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Understanding allosteric and cooperative interactions in enzymes

Athel Cornish-Bowden 2013 FEBS Journal

- Departamento de Qumica e Bioqumica Cristiana Santos

Primeiras ideias
1902 1956

Observaes de Henri no invertase e desenvolvimentos por Michaelis e seus colaboradores

Inibio por feedback (Umbarger; Yates & Pardee) Inibio do fosforibosil-ATP pirofosforilase (catalisa o 1 passo da biossntese da His) pela His

O inibidor tem que ser estruturalmente semelhante a, pelo menos, um dos reagentes para que possa interagir directamente com o centro activo do enzima!
Fig. 1 Estrutura da histidina.

Primeiras ideias
1902 1956

Observaes de Henri no invertase e desenvolvimentos por Michaelis e seus colaboradores

Inibio por feedback (Umbarger; Yates & Pardee) Activao alostrica

O inibidor tem que ser estruturalmente semelhante a, pelo menos, um dos reagentes para que possa interagir directamente com o centro activo do enzima!

Fig. 2 Regulao do 1,6-bisfosfatase-1 (FBPase-1) e do fosfofrutocinase-1 (PFK-1).

Centro alostrico Local distinto do centro activo de um enzima, onde uma molcula reguladora se pode ligar.

Alteraes num local podem afectar o comportamento associado a outro, sem que estes sejam necessariamente adjacentes

Centro activo

Flexibilidade proteica

Centro alostrico Fig. 3 Representao esquemtica de um enzima alostrico.

Distncia dos centros

1902 1935 1956

1960 Teorias de ligao do O2 Hb assumiam proximidade dos centros (Pauling)

Perutz publica a estrutura tridimensional da Hb

Fig. 4 Linus Pauling.

Fig. 5 Estrutura tridimensional da Hb (2,54,0 nm de distncia entre grupos heme).

Teoria do encaixe induzido

1902 1935 1956

1960 Teoria do encaixe induzido (Koshland): o centro activo do enzima tem potencial para ligar o substrato, mas s adopta a conformao correcta quando ocorre a ligao

Permitiu explicar alosteria e cooperatividade como efeitos distncia!

Fig. 6 Daniel E. Koshland.

Fig. 7 Teoria do encaixe induzido (induced-fit).

Modelo simtrico de MWC

1902 1935 1956 1965

1960 Modelo simtrico ou concertado de Monod-Wyman-Changeux (1965): (1) Protenas oligomricas com, pelo menos, um eixo de simetria; (2) Cada subunidade pode existir em duas conformaes R e T, sendo que, na ausncia de ligando, estas se encontram em equilbrio; (3) Todas as subunidades se encontram na mesma conformao ao mesmo tempo; (4) Ligandos diferentes liga-se preferencialmente a uma das duas conformaes.

Fig. 8 Modelo simtrico de MWC.

Interaces heterotrpicas

Efeitos homotrpicos: derivam da interaco entre ligandos equivalentes. Efeitos heterotrpicos: efeitos que a ligao de um tipo de ligando tem na ligao de outro diferente.

Monod, Wyman & Changeux (1965): () na allosteric inhitor binds to the opposite conformation from the one that favours binding of substrate, and an allosteric activator binds to the same conformation as the one that favours binding of substrate

() it is just a matter of displacing an equilibrium, with the ligand selecting a particular state from those available.

Modelo sequencial de KNF

1902 1935 1956 1966

1960 Modelo sequencial de Koshland-Nmethy-Filmer: (1) A converso de T em R induzida pela ligao do ligando: R s existe se o substrato tiver ligado e T s existe livre; (2) No requer simetria.

A cooperatividade postulada como propriedade de cada subunidade!

Fig. 10 Modelo sequencial de KNF.

Importncia dos modelos

O modelo de MWC continua a ser, sem dvida, o mais citado e utilizado pelos bioqumicos!

Fig. 11 Referncias aos papers clssicos. (A) Monod, Wyman e Changeux; (B) Monod, Wyman e Jacob; (C) Koshland, Nmethy e Filmes; (D) referncias durante 5 anos at Maro de 2013 (adaptado de Cornish-Bowden A, 2013).

Concluses
O modelo simtrico dominou quase por completo o modelo sequencial aos olhos da maior parte dos bioqumicos: It is not just a populary contest, however, but a matter of which model has proved the more capable of accounting for new experimental data
Cornish-Bowden (2013)

Os modelos clssicos de cooperatividade continuam a mostrar grande vitalidade e a ser o foco central de muitos experimentos actuais (por exemplo, estudos de chaperoninas e clatrinas). Existem paralelos entre os modelos apresentados e a natureza da evoluo, quer por seleco natural, quer por processos Lamarckianos.

Natureza da evoluo vs. evoluo enzimtica

Teoria de seleco natural de Darwin: aquando de mudanas no meio, ocorre uma luta pela sobrevivncia, na qual os indivduos com caractersticas que lhes conferem vantagens (mais aptos) iro sobreviver e reproduzir-se. Teoria de Lamarck: mudanas no ambiente causavam alteraes nas necessidades dos indivduos que vivem nesse ambiente, o que leva a mudanas no seu comportamento.

() the sequential model, and in particular induced fit, assumes a Lamarckian process in which the ligand instructs a protein to adopt a particular conformation, whereas the allosteric model assumes a process in which the ligand selects one of two or more pre-existing conformations.

Fig. 12 - Evoluo das giradas, de acordo com Lamarck.

Estudos futuros

Cui & Karplus (2008): Both the MWC [Monod-Wyman-Changeus] and the Pauling-KNF [Pauling/Koshland-Nmethy-Filmer] models are phenomenological, and so do not answer the fundamental question of how the binding of a ligand or its modification yield the observed allosteric effect at an atomic level of detail.

A aplicao de mtodos computacionais a sistemas biomoleculares, combinados com estudos cinticos, estruturais e termodinmicos, tornam possvel uma abordagem a esta questo, providenciando uma melhor compreenso dos requisitos para a alosteria.

Bibliografia
Aulas tericas de Enzimologia (Ano Lectivo 2013/2014, FCUL) Cornish-Bowden, A (1995) Fundamentals of Enzyme Kinetics. Portland Press Ltd, London Cornish-Bowden A (2013) Understanding allosteric and cooperative interactions in enzymes. FEBS Journal doi: 10.1111/febs.12469 Monod J, Changeux J-P & Jacob F (1963) Allosteric proteins and cellular control systems. J Mol Biol 6, 306-329. Monod J, Wyman J & Changeux J-P (1965) On the nature of allosteric interactions a plausible model. J Mol Biol 12, 88-118 http://bioquimica.ufcspa.edu.br/pg2/pgs/medicina/links/anamariamed/enzimasana/en zimascineticaangela.pdf http://pt.wikipedia.org/wiki/Lamarquismo http://www.infoescola.com/evolucao/selecao-natural/