermedirio Tetradrico

49 49

MECANISMO CATALTICO
C)

Nova extremidade N-terminal

Intermedirio acil-enzima
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MECANISMO CATALTICO
D)

Substituio do grupo amina por uma molcula de gua

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MECANISMO CATALTICO
E)

Reverso da Etapa B

Intermedirio acil-enzima

52 Fonte: DONALD VOET & JUDITH G. VOET Bioqumica Ed. Artmed, 2007

MECANISMO CATALTICO
F)

Novo extremo C-terminal da cadeia polipeptdica

53 53

MECANISMO CATALTICO
- Catlise por tencionamento forma estrutura tetradrica

- Intermedirio tetradrico

estabilizado pelo buraco oxinion

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CISTENO PROTEASES

55

CISTENO PROTEASES

Cistena

(EC 3.4.22)
3 representa a Classe = Hidrolase (catalisa reaes de hidrlise de ligaes covalentes) 4 a Sub-Classe = Peptidase (hidrolisa ligaes peptdicas) 21 a Sub sub-classe das cisteno-endopeptidases (enzimas contendo cistena 56 no stio ativo) 56

CISTENO PROTEASES
Divididas de acordo com semelhanas estruturais e funcionais

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CISTENO PROTEASES
Estruturas de Raio X
1 nica cadeia 2 domnios formando a fenda cataltica
Domnio 1

Fenda Cataltica

Domnio 2
58

Papaina 8pap

CISTENO PROTEASES
Identificao do Stio Ativo

Trade Cataltica Cys25, His159 e Asn75 (Papana) Cys e His esto em fendas opostas par inico estvel em pH neutro, responsvel pela atividade cataltica.
(Lewis, Johnson et al., 1981)
Fonte: http://ha1000tonc22.br.tripod.com/
59 59

Papana

Asn175 His159 Cys25

Papaina 8pap

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MECANISMO CATALTICO
cisteno-proteases

61 61

ZIMOGNIOS

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ZIMOGNIOS
Precursores inativos de enzimas proteolticas Possuem todos os resduos catalticos Stio ativo distorcido Tripsinognio
Enteropeptidase Tripsina A ativao seqencial permite

rpida produo de grandes quantidades de enzimas ativas em resposta a diversos sinais fisiolgicos.

Quimotripsognio

Pr-elastase

Quimotripsina

Elastase
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ATIVAO DE ZIMOGNIOS
Tripsinognio N-terminal Tripsinognio clivagem da ligao entre Lys15 Ile16. N-terminal Tripsina

Quimotripsinognio tripsina. Pr-elastase

clivagem da ligao peptdica Arg15-Ile16 catalisada pela

ativada pela clivagem de um pequeno peptdeo N-terminal.

64 Fonte: DONALD VOET & JUDITH G. VOET Bioqumica Ed. Artmed, 2007

APLICAES TECNOLGICAS

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APLICAES TECNOLGICAS

Ano de 2009 Enzimas utilizadas para obteno de steres utilizados como produtos alimentcios, farmacuticos e cosmticos.
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APLICAES TECNOLGICAS
Os processos catalticos tradicionais envolvem cidos (como cido sulfrico) e bases (como hidrxido de sdio) como aceleradores da reao. Porm, esses catalisadores tm sido, aos poucos esto sendo substitudos por enzimas, visto que essas apresentam como benefcios condies suaves de operao (temperatura, presso e pH), especificidade e poucas perdas na reao.
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APLICAES TECNOLGICAS

Ano de 2009 Utilizao de enzimas na polimerizao para produo de materiais derivados de fontes renovveis e com caractersticas como biocompatibilidade e biodegradabilidade. 68 Evita a utilizao de catalizadores txicos.

APLICAES TECNOLGICAS

Ano de 2010 Desenvolvimento de um biossensor enzimtico para determinao de fenis

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APLICAES TECNOLGICAS

Prs: Propriedades fsicas e qumicas similares ao biodiesel convencional Substitui catalisador alcalino Biodegradveis

Contra: Custo elevado dos Biocatalisadores

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Fonte: http://www.embrapa.br/imprensa/artigos/2011/catalise-enzimatica-produz-biodiesel-mais-verde/

BIBLIOGRAFIA
ALBERT L. LEHNINGER DAVID L. NELSON MICHAEL M. COX Lehninger Princpios de Bioqumica Ed. Sarvier, 2007

DONALD VOET & JUDITH G. VOET Bioqumica Ed. Artmed, 2007

Gomes, D. E. B. Estudo da Falcipana-2 em Complexo com Ligantes por Modelagem e Dinmica Molecular como Suporte ao Desenvolvimento Racional de novos Frmacos Antimalricos Rio de Janeiro, UFRJ, IBCCF, 2006. http://graduacao.iqsc.usp.br/files/Aula12BioqIMecCatEnzExemplos201104072.pdf. Acesso em Maio, 2011. http://analgesi.co.cc/html/t13662.html. Acesso em Maio, 2011. http://www.enq.ufsc.br/labs/probio/disc_eng_bioq/trabalhos_pos2003/const_microorg/en zimas.html. Acesso em Maio, 2011. http://www.gilvan.pro.br/bioquimica.pdf. Acesso em Maio, 2011. http://deqb.ist.utl.pt/bbio/72/pdf/cataliseenz.pdf. Acesso em Maio, 2011
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OBRIGADO!

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