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AMINOCIDOS

INTRODUO E IMPORTNCIA
As protenas so as macromolculas de maior
abundncia nas clulas vivas. Alm disso as
protenas possuem uma enorme diversidade
estrutural e funcional. As protenas, por sua vez,
so formadas por subunidades chamadas
aminocidos. Todas as protenas so formadas a
partir de um grupo de 20 aminocidos, que formam
as protenas atravs de ligaes covalentes numa
sequncia linear. Como cada um destes 20
aminocidos possui uma caracterstica diferente, as
propriedades de uma dada protena dependem
diretamente de quais aminocidos esto presentes
na sua estrutura.

A dieta humana deve conter uma quantidade
mnima de aminocidos essenciais, aqueles que
no so sintetizados endogenamente. Alm disso
problemas genticos que resultam na deficincia de
sntese de alguns aminocidos levam ao
desenvolvimento de srias doenas.
Os aminocidos tambm podem ter um importante
papel funcional mesmo no estando inseridos na
estrutura de uma protena.

O que so aminocidos essenciais?
NOMENCLATURA DOS AMINCIDOS
Muitos dos aminocidos receberam nomes triviais,
dependendo de como foram descobertos. Eles
tambm possuem um cdigo de abreviao de 3 e
de 1 letra (Figura 6).

ESTRUTURA DOS AMINCIDOS
Todos os 20 aminocidos encontrados nas
protenas possuem um grupo carboxlico e um
grupo amino ligados ao mesmo carbono (C-),
Figura 7. A diferena entre um aminocido e outro
est na cadeia lateral, tambm chamada de radical
(R). As propriedade de cada um dos 20
aminocidos depende de sua cadeia lateral (Figura
8).
Como podem ser agrupados os aminocidos?
Tamanho
Polaridade e Carga
Quiralidade
QUIRALIDADE DOS AMINOCIDOS
Observando a estrutura da glicina, podemos notar
que este o nico aminocido em que o o C- no
assimtrico. Todos os oiutros aminocidos
possuem o C- ligado a 4 grupos distintos, logo,
este C- um centro quiral. Devido ao arranjo
tetradrico da estrutura de um aminocido, os 4
grupos que esto ligados ao C- podem assumir 2
arranjos espaciais distintos, que so imagens
espectrais uma da outra e no podem ser
superpostas. Estas 2 formas so chamadas de
enantimeros ou estereoismeros.

Como todas as molculas com centros quirais so
oticamente ativas, possvel classific-las como D
ou L. A classificao enentiomrica dos
aminocidos baseada na estrutura do
gliceraldedo (Figura 9).


As protenas so formadas por qual tipo
enantiomrico de aminocidos?

Existem protenas que possuem aminocidos
incomuns?
PROPRIEDADE INICA DOS AMINCIDOS
Os aminocidos quando esto em soluo aquosa
esto ionizados e podem atuar como cidos ou
como bases, o que de grande relevncia para o
entendimento de suas propriedades qumicas,
fsicas e biolgicas.

O que um zwitterion?


Uma vez que os aminocidos so ionizveis
tambm podemos realizar curvas de titulao. Os
aminocidos possuem curvas de titulao
caractersticas, que dependem da cadeia lateral e
dos grupos ionizveis presentes nesta (Figura 10).



Qual o significado de pK? E de pI?

Em termos de ionizao, o que est
acontecendo em cada um destes pontos?

Qual a relao entre valor de pI e carga eltrica
lquida de um aminocido?

PEPTDIOS
INTRODUO E IMPORTNCIA
Quando um aminocido se junta a outro atravs da
ligao entre o carboxi-terminal de um e o amino-
terminal de outro, esta nova molcula passa a se
chamar peptdio. Se formada por 2 aminocidos,
chamada um dipeptdio; se por 3, um tripeptdio, e
assim por diante. Os polmeros de aminocidos so
chamados de peptdios quando contm at cerca
de 50 aminocidos. A partir da, estes polmeros
so chamados de protenas.

