Capitulo 1 Ponto 1.

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5. De que forma as enzimas diminuem a energia de activao de uma reaco? As enzimas promovem sequncias de reaces qumicas Todas as macromolculas biolgicas so muito menos estveis termodinamicamente se comparadas com suas unidades monomricas, sendo mesmo assim cineticamente estveis: suas quebras no catalisadas ocorrem to lentamente que, em uma escala de tempo tpica de organismos vivos, estas molculas podem ser consideradas estveis. Praticamente toda reaco qumica em uma clula ocorre em uma taxa significante somente com a presena das enzimas biocatalisadores que, como todos os outros catalisadores, aumentam bastante a velocidade de reaces qumicas especficas sem contudo serem consumidos no processo. O caminho de reagente(s) a produto(s) invariavelmente envolve uma barreira energtica, chamada de potencial de activao (Fig. 1-27), que precisa ser superada para que alguma reaco ocorra. A quebra de ligaes existentes e a formao de novas geralmente requer, em primeiro lugar, a modificao das ligaes existentes para criar um estado de transio que possui energia livre maior que a dos reagentes ou produtos. O ponto mais alto no diagrama da coordenada de reaco representa o estado de transio, e a diferena de energia entre o reagente no seu estado fundamental e em seu estado de transio consiste na energia de activao, G. Uma enzima catalisa a reaco ao prover uma acomodao mais confortvel ao estado de transio: uma superfcie que complementa o estado de transio em sua estereoqumica, polaridade e carga. A ligao da enzima ao estado de transio exergnica, e a energia liberada por esta ligao reduz a energia de activao para a reaco e aumenta muito a sua velocidade.

6. De que forma promovem as enzimas sequencias de reaces qumicas? Uma contribuio adicional catlise ocorre quando dois ou mais reagentes se ligam superfcie da enzima prximos um do outro e em uma orientao estereoespecfica que favorece a reaco. Isto aumenta em vrias ordens de grandeza a probabilidade de colises produtivas entre reagentes. Como resultado destes factores somados com vrios outros as reaces catalisadas por enzimas normalmente ocorrem a velocidades 1012 vezes mais rpidas que reaces no catalisadas. Catalisadores celulares so, com raras excepes, protenas. (Algumas molculas de RNA possuem actividade enzimtica, como discutido nos Captulos 26 e 27.) Novamente, com algumas excepes, cada enzima catalisa uma reaco especfica e cada reaco no interior da clula catalisada por uma enzima diferente. Portanto milhares de enzimas diferentes so necessrias em cada clula. A multiplicidade de enzimas, sua especificidade (capacidade de diferenciar os reagentes uns dos outros) e sua susceptibilidade de regulao do s clulas a

capacidade de diminuir selectivamente os potenciais de activao. Esta selectividade crucial para a regulao efectiva dos processos celulares. Ao permitir que reaces especficas ocorram a velocidades significativas em momentos especficos, as enzimas determinam como a matria e a energia so canalizadas nas actividades celulares. Os milhares de reaces qumicas catalisadas por enzimas nas clulas so organizadas funcionalmente em muitas sequncias de reaces consecutivas, chamadas de rotas, nas quais o produto de uma reaco se torna o reagente da seguinte. Algumas rotas degradam nutrientes orgnicos em produtos finais simples para poder extrair energia qumica e convert-la em formas teis clula; o conjunto destas reaces degradativas e produtoras de energia livre designado de catabolismo. A energia liberada pelas reaces catablicas promove a sntese de ATP. Como resultado, a concentrao celular de ATP est bem acima da sua concentrao de equilbrio, de modo que o G para quebra de ATP grande e negativo. Similarmente, o metabolismo resulta na produo de carreadores de electres reduzidos, NADH e NADPH, ambos os quais podem doar electres em processos que geram ATP ou conduzir etapas redutoras em rotas biossintticas. Outras rotas iniciam com molculas precursoras pequenas e convertem-nas progressivamente em molculas maiores e mais complexas, incluindo protenas e cidos nucleicos. Tais rotas sintticas, que invariavelmente requerem injeco de energia, so colectivamente designadas de anabolismo. A rede de rotas catalisadas por enzimas constituem o metabolismo celular. O ATP (e os nucleosdeos trifosfatados energicamente equivalentes, trifosfato de cistidina [CTP], trifosfato de uridina [UTP] e trifosfato de guanosina [GTP]) o elo de ligao entre os componentes catablicos e anablicos desta rede (mostrado esquematicamente na Fig. 1-28). As rotas das reaces catalisadas por enzimas que atuam sobre os principais constituintes das clulas protenas, gorduras, acares e cidos nucleicos so praticamente idnticas em todos os organismos vivos.

