Qualit de leau

Microbiologie de leau potable : de la thorie la pratique

Leau de boisson renferme naturellement une grande varit de microorganismes et les processus microbiens jouent mme un rle central dans la potabilisation des eaux. Toutefois, la prsence de bactries indsirables peut compromettre la qualit de leau. De nouveaux procds permettent maintenant une meilleure surveillance de leau potable et une meilleure comprhension des processus microbiens dans ce milieu.

Frederik Hammes, microbiologiste de lenvironnement, travaille au sein groupe de Microbiologie de leau potable et cophysiologie du dpartement de Microbiologie de lenvironnement.

Les bactries sont une composante naturelle de leau potable. La plupart des consommateurs et consommatrices sont toutefois peu enclins accepter la prsence de ces organismes invisibles et pour la plupart inconnus. Cette mauvaise presse est en partie due au fait que certains germes vhiculs par leau de boisson peuvent provoquer des maladies. Ainsi, ces dernires annes, des milliers de personnes ont pri en Hati et au Zimbabwe suite des pidmies de cholra dues la bactrie Vibrio cholera. Un dveloppement incontrl de bactries peut dautre part affecter la coloration ou les proprits organoleptiques de leau potable ou en causer la turbidit. Mais la grande majorit des microorganismes de leau potable sont inoffensifs. Les processus microbiens sont bien au contraire

un lment majeur des traitements de potabilisation des eaux. De nombreuses usines de production deau potable recourent ainsi la filtration biologique dans laquelle des bactries (fixes par exemple dans un filtre charbon actif ou sable) assurent llimination de composs organiques indsirables [1]. Lquilibre bactrien. Il est donc indispensable de disposer dune connaissance suffisante de la diversit des microorganismes, de leur cologie et des processus microbiologiques qui se droulent dans leau de boisson pour continuer damliorer la gestion de leau potable et livrer aux consommateurs et consommatrices un produit sr et de bonne qualit. Lobjectif nest pas uniquement de produire une eau potable de qualit irrprochable

Les processus microbiologiques fondamentaux qui se droulent dans les systmes dalimentation en eau potable sont encore mal connus. Photo : Diversit des microorganismes intervenant au niveau dun filtre biologique utilis pour la potabilisation des eaux.

Fig. 1 : Equilibre dynamique dans une conduite deau potable. Les microorganismes se nourrissent principalement de carbone organique assimilable (COA). On appelle COA la partie du carbone dissous dans leau qui est immdiatement utilisable par les microorganismes et qui joue un rle dcisif pour leur prolifration. Le COA est donc un paramtre cl pour le contrle du nombre de bactries dans leau potable et donc de sa stabilit microbiologique. Substances nutritives Carbone organique assimilable (COA) Bactries libres dans leau (environ 100 000 cellules/ml) Flux deau Dsinfection (au dioxyde de chlore par exemple) Destruction

Fixation Croissance

Arrachage

Substances nutritives Extraites des matriaux des canalisations

Bactries xes dans le biolm (environ 1000 000 cellules/cm 2) Paroi des canalisations

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P. aeruginosa V. cholerae E. coli 60 C (30 min) C Echantillon deau Pasteurisation Filtration Inoculation 0,22 m

30 C (4 jours) Croissance bactrienne, COA dgrad Analyse

Cytomtrie en ux Incubation Mesure

Fig. 2 : Principe de fonctionnement de la mthode PGP (daprs [4]).