O estudo dos peptdios de grande importncia
porque serve como um preparativo para o estudo
das protenas; e tambm porque os peptdios, por si
s, constituem uma classe de molculas com
grande importncia nos organismos vivos. Uma
grande parte dos hormnios so peptdios.
LIGAO PEPTDICA
A ligao covalente entre 2 aminocidos chamada
de ligao peptdica (Figura 11). Para que ele
ocorra no ambiente fisiolgico necessrio que o
grupo carboxila esteja ativado, para possibilitar a
sada do grupo hidroxila.
Os aminocidos numa estrutura peptdica so
normalmente chamados resduos, uma vez que
perderam um hidrognio do amino-terminal (N-
terminal) e uma hidroxila do carboxi-terminal (C-
terminal). A sequncia de um peptdio sempre
descrita do N- para o C-terminal.
A ligao peptdica rgida e plana. Isto ocorre
devido a um carter parcial de dupla ligao entre o
carbono da carbonila e o nitrognio da amina. Isso
impede que ocorra rotao neste eixo. Por outro
lado, ocorrem rotaes nas ligaes entre
nitrognio e C- (rotao ) e entre C- e o
carbono da carbonila (rotao ) (Figura 12).

A sequncia de aminocidos numa estrutura
peptdica ou protica chamada de estrutura
primria.
A ESTRUTURA PRIMRIA DE UM PEPTDIO E A
RELAO COM SUA FUNO

J sabemos que as principais caractersticas dos
aminocidos so em decorrncia do tipo de cadeia
lateral.

Desta maneira, fica claro que a atividade biolgica
de um dado peptdio, bem como as caractersticas
fsico-qumicas deste peptdio, esto intimamente
ligados sequncia e aos tipos de aminocidos
que o constituem (Figura 13).

Entre os peptdios com relevante atividade biolgica
podemos citar a insulina, o glucagon, a
angiotensina e a bradicinina.
Como voc entende a relao entre sequncia
de aminocidos e atividade biolgica de um
peptdio?

Qual a importncia biomdica da sntese
qumica de peptdios?


PROTENAS
INTRODUO E IMPORTNCIA

Como foi dito anteriormente, as protenas so as
macromolculas de maior abundncia nas clulas
vivas, com uma grande diversidade estrutural e
funcional.

Existe uma imensa gama de protenas que diferem
entre si tanto no aspecto estrutural quanto no
funcional.

Vrias doenas so associadas a mutaes em
genes que acabam por produzir protenas
defeituosas.

Modificaes na estrutura tridimensional de
algumas protenas esto relacionadas a outras
doenas, como por exemplo as causadas por
prions.
TIPOS DE CLASSIFICAES

As protenas podem ser agrupadas e
classificadas de diferentes maneiras. Uma
das classificaes mais simples divide as
protenas entre globulares e fibrosas.

As protenas globulares normalmente so
solveis, possuem forma globular e esto
envolvidas em atividades funcionais. As
protenas fibrosas, por sua vez, normalmente
so insolveis, possuem forma alongada e
uma funo estrutural.
As protenas tambm podem ser divididas
com base em outros parmetros, tais como
tamanho, tipo de estrutura e tipo de funo.


ORGANIZAO ESTRUTURAL DAS
PROTENAS

ESTRUTURA PRIMRIA
As protenas podem ser divididas em quatro
nveis estruturais. O primeiro chamado
estrutura primria, e como foi descrito
anteriormente, corresponde a sequncia de
aminocidos.
ESTRUTURA SECUNDRIA
A estrutura secundria de uma protena corresponde
a um tipo de arranjo local numa determinada poro de
uma protena. As estruturas secundrias mais comuns
so as folhas- e as -hlices.
de grande importncia relembrar agora o papel das
diferentes ligaes qumicas no processo de
estabilizao das estruturas secundrias de uma
protena.

Quais so as principais ligaes qumicas
envolvidas na estabilizao da estrutura
secundria?

A -HLICE
Se uma sequncia de C-, num dado peptdio, for
torcida com ngulos iguais vai ser formado uma
estrutura tipo mola, chamada de hlice. Podem existir
diferentes tipos de hlices dependendo do nmero de
resduos por volta e da distncia formada entre
resduos que se localizem no mesmo lado da hlice.
A -hlice possui valores bastante favorveis de
rotao (phi) e (psi), alm de uma quantidade de
pontes de hidrognio capaz de manter um alto grau de
estabilidade. Uma -hlice possui 3,6 resduos por
volta e um espaamento de 4,5 Angstrons (Figura 15).