7. Como define Metabolismo? Metabolismo o conjunto de transformaes que as substncias qumicas sofrem no interior dos organismos vivos. O termo "metabolismo celular" usado em referncia ao conjunto de todas as reaces qumicas que ocorrem nas clulas. Estas reaces so responsveis pelos processos de sntese e degradao dos nutrientes na clula e constituem a base da vida, permitindo o crescimento e reproduo das clulas, mantendo as suas estruturas e adequando respostas aos seus ambientes. As reaes qumicas do metabolismo esto organizadas em vias metablicas, que so sequncias de reaces em que o produto de uma reaco utilizado como reagente na reaco seguinte. Diferentes enzimas catalisam diferentes passos de vias metablicas, agindo de forma concentrada de modo a no interromper o fluxo nessas vias. As enzimas so vitais para o metabolismo porque permitem a realizao de reaces desejveis mas termodinamicamente desfavorveis, ao acopl-las a reaces mais favorveis. As enzimas regulam as vias metablicas em resposta a mudanas no ambiente celular ou a sinais de outras clulas. O metabolismo normalmente dividido em dois grupos: Anabolismo: Reaces anablicas, ou reaces de sntese, so reaces qumicas que produzem nova matria orgnica nos seres vivos. Sintetizam-se

novos compostos (molculas mais complexas) a partir de molculas simples (com consumo de ATP). Catabolismo: Reaces catablicas, ou reaces de decomposio/degradao, so reaces qumicas que produzem grandes quantidades de energia livre (sob a forma de ATP) a partir da decomposio ou degradao de molculas mais complexas (matria orgnica). Quando o catabolismo supera em actividade o anabolismo, o organismo perde peso, o que acontece em perodos de jejum ou doena; mas se o anabolismo superar o catabolismo, o organismo cresce ou ganha peso. Se ambos os processos esto em equilbrio, o organismo encontra-se em equilbrio dinmico ou homeostase.

8. De que forma se consegue regular o metabolismo ara funcionar da forma mais eficiente e econmica? O metabolismo regulado para obter equilbrio e economia As clulas vivas no s sintetizam de forma simultnea milhares de tipos diferentes de carbohidratos, gorduras, protenas e molculas de cidos nucleicos e suas subunidades mais simples, como o fazem nas exactas propores requeridas pela clula sob uma dada circunstncia. Por exemplo, durante o rpido crescimento celular os precursores de protenas e cidos nucleicos devem ser feitos em grandes quantidades, ao passo que, em clulas que no esto crescendo, a demanda por estes precursores muito menor. As enzimas-chave em cada rota metablica so reguladas de modo que cada tipo de molcula precursora seja produzido na quantidade apropriada s demandas momentneas das clulas. Apesar de o conceito de rota discreta ser uma ferramenta importante para organizar o nosso conhecimento do metabolismo, ele muito simplificado. Existem milhares de metablitos intermedirios na clula, muitos dos quais fazem parte de mais de uma rota. O metabolismo seria melhor representado como uma rede de rotas interconectadas e interdependentes. A mudana na concentrao de qualquer metablito d incio a um efeito de ondulao, influenciando o fluxo de materiais pelas outras rotas. A tarefa de compreender estas complexas interaces entre intermedirios e rotas em termos quantitativos desencorajadora, contudo a nova nfase em biologia de sistemas comeou a oferecer uma importante compreenso da regulao global do metabolismo. As clulas regulam tambm a sntese de seus prprios catalisadores, as enzimas, em resposta ao aumento ou diminuio da necessidade de um produto metablito. A expresso de genes (a traduo da informao contida no DNA em protenas activas na clula) e a sntese de enzimas so outros nveis de controlo metablico na clula. Todos os nveis devem ser levados em conta na descrio do controle global do metabolismo celular.

