Tema 8.

Base molecular de la variacin gentica

Mutacin y polimorfismo Mutacin desde el punto de vista mdico genmicas/cromosmicas/gnicas Origen y causas de la mutacin espontnea/inducida Frecuencia de las mutaciones Variabilidad gentica entre individuos Medida de la variabilidad a nivel de protenas a nivel de DNA Uso de los polimorfismos Aplicaciones forenses de los polimorfismos

los seres humanos tenemos una variabilidad fenotpica que podemos observar en muchos rasgos causas genticas
causas ambientales

variacin en la secuencia de nucletidos: mutacin/polimorfismo

Mutacin desde el punto de vista mdico

Genmicas: afectan al genoma completo. Aneuploidas Cromosmicas: afectan a cromosomas particulares. Duplicaciones, deleciones, inversiones, traslocaciones Gnicas: afectan a un par de bases Tipos Genmicas Cromosmicas Gnicas origen segregacin reordenaciones espontneo inducido frecuencia 10-2/divisin 10-4/divisin 1/divisin (10-9/pb) variable

Contribucin/origen de la variabilidad gentica

Hagamos algunos clculos en trminos de nucletidos un individuo se forma a partir de una clula despus de 1015 divisiones totales en un individuo hay miles de mutaciones nuevas. Las consecuencias depende de donde se localizan: DNA codificante/no codificante clulas somticas/clulas germinales 30 mitosis (pubertad) + 23 ciclos/ao + 5 (n= aos-15) 30+ 23n +5 divisiones 22 mitosis

+ (pubertad)
2 (meiosis)

24 divisiones

Los espermatozoides de un varn de 20 aos han sufrido unas 200 divisiones Cada espermatozoide contiene unas 200 mutaciones (slo como errores de la replicacin) En una eyaculacin (108 espermatozoides) se generan unas 1010 mutaciones

Hagamos algunos clculos en trminos de genes La tasa de mutacin es muy variable 10-4 a 10-7/locus/generacin Depende de: el tamao del gen: SST 1480pb a DMD 2x106 pb presencia de puntos calientes: GC, la C metilada puede pasar a T Si estimamos una media de mutacin 10-6/locus/generacin Si estimamos 20.000 el nmero de genes de nuestro genoma El 2% de los individuos de la poblacin ha recibido un gen con una mutacin

variabilidad gentica

La mayor parte de las mutaciones no son deletreas

1,5%

8,5%
altamente repetido

45%
moderadamente repetido

45%

Tipos de secuencias de DNA

DNA de secuencia nica: genes (intrones, exones, secuencias reguladoras) DNA moderadamente repetitivo: n copias 102 105 (17%)LINES (elementos largos dispersos): 6-8 kb. L1 slo 90 activos.
RNA-binding trascriptasa
AAA TTT

(13%)SINES (elementos cortos dispersos): 200-400 pb AAA 6 Alu 10 copias. Constituyen el 10% del genoma TTT MIR y MIR3 (8%)Retrovirus. Retrotrasposones (LTR). HERV son copias parciales. (3%)Transposones de DNA: 3x105 copias trasposasa DNA altamente repetitivo (DNA satlite): n copias 106 Minisatlite: 10-100 pb repetidas en tandem (VNTR). Regiones muy variables. Centrmeros y Telmeros. Microsatlite: 2, 3 4 pb repetidas en tandem (STR). Regiones muy variables. En todas partes. Uso en mapeo de genes y perfil gentico de un individuo

Concepto de polimorfismo gentico

Polimorfismo gentico es la presencia de mltiples alelos (variantes) de un locus (al menos dos de ellos con frecuencias superiores al 1%)

Locus polimrfico es el que tiene mltiples alelos y para el que al menos el 2% de la poblacin es heterocigtica
Medida del grado de polimorfismo Heterocigosis proporcin media de genes heterocigticos en un individuo

6%
proporcin de individuos heterocigticos para un gen

12-18%
Heterocigosis media del DNA genmico humano (3x 109 pb)

0,37%

1/300 pb es diferente

una persona se diferencia de otra en 10 millones de pb

variabilidad

Deteccin y medida del polimorfismo a nivel de protenas

las diferentes variantes de una proteina hacen que vare su mobilidad electrofortica

Deteccin y medida del polimorfismo a nivel de protenas

Hay numerosos polimorfismos en los antgenos de los eritrocitos

Sistema AB0 (9q34.1-q34.2)

Distintos alelos de un gen en el cromosoma 9. A y B son diferentes trasferasas que modifican al antgeno H del eritrocito, 0 codifica una trasferasa inactiva.