mais aussi den garantir la qualit larrive chez le consommateur. Pour viter une croissance bactrienne trop importante lors du transport et du stockage de leau potable, des produits dsinfectants tels que le chlore ou le dioxyde de chlore lui sont ajouts dans certains pays. Cette mesure peut cependant saccompagner deffets secondaires tant donn quen plus dliminer les germes pathognes, le chlore peut ragir avec la matire organique encore contenue dans leau potable et former des sous-produits toxiques [2]. La Suisse et de nombreux pays europens comme lAllemagne, lAutriche et les Pays-Bas souhaitent viter les ajouts de produits chimiques dans leau potable et misent dj dans de nombreux rseaux de distribution, en plus de la chloration, sur une stabilisation biologique de leau. Cette ide est le fruit dobservations et connaissances scientifiques et techniques et de lexprience acquise sur le terrain. Lobjectif est dempcher la croissance bactrienne dans les conduites par une limitation des apports de nutriments. En effet, labondance des bactries dpend de la quantit de substances nutritives prsentes dans leau sous forme de carbone organique (sucre, acides amins, acides organiques, etc.). La comptition entre les microorganismes pour cette nourriture limite de son ct la prolifration des diffrentes espces et contribue un quilibre stable dans la communaut (Fig. 1). Pour pouvoir contrler la qualit microbiologique de leau potable avec fiabilit, il est donc besoin de mthodes danalyse permettant de mesurer des paramtres tels que loffre alimentaire ou la biomasse bactrienne. Evaluation du potentiel de croissance des pathognes. Le dosage des substances nutritives disponibles est une bonne mthode pour estimer le nombre de bactries pouvant se dvelopper dans leau potable. Etant donn que le carbone organique constitue normalement le facteur limitant, presque tous les services des eaux effectuent un dosage du carbone organique dissous (COD) dans leurs analyses de routine. La teneur en COD de leau considre comme potable est en moyenne de 0,5 2 milligrammes par litre. Les microorganismes nen consomment toutefois que de 1 10 %. Cette partie, le carbone organique assimilable (COA ), correspond donc la fraction dterminante pour la potabilisation des eaux [3]. Les moindres traces de COA peuvent induire une croissance bactrienne indsirable. Ainsi, 0,001 milligrammes suffisent nourrir 10 000 000 de cellules bactriennes.

Pour pouvoir valuer la qualit hyginique de leau, il ne suffit cependant pas de mesurer la quantit de COA . Il importe bien davantage de dtecter avec fiabilit la prsence de germes pathognes ventuels. Au cours des dix dernires annes, lEawag a donc travaill llaboration dune mthode permettant de doser spcifiquement la part du COA dont se nourrissent les bactries pathognes [4]. Cette mthode repose sur la constatation de prfrences nutritionnelles trs marques chez les diffrentes espces de bactries et de grandes diffrences dans leur capacit dgrader les nutriments. La technique appele pathogen growth potential (PGP) assay permet ainsi destimer directement si et quel degr un chantillon deau est favorable au dveloppement de bactries spcifiques comme Escherichia coli, Vibrio cholerae ou Pseudomonas aeruginosa (Fig. 2). Le fait que la mthode PGP puisse tre applique dautres milieux que leau potable a t dmontr par de nombreux tests raliss avec des effluents et de leau prleve dans le milieu naturel. La figure 3 montre par exemple comment le potentiel de croissance des bactries pathognes et inoffensives volue au cours des traitements de potabilisation dune eau lacustre en comparaison avec un effluent de station dpuration. La filtration biologique produit ainsi un abattement presque total du PGP mis part un potentiel rsiduaire pour Pseudomonas aeruginosa du

Fig. 3 : Evolution du potentiel de croissance des pathognes et des bactries inoffensives dans une eau en cours de potabilisation par rapport un effluent dpuration (daprs [4]). 10 7 Potentiel de croissance (nb de cellules/ml) Bactries inoffensives Escherichia coli Pseudomonas aeruginosa Vibrio cholerae

10 6

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10 4

10 3 Eau lacustre Ozonation 1 Bioltration 1 Ozonation 2 Efuent dpuration Bioltration 2

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Teneur en ATP (nmol/l)

fait de la consommation du carbone organique assimilable par les bactries du filtre au dtriment des pathognes. La mthode PGP permet non seulement dvaluer la qualit de leau pour la consommation humaine mais aussi de contrler lefficacit des traitements de potabilisation. Elle livre dautre part des informations prcieuses sur les exigences nutritionnelles des diffrentes espces de bactries et sur la comptition pour la nourriture entre les pathognes et les bactries inoffensives. Comptage des bactries viables et non viables. Un millilitre deau potabilise renferme entre 20 000 et 200 000 cellules bactriennes selon lorigine de leau brute et les techniques de potabilisation employes. Le nombre de bactries prsentes dans leau potable est un paramtre crucial aussi bien pour les scientifiques que pour les responsables sur le terrain. En effet, toute modification de la concentration en bactries est rvlatrice de processus microbiens susceptibles de modifier la qualit de leau. En complment de la mthode PGP, certaines techniques permettent une dtermination directe des concentrations de cellules. Ainsi par exemple, la dgradation du carbone organique assimilable peut tre suivie par laugmentation du nombre de bactries. De telles mesures sont particulirement intressantes pour contrler la stabilit microbiologique de leau potable pendant son sjour dans le rseau de distribution. Avec la cytomtrie en flux et le dosage de ladnosine triphosphate ( ATP), lEawag a dvelopp ces dernires annes des outils danalyse capables de remplacer les mthodes traditionnelles de culture sur milieu glos quelles surpassent par leur exactitude et leur rapidit [5 et 6]. Ces deux approches complmentaires nous permettent de dterminer la qualit microbiologique dune large gamme dchantillons deau (eau souterraine, eau potable, eaux minrales, eaux de surface, eaux uses, etc.) (Fig. 4). Pour contrler de lefficacit des mesures de dsinfection (par ozonation ou chloration par exemple), les laboratoires ont toutefois besoin de techniques permettant de dnombrer les cellules vivantes ou viables. La cytomtrie en flux combine des mthodes de coloration livre galement des informations sur lactivit ou la viabilit des microorganismes prsents dans leau. Ainsi, grce cette mthode, Maaike Ramseier a pu dmontrer lefficacit de diffrents oxydants pour la dsinfection de leau (ozone, chlore, dioxyde de chlore, monochloramine, ferrate et permanganate) dans sa thse de doctorat [7]. Les oxydants attaquent en effet les parois