Capitulo 1 Pontos 1.4 e 1.5

1. O que o DNA? O cido desoxirribonucleico (ADN) um composto orgnico cujas molculas contm as instrues genticas que coordenam o desenvolvimento e funcionamento de todos os seres vivos e alguns vrus. O seu principal papel armazenar as informaes necessrias para a construo das protenas e ARNs. Os segmentos de ADN que contm a informao gentica so denominados genes. O restante da sequncia de ADN tem importncia estrutural ou est envolvido na regulao do uso da informao gentica. Do ponto de vista qumico, o ADN um longo polmero de unidades simples (monmeros) de nucleotdeos, cuja cadeia principal formada por molculas de acares e fosfato intercalados unidos por ligaes fosfodister. Ligada molcula de acar est uma de quatro bases nitrogenadas. A sequncia de bases ao longo da molcula de ADN constitui a informao gentica. A leitura destas sequncias feita atravs do cdigo gentico, que especifica a sequncia linear dos aminocidos das protenas. A traduo feita por um RNA mensageiro que copia parte da cadeia de ADN por um processo chamado transcrio e posteriormente a informao contida neste "traduzida" em protenas pela traduo. Embora a maioria do ARN produzido seja usado na sntese de protenas, algum ARN tem funo estrutural, como por exemplo o ARN ribossmico, que faz parte da constituio dos ribossomas. O ADN responsvel pela transmisso das caractersticas hereditrias de cada ser vivo.

2. O que ocasiona uma mutao e de que forma contribuem estas para a evoluo? Mudanas nas instrues hereditrias permitem a evoluo Apesar da fidelidade quase perfeita na replicao gentica, erros pouco frequentes no reparados no processo de replicao do DNA levam a mudanas na sequncia de nucleotdeos do DNA, produzindo uma mutao gentica (Fig. 1-32) e alterando as instrues para um componente celular. Danos reparados incorrectamente em uma das fitas do DNA possuem o mesmo efeito. Mutaes no DNA passadas aos descendentes isto , mutaes presentes nas clulas reprodutivas podem ser danosas ou mesmo letais ao novo organismo ou clula; elas podem, por exemplo, ser a causa da sntese de uma enzima defeituosa que no capaz de catalisar uma reaco metablica essencial.

