LENGUAJE DE PROTENAS

Desde las instrucciones de construccin a la

implementacin, el mensaje codificado en
el DNA sigue una ruta predecible.
Primero, el DNA proporciona el molde para
la transcripcin del mensaje en RNA.
El RNA sale del ncleo, va al citoplasma
para proporcionar los planes de
construccin para las protenas.

Todas las cosas vivientes estn hechas de

protenas , largas cadenas de aminocidos,
llamados polipptidos, que se pliegan en
formas complejas y se enganchan en
formas innovadoras.
Las protenas tienen la capacidad de
organizar otros componentes, como
azcares, grasas, agua, minerales.

Todas las caractersticas fsicas (el

fenotipo) del cuerpo estn hechas de
miles de diferentes protenas.
Las protenas llevan a cabo todas las
funciones que el organismo necesita como
la respiracin, digestin y la eliminacin.
Cuando Watson y Crick descubrieron que
el DNA est compuesto de dos hebras con
4 bases, la principal pregunta que tuvieron
que enfrentar fue: Cmo nicamente 4
bases pueden contener suficiente
informacin para fenotipos tan complejos?

Los fenotipos complejos (estructura sea,

color de ojos, la capacidad para digerir
alimento condimentado) son el resultado
de la combinacin de protenas.

El cdigo gentico proporciona las

instrucciones para construir estas
protenas.

Contienen largas cadenas de aminocidos.

Se conocen 20 aminocidos que se
encuentran unidos en varias
combinaciones para formar los
polipptidos
La longitud de los polipptidos vara de 50
a 1000 aminocidos.
Debido a que las cadenas de aminocidos
son con frecuencia mayores a 100 aa, la
variedad de combinaciones es muy alta.
Un polipptido de 5 aminocidos tiene
3200000 combinaciones.

 Si

el cdigo gentico se leyera

considerando una base = un
aminocido, no habra suficientes
bases para 20 aminocidos.
Es obvio que el cdigo debera leerse
con mltiples bases para completar
los 20 aa.
Un cdigo de dos bases tampoco
funciona porque slo producen 16
combinaciones. 42=16

 Un

cdigo gentico de 3 bases dara

64 combinaciones 43=64.
Si slo son 20 aminocidos, y el
cdigo se lee en tripletes, entonces
tiene mucha redundancia
(degenerado).
Cdigo gentico degenerado: Forma
sofisticada de decir mucha
informacin. El cdigo es muy
flexible y tolera algunos errores.

Triplete, las bases se leen de tres en tres.

Degenerado, 18 de los 20 aminocidos se
especifican por dos o ms codones.
Ordenado, cada codn se lee en una
forma y en una direccin.
Casi universal, cada organismo en la tierra
interpreta el lenguaje del cdigo en
exactamente la misma forma.

Slo 61 de los 64 codones se usan para

especificar los 20 aa encontrados en las
protenas.
Los 3 codones restantes significan
detener, indican al ribosoma que cese la
traduccin.
El codn que indica a los ribosomas que el
RNAm est maduro y listo para la
traduccin el codn de iniciacin- codifica
para la metionina (en una forma especial).

Para la mayora de los aminocidos, la lectura

alternativa slo vara en una base, la tercera
base del codn.
Leucina: Cuatro de las lecturas empiezan con CU.
Esta flexibilidad en la tercera posicin del codn
se le conoce como tambaleo (titubeo).
La tercera base del RNAm puede tambalearse sin
que cambie su significado del codn y por lo
tanto, del aminocido para el que codifica.

Cdigo
Cdigo gentico
gentico
Hiptesis
Hiptesis del
del tambaleo
tambaleo (Crick):
(Crick):

El
apareamiento de
de la
la 3
3 base
base del
del codn
codn no
no es
es rgido
rgido
El apareamiento

El tambaleo es posible por la forma en que

el RNAt y el RNAm se aparean durante la
traduccin.
Las primeras dos bases del RNAm y sus
complementarias en el RNAt deben
acoplarse correctamente. Sin embargo, la
tercera base del RNAt puede romper la
regla, permitiendo la unin con las bases
del RNAm diferentes a las usuales.

