Existen dos grandes clases de marcadores moleculares: los marcadores de postranscripcintraduccin, que son aquellos determinados por anlisis

indirecto del DNA y los marcadores del tipo pretranscripcin-traduccin, que permiten el anlisis directo del DNA.

Los marcadores moleculares de tipo ADN, son aquellos capaces de detectar el polimorfismo gentico directamente a nivel de DNA. En este grupo se encuentran los RFLP (Fragmentos Polimrficos de Restriccin), RAPD (DNA Polimrfico Amplificado al Azar), AFLP (Polimorfismo de Longitud de Fragmentos Amplificados), entre otros.

Entre los marcadores moleculares del tipo postranscripcin-traduccin se encuentran las isoenzimas; as se definen las mltiples formas moleculares de una misma enzima que existen en una especie. La tcnica isoenzimtica es el mejor mtodo corriente para medir variaciones genticas cercanas al nivel del DNA, relativamente libres de efectos ambientales y sobre un nmero de muestras manipulables.

Esta tcnica, se basa en la deteccin de fragmentos de DNA de distinto peso molecular. Los fragmentos ms fciles de analizar son los pequeos derivados de la digestin del genoma de las mitocondrias o los cloroplastos, puesto que delecciones, sustituciones o mutaciones pueden alterar significativamente el patrn de bandas identificable por electroforesis en geles de agarosa, donde migran de acuerdo con su peso molecular. En cambio, para molculas de DNA de mayor tamao, como el DNA cromosmico, el patrn de bandas es tan complejo que es necesario utilizar sondas especficas para visualizar slo ciertos fragmentos mediante la tcnica de Southern Blot.

Las sondas de DNA para esta tcnica suelen corresponder a genes previamente conocidos, aunque a veces se usan DNA preparados a partir de amplificaciones inespecficas. Aunque la RFLP evala slo un tipo de polimorfismo en cada ensayo, el resultado es muy preciso. Los primeros mapas genmicos basados en la distribucin fsica de los genes en vez de la frecuencia de entrecruzamiento se hicieron utilizando esta tcnica. Cuando se emplea la PCR en lugar de sondas radiactivas para visualizar los polimorfismos, se le denomina PCR-RFLP

Es una de las tcnicas ms verstiles. Se usa una coleccin de decanucletidos para amplificar por PCR reas especficas distribudas al azar por el genoma. Su pequeez y la baja temperatura de alineamiento (36C) aseguran que se unen a infinidad de secuencias en el genoma para conseguir amplificar muchos fragmentos de DNA. Estos fragmentos se pueden separar en geles de agarosa para obtener perfiles electroforticos que variarn segn el polimorfismo de los distintos individuos o grupos de individuos, y proporcionarn una huella dactilar caracterstica.

Es muy cmoda, rpida, requiere poco DNA que adems no necesita estar muy puro, no presupone conocimientos previos sobre la secuencia, y se pueden distinguir rpida y simultneamente muchos organismos. Sus inconvenientes son que los fragmentos amplificados no suelen corresponder a DNA ligado a algn carcter, sino redundante, y que no da informacin sobre el nmero de copias que el DNA genmico contiene de la secuencia amplificada.

La idea es similar a la de la RAPD, desarrollndose a la vez que sta, aunque se cambia el diseo de los oligonucletidos y el tipo de PCR. Los oligonucletidos han de ser largos (no menos de 20 nt), y la PCR consta de dos ciclos de baja astringencia (poco especficos) que permite la polimerizacin de una batera de fragmentos caractersticos de cada variedad. Esta fase va seguida de ciclos de alta astringencia para amplificar (visualizar) especficamente las bandas anteriores.

Los fragmentos amplificados se pueden migrar en un gel de agarosa para observar las grandes diferencias entre especies, o bien se puede marcar radiactivamente y migrar en gel de poliacrilamida para obtener resultados mucho ms finos y precisos. Existe una variacin denominada DAF (Huellas dactilares por amplificacin de DNA) que utiliza oligonucletidos de 5 a 15 bases, pero las huellas proporcionadas suelen ser muy complejas y difciles de interpretar.

Esta tcnica se desarroll en 1995 y combina el uso de enzimas de restriccin y oligonucletidos para PCR, de manera que se obtienen marcadores moleculares muy especficos sin necesidad de conocer la secuencia con anterioridad. El DNA se corta con dos enzimas de restriccin, una de corte muy frecuente, y otra de corte poco frecuente. A los fragmentos se les ligan oligonucletidos de extremos compatibles con las enzimas usadas y se amplifica por PCR.

Jugando con la complementariedad del oligonucletido con el sitio de restriccin se puede disminuir o aumentar el nmero de bandas amplificadas. Una ventaja especial de esta tcnica es que es capaz de generar muchos marcadores moleculares en una sola reaccin. Por eso el resultado debe resolverse en un gel de poliacrilamida de alta resolucin, puesto que no se resolveran en agarosa.

Esta tcnica aprovecha que las RAPD proporcionan principalmente fragmentos de DNA altamente repetido. Estos fragmentos de RAPD se clonan y secuencian para elaborar oligonucletidos especficos. Aunque permite el desarrollo rpido de marcadores moleculares, el grado de polimorfismo obtenido es bastante bajo.