BAB I PENDAHULUAN I.

1 Latar Belakang Metabolisme adalah semua reaksi kimia adalah semua reaksi kimia yang terjadi didalam organisme, termasuk yang terjadi di tingkat selular. Secara umum, metabolism memiliki dua arah lintasan reaksi kimia organik. Sedangkan untuk katabolisme itu sendiri yaitu reaksi yang mengurai molekul senyawa organik untuk mendapatkan energi. Dan anabolisme merupakan reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekul-molekul tertentu, untuk diserap oleh sel tubuh. Eksperimen terkontrol atas metabolisme manusia pertama kali diterbitkan oleh Santoriopa pada tahun 1614 di dalam bukunya, Ars De staticamedecina yang membuatnya terkenal di Eropa. Dia mendeskripsikan rangkaian percobaan yang dilakukannya, yang melibatkan penimbangan dirinya sendiri pada sebuah kursi yang digantung pada sebuah timbangan besar sebelum dan sesudah makan, tidur, bekerja b e r puasa makan atau minum, dan buang air besar. Dia menemukan bahwa bagian terbesar makanan yang dimakannya hilang dari tubuh melalui perspiration insensibilis (mungkin dapat diterjemahkan sebagai keringatan yang tidak tampak). Secar umum metabolism memiliki dua arah lintasan Reaksi Kimia Organik yaitu: 1. katabolisme yaitu reaksi yang mengurai senyawa molekul organik untuk mendapatkan energi. 2 . Anabolisme yaitu reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekulmolekul tertentu, untuk diserap oleh sel tubuh. Kedua arah lintasan tertentu metabolism sangat diperlukan oleh setiap organism untuk dapat bertahan hidup. Arah lintasan metabolism ditentukan oleh suatu senyawa yang disebut sebagai hormone, dan dipercepat (dikatalis) oleh enzim. Pada senyawa organik, penentu arah reaksi kimia disebut katalis. Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organism karena didalamnya tersimpan informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur

yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentose, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks, berbobot molekul tinggi, dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung informasi genetic. Asam nukleat yang paling umum adalah asam deoksiribonukleat (RNA). ditemukan pada semua sel hidup serta pada virus. Asam nukleat dinamai demikian karena keberadaan umumnya di dalam inti (nucleus) sel. Asam nukleat merupakan biopolymer, dan monomer penyusunnya Asam nukleat

adalah nukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari tiga komponen, yaitu sebuah basa nitrogen heterosiklik (purin atau pirimidin), sebuah pentose, dan sebuah gugus fosfat. Jenis sam nukleat dibedakan oleh jenis gula yang terdapat pada rantai asam nukleat tersebut (mmisalnya, DNA atau asam Deoksiribonukleat mengandung 2deoksiribosa). Selain itu, basa nitrogen yang ditemukan pada kedua jenis asam nukleat tersebut memiliki perbedaan: adenin, sitosin, dan guanine dapat ditemukan pada RNA maupun DNA, sedangkan timin dapat ditemukan hanya pada DNA dan urasil dapat ditemukan hanya pada RNA. Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. RNA merupakan polimer yangtersusun dari sejumlah nukleotida. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat, satu gugus pentosa, dan satu gugus basa nitrogen (basa N). Polimer tersusun dari ikatan berselang-seling antara gugus fosfat dari satu nukleotida dengan gugus pentosa dari nukleotida yang lain. Metabolisme meliputi proses sintesis dan proses penguraian senyawa atau komponen dalam sel hidup. Proses sintesis itu disebut anabolisme dan proses penguraian disebut katabolisme. Semua reaksi metabolism dikatalisis oleh enzim, termasuk reaksi yang sederhanam seperti penguraian asam karbonat menjadi air dan karbondioksida, proses pemasukan dan pengeluaran zat kimia dari dan ke dalam sel melalui membrane proses biosintesis protein yang panjang dan rumit atau pun proses penguraian bahan makanan dalam sistem pencernaan mulai dari mulut, lambung, usus, dan penyerapan hasil penguraian tersebut melalui dinding usus, serta penyerapannya keseluruh bagian tubuh yang

memerlukannya, begitu juga dengan proses sintesis dan penguraian berlangsung dalam berbagai jalur metabolisme.