A
plasma (anticuerpo*) anti-B Grupo sanguneo A Genotipo AA, A0
(* que pueden fabricar)

B
anti-A B BB, B0

AB
anti-A y anti-B AB 0 AB 00 Receptor universal Donador universal Trasfusiones posibles como receptor
0 fenotipo Bombay? A, 0 B, 0 AB, A, B, 0

Grupos
0 A B AB

Trasfusiones posibles como donador

0, A, B, AB A, AB B, AB AB

Deteccin y medida del polimorfismo a nivel de protenas

Sistema Rh (1p36.2-p34)
Se han identificado ms de 45 antgenos del sistema Rh, pero de todos ellos cinco son frecuentes: D, C, E, c, e . La herencia de los antgenos Rh es determinada por dos genes RHD codifica la protena transportadora de antgeno D RHCE codifica la especificidad de la protena transportadora de los otros Las personas Rh + poseen genes RHD y RHCE. Las Rh - tienen slo RHCE Rh+ supone la presencia del antgeno D (dominante) y Rh- supone la ausencia. Rh+ es el mas frecuente.

Incompatibilidad materno-fetal: enfermedad hemoltica del recin nacido

Fenotipo: una destruccin de los eritrocitos fetales Cuando se produce? madre Rh-/ feto Rh+ (primer embarazo). No hay problema. PARTO los eritrocitos de madre e hijo entran en contacto

la madre Rh- produce anticuerpos anticuerpos a los varios antgenos Rh madre Rh-/ feto Rh+ (segundo embarazo). Problema: El sistema inmune de la madre considera a los glbulos rojos factor Rh positivo del beb como "extraos y los destruye.

Deteccin y medida del polimorfismo a nivel de DNA Si una persona se diferencia de otra en 1/300, 10 millones de pb nos diferenciamos unos de otros. Esta variabilidad no puede detectarse a nivel de proteas, donde los polimorfismos que se conocen no explican la variabilidad existente en la secuencia de DNA

Polimorfismo de longitud de los fragmentos de DNA (RFLP) son variaciones en la secuencia de DNA de un par de bases que afectan a la secuencia de reconocimiento de una enzima de restriccin. Se detectan por Southern blot. Biallico. Polimorfismo del nmero de repeticiones de secuencias en tandem (VNTR) son variaciones en la secuencia de DNA que afectan al nmero de (STR) repeticiones de una secuencia. Corresponden normalmente a los minisatlites y microsatlites. Se detectan por PCR. Muy polimrfico.
Polimorfismo de un solo nucletido (SNP) son variaciones en la secuencia de DNA de un par de bases. Se detectan con biochips

Southern blot
+ ER

1. Cortar DNA con ER 2. Separar los fragmentos en una electroforesis 3-4.Transferir los fragmentos a una membrana 5.Hibridar los fragmentos con una sonda marcada 6.Detectar los fragmentos por el marcaje de la sonda

RFLP

genotipos

PCR (polimerase chain reaction)

1.Desnaturalizacin 2.Reasociacin 3.Polimerizacin

x 35

VNTR

y STR

pb (tamao)
2000
1400 800 400

Biochips
Empleo de material biolgico sobre un chip DNA chip RNA chip Conjunto de molculas de DNA inmobilizadas sobre una superficie slida que nos permite la deteccin de esas secuencias en las muestras a investigar.