3. Quais as possveis consequncias de uma duplicao dos genes? Ocasionalmente, contudo, uma mutao equipa melhor um organismo ou uma clula para sobreviver em um dado ambiente. Uma enzima mutante pode ter adquirido, por exemplo, uma especificidade um pouco diferente que a torna agora capaz de usar um composto que previamente a clula estava incapacitada de metabolizar. Se uma populao de clulas se encontrar em um ambiente onde aquele composto a nica ou a mais abundante fonte de combustvel disponvel, ento a clula mutante ter uma vantagem competitiva sobre as demais clulas no mutadas (tipo selvagem) da populao. A clula mutada e suas descendentes vo sobreviver e prosperar no novo ambiente, enquanto as clulas do tipo selvagem vo definhar e sero eliminadas. Isto o que Darwin denominou de sobrevivncia do mais adaptado sob presso selectiva o processo da seleco natural. Ocasionalmente, uma segunda cpia de um gene inteiro introduzida em um cromossomo como resultado da replicao defeituosa do cromossomo. A segunda cpia desnecessria, e mutaes neste gene no sero deletrias, podendo se tornar um meio pelo qual a clula pode evoluir, produzindo um novo gene com uma nova funo enquanto mantm o gene original e a sua funo. Sob esta ptica, as molculas de DNA dos organismos modernos so documentos histricos, registros de uma longa jornada desde as primeiras clulas at os organismos modernos. Contudo, os registros histricos no DNA no esto completos; no curso da evoluo, muitas mutaes devem ter sido apagadas ou reescritas. Porm as molculas de DNA so a melhor fonte de histria biolgica disponvel. A frequncia de erros na replicao do DNA representa equilbrio entre muitos erros, muitos dos quais geram clulas-filhas inviveis, e relativamente poucos prevenindo a variao gentica que permite a sobrevivncia das clulas mutantes em novos nichos ecolgicos. A adaptao selectiva por vrios bilhes de anos refinou os sistemas celulares para tirar o mximo das propriedades fsicas e qumicas das matrias-primas disponveis. As variaes genticas casuais em indivduos em uma populao, combinadas com a seleco natural, resultaram na evoluo de uma enorme variedade dos organismos actuais, cada um adaptado ao seu nicho ecolgico particular.

4. Descreva a experincia da origem abitica das biomolculas orgnicas. De acordo com uma hiptese, estes compostos foram criados pelo efeito de poderosas foras atmosfricas irradiao ultravioleta, relmpagos e raios ou erupes vulcnicas sobre os gases da atmosfera terrestre pr-bitica e sobre os solutos inorgnicos nas fontes hidrotermais superaquecidas nas profundezas do oceano. Esta hiptese foi testada em um experimento clssico sobre a origem abitica (no biolgica) de biomolculas orgnicas conduzido em 1953 por Stanley Miller no laboratrio de Harold Urey. Miller submeteu uma mistura de gases supostamente existentes na terra pr-bitica, incluindo NH3, CH4, H2O e H2, a uma descarga elctrica produzida por um par de elctrodos (para simular relmpagos e raios) por um perodo de uma semana ou mais e ento analisou o contedo do frasco da reao fechada (Fig. 1-33). A fase gasosa da mistura continha CO e CO2, alm dos gases de partida. A fase lquida continha uma grande variedade de compostos orgnicos, incluindo alguns aminocidos, cidos orgnicos, aldedos e cido ciandrico (HCN). Este experimento mostrou a possibilidade da produo abitica de biomolculas em um tempo relativamente curto e em condies relativamente brandas. 5. o que surgiu primeiro, os cidos nucleicos ou as protenas? A resposta pode ser que ambos surgiram aproximadamente ao mesmo tempo e que o RNA precedeu ambos. A descoberta de que molculas de RNA podem actuar como catalisadoras da sua prpria formao sugere que o RNA, ou uma molcula similar, pode ter sido o primeiro gene e o primeiro catalisador. De acordo com este cenrio (Fig. 1-34), um dos primeiros estgios da evoluo biolgica foi a formao por acaso, na sopa primordial, de uma molcula de RNA que pode catalisar a formao de outra molcula de RNA com a mesma sequncia uma auto-replicao, um RNA autoperpetuante. A concentrao de uma molcula de RNA auto-replicante cresceria exponencialmente, visto que uma molcula forma duas, duas formam quatro, e assim por diante. A fidelidade da auto-replicao presumivelmente no era perfeita, de modo que o processo gerou variantes do RNA, muitos dos quais podendo ser melhores para a auto-replicao. Na competio por nucleotdeos, a mais eficiente entre as sequncias auto-replicantes ganharia e os replicadores menos eficientes se extinguiriam da populao.

