Filogenia molecular de los microorganismos

Profesora: Mag. Dbora Alvarado I. Curso: Microbiologa Molecular

Charles Darwin
Origin of Species 1859

Darwins evolution

Darwin at age 45 in 1854

Darwin at age 71 in 1880

En el principio

Ernst Haeckel (1866)

y su concepto filogentico. El acu el trmino phylum, filogenia, y ecologa.

Porqu es importante el estudio de la filogenia microbiana?

Es una base para el estudio comparativo de los microorganismos. Es una referencia para estudiar los procesos evolutivos. Es una referencia para estudiar la transferencia gentica horizontal. Permite la existencia de un rbol filogentico global que integre a todos los organismos vivos.

Filogenia Molecular
1. La evolucin es definida como un cambio gentico frente a una dinmica selectiva, por lo que las relaciones geneticas son la clave para comprender las relaciones evolutivas. 2. Se espera que los organismos similares a nivel molecular estn ms cercanamente relacionados que los organismos menos similares. Las relaciones filogenticas entre los seres vivos estn inferidas desde el punto de vista de la similaridad molecular.
a. Antes de la biologa molecular, el fenotipo fue utilizado en estudios evolutivos para inferir informacin gentica. b. Los estudios originales utilizaron una anatoma gruesa. Posteriormente, tambin fueron usados aspectos bioqumicos, estructurales y de comportamiento,

Filogenia Molecular
c. Los rboles evolutivos fueron construdos para muchos grupos de plantas y animales, cimentando las bases para el estudio evolutivo. d. Los fenotipos pueden ser engaosos, debido a que no siempre expresan relaciones genticas.
i. Algunas veces las similaridades son el resultado de evolucin convergente, complicando el estudio de la divergencia entre organismos (ej.slo las alas, colocaran a los pjaros, murcilagos e insectos en el mismo grupo evolutivo). ii. No todos los organismos pueden ser estudiados fcilmente a nivel de caractersticas fenotpicas (ej.bacterias y arqueas). iii. Entre organismos distantes (ej. humanos y bacterias), pocas caractersticas son compartidas, y es difcil determinar como estas especies puedan ser comparadas.

Filogenia Molecular
3. La evolucin molecular provee importante informacin, debido a que los efectos de la seleccin natural son generalmente menos pronunciados a nivel de la secuencia de DNA. 4. La comparacin de filogenias moleculares y morfolgicas es valiosa para examinar el efecto de la seleccin natural sobre las diferencias fenotpicas desde niveles moleculares hasta anatmicos.

El rbol de la vida

1. Las secuencias de DNA y RNA fueron utilizadas por primera vez para propsitos filogenticos a mediados de los-1980s.
a. Woese y Pace construyeron un rbol evolutivo basado en la secuencia 16S rRNA, debido a que los homlogos son encontrados en todos los organismos, al igual que en mitocondras y cloroplastos.

Carl Woese

Woese (1987)

El rbol de la vida

2. Trabajos posteriores comparando otros genes (ej. 5S rRNAs, mayores rRNAs y genes para protenas fundamentales) sustentan esta filogenia.
Tambin muestran que la mitocondria eucaritica y los genes de cloroplastos tienen diferentes orgenes que sus contrapartes nucleares.

Type of rRNA 5S 16S 23S

Approximate number of nucleotides 120 1,542 2,904

Subunit Location 50s 30s 50s

42 24

25
41 38 40 39

43

44

23

45

26

Universal

37

22 21 27 28 36 35 34 46 33 31 2 17 3 4 50 48 47 32

Domain-Bacteria

18 19

20 30 1

29

Group specific: a Proteobacteria (19-35) C. testeroni, sulfate reducers, many others (645-680)

16

15 14 13 7 12 8 11

5 6 49

#
9

helix-loop number

10

Leccin Dendrologica Anatoma del rbol

Branch Node Clade

Internode

Root

Tipos de Datos para Construir rboles

Caractersticas Morfolgicas Estados de carcter mltiple

Caracteres del cido nuclico 4 estados de carcter (A,T,C,G)

Filogentica Molecular
Analisis de rboles Genticos

rbol de especies = rbol verdadero

Un rbol que contenga a todos.Un rbol que los una

rbol gnico = rbol inferido

Usando secuencias de DNA para proponer hiptesis filogenticas para el rbol verdadero.

Blancos de DNA comunes para Anlisis Filogentico

DNA Ribosomal Nuclear (rDNA)

Pequeas subunidades de rDNA (16S / 18S rDNA) Internal Transcribed Spacer region (ITS) Grandes subunidades rDNA (26 / 28S rDNA)

Factor de Elongacin de la Traduccin 1 -tubulina

DNA Ribosomal Nuclear (rDNA)

Cmo crece un rbol?

Fentica (Mtodos de Distancia de matriz) vs.
Cladstica (Mtodos de Mxima parsimonia)

Fentica

Aproximacin basada en la distancia para estudiar las relaciones teniendo en cuenta la similaridad entre organismos. El dato Inicial es convertido a una matriz binaria de valores similares # Diferencias / # Total de Caracteres No se asume la coneccin directa entre similaridad y relaciones evolutivas

Construccin Bsica de un rbol

Humano TGTATCGCTC

Conejo

TGTGTCGCTC
TGTATCGCTC

Humano

Pollo

AGTCTCGTTC
3 Pollo 1 Conejo 1 Humano TGTGTCGCTC AGTCTCGTTC

Conejo Pollo

Matriz de datos

Matriz de Distancia

Tipos de anlisis fenticos

UPGMA (Unweighted Pair Group

Method with Arithmatic Mean)

Fitch-Margoliash Neighbor-Joining

Phenogram

Cladstica

Es el estudio de las vas de la evolucin elucidando las relaciones antecesor-descendiente.