101 Eau de surface Eau potable b Eau de source b Eau souterraine

b b

10 0

10 1

10 2

10 3

10 4

10 5 10 5 10 6 10 7 10 8 10 9 1010 Nombre de cellules bactriennes (nb de cellules/l) 1011

Fig. 4 : Corrlation entre le nombre de cellules bactriennes (mesur par cytomtrie en flux) et la teneur en ATP de divers chantillons deau. Les chantillons prsentent des rapports diffrents en fonction de leur origine (donnes tires de [6] ou fournies par Stefan Ktzsch).

cellulaires de bactries et les affectent ainsi gravement. Liodure de propidium permet une coloration slective des cellules aux membranes endommages et donc de les distinguer des cellules intactes lors du comptage par cytomtrie en flux. Dans un chantillon deau du robinet traite au dioxyde de chlore, la progression de la neutralisation des bactries au cours du traitement a pu tre suivie (Fig. 5). Par la caractrisation de proprits spcifiques des cellules (dans ce cas, lintgrit de la paroi cellulaire), il est non seulement possible dvaluer lefficacit dune mthode de dsinfection mais aussi dexpliquer en partie les mcanismes en jeu lors du processus. En combinant mthodes de coloration et cytomtrie en flux, les scientifiques ont ainsi labor un outil danalyse permettant dtudier et de comprendre la cintique dlimination des bactries.

Intensit de la uorescence dans le rouge (630 nm)

Intensit de la uorescence dans le vert (520 nm)

Fig. 5 : Distinction entre cellules bactriennes viables et non viables par cytomtrie en flux aprs coloration liodure de propidium. Les cellules colores en rouge sont endommages, les vertes intactes (sans coloration spcifique). De gauche droite, le degr datteinte des bactries augmente suite la prolongation de lexposition au dsinfectant (daprs [7]).