La violacin a la regla de
complementariedad o tambaleo permite,
que diferentes lecturas codifiquen para el
mismo aminocido.
Algunos codones, como el de terminacin
UGA, tiene solo un significado. El tambaleo
en este codn cambia el significado de
terminacin a cistena (UGU o UGC) o
triptofano (UGG).

1966: El cdigo gentico

Cdigo
Cdigo gentico
gentico

AUGCGAGUCUUGCAG...

A U G C G A G U C U U G C A G. . .

CDIGO GENTICO: Marcos de

Lectura
El primer
codn de la secuencia establece el marco de
lectura, en el que empieza un nuevo codn cada tres
residuos nucleotdicos. En este esquema existen tres
marcos de lectura posibles

AAUCCGGACUUACGUUAACGGUACAGUAC (1er. marco)

AAUCCGGACUUACGUUAACGGUACAGUAC (2do. marco)
AAUCCGGACUUACGUUAACGGUACAGUAC (3er. marco)
Asparagina-Prolina-Asprtico
Isoleucina-Arginina-Treonina
Serina-Glicina-Leucina
Una vez establecido el marco de lectura, los codones se traducen
ordenadamente sin solapamiento ni puntuacin hasta que se encuentra un
codn de terminacin. Los otros dos marcos de lectura posibles
dentro de un gen normalmente no contienen informacin gentica til,
pero hay excepciones. En algunos virus la misma secuencia produce dos
protenas distintas al utilizar diferentes marcos de lectura.

Es el proceso de convertir informacin de un

lenguaje a otro. En este caso, el lenguaje
gentico del cido nucleico a la protena.
Se lleva a cabo en el citoplasma de la clula,
con los siguientes requerimientos:
Ribosomas
Cdigo gentico (mensaje en el RNAm)
Aminocidos
RNAt

Ribosoma

1. Un ribosoma(subunidad menor)
reconoce un RNAm y lo intercepta en su
extremo 5. El ribosoma rpidamente
adsorbe y escrutiniza el RNAm buscando los
codones que forman las palabras del cdigo
gentico empezando con el codn de
iniciacin.

Procariotas

El elemento Shine-Delgarno se encuentra en el extremo 5' del codn

iniciador AUG en mRNAs policistrnicos de procariotas. El elementos
es complementario a las secuencias presente cerca del extremo 3'
del rRNA 16S del ribosoma procaritico.

2. Los RNAt proporcionan los aminocidos

dictados por cada codn cuando el
ribosoma lee las instrucciones. La cadena
polipeptdica se ensambla gracias a la
accin del ribosoma y varias protenas.

tRNA
tRNA

3. El ribosoma contina ensamblando la

cadena polipeptdica hasta que alcanza el
codn de terminacin. La cadena completa
de polipptido se libera de los ribosomas.
sta es modificada posteriormente para
formar la protena madura.

La molcula de RNAt debe enganchar al

aminocido correcto en un proceso llamado
carga
La subunidad menor del ribosoma se
ensambla en el codn de iniciacin del
RNAm

Los dos elementos claves del RNAt son:

Anticodn: Una secuencia de tres bases en uno
de los bucles de RNAt, complementarias a uno
de los codones de RNAm.
Brazo aceptor: La cola monocatenaria del RNAt,
donde el aminocido se une al RNAt.
Cada clula contiene entre 30 a 50 diferentes
molculas de RNAt.
Cada aminocido tiene su propio RNAt, pero
algunos aminocidos pueden acarrearse por ms
de un RNAt. Estos RNAt son conocidos como
RNAt isoaceptores.