SNP (single nucleotide polimorfism) snip

son polimorfismos de 1 solo nucletido se calcula que hay 10 millones/genoma 60.000 SNP/DNA codificante 2 SNP/gen

cmo funcionan?
En cada pocillo se colocan: secuencias de diferentes genes secuencias de diferentes alelos de un gen

DNA microarray

secuencias de diferentes mutaciones

Hibridacin con: DNA de diferentes individuos RNA extrado de diferente tipo de clulas

Los SNP permiten la identificacin de polimorfismos relacionados con el metabolismo de frmacos (citocromo P450) distintos tipos de cncer (el oncochip) diagnstico de enfermedades determinar y cuantificar el nivel de expresin gnica

Aplicaciones de los polimorfismos

http://www.labgenetics.com.es/conocenos.htm

Marcadores en el mapeo de genes Diagnstico presintomtico y prenatal de enfermedades hereditarias Deteccin de heterocigotos de riesgo Pruebas de paternidad Medicina forense

Aplicaciones de los polimorfismos a la Medicina forense

la informacin gentica de un individuo es nica todas las clulas de un individuo tienen la misma informacin

Identificacin de personas con la huella de DNA definida por un conjunto de marcadores genticos que el individuo hered de sus padres

regiones muy variables (polimorfismos)

RFLP poco polimrficos STR decenas VNTR miles

Aplicaciones de los polimorfismos en la Medicina forense

casos de paternidad

padre
C

B A A D hijo 3 hijo 4

madre
hijo 1

B
C

hijo 2

D
?
http://www.biologia.arizona.edu/human/problem_sets/DNA_forensics_1/DNA_forensics.html

Aplicaciones de los polimorfismos en la Medicina forense

identificacin de individuos

Se analizan diferentes VNTR o STR, lo que da un perfil de bandas para cada individuo Cada alelo tiene una frecuencia La frecuencia del perfil ser el producto de dichas frecuencias

El sistema CODIS (Combined DNA Index System)

El FBI ha sido un lder en el desarrollo de tecnologa de tipificacin de ADN para su uso en la identificacin de autores de delitos violentos. En 1997, el FBI anunci la seleccin de 13 loci STR que formaran el ncleo central de la base de datos nacional de los EE.UU., llamada CODIS. Todos los STR del CODIS son secuencias repetitivas tetramricas. Todos los laboratorios forenses o criminalsticos que usan el sistema CODIS pueden contribuir a una base de datos nacional. Los analistas de ADN pueden tambin buscar coincidencias entre el perfil de ADN de pruebas obtenidas en la escena de un crimen y los perfiles de ADN ya disponibles en la base de datos.

Para cada locus gentico, se ha determinado su "genotipo" y la frecuencia esperada de su genotipo en cada locus en una muestra representativa de la poblacin. Por ejemplo, en el locus gentico conocido como "D3S1358", el genotipo "15; 18". Este genotipo es compartido por cerca de un 8,2% de la poblacin. Combinando la informacin de frecuencia de los 13 loci del CODIS, se puede calcular que la frecuencia de su perfil sera de uno por cada 7700 billones (7,7x1015) de individuos caucsicos.

La Tierra est habitada por 6.700 millones de personas (6,7x 109)

U1-U7 son muestras de semen recogidas en 7 casos de violacin

quin es el violador?

el sospechoso S1
el sospechoso S2 el sospechoso S3

PCA: probabilidad de coincidencia al azar

Ante una prueba de DNA hay tres posibles resultados tcnicamente incorrectos: prueba no concluyente patrn de bandas que NO coincide con sospechoso: prueba excluyente el sospechoso queda libre de su sospecha

patrn de bandas que SI coincide con sospechoso: prueba concluyente dependiendo de la PCA
el sospechoso es declarado culpable dependiendo de la PCA

Clculo de la PCA
Clculos de frecuencia en los perfiles de ADN

En una base de datos de referencia establecida a partir de 200 estadounidenses caucsicos, la frecuencia de los alelos 15 y 18 era de 0.2825 y 0.1450, respectivamente. La frecuencia del genotipo (15,18) es, por tanto: P = 2 (0.2825) (0.1450) = 0.0819, u 8.2%

Al multiplicar las probabilidades de diferentes genotipos individuales, P=3,6x10-8

Otra forma de expresar esta probabilidad es tomar su inverso, 1 / 3,6x10-8 = 2,78x107 el analista de ADN podra informar de que el perfil de ADN compartido por el sospechoso y la prueba del delito podra darse por azar en una persona de cada 27,8 millones. El jurado podra usar esa informacin para evaluar si la coincidencia de ADNs puede ser casual.

elmundo.es

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Aplicaciones de los polimorfismos

Aplicaciones de los polimorfismos