SPLICING ALTERNATIVO:

UNA FUENTE POTENCIAL DE

INNOVACIN FUNCIONAL EN EL
GENOMA EUCARIOTA
Lu Chen, Jaime M. Tovar-Corona, and Araxi O. Urrutia
Department of Biology and Biochemistry, University of Bath, Bath
BA2 7AY, UK
Received 11 February 2012; Revised 19 April 2012; Accepted 7
May 2012

LEIDY XIMENA CAMARGO URIBE 1610740

MARIA ALEJANDRA DUGARTE BOHRQUEZ 1610753

Splicing Alternativo (AS)

Proceso de post-transcripcional comn en los organismos
eucariotas, por el cual mltiples transcripciones funcionales
distintas se producen a partir de un nico gen.

GENOMA HUMANO

Revel un nmero mucho ms

pequeo de genes de lo previsto.
Debido a su papel potencial en la
ampliacin de la diversidad de
protenas, el inters en el splicing
alternativo se ha incrementado en la
ltima dcada

Revisar la evidencia disponible

prevalencia AS y papel funcional.

sobre

la

evolucin

de

la

Introduccin
El primer borrador de la secuencia del
genoma humano

Febrero de 2001

Se demostr que contiene 23.000

genes, slo una fraccin del nmero
de genes predicho originalmente

hay 20.000 genes en

el
genoma
del
nematodo C. elegans

La falta de una asociacin entre el nmero de genes y la

complejidad del organismo se ha traducido en un mayor inters en
el splicing alternativo (AS) Teniendo en cuenta que se ha propuesto
ser un factor importante en la expansin de la regulacin y
complejidad funcional, la diversidad de protenas, y la complejidad
del organismo de eucariotas superiores

Splicing Alternativo y su
regulacin
En 1977, Chow et al, inform de que el
5 y 3 secuencias terminales de varios
adenovirus 2 (Ad2) mRNAs variados, lo
que implica un nuevo mecanismo
para la generacin de varios mRNAs
diferentes.
Morfologa de los adenovirus

Splicing alternativo tambin se

encontr en el gen que codifica la
calcitonina hormona tiroidea en
clulas de mamferos

Dependiendo de la ubicacin de los segmentos exnicos

cortan fuera o si se dejan en intrones, los eventos de splicing
se pueden clasificar en cuatro tipos bsicos

Figura 1: Diferentes tipos de splicing alternativo.

SPLICING ALTERNATIVO

Elementos cis

Factores de
transaccin

Potenciadores de exonic empalme (ESES)

Silenciadores exonic empalme (ESS)
Potenciadores de empalme intrnicas (ISE)
Silenciadores de empalme intrnicas (ISSS)

Protenas de unin al ARN

Modular la actividad
de el spliceosome

Se ha informado que la modificacin

realizada a las histonas en corte (H3-K27M3)
Y el splicing alternativo afecta el resultado
de splicing, ya que esto influye en el
reclutamiento de los reguladores de los
mismos, mediante una protena de unin a
la cromatina en un numero de genes
humanos.

TPM2
PKM2
FGFR2

TPM1

Estudios actualmente realizados gentico y

epigeneticos genmicos, han propuesto por lo
menos 100 tipos de clulas especificas sanguneas lo
cual estas se proporcionarn epigenomas de
referencia de alta calidad.

Esto es posible mediante la

metilacin del ADN y los
ensayos que marcan las
histonas.

Con los datos gentico y los transcriptomas

detallados de la (secuenciacin del
genoma, RNA-seq) nos proporcionarn la
oportunidad de evaluar la influencia del
genoma de factores epigeneticos en la
regulacin del Splicing alternativo en los
tipos de clulas sanguneas especificas.

Se espera de los resultados de otros

laboratorios con respecto a la EPIGENETICA,
para realizar la comparacin de las
diferentes perspectivas de la evolucin que
obtuvo el transcriptoma a este ensayo.

identificacin de eventos
Splicing alternativos
Durante la ltima dcada las tecnologas de
transcriptoma de alto rendimiento han mejorado,
esto se ha hecho posible para evaluar los patrones
de splicing alternativo en una escala genmica.
Tres fuentes principales de transcriptoma de datos
se han utilizado para evaluar los patrones de
empalme:
Etiquetas de secuencias expresadas (EST),
Microarrays de empalme de derivacin
La secuenciacin del ARN (RNA-Seq).

La primera ola de anlisis del transcriptoma genmico

consisti en cDNA mediante la secuencia directa y las
tecnologas ecolgicas racionales, las cuales son realizadas a
gran escala.
Las Tecnologas ecolgicamente racionales son: aquellas que
poseen de 200-800 bases de nucletidos de longitud,
secuencia sin editar, son seleccionados al azar de un solo
paso. Actualmente, hay ocho millones de las tecnologas
ecolgicamente racionales para personas, incluyendo
aproximadamente un milln de secuencias de tejidos de
cncer, y cerca de 71 millones

Microarrays de empalme se dirigen a exones

especficos o uniones de exn-exn con sondas
de
oligonucletidos.
Las
intensidades
fluorescentes de sondas individuales reflejan el
uso relativo de los exones que empalman
alternativamente en diferentes tejidos y lneas
celulares

RNA-Seq ha surgido como

una poderosa tecnologa
para
el
anlisis
del
transcriptoma debido a su
capacidad para producir
millones de secuencias cortas.