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Les producteurs et distributeurs deau potable disposent de leur ct dun procd leur permettant de vrifier directement sur le terrain lefficacit des techniques de dsinfection employes. Ce contrle en temps rel leur permet de ragir immdiatement aux dysfonctionnements ventuels et aux modifications de la qualit microbiologique de leau. Ainsi, la distinction entre bactries blesses et intactes permet une surveillance des rseaux distribuant de leau chlore : tant donn que la chloration dtruit totalement les bactries, la prsence de cellules intactes dans les conduites est rvlatrice dune croissance bactrienne et donc dune dfaillance de la protection chimique. Pour la Suisse, cette approche est particulirement intressante tant donn que de plus en plus de producteurs deau potable envisagent de passer du traitement chimique la stabilisation biologique pour garantir linnocuit microbiologique de leau distribue. Les services des eaux des villes de Ble, de Zurich, de Riga et dAmsterdam ont dj test cette mthode avec succs dans des tudes de cas et lutilisent, adapte leurs besoins, dans le domaine de la recherche et de la surveillance. Une meilleure comprhension des processus. La diversit du monde microbien est bien documente : on recense 52 souches bactriennes rassemblant au total de un dix millions despces. Celles-ci prsentent une trs grande diversit de proprits physiques, dexigences nutritionnelles et dtats physiologiques [8]. Or pendant de nombreuses annes, les scientifiques ne disposaient pas rellement doutils performants pour apprhender et dcrire en dtail toute cette diversit. Les rcents progrs raliss dans le domaine du squenage haut-dbit du gnome bactrien permettent aujourdhui didentifier des milliers de microorganismes dans un minuscule chantillon deau. En partenariat avec lUniversity of Illinois, lEawag a ainsi tudi par pyrosquenage la diversit microbienne de leau potable non chlore. Cette mthode permet une caractrisation dtaille des communauts bactriennes via lanalyse dun certain type de gnes (gnes codant pour lARNr 16S), ce qui nous a permis didentifier les diffrents groupes de microorganismes prsents et de dterminer leur frquence respective. En plus de livrer une longue liste de noms de bactries, cette tude a montr que le pyrosquenage tait une mthode adapte lvaluation de la stabilit de leau potable dans le rseau de distribution [3]. Elle nous a en effet permis de dtecter les moindres changements dans la flore microbienne, suite par exemple des pisodes de croissance ou une contamination extrieure, et didentifier les organismes responsables. Nous avons dautre part constat que lorsquelle tait de bonne qualit, leau potable prsentait une grande stabilit au niveau de la concentration de cellules bactriennes et de la composition des communauts microbiennes de son lieu de production jusquau robinet de lusager. De telles mthodes nous permettront lavenir de mieux comprendre les mcanismes intervenant dans les communauts microbiennes des systmes dapprovisionnement en eau potable et donc den estimer la valeur fonctionnelle. Pour le moment, nous savons par exemple que les filtres biologiques fonctionnent

parfaitement, mais nous ignorons presque tout de la composition et des proprits de leur flore bactrienne. Il est plus que probable quune meilleure comprhension des processus microbiens aboutira une optimisation de la conception et de la conduite des filtres biologiques. Le dveloppement de la population mondiale et laugmentation conscutive des besoins en eau dans un contexte de changements environnementaux et en particulier climatiques vont accentuer la sollicitation des ressources en eau et rendre lapprovisionnement en eau potable de plus en plus difficile. Pour pouvoir faire face aux difficults venir, il est besoin dune planification prvoyante et dune bonne connaissance des processus microbiologiques intervenant dans les systmes de production et dadduction deau potable. Llaboration dune large gamme de mthodes nouvelles est dune part profitable la recherche en lui permettant de mieux comprendre ces processus fondamentaux. Mais ces mthodes et le savoir quelles permettent dacqurir fournissent aussi aux responsables de lapprovisionnement en eau potable des instruments leur permettant doptimiser les systmes de potabilisation et dassurer la durabilit et la qualit de lalimentation en eau iii potable dans lavenir.

[1] Hammes F., Berger C., Kster O., Egli T. (2010): Assessing biological stability of drinking water without disinfectant residuals: A case-study of the Zurich water supply system. Journal of Water Supply: Research and Technology, Aqua 59 (1), 3140. [2] Sedlak D.L., von Gunten U. (2011): The chlorine dilemma. Science 331, 4243. [3] Lautenschlager K., Boon N., Wang Y., Egli T., Hammes F. (2010): Overnight stagnation of drinking water in household taps induces microbial growth and changes in community composition. Water Research 44 (17), 48684877. [4] Vital M., Stucki D., Egli T., Hammes F. (2010): Evaluating the growth potential of pathogenic bacteria in water. Applied and Environmental Microbiology 76 (19), 6477 6484. [5] Hammes F., Vital M., Stucki D., Lautenschlager K., Egli T. (2009): Advances in microbiological methods for drinking water analysis: Flow cytometry, assimilable organic carbon and pathogen growth potential. TECHNEAU: Safe drinking water from source to tap. IWA Publishing, Alliance House, London. [6] Hammes F., Goldschmidt F., Vital M., Wang Y., Egli T. (2010): Measurement and interpretation of microbial adenosine tri-phosphate (ATP) in aquatic environments. Water Research 44 (13), 39153923. [7] Ramseier M.K., von Gunten U., Freihofer P., Hammes F. (2011): Kinetics of membrane damage to high (HNA) and low (LNA) nucleic acid bacterial clusters in drinking water by ozone, chlorine, chlorine dioxide, monochloramine, ferrate(VI), and permanganate. Water Research 45 (3), 14901500. [8] Schloss P.D., Handelsman J. (2004): Status of the microbial census. Microbiology and Molecular Biology Reviews 68, 686691.

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