6.Como se chegou da sopa prebitica ao DNA? A diviso de tarefas entre DNA (depsito de informao gentica) e protena (catlise) foi, de acordo com a hiptese do mundo do RNA, um desenvolvimento posterior. Novas variantes de molculas de RNA auto-replicantes se desenvolveram, com a capacidade adicional de catalisar a condensao de aminocidos em peptdeos. Eventualmente, os peptdeos assim formados puderam reforar a capacidade do RNA de se auto-replicar e o par molcula de RNA e peptdeo auxiliar poderia passar por modificaes adicionais na sequncia, gerando sistemas auto-replicantes com eficincias crescentes. A interessante descoberta de que na maquinaria de sntese de protenas nas clulas modernas (ribossomas) so as molculas de RNA, no as protenas, que catalisam a formao das ligaes peptdicas consistente com a hiptese do mundo do RNA. Algum tempo aps a evoluo deste sistema primitivo de sntese de protenas, houve um desenvolvimento adicional: molculas de DNA com sequncias complementares s molculas de RNA auto-replicantes assumiram a funo de conservar a informao gentica, e as molculas de RNA evoluram para exercer o seu papel na sntese de protenas. ( explicado no Captulo 8 por que o DNA uma molcula mais estvel que o RNA e, portanto, um repositrio mais adequado informao hereditria.) As protenas se revelaram catalisadores versteis e, com o passar do tempo, assumiram a maior parte dessa funo. Compostos similares a lipdeos presentes na sopa primordial formaram camadas relativamente impermeveis ao redor das coleces de molculas auto-replicantes. A concentrao de protenas e cidos nucleicos dentro destes invlucros lipdicos favoreceu as interaces moleculares necessrias para a auto-replicao.

7. Como obtinham as primeiras clulas a sua energia? A primeira clula provavelmente usou combustveis inorgnicos As clulas primitivas surgiram em uma atmosfera redutora (no existia oxignio) e provavelmente obtiveram energia de compostos inorgnicos, tais como sulfeto ferroso e carbonato ferroso, ambos abundantes na superfcie terrestre. Por exemplo, a reaco FeS + H2S FeS2 + H2 produz energia suficiente para promover a sntese de ATP ou compostos similares. Os compostos orgnicos de que precisavam podem ter surgido das aces no biolgicas de raios e relmpagos, do calor de vulces ou do calor de fendas termais no oceano sobre os componentes da atmosfera primitiva: CO, CO2, N2, NH3, CH4 e outros. Uma fonte alternativa de compostos orgnicos tem sido proposta: o espao extraterrestre. Os organismos unicelulares primitivos adquiriram gradualmente a capacidade de extrair energia de compostos do seu meio e de usar esta energia para sintetizar a maioria de suas molculas precursoras, se tornando portanto menos dependentes de fontes externas. Um evento evolutivo muito significante foi o desenvolvimento de pigmentos capazes de capturar a energia da luz do sol, que pode ser usada para reduzir, ou fixar, CO2 para formar compostos orgnicos mais complexos. O doador original de electres para estes processos fotossintticos foi provavelmente o H2S, produzindo enxofre elementar ou sulfato (SO4 2) como subproduto; mais tarde, as clulas desenvolveram a capacidade enzimtica de usar H2O como doador de eltrons nas reaes fotossintticas, eliminando O2 como resduo. As

cianobactrias so os descendentes modernos destes primeiros produtores de oxignio fotossinttico.

