Lezione 12 2

RNA LRNA (Ribo Nucleic Acid = acido ribo-nucleico) una molecola complessa molto simile a quella del DNA. Si diversifica da questa per 3 elementi: il filamento unico (e non doppio); lo zucchero il ribosio (e non il desossiribosio) le basi azotate sono sempre 4 ma manca la timina e, al suo posto, c luracile. LRNA comprende diversi tipi di molecole che possono essere raggruppate in due grosse famiglie: gli RNA non-codificanti (cio che non sintetizzano proteine o altro) e quelli codificanti (che invece sintetizzano proteine o altro). Questi ultimi rappresentano un piccolissima parte dellRNA totale (circa il 4%). In base alla funzione, gli RNA si dividono in RNA che svolgono un ruolo di regolazione genica (che, intervenendo a vari livelli, possono modificare lespressione genica, cio il risultato finale dellinformazione originariamente contenuta nel DNA) e gli RNA che svolgono un ruolo di traduzione genica (cio, che traducono linformazione del DNA in proteine).

I principali tipi di RNA sono i seguenti: RNA citoplasmatici 1) RNA messanger o mRNA (RNA messaggero), lunico tipo di RNA codificante; esso trasporta le informazioni dal DNA ai ribosomi, per consentire la sintesi proteica. 1

2) RNA transfer o tRNA (RNA trasportatore), lega gli aminoacidi nel citoplasma e li trasporta ai ribosomi per la sintesi delle proteine. 3) RNA ribosomal o rRNA (RNA ribosomiale), serve per la costruzione dei ribosomi. 4) Small citoplasmatic RNA o scRNA (piccoli RNA citoplasmatici), svolgono diverse funzioni, in parte sconosciute. 5) Small interfering RNA o siRNA (piccoli RNA interferenti), sono piccole molecole a doppio filamento (19-21 nucleotidi), essenzialmente di origine esogena (cio provenienti dallesterno della cellula; sono di origine virale o sintetica). I siRNA sono coinvolti nellRNA interference (RNAi), un processo che blocca lespressione di singoli geni. 6) Micro RNA o miRNA, sono piccole molecole (20-22 nucleotidi) mononfilamento, di origine endogena (cio provenienti dallinterno della cellula), molto presenti nelle cellule eucariote. Come i siRNA sono coinvolti nellRNA interference (RNAi). Sono riconosciuti essere i principali regolatori dellespressione genica. RNA nucleari 7) Small nucleolar RNA o snoRNA (piccoli RNA nucleolari), sono coinvolti nella maturazione degli rRNA. 8) Small nuclear RNA o snRNA (piccoli RNA nucleari), sono coinvolti nei processi di splicing (e quindi nella maturazione degli mRNA).

1) RNA-MESSAGGERO. L'mRNA si occupa di trasportare le informazioni codificate (scritte) nel DNA al citoplasma. Esso si presenta sotto forma di filamento unico sul quale sono presenti triplette di nucleotidi (dette codoni). La sequenza base del filamento di mRNA complementare a quella del filamento del DNA dal quale stato copiato (complementare non identica!). Appena trascritto, lmRNA contiene sia sequenze che verranno poi tradotte (esoni), sia sequenze che non verranno tradotte (introni) e che spesso svolgono un ruolo regolatore della trascrizione stessa. Per questo motivo, la molecola neotrascritta (appena trascritta) di RNA viene detta pre-mRNA. Successivamente, il pre-mRNA viene sottoposto ad un processo di maturazione che lo trasforma in mRNA maturo. Questo processo di maturazione richiede 5 passaggi: capping, poliadenilazione, splicing, editing, controllo. Capping (incappucciamento): consiste nell'aggiunta di un "cappuccio" all'estremit 5 del filamento del pre-mRNA. Questa modifica importante per a. proteggere lmRNA dalla degradazione da parte di RNAsi (che agiscono partendo proprio dallestremit 5); b. per favorire il riconoscimento e l'aggancio dell'mRNA al ribosoma (da parte di una proteina del ribosma); c. per facilitarne il trasporto dal nucleo al citoplasma. 2

 Poliadenilazione: consiste nell'aggiunta di una sequenza poliadenilica (da parte dellenzima

poli(A)-polimerasi), composta da circa 200 nucleotidi di adenina (poli-A), all'estremit 3' del pre-mRNA. Le funzioni della poliadenilazione sono a. proteggere la molecola di premRNA dalla degradazione (da parte dellesonucleasi 3-5); b. intervenire nel processo di traduzione. Splicing (giuntatura): consiste nella eliminazione degli introni (porzioni di RNA che non servono per la sintesi proteica) e successiva unione degli esoni (le porzioni dellRNA che contengono le informazioni per la sintesi degli aminoacidi costituenti le proteine). Il fenomeno dello splicing complesso e pu essere di vario tipo.