PREVALENCIA DE SPLICING
ALTERNATIVO A TRAVS DE LOS
GENOMAS EUCARIOTAS
En los hongos, AS se piensa que es raro, debido al
bajo nmero de exones en la levadura.

En las plantas, se ha estimado que alrededor del

20% de los genes se someten AS basados en datos
de EST, un estudio reciente utilizando RNA-Seq lo ha
comprado, sin embargo, sugiere que al menos
aproximadamente el 42% de los genes que
contienen intrones en Arabidopsis son empalmados
alternativamente.

Figura 2. Transcripcin Total nmeros

influencias como deteccin pero sesgo
puede corregirse mediante el uso de un
mtodo de muestreo.

Figura 3. Porcentaje de AS reas

que
contiene
dominios
funcionales
identificables,
estructuras secundarias, y los
codones de terminacin en
humanos.
Componentes
funcionales
se
identificaron
utilizando
InterProScan
que
contiene 14 aplicaciones para la
prediccin de dominios de la
protena.
SignalP
3.0
para
predicciones pptido seal, y
TMHMM para las predicciones de
los
dominios
transmembrana.
PSORT II se utiliz para identificar
la
probable
localizacin
subcelular de productos de
protena.

ALTERNATIVAS DE EMPALME Y
DUPLICACIN DEL GEN

La duplicacin de genes (GD) se considera

una fuente primordial de innovacin
funcional en el genoma. Genes recin
duplicados pueden evolucionar, y se cree
que es clave para explicar la evolucin de
la complejidad del desarrollo y morfolgica
en los vertebrados.

Splicing alternativo, como un mecanismo frecuente que

tambin aumenta la diversidad de protenas, se ha
propuesto como un jugador potencial en la evolucin de
eucariotas. Al examinar la relacin entre la duplicacin
de genes y splicing alternativo podemos entender mejor
la medida en que ambos mecanismos son medios
equivalentes para la diversificacin de la protena.

Este estudio ha puesto en duda la relacin entre la SA y

GD y es cierto que puede proporcionar apoyo a la
sugerencia de que AS y GD tienen poco o nada de
equivalencia relativos a efectos sobre la secuencia de la
protena, la estructura y la funcin. Como la mayora de
los estudios han examinado un pequeo nmero de
especies modelo, es difcil evaluar la magnitud de la
relacin entre la SA y GD.

CONTRIBUCIN DE ALTERNATIVA
EMPALME A LA INNOVACIN
FUNCIONAL
Splicing alternativo ha sido aclamada como la fuente de
informacin que falta en la contabilidad del genoma para la
evolucin de mayor complejidad a pesar del nmero de
genes en metazoos de esttica cerca durante los ltimos 800
millones de aos.

Wegmann et al.

Encontr que la anchura de la

expresin gnica se correlaciona
positivamente con el nmero de
nuevas isoformas de transcripcin y
propuso que el aumento de la
amplitud de expresin de genes es
esencial para la adquisicin de nuevas
isoformas de transcripcin.

Adems, experimental y bioinformaticamente el

anlisis ha demostrado que el AS puede generar
una variedad de mRNAs funcionales y los
productos de protena, se presentan en distintas
propiedades de:

Estabilidad
localizacin subcelular
Funcin

Etapas especficas
La diferenciacin celular
El desarrollo.

Figura 4: Variantes como novel

pueden
asumir
funciones
especializadas o novela.

CONCLUSIN
Aqu hemos revisado la evidencia de estudios
genmicos, as como posibles vas para futuros
estudios comparativos para el potencial de splicing
alternativo como fuente de innovacin funcional
durante la evolucin del genoma eucariota.

Es claro que AS es frecuente en el genoma

humano, siguen existiendo obstculos en la
evaluacin de cmo splicing alternativo ha
evolucionado a travs del tiempo. El obstculo
principal reside en que mientras la mayora de
otras caractersticas genmicas pueden medirse
directamente o estimarse a partir de secuencias
genmicas solo, no hay estimaciones precisas de
corte y empalme alternativo pueden ser obtenidos
de anlisis de la secuencia genmica.

La dependencia en secuencias de transcripcin disponibilidad

para medir AS junto con el fuerte sesgo interpuesto por la
cobertura transcripcin desigual ha dificultado la evaluacin
genmica de AS en todo menos en algunas especies modelo
y hace difcil cualquier comparacin directa entre las
especies. Esto ha frenado el estudio de cmo alternativa de
empalme ha evolucionado con el tiempo, cmo AS est
regulado, y cmo puede relacionarse con otras caractersticas
genmicas y lo ms crucial para el fenotipo.

La transcripcin de perfiles cada vez mayor para muchas

ms especies combinadas con el uso de estimaciones de
ndices comparables permita abordar una serie de
cuestiones evolutivas sobre la evolucin de la EA y sus
implicaciones para la evolucin de la diversidad
transcripcin y la innovacin funcional.