8. Que eventos representaram importantes passos na evoluo? Pelo fato de a atmosfera da Terra nos estgios iniciais da evoluo biolgica estar praticamente desprovida de oxignio, as primeiras clulas eram anaerbicas. Sob estas condies, organismos quimiotrficos podiam oxidar compostos orgnicos em CO2 passando electres no para o O2, mas para aceptores como SO4 2, neste caso produzindo H2S como produto. Com o surgimento de bactrias fotossintticas produtoras de O2, a atmosfera se tornou progressivamente rica em oxignio um oxidante poderoso e txico para organismos anaerbios. Respondendo presso evolutiva ao que Lynn Margulis e Dorion Sagan chamaram de holocausto do oxignio, algumas linhagens de microorganismos levaram ao surgimento de organismos aerbicos que obtm energia passando electres das molculas de combustvel ao oxignio. Devido ao fato de a transferncia de electres de molculas orgnicas ao O2 liberar uma grande quantidade de energia, os organismos aerbicos tiveram uma vantagem energtica sobre seus equivalentes anaerbios quando ambos competiam no ambiente contendo oxignio. Esta vantagem se traduziu na predominncia de organismos aerbicos em ambientes ricos em O2. As bactrias e as arquibactrias modernas habitam praticamente todos os nichos ecolgicos da biosfera, e existem organismos capazes de usar praticamente qualquer tipo de composto orgnico como fonte de carbono e energia. Micrbios fotossintticos tanto em gua salgada como em gua doce capturam energia solar e a utilizam para gerar carbohidratos e todos os outros constituintes da clula, que por sua vez so usados como alimento pelas outras formas de vida. O processo de evoluo continua e, nas clulas bacterianas que se reproduzem rapidamente, em uma escala de tempo que permite testemunh-lo no laboratrio. Uma abordagem para produzir uma protoclula no laboratrio envolve o exame do genoma de bactrias simples para a determinao do nmero mnimo de genes necessrios para que possa existir vida.

9. Como se formou a clula eucaritica? Clulas eucariticas evoluram a partir de precursores mais simples atravs de vrios estgios. Detalhes do caminho evolutivo de clulas no nucleadas para clulas nucleadas no podem ser deduzidos somente pelo registro fssil, mas as semelhanas bioqumicas e morfolgicas dos organismos modernos sugerem uma sequncia de eventos consistente com a evidncia fssil. Trs mudanas principais devem ter ocorrido: Primeiro, na medida em que as clulas adquiriram mais DNA, os mecanismos necessrios para dobr-lo compactamente em complexos discretos com protenas especficas e a sua diviso correta entre as clulas-filhas se tornaram mais elaborados. Protenas especializadas foram requeridas para estabilizar o DNA dobrado e para separar os complexos DNA-protena resultantes (cromossomos) durante a diviso celular.

Segundo, na medida em que as clulas se tornaram maiores, um sistema de membranas intracelular se desenvolveu, incluindo uma dupla membrana envolvendo o DNA. Esta membrana segregou o processo nuclear de sntese de RNA a partir do molde de DNA do processo citoplasmtico de sntese de protenas nos ribossomos. Finalmente, as primeiras clulas eucariticas, que eram incapazes de realizar fotossntese ou metabolismo aerbico, englobaram bactrias aerbicas e bactrias fotossintticas formando associaes endossimbiticas que finalmente tornaram-se permanentes (Fig. 1-36). Algumas bactrias aerbicas evoluram para as mitocndrias dos modernos eucariotos e algumas cianobactrias fotossintticas se tornaram os plastdios, como os cloroplastos das algas verdes, o provvel ancestral das clulas das plantas modernas.

Quando dois genes compartilham similaridades de sequncia facilmente detectveis (sequncia de nucleotdeos no DNA ou sequncia de aminocidos na protena que eles codificam), suas sequncias so ditas homlogas e as protenas que eles codificam so homlogas. Se dois genes homlogos ocorrem na mesma espcie, ento eles so ditos parlogos e os produtos proteicos tambm so parlogos. Presume-se que os genes parlogos sejam derivados da duplicao gnica, seguida por mudanas graduais nas sequncias de ambas as cpias. Tipicamente, protenas parlogas so similares no somente em sequncia, mas tambm em sua estrutura tridimensional, mas ambas adquiriram funes diferentes durante sua evoluo. Dois genes homlogos (ou protenas) encontrados em espcies diferentes so ditos ortlogos e suas protenas resultantes so ortlogas. Normalmente as ortlogas possuem a mesma funo em ambos os organismos; portanto, quando um novo gene sequenciado de uma espcie fortemente ortlogo com um gene de uma outra espcie, ento este gene provavelmente codifica uma protena com a mesma funo em ambas as espcies.