BAB I METABOLISME ASAM NUKLEAT a. Asam Nukleat Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalm kehidupan organism karena didalamnya tersimpan informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentose, dan basa nitrogen ataut basa nukleotida (basa N). Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). Dilihat dari strukturnya, perbedaan diantara kedua macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atomO pada posisi C nomor 2 sehingga dinamakan gula 2-deoksiribosa. Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa N, baik ada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin aromatic heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan, yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin ( m o n o s i k l i k ) . Pada DNA dan juga RNA, purin terdiri atas adenine (A) dan guanine (G). Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan (timin) (T), pada RNA tidak ada timin sebagai gantinya terdapat urasil (U). timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metal pada posisi nomor 5 sehingga t imin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil. 2.2 Komponen-komponen asam nukleat a) gugus fosfat b) gula pentosac) c) basa N Diantara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut diatas, hanya basa N-lah yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang

urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. Dengan perkataan lain, identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan basa N nya sehingga secara skema kita bisa

menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja. Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomermonomer berupa nukleotida, yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus f o s f a t , s e b u a h g u l a p e n t o s a , d a n se b u a h basa N. dengan demikian setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. Namun, pemgertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fsfat. Sebagai contoh molekul ATP

(adenosintrifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat. Jika gula pentosanya adalah ribose seperti halnya pada RNA, maka nukleosidanya dapat berupa adenosine, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu adenosine monofosfat, guanosinmonofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti pada DNA, maka (2- deoksiribo) nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin, deoksiguanosin, deoksisitidin, dan deoksitimidin. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antaraDNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semuaorganisme hidup. Dalam peran ini, RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk 'triplet', tiga urutan basa N, yang dikenal dengan nama kodon. Setiap kodon berelasi dengan satu A s a m am i n o ( a t a u ko d e un t u k be r h e n t i ) , monomer yang menyusun protein. Lihat ekspresi genetic untuk keterangan lebih lanjut. Penelitian mutakhir atas fungsi RNA bukti yang mendukung atas teori dunia RNA, yang menyatakan bahwa pada awal prosesevolusi, RNA merupakan bahan genetik universal sebelum organism hidup memakai DNA.

2. 3 Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat Dibawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat. Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat, pengaruh asam, pengaruh alakali, denaturasi kimia, viskosistas, dan kerapatan pengaru apung. a. Stabilitas asam nukleat Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau p un struktur sekunder RNA, sepintas akan Nampak bahwa struktur tersebut menjadi st a b i l ak i b a t ad a n ya ik a t a n hyd r o g e n di an t a r a b a s a - b a s a ya n g b e r p a s a n g a n . Padahal, sebenarnya tidaklah demikian. Ikatan hydrogen di antara pasanganpasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan hydrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada dalam bentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan hyd r o g e n je l a s ti d a k be r p e n g a r u h te r h a d a p st a b i l i t a s st r u k t u r as a m nu k l e a t , te t a p i se k e d a r me n e n t u k a n sp e s i f i t a s

pe r p a s a n g a n b a s a . P e n e n t u st a b i l i t a s sr u k t u r as a m nu k l e a t te r l e t a k pa d a in t e r a k s i p e n e m p a t a n ( s t a c k i n g i n t e r a c t i o n ) a n t a r a p a s a n g a n pasangan. Permukaan basa yang bersifat hidrofobik m e n ye b a b k a n

molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat. b. Pengaruh asam Didalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HCL104 dengan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhulebih dari 100C, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadikomponen -komponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih encer,hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehinggaasam nukleat dikatakan bersifat apurinik. c. Pengaruh alkali Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya

pe r u b a h a n st a t u s ta u t o m e r i k b a s a . S e b a g a i c o n t o h , p e n i n g k a t a n p H a k a n menyebabkan perubahan struktur guanine dari bentuk keton menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. Selanjutnya, perubahan ini

akan menyebabkan terputusnya sejumlah hydrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pH netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom Cnomor 2 di dalam gula ribosanya. d. Denaturasi kimia Sejumlah bahan kimia diketahiu dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat pada pH netral. Contoh yang paling dikenal urea (CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi,senyawa-senyawa tersebut

dapat merusak ikatan hidrogen. Artinya, stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi. e. Viskositas DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi karena diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapai beberapa sentimeter. Dengan demikian, DNA tersebut berbentuk tipis memanjang. Selain itu, DNA merupakan molekul yang relative kaku sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri katika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh. f. Kerapatan apung Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai den g a n kerapatan apung (bouyant density) -nya. Di dalam larutan yang

mengandunggaram pekat dengan berat molekul tinggi, misalnya sesium klorid (CsCl) 8M,DNA mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan tersebut, yakni sekitar 1,7 g/cm3. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi, maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi kedasar tabung dengan membentuk gradient kerapatan . Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradient yang sesuai dengan kerapatannya. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium

densitygradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik. Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan beradadi dasar tabung dan protein akan

mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik dari RNA maupun dari protein. Selain itu, teknik tersebut juga bergunauntuk keperluan analisis DNA karena kerapatan apung DNA () merupakan fungsi linier bagi kandungan GC-nya. Dalam hal ini, = 1,66 + 0,098% (G +C).

2. 4 Nukleosida dan nukleotida Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan mengguna k a n tanda aksen (1, 2, dan seterusnya), sekedar untuk membedakannya dengan penomoran posisi pada cincin basa. Posisi 1 pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosida atau glikosiklik. Kompleks gula -basa ini dinamakan nukleosida. Diatas telaj disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer berupa nukleotida, yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah basa N. Dengan demikian, setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah n u k l e o s i d a dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul ATP (adenosint r i f o s f a t ) ad a l a h nu k l e o t i d a ya n g m e r u p a k a n nu k l e o s i d a de n g a n ti g a g u g u s fosfat. J i k a g u l a p e n t o s a n y a a d a l a h r i b o s a s e p e r t i h a l n ya p a d a R N A , m a k a nukleosidanya dapat berupa adenosin, guanosin, dan uridin sitidin. Begitu p u l a , n u k l e o t i d a n y a a k a n a d a e m p a t m a c a m , ya i t u a d e n o s i n m o n o f o s f a t , guanosin monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2deoksiribo) nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin, deoksiguanosin, dan deoksisitidin, dan deoksitimidin. Hampir semua organisme mampu mensintesis nukleotida dari precursor yang lebih sederhana, jalur de novo untuk nukleotida, mirip untuk setiap organisme. Nukleotida juga dapat disintesis dari hasil pemecahan nukleotida yang telah ada.

salvage pathway (recycle) yaitu dari degradasi pirimidin dan purin dari sel yang mati (regenerasi) atau dari makanan. 2. 5 Degradasi Nukleotida Didalam usus halus terjadi pemutusan ikatan fosfodiester oleh endonuklease (pankreas) oligonukleotida. Dipecah lebih lanjut dengan fosfodiesterase (enzim lanjut

exonuclease non spesipik) menjadi monofosfat. Dipecah lagi lebih fosfomonoesterase dikenal sebagai nukleotidase and orthophosphate. Nucleosida phosphorylase

menghasilkan nukleosida menghasilkan basa dan

ribose-1-phosphate. Jika basa atau nukleosida tidak digunakan kembali untuk salvage pathways, basa akan lebih lanjut didegradasi menjadi asamurat (purin), ireidopropionat (pyrimidine).

DAFTAR PUSTAKA Poejiadi, Anna dan Tiin Supriyanti. 2007. Dasar-Dasar Biokimia. UI-Press : Jakarta Srikini, dkk.2008. Biologi Umum Jilid II. Erlangga : Jakarta