A FOLHA -PREGUEADA
O termo existe apenas em referncia ao fato de esta
ter sido a segunda estrutura protica descrita. O termo
pregueada se deve forma desta estrutura quando
observada ao longo de seu eixo principal (Figura 16).
A estrutura de uma folha- pregueada amplamente
estendida e pode incluir resduos de pores distantes
na sequncia primria. Assim como as -hlices, as
folhas- tambm so estabilizadas atravs de um
grande nmero de pontes de hidrognio.
As folhas- podem ser descritas como paralelas e anti-
paralelas. Este sentido depende do posicionamento das
regies N- e C-terminais das sequncias peptdicas no
arranjo da estrutura .
As folhas- tambm podem ser estabilizadas atravs de
interaes hidrofbicas, como no exemplo da protena
da seda fibroina (Figura 17).

Com relao a pontes de hidrognio, qual a
diferena entre uma folha paralela e uma anti-
paralela?

REGIES DESORDENADAS
Muitas regies desordenadas so encontradas nas
protenas, normalmente conectando 2 estruturas
secundrias.

Para a atividade de uma determinada protena o que
mais importante, uma regio de estrutura
secundria ou uma regio desordenada?
ESTRUTURA TERCIRIA
A maneira mais fcil de entender a estrutura terciria
de uma protena imagin-la como uma combinao
de estruturas secundrias de uma molcula inteira.
Da mesma maneira que a estrutura secundria define
uma estrutura tri-dimensional de uma determinada
regio da protena, a estrutura terciria vai definir a
estrutura tri-dimensional da protena inteira.

Numa estrutura terciria inteira podemos observar que
algumas estruturas secundrias se arranjam em
grupos menores, chamados de motivos domnios.
Os motivos normalmente so definidos como
estruturas supra-secundrias e os domnios
normalmente esto relacionados a algum tipo de
funo.

Como se distribuem resduos hidrofbicos e
hidroflicos na estrutura tri-dimensional de uma
protena?

Atravs de que interaes ocorre a estabilizao
da estrutura terciria de uma protena?

Qual o papel das pontes dissulfeto?
MAPEAMENTO HIDROFBICO DE UMA
PROTENA

Sabemos que uma protena constituda de dezenas
ou centenas de aminocidos, e tambm que as
cadeias laterais dos aminocidos so determinantes
das suas principais caractersticas fsico-qumicas.
Logo, possvel mapear as regies hidrofbicas e
hidrofficas de uma dada protena com base nas
caractersticas dos aminocidos que a constituem.

Algumas -hlices so ditas amfipticas, como
isso pode ter importncia funcional?
ESTRUTURA QUATERNRIA

As protenas que possuem mais de uma cadeia
peptdica interagindo no covalentemente para
formar a sua estrutura tri-dimensional so protenas
com estrutura quaternria. Da mesma forma como,
de maneira simples, podemos associar uma estrutura
terciria como sendo Vrios tipos de interao, tais
como pontes de hidrognio e eletrostticas esto
envolvidas na estabilizao de uma estrutura
quaternria.

Protenas compostas por mais de uma sub-unidade
so chamadas dimricas, trimricas e assim por
diante.
Quando as subunidades so idnticas usado o
termo homodmero, homotrmero, etc. Quando as
sub-unidades so distintas usado o termo
heterodmero, heterotrmero, etc.
No caso das protenas hetero-oligomricas, comum
que as distintas subunidades possuam papis
distintos, como por exemplo stios de interao e de
ativao.
DESNATURAO

Vrios reagentes, tais como uria, cidos, bases,
detergentes, entre outros, podem induzir a
desnaturao protica, ou seja, o desarranjo
estrutural. A presena destes reagentes interfere com
as pontes de hidrognio, interaes eletrostticas e
hidrofbicas, que estabilizavam as estruturas
secundrias, tercirias e eventualmente as
quaternrias. A desnaturao leva perda da
atividade biolgica de uma protena mesmo no
interferindo na na estrutura primria da mesma. O
calor tambm um agente desnaturante.

Algumas protenas podem recuperar a sua estrutura
original aps a retirada dos agentes desnaturantes,
este fenmeno chamado de renaturao.

O que so chaperonas?