Como cualquier batera, los RNAt requieren

cargarse para que puedan funcionar.
Las enzimas que participan en la carga de
los RNAt se conocen como aminoacil RNAt
sintetasas.
Existen 20 sintetasas, una para cada
aminocido especificada por los codones
del RNAm.

La aminoacil RNAt sintetasa reconoce las

secuencias de bases en el anticodn del
RNAt que anuncia que aminocido llevar
ese RNAt en particular.
Cuando la aminoacil RNAt sintetasa
encuentra la molcula de RNA que le
corresponde a su aminocido, la sintetasa
une el aminocido al RNAt a su brazo
aceptor. (carga)

Las sintetasas realizan lecturas de prueba

para asegurarse de que cada
aminocido est unido con el RNAt
apropiado.
Este tipo de lectura garantiza que los
errores en la carga sean extremadamente
raros en la traduccin.
Con el aminocido unido al RNAt
(cargado), se inicia el viaje hacia los
ribosomas.

Los ribosomas consisten de dos partes

llamadas subunidades, y las subunidades
tienen dos tamaos conocidos como
subunidad grande y subunidad pequea.
Las dos subunidades (juntas o separadas)
flotan en el citoplasma hasta que inicia la
traduccin.
A diferencia de los RNAt, que se acoplan
con codones especficos del RNAm, los
ribosomas son completamente flexibles y
pueden trabajar con cualquier RNAm que
encuentren.

Cuando se encuentran totalmente

ensamblados, cada ribosomas tiene dos
sitios y una ranura:
Sitio A (sitio aceptor): Donde la molcula de RNAt
inserta sus brazos anticodn para acoplarse con el
codn de la molcula de RNAt.
Sitio P (sitio peptidil): Donde los aminocidos se
enganchan usando enlaces peptdicos.
Ranura de salida : Donde los RNAt son liberados
del ribosoma despus de que sus aminocidos
forman parte de la cadena polipeptdica creciente.

Antes de que inicie la traduccin, la

subunidad pequea del ribosoma reconoce
y se une al extremo cap 5 del RNAm con la
ayuda de protenas llamadas factores de
iniciacin
La subunidad pequea se desliza a lo largo
del RNAm hasta que alcanza el codn de
iniciacin (AUG).

El sitio P de la subunidad pequea se

alinea con el codn de iniciacin, y la
subunidad pequea se junta con el RNAt
que acarrea metionina (UAC), el
aminocido que se acopla con el codn de
iniciacin.
El RNAt de iniciacin, acarrea una versin
especial de la metionina llamada fMet (Nformilmetionina).

La fMet es el nico aminocido que puede

iniciar la cadena polipeptdica porque slo
l puede ingresar al sitio P sin pasar por el
A.
El RNAt utiliza su anticodn,
complementario al codn en el RNAm para
engancharlo.
La subunidad grande del ribosoma se junta
a la subunidad pequea para iniciar el
proceso de unir todos los aminocidos
especificados en el RNAm (formacin de la
protena).

1.

2.

El ribosoma requiere al RNAt que

acarrea el aminocido especificado por el
codn que se encuentra en el sitio A. El
RNAt apropiadamente cargado inserta su
brazo anticodn en el sitio A.
Las enzimas unen los dos aminocidos
fijados a los brazos aceptores de los
RNAt en los sitios P y A.

3. Tan pronto como los aminocidos se unen, el

ribosoma se desliza al siguiente codn del
RNAm. El RNAt que se encuentra en el sitio P
ahora pasa a la ranura de salida, y dado que ya
no est cargado con aminocido, se libera del
ribosoma.
4. El sitio A se desocupa, y el sitio P se ocupa por el
RNAt que contiene su propio aminocido ms el
aminocido del RNAt precedente.
5. El proceso de movimiento de un codn al
siguiente se llama translocacin.

El ribosoma contina deslizndose a lo

largo del RNAm con direccin 5 a 3.
La cadena polipeptdica creciente siempre
est unida al RNAt que se encuentra
situado en el sitio P.
El sitio A se abre una y otra vez para
aceptar el siguiente RNAt cargado
complementario al codn.