Est basado en los cambios en el estado-caracter y la direccin de la evolucin Los principios clave son la maxima parsimonia (=evolucin minima) y las sinapomorfas (caracteres derivados compartidos) Willi Hennig, Phylogenetic Systematics (1966)

Maxima Parsimonia (MP)

MP = mnima evolucin El objetivo es identificar el rbol ms parsimonioso. El rbol ms parsimonioso es aquel que requiere el menor nmero de cambios en el estado del caracter para explicar las diferencias entre las taxas bajo estudio. Es frecuente que existan varios rboles ms parsimoniosos (con el mismo nmero mnimo de cambios)

No se infiere un nico rbol de los datos rboles mltiples (hiptesis) para explicar los cambios

Construccin del rbol Cladstico

* Caracter Informativo =debe tener al menos dos estados de caracter y cada estado debe estar presente en al menos dos taxas.

Levadura cervecera Neurospora

G
T

Levadura de fisin Royas

Cladograma

Chitridio

rboles enraizados y no enraizados

rboles no enraizados La direccin de la evolucin NO EST especificada.

rboles enraizados La direccin de la evolucin EST especificada. El rbol est polarizado

Polarizacin

Ingroup

Outgroup (=Sister group)

Con qu raz?

El enraizamiento (identificando la direccin de la evolucin) es enlazado a la designacin de un outgroup. El outgroup debera ser el grupo hermano ms cercano conocido para el ingroup de inters.

Tipos de Grupos Filogenticos

Monofiltico = incluye un antecesor y todos sus descendientes; una unidad de historia evolutiva; un taxn natural; un clade es un grupo monofiltico. Parafiltico = incluye un antecesor pero no todos sus descendientes; un taxn artificial

Polifiltico = grupo que pierde un nico antecesor comn; tambin un taxn artificial

Ascomycete clade

Tipos de Grupos Filogenticos

El mito de un rbol universal a partir de un solo gen.

Qu problema tiene el mito cientfico de que una sla secuencia es suficiente para reconstruir la historia total de la vida.

El mito es lo suficientemente fuerte como para que se proporcionen en libros de texto, rboles evolutivos que han perdido sustento de calidad.

Penny, Hendy y Steel 1989

Hipertermfilos

Supertree from 118 ML based - trees

100 100 100 100 100 59 100 99 58 100 100 100 100 Borrelia burgdorferi Treponema pallidum Chlamydophila pneumoniae Chlamydia muridarum Chlamydia trachomatis Aquifex aeolicus Thermotoga maritima Bacillus halodurans Bacillus subtilis Staphylococcus aureus Lactococcus lactis Streptomyces pyogenes Ureaplasma parvum Mycoplasma genitalium Mycoplasma pneumoniae Synechocystis sp. Deinococcus radiodurans Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium leprae Streptomyces coelicolor Campylobacter jejuni Helicobacter pylori J Rickettsia prowazekii Caulobacter crescentus Neisseria meningitidis Xylella fastidiosa Pseudomonas aeruginosa Buchnera sp. Escherichia coli Vibrio cholerae Pasteurella multocida Haemophilus influenzae Halobacterium sp. Thermoplasma acidophilum Archaeoglobus fulgidus Methanococcus jannashii Methanobacterium thermoautotrophicum Pyrococcus horikoshii Pyrococcus abyssi Aeropyrum pernix Sulfolobus solfataricus Saccharomyces cerevisiae Arabidopsis thaliana Caenorhabditis elegans Drosophila melanogaster

Spirochaetes Chlamydiales Hyperthermophilic bacteria Low G+C Gram-positives Cyanobacteria Deinococcus/Thermus group High G+C Gram positives

100

72 100

100

100

90
100

100

100
100 100 100 99 100 76

e a b - Proteobacteria

Euryarchaeota

60

62 100

100
100 66 99

Crenarchaeota Eukaryota

Supertree from 121 Gamma distance - based trees

100 100 100 100 100 72 73 100 75 98 100 100 100 100 100 100 Borrelia burgdorferi Treponema pallidum Chlamydophila pneumoniae Chlamydia muridarum Chlamydia trachomatis Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium leprae Streptomyces coelicolor Deinococcus radiodurans Synechocystis sp. Staphylococcus aureus Bacillus subtilis Bacillus halodurans Lactococcus lactis Streptomyces pyogenes Mycoplasma pneumoniae Mycoplasma genitalium Ureaplasma parvum Aquifex aeolicus Thermotoga maritima Campylobacter jejuni Helicobacter pylori J Rickettsia prowazekii Caulobacter crescentus Neisseria meningitidis Xylella fastidiosa Escherichia coli Vibrio cholerae Pasteurella multocida Haemophilus influenzae Buchnera sp. Pseudomonas aeruginosa Halobacterium sp. Thermoplasma acidophilum Methanococcus jannashii Pyrococcus horikoshii Pyrococcus abyssi Methanobacterium thermoautotrophicum Archaeoglobus fulgidus Aeropyrum pernix Sulfolobus solfataricus

Spirochaetes Chlamydiales High G+C Gram positives Deinococcus/Thermus group Cyanobacteria

Low G+C Gram-positives

100 100 87 100

100
88 94 100 100 100

Hyperthermophilic bacteria e a b - Proteobacteria

g

100
100

61 63 100 73 100 100 62 100

Euryarchaeota

Crenarchaeota Eukaryota

Drosophila melanogaster Caenorhabditis elegans Arabidopsis thaliana Saccharomyces cerevisiae

Relaciones filogenticas entre procariotes de acuerdo a los 3 dominios propuestos basados en rboles 16S rRNA.

Se muestra ramificacin polifiltica entre monodermos y didermos.

HSP70

Gupta, 1998