1) 1) Lo splicing normale vede coinvolto un complesso, detto spliceosoma, grande quanto un

ribosoma e composto da 5 snRNA e 150 proteine. Ciascuno dei 5 snRNA si lega a diverse proteine formando gli snRNP (ribonucleoproteine nucleari). Gli snRNP, a loro volta, si legano al pre-mRNA in 3 punti: sulla zona di confine introne-esone prossimale (sito di splicing 5), sullaltra zona di confine esone-introne distale (sito di splicing 3) e sul sito branch (intermedio tra i due). Successivamente, lo spliceosoma produce unansa nellintrone ed effettua il taglio di questo (che si ripiega a cappio) quindi salda assieme i due esoni. 2) Lo splicing alternativo un processo mediante il quale un gene pu produrre mRNA diversi in posti diversi ed in tempi diversi ( a seconda del tipo di cellula o dello stadio di sviluppo 3

dellorganismo in cui ritrovano ad essere espressi). In questo modo si riesce a produrre proteine diverse dello stesso gene. Nelluomo stato stimato che lo splicing alternativo interessi circa il 60-80% dei geni e rappresenta una delle possibili spiegazioni del ridotto numero di geni negli organismi superiori. Il meccanismo dello splacing alternativo basato sulla possibilit che hanno alcuni introni ed esoni di essere inclusi o meno nel trascritto finale; per cui, le possibili variabili di un trascritto genico aumentano. Le pi frequenti combinazioni possibili di splicing alternativo sono riportate nella figura sotto.

3) In alcuni casi, lintrone stesso dotato della capacit di autoeliminarsi e lo splicing viene detto self-splicing. Questa forma di splicing, non prevedendo lintervento di altre molecole di RNA (come gli snRNA) e/o proteine (come per es. lo spliceosoma), rappresenta una forma primitiva di splicing, dalla quale sono derivate (nel corso dellevoluzione) tutte le altre.

4) Talvolta il processo di splicing pu avvenire tra due molecole diverse di pre-mRNA. In questo caso il fenomeno viene detto trans-splicing. Esso infrequente negli eucarioti superiori, mentre rappresenta un processo comune in quelli di livello (filogenetico) inferiore.

 Editing (revisione): consiste nella delezione, inserzione o cambiamento di singole basi.

Esistono due meccanismi che mediano l'editing: a. editing per deamminazione, che comporta la trasformazione dell'adenina in inosina o, pi raramente, in guanina e della citosina in uracile.

b. b. editing per inserzione o delezione, che comporta laggiunta od eliminazione di basi all'interno della sequenza. In entrambi i casi, l'editing pu portare cambiamenti tali che la proteina risultante pu essere molto diversa, nella composizione in amminoacidi, da quella prevista dal codice genetico.

Controllo. Una volta maturati gli mRNA vengono trasportati dal nucleo nel citosol. La
molecola di mRNA per uscire, e quindi avere il lasciapassare per il citosol, deve legarsi ad un apposito gruppo di proteine del poro nucleare, ciascuna delle quali verifica che lmRNA ha subito una maturazione perfetta. Tra queste proteine, alcune legano e controllano la poli(A), altre si fissano sul cappuccio, e altre ancora verificano la perfetta ricucitura del punto di splicing. Gli RNA di scarto (cio quelli frammentati o riusciti male durante le fasi di taglio e cucitura) e gli introni, invece, non hanno questo lasciapassare e quindi rimangono nel nucleo dove vengono degradati e distrutti.

Emivita degli mRNA. Una volta nel citosol. Gli mRNA vengono letti e tradotti dai ribosomi. Il tempo di permanenza di una molecole di mRNA maturo nel citosol determina la quantit di proteina che ne deriva. Questa quantit deriva dal numero di volte che una molecola di mRNA viene tradotta e quindi dalla sua emivita. La degradazione degli mRNA dipende da ribonucleasi cellulari che degradano lmRNA in nucleotidi. La vita media di un mRNA varia da un mRNA allaltro. La maggior parte dei messaggeri soggetta a demolizione entro breve tempo: nei batteri la loro vita dura di solito tre minuti, mentre nelle cellule eucaristiche pi lunga (da 30 minuti a 10 ore). La poliadenilazione sembra giocare un ruolo importante nellemivita dellmRNA (pi lunga la catena Poli-A maggiore la durata dellmRNAe viceversa).