El proceso llega a su fin cuando los

ribosomas encuentran uno de los tres
codones que especifican detenerse (stop)

No hay RNAt que se acoplen con los

codones de terminacin, as que cuando el
ribosoma lee detenerse, no entra ningn
RNAt al sitio A.
En este punto, un RNAt se posiciona en el
sitio P con la nueva cadena polipeptdica
unida a l por el aminocido propio del
ltimo RNAt.

Los factores de liberacin se mueven y

unen al ribosoma; uno de los factores de
liberacin reconoce al codn de terminacin
y desata la reaccin que libera la cadena
polipeptdica del ltimo RNAt.
El ribosoma se desmonta, liberando el
ltimo RNAt del sitio P.

Las subunidades ribosomales se

encuentran ahora libres para encontrar
otro RNAm e iniciar nuevamente el
proceso de traduccin.
Los RNAt se recargan con aminocidos
nuevos y pueden utilizarse una y otra vez.
Una vez libres, las cadenas polipeptdicas
asumen sus formas nicas y algunas
veces se unen con otros polipptidos para
llevar a cabo su funcin.

Los RNAm pueden traducirse ms de una

vez, y de hecho, pueden traducirse por
ms de un ribosoma al mismo tiempo
Tan pronto como el codn de iniciacin
emerge del ribosoma despus de la
iniciacin de la traduccin, otro ribosoma
puede reconocer el cap 5 del RNAm se
une e inicia la traduccin.

Aparte del agua, las sustancia ms

comunes en el organismo son las
protenas.
La clave del funcionamiento de las
protenas es su forma; pueden construirse
de ms de una cadena polipeptdica que
se pliegan y enganchan.
La forma en que las protenas se juntan y
pliegan depende de su secuencia de
aminocidos

Cada aminocido en una cadena

polipeptdica comparte varias
caractersticas.
Un grupo amino positivamente cargado
Un grupo carboxilo negativamente cargado
unido al mismo carbono que el grupo amino.
Una combinacin nica de tomos que forman
las ramas y anillos llamados grupos radicales,
que establecen la diferencia entre los 20
aminocidos especificados por el cdigo
gentico

Los aminocidos pueden ser ms o menos

hidroflicos (o ms o menos hidrofbicos),
pueden estar cargados positiva o
negativamente.
Debido a sus afinidades diferenciales, los
grupos radicales repelen o atraen grupos
vecinos, este comportamiento dirige el
plegamiento y da a la protena su forma.

Las protenas se pliegan en formas complejas,

estos arreglos son el resultado tanto de
atracciones espontneas entre grupos radicales
como de ciertas regiones en la cadena
polipeptdica que forman espirales (tambin
llamadas hlices).
Las espirales pueden ondear de un lado para otro
para formar lminas.
Las espirales y lminas constituyen la estructura
secundaria

Las protenas frecuentemente sufren

modificaciones postraduccionales y pueden
engancharse con otros grupos qumicos y
metales.
En un proceso similar a la modificacin
postranscripcional del RNAm, las protenas
pueden cortarse y empalmarse.
Algunas modificaciones proteicas dan como
resultado plegamientos naturales,
torceduras y curvaturas, pero algunas otras
veces, las protenas requieren ayuda para
llegar a tener su conformacin correcta,
para esto estn las chaperonas

 Las

chaperonas son molculas que

moldean las protenas como si fueran
cirujanos plsticos.
Las chaperonas jalan y empujan las
cadenas polipeptdicas hasta que los
grupos radicales apropiados se
encuentran lo suficientemente cerca
para formar enlaces qumicos. Este
tipo de plegamiento se llama
estructura terciaria.

 Cuando

dos o ms cadenas
polipeptdicas se enganchan para
formar una sola protena, adquieren
su estructura cuaternaria