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expresadas (ESTs)
Instituto Tecnolgico de Roque.
Ing. Innovacin Agrcola Sustentable.
5U
Mara Fernanda Kolbeckc Del Bosque.
Biologa Molecular.
Dr. J. Gabriel Ramrez Pimentel.
Qu son?
Es una secuencia proveniente de un transcrito (mRNA) obtenida
al azar.
Es
Como se obtiene?
A partir de una biblioteca de cDNA, por secuenciacin de uno
o ambos extremos (5 o 3) de clonas seleccionadas al azar.
Proyectos de
secuenciacin de ESTs
Descubrimiento de genes nuevos.
Identificacin
(curado, BLAST
clusterizacin).
Data
mining
resultados).
(ordenamiento
aprovechamiento
de
los
Qu informacin provee
un EST?
En primer lugar:
Secuencia de un producto de expresin (gen)
En forma adicional:
Informacin de expresin:
- Sitio de expresin (estadio del ciclo de vida / rgano / tejido)
-Condiciones de expresin (condiciones experimentales)
Proceso
Uno de los objetivos de las bases de datos de EST es organizar
y consolidar un gran nmero redundante de datos para mejorar
la calidad de la informacin.
Despus
El
Desventajas
Baja calidad, debido a que se generan de forma automatizada,
sin verificacin (conlleva a altos ndices de error).
Errores de lectura.
Contaminacin comn por vectores de secuencia, intrones (de
ARN no empalmado), ARN ribosomal, ARN mitocondrial entre
otros.
Bibliografa
http://www.genoma-cyted.org/download_curso/a_herrera03.pdf
http://www.tamps.cinvestav.mx/~ertello/bioinfo/sesion16.pdf
http://www.vet.unicen.edu.ar/html/Areas/Mejora_genetica/Docum
entos/2012/MARCADORES%20GENETICOS%20Y%20APLICA
CIONES.pdf